Molecular detection of SARS-CoV-2 in Argentina: Evaluation of alternative diagnostic tools for the decentralization of the diagnosis

Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.

Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

Clinical and microbiological assessment in a subpopulation of young Argentine patients with severe periodontitis / Periodontitis severa en jóvenes argentinos. Evaluación clínica y microbiológica en jóvenes argentinos con periodontitis severa

ABSTRACT Aggressive periodontitis (AP) is the most serious entity of periodontal disease (stage III/IV, grade C periodontitis according to the latest classification, 2017). Aim: to enhance knowledge of periodontal microbiota in AP in native Argentine patients and describe the effect of a combined pharmacological-mechanicalperiodontal treatment on clinical and microbiological parameters. Materials andMethod: The study analyzed 42 periodontal sites in 11 patients diagnosed with AP. Clinical periodontal parameters were recorded at baseline, 45, 90 and 180 days. Microbiological samples were taken before treatment and at 180 days. PCR was used to determine presence of the periodontopathic bacteria Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa), Porphyromonas gingivalis (Pg), Tannerella forsythia (Tf), Treponema denticola (Td), Prevotella intermedia (Pi) and Fusobacterium nucleatum (Fn). Patients underwent periodontal therapy including antibiotics (Amoxicillin 500mg + Metronidazole 250mg; 8hs/7 days), and were reevaluated at 45, 90 and 180 days. Results: Mean age was 28.4 ± 7.9 years. The initial PCR detected the following frequencies: Aa 14.3%, Pi 61.9%, Pg 71.4%, Tf 81.0%, Fn 95.2% and Td 97.6%. Baseline microbiological samples revealed significantly higher prevalence of Pg over Aa (p=0.012). Clinical parameters improved significantly after treatment (73.8% PS<5 mm; PS, NIC, SS p<0.001). At 180 days, a significant decrease in microbiological detection rates was observed (Fn, Td, Tf, Pi, Aa p<0.05). Aa was no longer detectable while Pg did not decrease significantly (p=0.052). Fn was the only study species detected in 100% (n=11:42) of residual pockets (PS>5 mm) (p=0.053). Conclusion: In the initial samples, there was significant prevalence of Pg over Aa. Significant clinical improvement was achieved after the mechanical-pharmacological treatment, with undetectable levels ofAa, while Fn persisted in residual pockets, and Pg was present at most of the treated sites.

RESUMEN La periodontitis agresiva (PA) es la entidad más grave de la enfermedad periodontal (clasificación 2017: periodontitis estadio III/IV, grado C). Objetivo: mejorar el conocimiento sobre la microbiota periodontal de la PA en sujetos nativos argentinos y describir el efecto de un tratamiento mecánico-farmacológico periodontal sobre los parámetros clínicos y microbiológicos. Materiales y Método: se estudiaron 42 sitios periodontales correspondientes a 11 pacientes con PA. Los parámetros clínicos se registraron a 0, 45, 90 y 180 días. Las tomas microbiológicas se realizaron antes de iniciar el tratamiento y a los 180 días. La determinación de especies periodontopáticas (Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa), Porphyromonas gingivalis (Pg), Tannerella forsythia (Tf, Treponema denticola (Td), Prevotella intermedia (Pi) y Fusobacterium nucleatum (Fn)) se realizó por PCR. Los pacientes iniciaron terapia básica periodontal junto con antibioticoterapia (Amoxicilina 500 mg + Metronidazol 250 mg; 8 hs/7 días) y fueron evaluados a los 45, 90 y 180 días. Resultados: la edad media fue 28,4 ± 7,9 años. Las detecciones iniciales fueron: Aa 14,3%, Pi 61,9%, Pg 71,4%, Tf 81,0%, Fn 95,2% y Td 97,6%. En las muestras iniciales la prevalencia de Pg sobre Aa fue significativamente superior (p=0,012). Los pacientes tuvieron una respuesta clínica favorable al tratamiento (73,8% PS<5 mm; PS, NIC, SS p<0,001). A 180 días, se observó una disminución estadísticamente significativa en la detección microbiana (Fn, Td, Tf, Pi, Aa p<0,05). En igual plazo, Aa no fue detectado, mientras que Pg mostró una disminución no significativa (p=0,052). Fn fue el único detectado en el 100% (n=11:42) de las bolsas periodontales residuales (PS>5 mm) (p=0,053). Conclusión: Las muestras iniciales evidenciaron prevalencia significativa de Pg sobre Aa. El tratamiento logró una significativa mejora clínica con niveles indetectables de Aa. La persistencia de Fn en las bolsas residuales y de Pg en la mayoría de los sitios tratados, caracterizaron la muestra poblacional estudiada.

Prevalencia de Porphyromonas gingivalis en un grupo de pacientes con aparatología fija de ortodoncia / Prevalence of Porphyromonas gingivalis in a group of patients with fixed orthodontic appliances

Introducción: existen diversos patógenos que pueden afectar no sólo la salud periodontal, sino también la salud general de los pacientes. Objetivo: determinar la Porphyromonas gingivalis (PG) en el primer molar superior derecho de adolescentes, de entre 12 y 18 años, con al menos un mes de tratamiento de ortodoncia con aparatología fija. Material y métodos: se realizó un estudio observacional, descriptivo, transversal de casos en un grupo de 26 adolescentes con tratamiento de ortodoncia, compuesto de brackets metálicos, tubos o bandas, arcos NiTi termoactivos, módulos, cadenas o ligaduras; sin importar sexo, edad, tiempo de tratamiento o maloclusión. Se formaron dos pares de grupos 1 y 2 (15 mujeres y 11 hombres), A y B (13 mujeres y 13 hom- bres) comparando los resultados obtenidos entre los grupos. Resulta- dos: dentro del grupo 1 y 2 la detección molecular de microorganismos arroja que 80% fueron positivas a la PG, 58.33% presenta maloclusión y en promedio 89% de las pacientes son positivas a PG. La detección molecular del grupo A y B indica que 54.54% fueron positivos a PG, mientras que 83.3% presenta maloclusión y en promedio 47% son positivos a PG. Conclusión: la explicación de los eventos moleculares que se desencadenan en la cavidad oral y los sistemas afectados por PG contribuyen a la prevención de complicaciones al tener una mejor comprensión de los fenómenos infecciosos (AU)

Introduction: there are various pathogens that can affect not only periodontal health, but also the general health of patients. Objective: to determine Porphyromonas gingivalis (PG) in the upper right first molar of adolescents, between 12 and 18 years old, with at least one month of orthodontic treatment with fixed appliances. Material and methods: a cross-sectional descriptive observational study of cases was carried out in a group of 26 adolescents with orthodontic treatment, consisting of metal brackets, tubes or bands, thermoactive NiTi archwires, modules, chains or ligatures; regardless of sex, age, treatment time or malocclusion. Two pairs of groups 1 and 2 (15 women and 11 men), A and B (13 women and 13 men) were formed, comparing the results obtained between the groups. Results: within group 1 and 2, the molecular detection of microorganisms shows that 80% were positive for PG, 58.33% presented malocclusion and an average of 89% of patients were positive for PG. The molecular detection of group A and B indicates that 54.54% were positive for PG while 83.3% presented malocclusion and on average 47% were positive for PG. Conclusion: the explanation of the molecular events that are triggered in the oral cavity and the systems affected by PG contribute to the prevention of complications by having a better understanding of the infectious phenomena (AU)

Detección molecular de patógenos entéricos en niños con diarrea en un hospital centinela de vigilancia de rotavirus en Chile / Molecular detection of gastrointestinal pathogens among children under 5 years old with diarrhea in a hospital center for rotavirus sentinel surveillance in Chile

INTRODUCCIÓN: Las diarreas de causa infecciosa son un problema de salud pública, especialmente en niños bajo los cinco años. La identificación de los agentes etiológicos puede ser relevante para el manejo del cuadro clínico y, desde el punto de vista epidemiológico, para la implementación de medidas de control. OBJETIVO: Determinar la presencia de patógenos entéricos en niños bajo los cinco años que se hospitalizaron por diarrea aguda en uno de los centros centinelas de la red de vigilancia de rotavirus en Chile. PACIENTES Y MÉTODOS: Estudio observacional en niños menores de cinco años que se internaron por cuadros de diarrea en el Hospital Dr. Luis Calvo Mackenna, durante diciembre del 2015 a diciembre del 2019, el que forma parte de la red de vigilancia de rotavirus del Ministerio de Salud de Chile. Las muestras fecales se analizaron mediante un test molecular, FilmArray GI® panel, que permite la detección de 22 patógenos entéricos virales, bacterianos y parasitarios. RESULTADOS: Se analizaron 493 muestras fecales de niños con episodios de diarrea infecciosa, detectando al menos un patógeno en 427 muestras (87%). De estas muestras positivas, se detectó solo un patógeno en 174 muestras (41%) y dos o más patógenos en 253 muestras (59%). En el grupo de niños bajo un año y el grupo entre uno y cuatro años hubo un predominio de infecciones causadas por virus gastroentéricos, siendo rotavirus y norovirus los virus más detectados en ambos grupos de edad. Las bacterias más frecuentes fueron EPEC (27%), C. difficile (17%), EAEC (14%) y Campylobacter (9%). Respecto a los parásitos, se identificó Giardia lamblia y Cryptosporidium, en el 3 y 1% del total de las muestras, respectivamente. CONCLUSIÓN: La detección molecular utilizada permitió detectar un alto número de enteropatógenos en niños bajo los cinco años. La información generada por este tipo de vigilancia, podría ayudar a caracterizar en la población los episodios de diarrea causados por los principales patógenos entéricos y podría ser una herramienta para asesorar técnicamente a las autoridades en la toma de decisión para la implementación de medidas de control contra estos patógenos.

BACKGROUND: Infectious diarrhea is still a major problem in public health, especially in children under 5 years of age. The identification of the etiologic agent is important for the clinical management of the diarrhea episode and, from the epidemiological point of view, to implement control measures. AIM: To determine the presence of gastrointestinal pathogens in children under five years of age with diarrhea in a Chilean rotavirus surveillance center. METHODS: Observational study in children under five years of age who were hospitalized for diarrhea at the Dr. Luis Calvo Mackenna Hospital from December 2015 to December 2019. Molecular detection was performed using the FilmArray gastrointestinal (FilmArray GI®) panel. RESULTS: We analyzed 493 diarrheal stool samples of children, 427 samples (87%) were positive and 66 samples (13%) were negative. Of positive samples, 174 samples (41%) and 253 samples (59%) were positive for one or more pathogen, respectively. In children under one year and the group between one and four years there was a predominance of infections caused by enteric virus. Rotavirus and norovirus were the most common virus in both age groups. The most frequent bacteria were EPEC (27%), C. difficile (17%), EAEC (14%) and Campylobacter (9%). In parasites, Giardia lamblia and Cryptosporidium were identified, in 3% and 1% of the total samples, respectively. CONCLUSIONS: The molecular detection system used allowed an increase in the detection of enteropathogens in children under five years of age. The information generated by this type of surveillance could help to characterize the episodes of diarrhea in the population and might be a tool to technically advise the authorities in the decision-making process for the implementation of control measures.

First report of Sugarcane mosaic virus in achira (Canna edulis Ker.) in Nariño, Colombia / Primer registro del Sugarcane mosaic virus en achira (Canna edulis Ker.) en Nariño, Colombia

ABSTRACT Achira (Canna edulis Ker.) is a cultivated species for handcrafted food products and starch production. In Colombia is estimated an achira cultivated area of 800 ha; in the department of Nariño there has been a disturbance of viral etiology, known by farmers as Streak Virus, due to its symptoms in the leaves, but without previous records in the area. The disease causes losses in performance, although they have not been established precisely. In order to clarify the nature of this pathology and the identity of the pathogen associated with the problem, an investigation was carried out at the University of Nariño, by means of molecular tests of PCR and RT-PCR, sequencing, serology and electron microscopy, of foliar samples collected in the producing areas. The most outstanding symptoms in affected tissues were yellow mosaic, mottled, chlorotic streak and ribs discoloration, among others. There were no cytoplasmic inclusions similar to those produced by Potyvirus, nor viral particles were observed, nor serology positive results, but it was possible to achieve the amplification of a cDNA fragment, with specific primers for Potyvirus and 98% of homology of the sequences with Sugarcane mosaic virus. This is the first SCMV report in achira in Nariño, Colombia.

RESUMEN La achira (Canna edulis Ker.) es una especie utilizada para la producción de almidón y alimentos artesanales. En Colombia, se estima un área cultivada de 800ha; en el departamento de Nariño, se viene presentando un disturbio de etiología viral, conocido por los agricultores como el rayado, por sus síntomas en las hojas, pero sin registros previos en esta zona. La enfermedad causa pérdidas en el rendimiento, aunque no se ha establecido con precisión. Con el objetivo de esclarecer la naturaleza de dicha patología y la identidad del patógeno asociado al problema, en la Universidad de Nariño, se realizó una investigación, mediante pruebas moleculares de PCR y RT-PCR, secuenciación, serología y microscopía electrónica, de muestras foliares colectadas en las zonas productoras. Los síntomas más sobresalientes en tejidos afectados fueron mosaico amarillo, moteado, rayado clorótico, aclaramiento de nervaduras entre otros. No se detectaron inclusiones citoplasmáticas similares a las producidas por Potyvirus, ni se observaron partículas virales, tampoco hubo resultados positivos con serología, pero sí se logró amplificación de un fragmento de cDNA, con cebadores específicos para Potyvirus y homología de 98% de las secuencias con el virus Sugarcane mosaic virus SCMV. Este es el primer reporte de SCMV en achira en Nariño, Colombia.

Design of primers for specific detection of Potato Virus Y (PVY) by RT-PCR / Diseño de cebadores específicos para la detección por rt-pcr del potato virus y (pvy)

RESUMEN El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes para la producción de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo. Este virus es transmitido por tubérculo-semilla de papa y por diferentes especies de áfidos. Para su manejo es fundamental la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral, para lo que se requieren metodologías de detección altamente sensibles como ELISA y RT-PCR. Para éstas últimas pruebas, es necesario disponer de cebadores específicos que permitan el diagnóstico del virus en tejidos asintomáticos. En este estudio se reportan los cebadores PVY_Col para la detección del PVY en RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Estos cebadores fueron diseñados con base en las secuencias de este virus que se han reportado en Colombia sobre diferentes hospedantes, así como de las diferentes variantes encontradas en el mundo. Una particularidad adicional de estos cebadores es que no presentan reacción cruzada con el genoma del Potato virus V (PVV), otro potyvirus que recientemente se ha encontrado afectando cultivos de papa en Colombia. Se espera que los cebadores PVY_Col sean utilizados para apoyar los programas de certificación de material de siembra de papa, así como para adelantar estudios epidemiológicos y de manejo fitosanitario de este virus.

ABSTRACT Potato virus Y (PVY) is one of the most limiting viruses in the production of potato (Solanum tuberosum and S. phureja) worldwide. This virus is transmitted by aphids and infected tuber-seeds, and for this reason, disease management of PVY requires, among others, using certified planting material through highly sensitive techniques such as ELISA and RT-PCR. However, RT-PCR-based methods require primers of high specificity to allow the unequivocal detection of viruses in asymptomatic tissues. In this work, we report a new set of primers (PVY_Col) for detection of PVY by RT-PCR and real-time RT-PCR (RT-qPCR). These primers were designed using sequences of PVY isolates from Colombia and the rest of the world. An essential feature of these primers is their specificity, since they don't amplify templates from Potato virus V (PVV), a close PVY relative that also infects potato crops in Colombia. It is expected that the PVY_Col primer set will be useful to support potato seed certification programs, epidemiological studies, and PVY disease management programs.

Is drug-resistant Mycobacterium leprae a real cause for concern?: First approach to molecular monitoring of multibacillary Colombian patients with and without previous leprosy treatment / ¿Es la resistencia de Mycobacterium leprae a los medicamentos un verdadero motivo de preocupación?: Primera aproximación a la vigilancia molecular de pacientes colombianos multibacilares con tratamiento previo para lepra y sin él

Introduction: There is no information in Colombia on Mycobacterium leprae primary and secondary drug resistance in regards to the WHO-multidrug therapy regime. On the other hand, public health authorities around the world have issued various recommendations, one of which prompts for the immediate organization of resistance surveillance through simple molecular methods. Objective: To determine the prevalence of Mycobacterium leprae drug resistance to rifampicin, ofloxacin and dapsone in untreated and previously treated patients at the Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta during the 1985-2004 period. Materials and methods: We conducted a retrospective study which included multibacillary patient biopsies through elective sampling: 381 of them from new patients and 560 from previously treated patients. Using a microtome, we obtained six slides from each skin biopsy preserved in paraffin, and we extracted M. leprae DNA. We amplified three molecular targets through PCR and obtained the patterns of drug resistance to dapsone, rifampicin and ofloxacin by reverse hybridization. Finally, we collected epidemiological, clinical and demographical data for analyses. Results: From 941 samples under study, 4.14% of them were resistant to one or more drugs, and 5.77 and 3.04% had resistant genotypes in new and previously treated patients, respectively. Total resistance for each drug was 0.43% for dapsone, 3.19% for rifampicin and 1.17% for ofloxacin. We found statistically significant differences for rifampicin and for the total population when comparing the results from untreated versus previously treated patients. Two thirds of the resistant samples were resistant to rifampicin alone or combined. Conclusions: The standard multidrug therapy schemes continue being effective for leprosy cases; however, it is necessary to guarantee adherence and regularity. Surveillance to drug resistance in new and previously treated leprosy cases should be established.

Introducción. Colombia no dispone de información sobre farmacorresistencia primaria y secundaria de Mycobacterium leprae al esquema de terapia múltiple de la Organización Mundial de la Salud (OMS) y las autoridades de salud pública del mundo han emitido varias recomendaciones, entre las cuales está organizar de inmediato la vigilancia a la resistencia empleando métodos moleculares simples. Objetivo. Determinar la prevalencia de la resistencia de M. leprae a rifampicina, ofloxacina y dapsona en pacientes del Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta con tratamiento previo y sin él durante el período de 1985 a 2004. Materiales y métodos. Se realizó un estudio retrospectivo. Mediante muestreo electivo se incluyeron biopsias de pacientes multibacilares: 381 de pacientes nuevos y 560 de pacientes previamente tratados. Se obtuvieron con micrótomo seis cortes de cada biopsia de piel incluida en parafina, y se realizó la extracción de ADN de M. leprae. Se llevó a cabo la amplificación de tres blancos moleculares mediante PCR y se obtuvieron los patrones de resistencia a los medicamentos dapsona, rifampicina y ofloxacina por hibridación inversa. Se recolectaron datos epidemiológicos, clínicos y demográficos para llevar a cabo los análisis. Resultados. De las 941 muestras estudiadas, 4,14 % era resistente a uno o más fármacos, y se detectaron 5,77 y 3,04 % con genotipos resistentes en pacientes nuevos y previamente tratados, respectivamente. La resistencia total para cada fármaco fue de 0,43 % a dapsona, 3,19 % a rifampicina y 1,17 % a ofloxacina. Se encontró una diferencia estadísticamente significativa para rifampicina y para la población total al comparar los resultados de los pacientes no tratados con los de los pacientes tratados previamente. Dos tercios de las muestras resistentes lo fueron a rifampicina sola o combinada. Conclusiones. Los esquemas de terapia múltiple estándar siguen siendo efectivos para los casos de lepra; sin embargo, es necesario garantizar el cumplimiento y la regularidad y establecer la vigilancia de la farmacorresistencia en pacientes nuevos y previamente tratados.

Implementación de un control interno en la detección molecular de las principales especies de micoplasmas contaminantes de cultivos celulares / Implementation of an internal control in molecular detection of the main mycoplasma species contaminating cell cultures

Objetivo: Construir e implementar un control interno para la detección molecular de micoplasmas en cultivos celulares. Materiales y métodos: Se alinearon secuencias del RNA ribosomal 16S de las principales especies de micoplasmas reportadas como contaminantes de cultivos, y diseñaron oligonucleótidos para la detección de las mismas. Para la construcción del control interno se amplificó una secuencia espadadora, además de las secuencias de hibridación de los oligonucleótidos usados para detección. La amplificación desde dicho control generó un fragmento con tamaño diferente al obtenido desde una muestra positiva. Posteriormente, para la evaluación del efecto del control interno sobre la amplificación de una muestra positiva se realizó la prueba sobre diluciones seriadas de la muestra, en presencia y ausencia del control interno. Finalmente, se ensayó el protocolo utilizando sobrenadantes de cultivo provenientes de diferentes laboratorios. Resultados: Se observó alta homogeneidad al comparar los géneros Mycoplasma y Acholeplasma; no obstante se realizó el diseño de oligonucleótidos degenerados para aumentar teóricamente la eficiencia en la detección de todas las especies. Se demostró que la aplicación del control interno no afecta la sensibilidad de detección de la prueba. Los resultados obtenidos con muestras problema resaltan la importancia del control interno al realizar la prueba desde sobrenadantes de cultivo. Conclusiones: El uso del control interno evita la obtención de resultados falsos negativos, generados por presencia de inhibidores en la muestra. La implementación de la prueba beneficiará los laboratorios en cuyas investigaciones utilicen cultivos celulares y permitirá ejercer un control de calidad, lo cual hará más confiables los resultados/productos obtenidos.

Objective: to construct and implement an internal control for molecular detection of mycoplasma in cell cultures. Materials and Methods: Sequences of 16S ribosomal RNA of the major species of mycoplasma reported as contaminants in cell cultures were aligned, and oligonucleotides for detection were designed. For the construction of the internal control, a spacer sequence as well as sequences for hybridization of the oligonucleotides used for detection, were amplified. Amplification from the internal control and positive samples generated fragments with different sizes. Subsequently, to evaluate the effect of the internal control on the amplification of a positive sample, the assay was performed on serial dilutions of the sample in the presence and absence of the internal control. Finally, the protocol was tested using culture supernatants from different laboratories. Results: High homogeneity was observed when Mycoplasma and Acholeplasma genera were compared; however, degenerated oligonucleotides were designed to increase the efficiency of detection in all the analyzed species. It was shown that implementation of the internal control does not affect the sensitivity of detection. The results obtained with cell cultures samples highlighted the importance of the internal control. Conclusions: The use of an internal control facilitates the detection of false negative results generated by the presence of inhibitors in the sample. Implementation of the test as a quality control will benefit laboratories using cell cultures, making the results and / or products obtained more reliable.

Detección molecular y tipificación del virus dengue por RT-PCR y PCR anidada usando oligonucleótidos mejorados / Molecular detection and typing of dengue virus by RT-PCR and nested PCR using degenerated oligonucleotides

Objetivos: Modificar los oligonucleótidos comúnmente utilizados para la detección y tipificación del virus dengue y evaluar su desempeño sobre ARNs provenientes de muestras clínicas. Materiales y métodos: A partir del alineamiento de secuencias disponibles en el GenBank para la región C-prM/M se determinó la variabilidad genética dentro de cada serotipo del virus dengue, lo cual permitió realizar modificaciones a los oligonucleótidos convencionalmente usados en la tipificación. Tales modificaciones incluyeron la adición y eliminación de nucleótidos en el extremo 3', teniendo en cuenta la posición del codón, así como la inclusión de sitios degenerados en posiciones altamente variables. Los oligonucleótidos se evaluaron a diferentes concentraciones sobre ARNs extraídos a partir de cultivos celulares infectados y posteriormente de sueros de pacientes con diagnóstico probable de dengue. Resultados: Los oligonucleótidos amplificaron específicamente cada serotipo del virus dengue, tanto desde sobrenadantes de cultivo como desde muestras clínicas en prueba piloto. Conclusiones: El rediseño de los oligonucleótidos consideró la variabilidad genética acumulada en más de 15 años, mostrándose experimentalmente su valor y utilidad en la detección y tipificación del virus dengue.

Objective: To modify the commonly used primers for detecting and typing of dengue viruses and evaluate their performance on RNAs derived from clinical samples. Materials and methods: To determine the genetic variability within each dengue virus serotype, sequences of C-prM/M region available on GenBank were aligned allowing modifications to the primers conventionally used for virus typing. Modifications include nucleotide insertion and deletion in the 3' end taking into account the codon position, and also the inclusion of degenerated sites in highly variable positions. Primers were evaluated at different concentrations on extracted RNAs from infected cell cultures and subsequently from sera of probable dengue diagnosed patients. Results: All primers specifically amplified each dengue virus serotype from cell culture supernatants and clinical samples in a pilot test. Conclusions: The re-designed primers took into account the accumulated variability during more than 15 years, experimentally showing their value and utility for detecting and typing of dengue viruses.

Identificación molecular de una cepa de herpesvirus bovino tipo 2 en Venezuela / Molecular identification of a bovine herpes virus type 2 strain in Venezuela

El herpesvirus bovino tipo 2 (HVB-2) es el agente responsable de la mamilitis bovina, enfermedad que puede ser confundida con la fiebre aftosa por las lesiones que ocasiona en la ubre y pezones de las vacas infectadas. Para investigar su presencia en el país, se procesaron con fines de diagnóstico virológico muestras de tejidos epiteliales de ubre, recolectadas de ocho vacas con sospecha clínica de fiebre aftosa. Todas las muestras resultaron negativas a fiebre aftosa y estomatitis vesicular, pero de una de ellas se aisló una cepa viral en cultivo primario de riñón fetal bovino, la cual ocasionó un efecto citopático característico al observado por la acción del virus HVB-2. Mediante la prueba de PCR se amplificó una banda de 422 pb, la cual se correspondió al producto esperado de acuerdo al protocolo empleado para el diagnóstico molecular de herpesvirus bovino tipo 2. El análisis por BLAST y la alineación de las secuencias del amplicon obtenido permitió confirmar la presencia de este virus en el país.

Bovine mamilitis is a viral disease which is caused by Bovine Herpes Virus type 2 (BHV - 2). This disease is difficult to differentiate of Food and Mouth Disease (FMD) because infected cows show vesicles and ulcerating lesions on teats and udder. In order to investigate if BHV-2 is present in Venezuelan cattle udder samples of eight cows undergoing clinical symptoms similar to FMD were taken and tested for viral diagnostic. All samples were negative to FMD and vesicular stomatitis, but a viral strain with cytopathic effect typical to BHV-2 was isolated from one of them when a primary cells culture of bovine kidney fetus was inoculated. The presence of BHV-2 was confirmed in Venezuela according with the cytopathic effect, the PCR product of 422 bp obtained by specific test and the significant alignments by BLAST.

Utilización de las tarjetas FTA® para el diagnóstico molecular del virus de la enfermedad de NEWCASTLE en muestras de fluido alantoideo / Utilization of FTA® Cards for the Molecular Diagnostic of Newcastle Disease Virus in Allantoic Fluid Samples

Se evaluó la factibilidad de utilizar las tarjetas FTA® (Flinders Technology Associates) para la inactivación y transporte de fluido alantoideo infectado con el virus de la enfermedad de Newcastle (VEN). La tarjetas FTA® fueron impregnadas con diluciones seriadas de fluido alantoideo con un título inicial de 10(8,8) DL/50 del VEN cepa LaSota y analizadas mediante la prueba de reacción en cadena por la polimerasa transcriptasa reversa (por sus siglas en ingles RT-PCR) a las 24 horas, 7 y 14 días. La concentración más baja del virus detectada en el fluido alantoideo fue 10(5,8) DL/50. La detección del virus a partir de la tarjeta fue posible hasta 14 días después de su inactivación. El re-aislamiento viral en huevos embrionados a partir de las tarjetas resultó negativo. La inactivación del virus en las tarjetas no afectó la calidad de la secuencia de nucleótidos, permitiendo la determinación de su virulencia mediante la secuenciación de los nucleótidos que codifican la zona de corte de la proteína de fusión resultando ser lentogénico en concordancia con la cepa inicial de virus aplicada a las tarjetas. Se concluye que las tarjetas FTA® representan una alternativa válida para el muestreo, inactivación y diagnóstico molecular del VEN, con un alto grado de bioseguridad.

The feasibility of using FTA® cards (Flinders Technology Associates) for inactivation and transportation of allantoic fluid infected with Newcastle disease virus (NDV) was evaluated. Serial dilutions of allantoic fluid with a titer of 10(8.8) ELD/50 of LaSota strain NDV were loaded on the FTA® cards and analyzed after 24 hour, 7 and 14 days using reverse transcriptase-polimerase chain reaction (RT-PCR). The lowest virus concentration that could be detected from the FTA® cards was 10(5.8) ELD/50. The detection of the inactivated virus was possible after 14 days of virus inactivation. No virus re-isolation in embryonating eggs was possible from the cards. No negative effects of the FTA® card inactivation on the nucleotide sequences were observed, allowing the determination of its virulence by direct nucleotide sequencing of the F protein cleavage site, resulting in a lentogénic strain in concordance with the initial virus applied on the cards. It can be conclude that FTA® cards are a valid alternative for NDV sampling, inactivation and molecular diagnostic with a high degree of biosecurity.