CO1-Based DNA barcoding for assessing diversity of Pteropus giganteus from the state of Azad Jammu Kashmir, Pakistan / Código de barras de DNA à base de CO1 para avaliar a diversidade de Pteropus giganteus do estado de Azad Jammu e Caxemira, Paquistão

Abstract The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.

Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

Variability and genetic structure in fragments of Eugenia involucrata De Candolle established through microsatellite markers / Variabilidade e estruturação genética em fragmentos de Eugenia involucrata de Candolle utilizando marcadores microssatélites

ABSCTRACT: Eugenia involucrata DC. is a forest species with high environmental and economic potential. The objective of this study was to quantify the genetic variability and analyzed the genetic structure of three natural fragments located in the central region of the Rio Grande do Sul state, Brazil. We used four microsatellite loci developed for the congener species Eugenia uniflora and using GenAlEx 6.5 software, parameters of genetic variability and its partition among and within fragments were estimated for each locus. We observed high levels of genetic variability (3.67 alleles per locus; HO = 0.815; HE = 0.625; FIS = −0.294), most of which (93%) were distributed within the fragments, suggesting that these individuals came from a single original population. Gene flow between fragments was high (2.35 to 4.56 migrants per generation), resulting in low genetic differentiation indexes (FST values ranging from 0.052 to 0.096). The fragments showed high genetic variability, distributed within the remnants themselves, and low genetic differentiation. Our results have repercussions for planning locally adapted germplasm collections for forest restoration programs, thereby avoiding the implantation of populations with an exogamous depression.

RESUMO: Eugenia involucrata DC. é uma espécie florestal com elevado potencial ambiental e econômico. O presente trabalho teve por objetivo quantificar a variabilidade e analisar a estruturação genética em três fragmentos naturais localizados na região central do estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Com o emprego de quatro locos microssatélites desenvolvidos para a espécie congênere Eugenia uniflora e usando-se o software GenAlEx 6.5, foram estimados parâmetros de variabilidade genética, para cada loco, e sua partição entre e dentro dos fragmentos. Foram observados altos índices de variabilidade genética (3,67 alelos por loco; HO = 0,815; HE = 0,625; FIS = -0,294), com a maior proporção (93%) distribuída dentro dos fragmentos, sugerindo que os indivíduos estudados são provenientes de uma única população original. O fluxo gênico foi elevado entre os fragmentos, variando de 2,35 a 4,56 migrantes por geração, resultando em baixo índice de diferenciação genética (FST), entre 0,052 a 0,096. Os fragmentos estudados apresentam elevada variabilidade genética, a maior parte distribuída dentro dos próprios remanescentes, e baixa diferenciação genética. Os resultados observados têm repercussões no planejamento de coleta de germoplasma com adaptação local para programas de restauração florestal, assim evitando a implantação de populações com depressão exogâmica.

Anthropogenic river fragmentation reduces long-term viability of the migratory fish Salminus brasiliensis (Characiformes: Bryconidae) populations

Life-history, geographical barriers, and damming can shape the genetic diversity of freshwater migratory fish, which are particularly vulnerable to anthropogenic impacts. We investigated the genetic diversity of Salminus brasiliensis, a long-distance migratory species that is recognized as an important provider of ecosystem services. We implemented microsatellite analyses to assess genetic diversity and simulate future scenarios for evaluating the long-term viability of dammed and non-dammed populations from the Uruguay River. High levels of genetic diversity were detected for all sampled populations. However, effective population sizes were lower in the uppermost river stretches, where the landscape is highly fragmented. Population structure analysis indicated two spatial genetic populations. It is suggested that this genetic structure preserves populations partially isolated by an ancient natural barrier, instead of being a result of the presence of dams. The simulated genetic scenarios indicated that genetic variability of S. brasiliensis populations from upstream dams could collapse over the years, mainly due to the reduction in the number of alleles. Therefore, besides helping to better understand issues related to the influence of dams on the genetic diversity of migratory fish, our results are especially relevant for driving local fishery policies and management actions for the species conservation.'

História de vida, barreiras geográficas e barramento dos rios podem moldar a diversidade genética de grandes peixes migratórios de água doce, que são particularmente vulneráveis a impactos antrópicos. Nós investigamos a diversidade genética de Salminus brasiliensis, uma espécie migratória de longa distância que é reconhecida como um importante provedor de serviços ecossistêmicos. Realizamos análises de microssatélites para avaliar a diversidade genética e simular cenários futuros, possibilitando estimar a viabilidade em longo prazo de populações situadas em regiões com e sem represas do rio Uruguai. Altos níveis de diversidade genética foram detectados para todas as populações amostradas. Contudo, os tamanhos populacionais efetivos foram menores nos trechos superiores do rio, onde a paisagem é altamente fragmentada. A análise da estrutura populacional indicou duas populações genéticas espaciais. Sugere-se que esta estrutura genética preserva populações parcialmente isoladas por uma antiga barreira natural, ao invés de ser resultado da presença de barragens. Os cenários genéticos simulados indicaram que a variabilidade genética das populações de S. brasiliensis situadas a montante das barragens entraria em colapso ao longo dos anos, principalmente como resultado da redução do número de alelos. Portanto, além de ajudar a entender melhor questões relacionadas à influência de barragens na diversidade genética de peixes migradores, nossos resultados são especialmente relevantes para a condução de políticas pesqueiras locais e ações de manejo para a conservação das espécies.(AU)

Genetic diversity of Euterpe edulis martius based on fruit traits / Diversidade genética de Euterpe edulis martius com base em características de frutos

Juçara (Euterpe edulis Martius) is a palm species from the Atlantic Forest whose fruits are important as a source of food to several individuals from the fauna of the region. Despite its ecological importance, juçara is found in the list of endangered species, due to the fragmentation of the forests and the illegal extraction of the heart of palm. We aimed to evaluate the inter- and intra-populational genetic diversity of E. edulis based on fruit and seed traits in forest fragments of the Espírito Santo State in Brazil. The aim was to generate information to be used in E. edulis breeding programs, or in the delineation of more efficient management and reforestation strategies. The study was carried out in 20 forest fragments and 198 fruit plants were sampled. Positive genetic association was observed between the evaluated traits, with the longitudinal diameter of the fruit (LDF) and the seed mass (SM) greatly affecting fruit mass (FM). The existence of inter- and intra-populational genetic divergence was proved. The genetic divergence found in E. edulis suggests that there is genetic material that can be explored in breeding programs and this information may also contribute to management strategies that can increase the species genetic diversity

Juçara (Euterpe edulis Martius) é uma espécie de palmeira da Mata Atlântica, que é importante como fonte de alimento para vários indivíduos da fauna. Apesar de sua importância ecológica, juçara é encontrada na lista de espécies ameaçadas à extinção, devido à fragmentação florestal e à extração ilegal do palmito. Nós tivemos como objetivo avaliar a diversidade genética inter e intra populacional de E. edulis com base em caracteres de frutos e sementes, em fragmentos florestais do Estado do Espírito Santo no Brasil, com o objetivo de gerar informações a serem utilizadas nos programas de melhoramento de E. edulis ou na delimitação de estratégias de manejo e reflorestamento mais eficientes. O estudo foi realizado em 20 fragmentos florestais e 198 plantas frutíferas foram amostradas. Foi observada uma grande associação genética positiva entre os caracteres avaliados, com as características diâmetro longitudinal dos frutos (LDF) e massa de sementes (SM) apresentando efeitos maiores do que a massa característica da fruta (FM). A existência de divergência genética inter e intrapopulacional foi comprovada. A divergência genética encontrada neste trabalho para E. edulis sugere a presença de material genético que vale a pena ser explorado em programas de melhoramento e essa informação também pode contribuir com estratégias de manejo para aumentar a diversidade genética das espécies.

Karyotyping and population genetics in Cold War Mexico: Armendares's and Lisker's characterization of child and indigenous populations, 1960s-1980s / Cariotipia e genética de populações no México da Guerra Fria: as caracterizações de Armendares e Lisker sobre as populações infantil e indígena, 1960-1980

Abstract This paper focuses on geneticists Salvador Armendares's and Rubén Lisker's studies from the 1960s to the 1980s, to explore how their work fits into the post-1945 human biological studies, and also how the populations they studied, child and indigenous, can be considered laboratories of knowledge production. This paper describes how populations were considered for different purposes: scientific inquiry, standardization of medical practices, and production or application of medicines. Through the narrative of the different trajectories and collaborations between Armendares and Lisker, this paper also attempts to show the contact of their scientific practices, which brought cytogenetics and population genetics together at the local and global levels from a transnational perspective.

Resumo Aborda o trabalho dos geneticistas Salvador Armendares e Rubén Lisker, entre 1960 e 1980, para analisar como se insere nos estudos biológicos humanos do pós-1945, e demonstra como as populações estudadas por eles, a infantil e a indígena, podem ser consideradas laboratórios de produção de conhecimento. O artigo revela como as populações foram consideradas para diversos propósitos: investigação científica, padronização das práticas médicas e produção ou aplicação de suas medicinas. Por meio da narrativa das diferentes trajetórias e colaborações entre Armendares e Lisker, também procura discutir o contato de suas práticas científicas, que colocaram a citogenética e a genética de populações lado a lado nos níveis local e global a partir de uma perspectiva transnacional.

Storage protein variability in natural populations of maté (Ilex paraguariensis) in Brazil / Variabilidade de proteínas de reserva em populações naturais de erva-mate (Ilex paraguariensis) no Brasil

ABSTRACT: Samples of 168 maté trees (Ilex paraguariensis) from four natural populations of different states of Brazil (Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Mato Grosso do Sul) were analyzed for their variability in storage proteins seed, which were used to estimate the degree of differentiation among and within species, because are relatively stable during evolution. Data on band presence/absence from 80 different polypeptides were used to perform similarity coefficient of Jaccard. A high level of genetic variability was reported within sampled populations (SJ intra=0.374). Lower levels of diversity were observed between populations (SJ inter=0.308). Total genetic diversity of maté was Hsp=0.264 estimated by Shannon measure. Partition of that value disclosed that 95 % of the total diversity is within-population, and only 5% to between-populations. The phenogram based on King's distances indicates a certain degree of geographic differentiation. This represents the first study on storage protein variability in I. paraguariensis and guides the choice of the specimens to increment germoplasm banks and genetic improvement programs.

RESUMO: A variabilidade de proteínas de reserva das sementes foi analisada em 168 árvores de quatro populações naturais de erva-mate (Ilex paraguariensis) dos estados brasileiros Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e Mato Grosso do Sul. Estes marcadores foram utilizados para estimar o grau de diferenciação entre e dentro da espécie porque são relativamente estáveis ao longo da evolução. Dados sobre presença e ausência de bandas de 80 diferentes polipeptídios foram utilizados para calcular o coeficiente de similaridade de Jaccard. Encontramos alto grau de variabilidade genética dentro de cada uma das quatro populações de árvores (SJ intra=0.374). Menores níveis de diversidade foram observados entre as populações (SJ inter=0.308). A diversidade total da espécie Ilex foi Hsp=0,264, estimada pela medida de Shannon. A partição deste valor revelou que 95% da diversidade total é intrapopulacional, enquanto somente 5% é entre populações. O fenograma, baseado nas distâncias de King, indica certo grau de diferenciação geográfica. Este trabalho representa o primeiro estudo de variabilidade em proteínas de reserva de I. paraguariensis e pode ser utilizado para orientar a escolha de espécimes para compor bancos de germoplasma e programas de melhoramento genético da espécie.

Genetic diversity and population structure of Brycon nattereri (Characiformes: Bryconidae): a Neotropical fish under threat of extinction

Brycon nattereri is an endangered Neotropical fish reported along conserved stretches of the upper Paraná, Tocantins and São Francisco rivers. Populations of this species have been very rare in some Paraná River sub basins. This study analyzes the genetic diversity and population structure of B. nattereri in a restricted area of occurrence recently identified in upper Paraná River basin. Seven microsatellite loci and 497 bp of D-Loop mitochondrial region were examined in 92 individuals from four points along the area of occurrence. Both molecular markers indicated a single population distributed along a stretch of the river approximately 80 km long. Although some of the data suggest an ancient bottleneck, current levels of genetic diversity (H E = 0.574 and h = 0.616) were similar to those of other species of the genus Brycon. The results suggest that the population of B. nattereri has been able to maintain satisfactory levels of genetic diversity, in spite of the small area of occurrence. These data have highlighted an important conservation area and action may prove essential to improve the quality of the environment, and especially the water and riparian plant life, if the area is to be managed and conserved efficiently.(AU)

Brycon nattereri é um peixe Neotropical ameaçado de extinção reportado para trechos conservados dos rios Paraná, Tocantins e São Francisco. Populações desta espécie têm sido muito raras em algumas sub-bacias do rio Paraná. Este estudo analisou a diversidade genética e a estrutura populacional de B. nattereri em uma área de ocorrência restrita recentemente identificada na bacia do alto rio Paraná. Sete locos microssatélites e 497 pb da região mitocondrial D-Loop foram examinados para 92 indivíduos de quatro pontos ao longo da área de ocorrência. Ambos os marcadores moleculares indicaram uma única população distribuída em um trecho de aproximadamente 80 km do rio. Embora alguns dados tenham sugerido um antigo gargalo genético, os atuais níveis de diversidade genética (H E = 0,574, h = 0,616) foram similares aos de outras espécies do gênero Brycon. Estes resultados sugerem que a população de B. nattereri tem mantido níveis satisfatórios de diversidade genética, apesar da pequena área de ocorrência. Estes dados destacaram uma importante área de conservação e ações podem melhorar a qualidade do ambiente, especialmente para a vida aquática e mata ciliar, se a área for eficientemente manejada e conservada.(AU)

Aplanar y exhibir la variación: dos estrategias de investigación de la genética humana en México / Flattening and Unpacking Variation: Two Research Strategies of Human Genetics in Mexico / Aplanar e exibir a variação: duas estratégias de pesquisa da genética humana no México

Resumen Introducción: este artículo analiza dos estrategias de investigación puestas en acción en tres proyectos de estudio de la genética humana en México, entre 1960 y 2009. Se distingue entre una estrategia que incorpora recursos multidisciplinarios en el diseño del muestreo, el análisis e interpretación de datos (a la que se le denomina de exhibición), y una que privilegia consideraciones pragmáticas sobre los análisis multidisciplinarios (a la que se le denomina de aplanamiento). Desarrollo: se analizó el trabajo del médico hematólogo Rubén Lisker en la década de 1960, el mapeo de la diversidad genómica mexicana realizado por investigadores del Instituto Nacional de Medicina Genómica entre 2004 y 2009, y el análisis de la variación nativa llevado a cabo por el genetista Andrés Moreno (en la Universidad de Stanford en ese entonces), y sus colegas en años recientes. Conclusiones: las decisiones estratégicas que toman los científicos tienen consecuencias en la medición y caracterización de la variación genética en las poblaciones humanas, pero también sobre las prácticas sociales demográficas y biomédicas relacionadas con su estudio. Mientras la primera estrategia exhibe de forma detallada la variación genética oculta en las poblaciones humanas, favoreciendo así la precisión y el realismo, la segunda tiende a aplanar las diferencias individuales y a perder profundidad histórica, pero privilegiando la generalización y la descripción de los grandes rasgos de una población.

Abstract Introduction: This article analyzes two research strategies carried out by three projects of human genetics in Mexico, between 1960 and 2009. We distinguish between a strategy that incorporates multidiscipli-nary resources in the design of sampling, analysis and interpretation of data (which we call exhibition), and one that privileges pragmatic considerations on multidisciplinary analysis (which we call flattening). Development: We analyzed the work of the hematologist Rubén Lisker in the 1960s, the mapping of Mexican genomic diversity carried out by researchers from the National Institute of Genomic Medicine between 2004 and 2009, and the analysis of the native variation carried out by geneticist Andrés Moreno (then at Stanford University), and his colleagues in recent years. Conclusions: The strategic decisions taken by scientists have consequences in the measurement and characterization of genetic variation in human populations, but also in the demographic and biomedical social practices related to their study. While the first strategy exhibits detailed genetic variation hidden in human populations, thus favoring precision and realism, the second tends to flatten individual differences and lose historical depth, but privileging the generalization and description of the broad features of a population.

Resumo Introdução: este artigo analisa duas estratégias de pesquisa colocada em prática em três projetos de estudo da genética humana no México, entre 1960 e 2009. Distinguimos entre uma estratégia que incorpora recursos multidisciplinares no desenho da amostragem, a análise e interpretação de dados (à qual chamamos de exibição), e uma que privilegia considerações pragmáticas sobre as análises multidisciplinares (a qual chamamos de aplanamento). Desenvolvimento: analisamos o trabalho do médico hematólogo Rubén Lisker na década de 1960, o mapeamento da diversidade genômica mexicana realizado por pesquisadores do Instituto Nacional de Medicina Genômica (INMEGEN) entre 2004 e 2009, e a análise da variação nativa levado a cabo pelo geneticista Andrés Moreno (para então na Universidade de Stanford), e seus colegas em anos recentes. Conclusões: as decisões estratégicas que tomam os científicos têm consequências na medição e caracterização da variação genética nas populações humanas, mas também sobre as práticas sociais demográficas e biomédicas relacionadas com o seu estudo. Enquanto a primeira estratégia exibe de forma detalhada a variação genética oculta nas populações humanas, favorecendo assim a precisão e o realismo, a segunda tende a aplanar as diferenças individuais e a perder profundidade histórica, mas privilegiando a generalização e a descrição dos grandes rasgos de uma população.

CO1-Based DNA barcoding for assessing diversity of Pteropus giganteus from the state of Azad Jammu Kashmir, Pakistan

Abstract The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.

Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

Genetic structure analysis of a Holstein cow population in Colombia / Análisis de la estructura genética de una población de bovinos Holstein en Colombia / Estrutura genética de uma população de bovinos da raça Holandesa na Colômbia

Background:genetic improvement in Colombia is limited by the lack of phenotypical and genealogical information. Additionally, molecular markers are important tools for studying the genetic structure of populations.Objective: to determine the structure of a population of Holstein cows in Antioquia, Colombia. Methods: a population of 1,800 animals distributed over 178 herds in 11 municipalities of Antioquia (Colombia) was genotyped using PCR-RFLP for gene polymorphisms of bovine growth hormone, kappa casein, prolactin, and BoLA DRB3.2. Population structure parameters, such as all Wright's F-statistics, were calculated and Hardy Weinberg equilibrium was determined. Analysis of molecular variance was carried out and Nei distances were estimated to determine population differentiation. Results: the total population was in Hardy Weinberg equilibrium for the four genes; however, kappa casein gene was in disequilibrium in some of the populations. Genetic structure of populations shows little genetic differentiation between them. Furthermore, a trend for outcrossing was found in most populations; this may be due to incorporation of imported semen into Colombia's dairy farms. The most genetically distant populations were in Marinilla and Rionegro municipalities due to their technological level and geographic location, which places them outside the scope of artificial insemination programs with foreign semen. Conclusion: the genetic similitude between populations of Holstein cows in Antioquia is due to their geographic proximity; therefore, their management of genetic conditions is very similar.

Antecedentes: el mejoramiento genético en Colombia está limitado por la deficiencia en la información fenotípica y genealógica existente. Los marcadores moleculares son una importante herramienta para el estudio de la estructura genética de poblaciones. Objetivo: el objetivo de esta investigación fue estudiar la estructura genética de una población de vacas Holstein del departamento de Antioquia, Colombia. Métodos: una población de 1.800 animales ubicados en 178 hatos de 11 Municipios del Departamento de Antioquia (Colombia) fueron genotipificados mediante la técnica de PCR-RFLP, para los polimorfismos de los genes de la hormona de crecimiento bovino, kappa caseína, Prolactina y BoLA DRB3.2. Los parámetros de estructura poblacional, como los estadísticos F-Wright, fueron calculados y el equilibrio de Hardy Weinberg determinado. Un análisis de varianza molecular fue llevado a cabo y las distancias de Nei estimadas para determinar la diferenciación poblacional. Resultados: se encontró, que la población total se encuentra en equilibrio de Hardy Weinberg para los cuatro genes, sin embargo el gen de la kappa caseina se encuentra en desequilibrio en algunas poblaciones particulares. Los resultados mostraron que la población tiene estructura genética con una pequeña diferenciación genética entre ellas. Además, se encontró tendencia a la exogamia en la mayoría de las poblaciones, producto quizás de la incorporación de semen importado en las ganaderías de leche del país. Las poblaciones más distanciadas genéticamente son Marinilla y Rionegro, poblaciones que por su nivel tecnológico y por su localización geográfica, han estado al margen de la influencia de los programas de inseminación artificial con semen extranjero, implementados en algunas de las demás subpoblaciones involucradas en la investigación. Conclusión: este estudio encontró similitud entre las poblaciones de vacas Holstein en Antioquia, la cual es debida a su proximidad geográfica; por esto el manejo de las condiciones genéticas es muy similar.

Antecedentes: o melhoramento genético na Colômbia é limitado pela deficiência de informação fenotípica e genealógica. Os marcadores moleculares são uma ferramenta importante para o estudo da estrutura genética de populações. Objetivo:o estudar a estrutura genética de uma população de vacas da raça Holandesa do departamento de Antioquia. Métodos: uma população de 1.800 animais em 178 rebanhos localizados em 11 municípios de Antioquia foram genotipados por PCR-RFLP, para os polimorfismos dos genes do hormônio de crescimento bovino, kappa caseína, prolactina e BoLA DRB3.2. Parâmetros de estrutura da população, como F-Wright estatísticas foram calculados e o estado de Hardy Weinberg determinado. Uma análise de variância molecular foi realizada, e as distâncias de Nei estimadas para determinar diferenciação da população. Resultados: verificou-se que a população total se encontra em equilíbrio de Hardy Weinberg para os quatro genes, além de encontrar um desvio do equilíbrio, no caso de kappa caseína gene em algumas populações específicas. Os resultados mostraram que a estrutura genética da população tem encontrado uma pequena diferenciação genética entre elas. Além disso, a tendência para a exogamia foi encontrada na maioria das populações, talvez seja consequência da incorporação de sêmen importado para o gado de leite no país. As populações geneticamente mais distantes foram Marinilla e Rionegro, populações que por sua localização geográfica e seu nível tecnológico, têm sido deixadas fora da influência de programas de inseminação artificial com o sêmen estrangeiro, estes programas têm sido utilizados em algumas das outras subpopulações envolvidas na pesquisa. Conclusão: este estudo constatou que a semelhança genética entre as populações de vacas holandesas em Antioquia é devida à sua proximidade geográfica, portanto, suas condições de manejo genéticas são muito semelhantes.

Sobre escravos e genes: “origens” e “processos” nos estudos da genética sobre a população brasileira / On slaves and genes: “origins” and “processes” in genetic studies of the Brazilian population

Neste artigo examino como geneticistas contemporâneos que pesquisam a história e a configuração da população brasileira interagem com outras disciplinas. Para tanto, tomei como estudo de caso artigos publicados por geneticistas que investigam a presença de variantes da hemoglobina S no Brasil, os quais pretendem claramente contribuir para a análise de questões como escravidão ou identidade étnica no país. Contrastando esses estudos com trabalhos contemporâneos da história e das ciências sociais, problematizo a centralidade explanatória da “origem” nos estudos genéticos analisados, bem como a falta de interação com questões epistemológicas de outras áreas do saber.

In this article I examine how contemporary geneticists investigating the history and configuration of the Brazilian population engage with other academic disciplines. To do so I use as a case study some articles published by geneticists researching the presence of hemoglobin S variants in Brazil, in which there is a clear pretension to contribute to the analysis of issues such as slavery or Brazil’s ethnic identity. By contrasting these studies with contemporary works from history and the social science, the explanatory centrality of “origin” in the genetic studies analyzed is problematized, as is the lack of interaction with the epistemological characteristics of other areas of knowledge.

Estrutura populacional e filogeografia de Panulirus argus (Latreille, 1804) / Population structure and phylogeography of Panulirus argus (Latreille, 1804)

Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional ...

Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene...

Ecologia molecular de ostras (Crassostrea spp. )do Atlântico Tropical / Molecular ecology of oysters (Crassostrea spp. ) from Tropical Atlantic

Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados ...

Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more ...

Genetic variability of a population of Aedes aegypti from Paraná, Brazil, using the mitochondrial ND4 gene / Variabilidade genética de uma população de Aedes aegypti do Paraná, Brasil, usando o gene mitocondrial ND4

Genetic variability of a population of Aedes aegypti from Paraná, Brazil, using the mitochondrial ND4 gene. To analyze the genetic variability of populations of Aedes aegypti, 156 samples were collected from 10 municipalities in the state of Paraná, Brazil. A 311 base pairs (bp) region of the NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) mitochondrial gene was examined. An analysis of this fragment identified eight distinct haplotypes. The mean genetic diversity was high (h = 0.702; p = 0.01556). AMOVA analysis indicated that most of the variation (67%) occurred within populations and the F ST value (0.32996) was highly significant. F ST values were significant in most comparisons among cities. The isolation by distance was not significant (r = -0.1216 and p = 0, 7550), indicating that genetic distance is not related to geographic distance. Neighbor-joining analysis showed two genetically distinct groups within Paraná. The DNA polymorphism and AMOVA data indicate a decreased gene flow in populations from Paraná, which can result in increased vectorial competence.

Variabilidade genética de uma população de Aedes aegypti do Paraná, Brasil, usando o gene mitocondrial ND4. Para analisar a variabilidade genética de populações de Aedes aegypti, 156 amostras foram coletadas em dez cidades do estado do Paraná, Brasil. Foi examinada a distribuição dos 311 pares de base do gene que codifica a subunidade 4 da enzima NADH desidrogenase. Pela amplificação e o sequenciamento deste fragmento foram identificados 8 haplótipos distintos. Os valores de diversidade genética foram altos (h = 0.702; p = 0.01556). A análise de AMOVA indicou que a maior variação ocorreu dentro das populações com um valor de FST de 0.32996 altamente significativo. Valores de FST foram significativos na maior das comparações entre as cidades. O isolamento por distância não foi significativo (r = -0.1216 e p = 0.755), indicando que a distância genética não está relacionada a distância geográfica. A análise de Neighbor-joining mostrou dois grupos genéticos distintos dentro do estado do Paraná, grupo I e grupo II. O polimorfismo de DNA e os dados de AMOVA indicam decréscimo de fluxo gênico no estado do Paraná, o que pode resultar em aumento da competência vetorial da população.

Comparação bayesiana de modelos com uma aplicação para o equilíbrio de Hardy-Weinberg usando o coeficiente de desequilíbrio / Bayesian comparison of models with an application to the Hardy-Weinberg equilibrium using the disequilibrium coefficient

O equilíbrio de Hardy-Weinberg é um dos principais assuntos estudados pela Genética de populações. Neste contexto, o presente trabalho aborda a análise e a comparação bayesiana de modelos utilizando o coeficiente de desequilíbrio (D A). Para isso, realizou-se um estudo de simulação no qual as seguintes distribuições a priori foram consideradas: Dirichlet (modelo 1); beta - função degrau uniforme (modelo 2); uniforme - função degrau uniforme (modelo 3); e as prioris independentes uniformes (modelo 4). Exemplos de aplicação a dados reais de grupos raciais também são apresentados e discutidos. As amostras das distribuições marginais a posteriori para os parâmetros de interesse foram obtidas mediante o algoritmo Metropolis-Hastings, o qual foi implementado no software livre R. A convergência das cadeias geradas por este algoritmo foi monitorada pelos critérios de Geweke e Gelman & Rubin, os quais estão implementados no pacote BOA do R. Quanto às comparações entre os modelos, efetuadas por meio do fator de Bayes, observa-se que, para os dados simulados, o modelo 4 é o mais indicado para os casos de D A=0,146, D A=0,02 e D A=-0,02 com n=200; o modelo 2 é o mais indicado para D A=-0,02 e n=50 e o modelo 3 é o mais indicado para D A=-0,02 e n=1000. Para os dados reais, em cada caso analisado, nota-se uma grande diferenciação na escolha de modelos, em que apenas o modelo 1 não é recomendado.

One of the main subjects studied by population genetics is the Hardy-Weinberg equilibrium. In this context, this paper addresses the analysis and comparison of bayesian models used in its evaluation by the coefficient of disequilibrium. For this, it was carried out a simulation study in which the following prior distributions were considered: Dirichlet (model 1), beta - uniform step function (model 2), uniform - uniform step function (model 3) and independent uniform priors (model 4). Examples of application to real data for racial groups are presented and discussed. Samples from the marginal posterior distributions for parameters of interest were obtained by Metropolis-Hastings algorithm, which was implemented in the software R. The convergence of the chains generated by this algorithm was monitored by criteria of Geweke and Gelman & Rubin, which are implemented in the BOA package R. Regarding comparisons between models, performed using the Bayes factor, it was observed that model 4 is the most suitable for the cases of D A=0.146, D A=0.02 and D A=-0.02 with n=200, the model 2 is the most suitable for D A=-0.02 with n=50 and the model 3 is the most suitable for D A=-0.02 and n=1000. For real data, in each case examined, there is a large difference in choice of models, where model 1 is the only one not recommended.

Genetics of two marine shrimp hatcheries of the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) in Pernambuco, Brazil / Genética de duas larviculturas de camarão branco do Pacífico Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) em Pernambuco, Brasil

The shrimp industry has grown significantly over the past 10 years in Brazil, especially the farmed production of the exotic Pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei. In 2004, this industry was marked by a productivity crisis, which stirred interest towards genetic improvement of shrimp stocks. Shrimp breeders importation was banned in Brazil by a govern Normative Instruction in 1997, as a sanitary precaution. Since then, broodstock replacement in hatcheries has been based on domestic stocks, raising concerns on the decline of genetic diversity and if the existing diversity would allow effective genetic improvement programs. In the present research, genetic parameters such as number of alleles, effective allele number, expected and observed heterozygosities, inbreeding coefficient, genetic differentiation index and deviation from Hardy-Weinberg equilibrium have estimated of two important commercial hatcheries in Northeast Brazil, genotyping 5 microsatellite loci. Effective allele number (3 to 10.5) and average observed and expected heterozygosities (0.480 and 0.680) were consistent with those reported for cultured and wild Penaeid populations. However, F IS positive values (0.381 for hatchery A and 0.249 for hatchery B) reflected a significant heterozygous deficiency within hatcheries (P<0.01). Nevertheless, we concluded that even after ten years of limited genetic input, it has been possible to maintain a high level of genetic variability, possibly due to the wide diverse origin of the founder broodstocks and the constant breeders exchange among hatcheries.

A carcinicultura cresceu significativamente no Brasil ao longo dos últimos 10 anos, especialmente a produção do camarão branco do Pacífico, o exótico Litopenaeus vannamei. Em 2004, a atividade foi marcada por uma crise na produção, que despertou interesse na implantação de programas de melhoramento dos estoques de camarão. A importação de crustáceos foi banida do Brasil por uma Instrução Normativa de 1997, como uma medida de precaução sanitária. Desde então, a reposição de matrizes nas larviculturas passou a ser conduzida com estoques domesticados, gerando preocupações sobre o possível declínio da diversidade genética e sobre a possibilidade de que a diversidade genética existente pudesse garantir ganhos efetivos em programas de melhoramento. No presente trabalho, parâmetros genéticos, tais como número de alelos, número de alelos efetivos, heterozigosidade esperada e observada, coeficiente de consanguinidade, coeficiente de diferenciação genética e desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg, foram estimados para duas importantes larviculturas comerciais do Nordeste do Brasil, por meio da genotipagem de cinco marcadores microssatélites. O número de alelos efetivos (3 a 10,5) e as heterozigosidades médias observada e esperada (0,480 e 0,680) foram consistentes com aqueles relatados para populações de peneídeos de cativeiro e selvagens. Entretanto, valores positivos de F IS (0,381 para a larvicultura A e de 0,249 para a larvicultura B) mostraram uma deficiência significativa de heterozigotos (P<0,01). Apesar disso, é possível concluir que, mesmo após 10 anos de proibição na importação de crustáceos, tem sido possível manter um alto nível de variabilidade genética, possivelmente devido a origens múltiplas do estoque de fundadores dessa espécie no Brasil e da constante troca de reprodutores entre larviculturas.

Spinocerebellar ataxias: microsatellite and allele frequency in unaffected and affected individuals / Ataxias espinocerebelares: freqüência de alelos e microsatélites em indivíduos normais e afetados

The diagnosis and incidence of spinocerebelar ataxias (SCA) is sometimes difficult to analyze due the overlap of phenotypes subtypes and are disorders of mutations caused by CAG trinucleotide repeat expansion. To investigate the incidence of the SCA in Southern Brazil, we analyzed the trinucleotide repeats (CAG)n at the SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 and SCA7 loci to identify allele size ranges and frequencies. We examined blood sample from 154 asymptomatic blood donors and 115 individuals with progressive ataxias. PCR products were submitted to capillary electrophoresis. In the blood donors, the ranges of the five loci were: SCA1, 19 to 36 (CAG)n; SCA2, 6 to 28 (CAG)n; SCA3, 12 to 34 (CAG)n; SCA6, 2 to 13 (CAG)n; and SCA7, 2 to 10 (CAG)n. No deviations from Hardy-Weinberg equilibrium were detected. In the ataxia group, we found (CAG)n above the range of the asymptomatic blood donors in SCA3 (21.74 percent) followed by SCA2 (5.22 percent), SCA7 (2.61 percent), SCA6 (0.87 percent), and no cases of SCA1. The remaining 80 cases (69.56 percent) have different diagnoses from the type here studied. These data defined the alleles and their frequencies, as well as demonstrated their stability in the population not affected. The molecular diagnosis test confirmed the clinical diagnosis in 28/45 cases and classified another 7/70 from the clinical unclassified ataxias group.

A incidência e o diagnóstico das ataxias espinocerebelares (SCA) é algumas vezes difícil de avaliar devido a sobreposição dos diversos subtipos e por algumas serem devido a mutações das expansões do mesmo trinucleotídeo CAG. Para investigar a incidências das SCA no sul do Brasil, analisamos as repetições do trinucleotídeo (CAG)n nos loci das SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 e SCA7, a fim de identificar os seus limites e freqüência. Examinamos o sangue de 154 doadores de sangue assintomáticos e 115 pacientes com ataxias progressivas. O produto do PCR do sangue foi submetido a eletroforese capilar. Nos doadores de sangue, as expansões encontradas nos cinco loci foram: SCA1, 19 a 36 (CAG)n; SCA2, 6 a 28 (CAG)n; SCA3, 12 a 34 (CAG)n; SCA6, 2 a 13 (CAG)n; and SCA7, 2 a 10 (CAG)n. Não foi detectado desequilíbrio na equação de Hardy-Weinberg. No grupo das ataxias encontramos repetições CAG acima das freqüências dos doadores de sangue na SCA3 (21,7 por cento), seguido da SCA2 (5,22 por cento), SCA7 (2,61 por cento), SCA6 (0,8 por cento) e não foi encontrado nenhum caso de SCA1. Os 80 casos restantes (69,56 por cento) devem ter uma forma de ataxia diferente das aqui estudadas. Esses dados definem os alelos e suas freqüências, bem como demonstram a sua estabilidade na população não afetada. O diagnóstico molecular confirmou o diagnóstico clínico em 28/45 dos casos e permitiu classificar outros 7/70 que pertenciam ao grupo de ataxias clinicamente não classificadas.

Variabilidade Genética em Populações de Aedes aegypti (L. ) (Diptera: Culicidae) Utilizando Marcadores de RAPD / Genetic Variability in Aedes aegypti (L. ) (Diptera: Culicidae) Populations Using RAPD Markers

Aedes aegypti (L.) é vetor de importantes doenças como a febre amarela e a dengue, presentes em regiões tropicais e subtropicais. Para o sucesso no seu controle biológico é importante conhecer a estrutura genética e os mecanismos que resultaram na diversidade das populações. O objetivo deste estudo foi analisar a variabilidade genética de diferentes populações de A. aegypti utilizando marcadores de RAPD (Polimorfismo de DNA amplificado ao acaso). DNA de dez larvas coletadas a partir de três populações de diferentes localidades foi analisado usando dez iniciadores de RAPD. Os resultados indicaram a existência de variabilidade genética inter e intrapopulacional. Isso foi confirmado por um dendrograma que agrupou as populações em dois blocos principais com similaridade genética de 24 por cento. Em um desses agrupamentos foi possível distinguir duas populações que apresentaram grau de similaridade de 50 por cento. A diversidade genética entre as populações (55,01 por cento) foi mais elevada que a diversidade genética dentro das populações (44,99 por cento) aplicando-se análise por AMOVA. Altos níveis de polimorfismo genético (Ht = 0.2656) e de diferenciação genética entre as populações (Gst = 0.3689) foram observados. Além disso, o protocolo de extração de DNA adotado mostrou-se eficiente para a análise do inseto independente do seu estágio de desenvolvimento, evitando-se o acréscimo de reagentes ou etapas adicionais de processamento. Futuros experimentos poderão ser realizados para confirmar se a variabilidade observada pode estar ligada às características de resistência de cada população a um determinado pesticida.

Aedes aegypti (L.) is an important vector of diseases such as the yellow fever and dengue, present in tropical and subtropical regions. The objective of this study was to analyze the genetic variability of different A. aegypti populations using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) markers as a basic study to support the use of biocontrol strategies. DNA of ten collected larvae from three different populations were analyzed using ten RAPD primers. The results indicated the existence of genetic variability inter and intrapopulation. This was confirmed by a dendrogram that grouped the populations in two main clusters with a genetic similarity of 24 percent. In one of these clusters, it was possible to distinguish two populations that showed 50 percent similarity. The molecular variance analysis indicated that the interpopulation genetic diversity (55,01 percent) was higher than the intrapopulation genetic diversity (44,99 percent). A high genetic polymorphism (Ht = 0.2656) and high levels of genetic differentiation between populations (Gst = 0.3689) were found. The adopted DNA extraction protocol proved to be efficient regardless the insect development stage used, avoiding the addition of reagents or additional stages of processing. Future experiments can be performed to confirm if the detected variability is related to the resistance characteristics of each population to a determined pesticide.

The many faces of epidemiology: evolutionary epidemiology / As muitas faces da epidemiologia: epidemiologia evolucionária

We review important issues revealed by the application of the evolutionary theory to epidemiological problems. The scope is restricted to infectious diseases and the evolution of virulence as a consequence of public health strategies to control transmission. We focus on the discussion about the possibility of virulence management and explore current scenarios in which recent advances in molecular biology and genetics offer new tools to monitor and change diversity among pathogens, vertebrate and invertebrate hosts. We stress the need to integrate the analytical framework of epidemiology into population genetics and evolutionary theory. We anticipate as an outcome of this process the development of study designs and analytical tools to predict the evolutionary implications of control measures in the population and surveillance mechanisms to continuously monitor the changes in pathogen virulence patterns. Communication among modelers, epidemiologists and molecular biologists is essential in order to design model-driven field trials and to develop data-driven analytical tools leading to conclusive findings that can inform the public health oriented decision making process.

Apresentamos os principais conceitos relacionados à aplicação da teoria evolutiva a problemas epidemiológicos. Limitamo-nos às doenças infecciosas e à evolução da virulência como conseqüência das estratégias de controle da transmissão em saúde pública. Nosso foco é voltado à discussão sobre a possibilidade de controle da virulência e exploramos possíveis cenários atuais em que os avanços recentes em biologia molecular e genética oferecem novas ferramentas de controle e monitoramento de variações na diversidade em patógenos e hospedeiros. Chamamos a atenção para a necessidade de integrar a estrutura analítica da epidemiologia com a genética de populações e a teoria evolutiva. Seguindo a tradição epidemiológica, antecipamos como resultado deste processo o desenvolvimento de desenhos de estudos e ferramentas analíticas de predição das implicações evolutivas das medidas de controle usadas em populações e mecanismos de vigilância que permitam o monitoramento contínuo de mudanças nos padrões de virulência de patógenos. A comunicação entre modeladores, epidemiologistas e biologistas moleculares torna-se essencial ao desenho de ensaios de campo motivados por dados empíricos e ao desenvolvimento de ferramentas analíticas que possam informar o processo de decisão orientado aos problemas em saúde pública.

Population structuring of the endemic black-cheeked gnateater, Conopophaga melanops melanops (Vieillot, 1818) (Aves, Conopophagidae), in the Brazilian Atlantic Forest

Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to analyze genetic differentiation among three populations of the endemic Black-cheeked Gnateater (Conopophaga melanops melanops) within a larger pristine reminiscent of the Brazilian Atlantic Forest. Analyses of molecular variance (AMOVA) (phiST = 0.13149, P < 0.0001) and the nonparametric test for homogeneity of the molecular variance (HOMOVA) (B = 0.32337; P = 0.0019) showed a statistically significant genetic divergence among the three Black-cheeked Gnateater populations in a continuous transect of 250 km. Some hypothetic explanations for these results are the sedentary nature of the species and the historical isolation of the populations in refuges during the Pleistocene. The present results suggest that the local populations were naturally differentiated along the entire original range before the recent process of massive deforestation.

Marcadores polimórficos de DNA amplificados ao acaso (RAPD) foram utilizados para analisar a diferenciação genética entre três populações do endêmico cuspidor-de-máscara preta (Conopophaga melanops melanops) de um amplo remanescente preservado da floresta Atlântica brasileira. Análises de Variância Molecular (AMOVA) (fiST = 0,13149, P < 0,0001) e o teste não paramétrico para a homogeneidade da variância molecular (HOMOVA) (B = 0,32337; P = 0,0019) comprovaram uma divergência genética significativa entre as três populações em um transecto contínuo de 250 km. Algumas explicações hipotéticas para estes resultados são a natureza sedentária da espécie e o isolamento histórico das populações em refúgios durante o Pleistoceno. Os presentes resultados sugerem que as populações locais foram diferenciadas naturalmente ao longo da distribuição original antes do recente processo de intenso desmatamento.