Effect of Spatial Contiguity on Learning Sequences of Positions / Efecto de la contigüidad espacial sobre el aprendizaje de secuencias de posiciones

Abstract Four conditions of spatial contiguity of positions were used to assess sequence learning. Two sequences of 16 and 25 positions presented in two matrices of 4x4 and 5x5 respectively were used. Within each matrix, 4 (in the 4x4 matrix) or 6 positions (in the 5x5 matrix) presented spatial contiguity. The place at the sequence in which contiguous positions occurred varied across groups. In this way, spatial contiguity of the 4 or 6 positions was presented at the beginning of the sequence (Group 1), in the middle part (Group 2), at the end of the sequence (Group 3) or it was presented a sequence in which all positions occurred without spatial contiguity (Group 4). 28 undergraduate students participated. Results showed no differences among groups in the number of trials required to reproduce the sequence correctly. Number of errors was lower when contiguous positions were presented at the beginning of the sequence. These findings are explained as a possible effect of accentuation of primacy given by the occurrence of contiguous positions at the beginning of the sequence.

Resumen Cuatro condiciones de contigüidad espacial de posiciones fueron empleadas para evaluar el aprendizaje de secuencias. Se emplearon dos secuencias de 16 y 25 posiciones presentadas en dos matrices de 4x4 y 5x5, respectivamente. Dentro de cada matriz, 4 (en la matriz de 4x4) o 6 posiciones (en la matriz de 5x5) presentaron contigüidad espacial. Entre grupos, se varió el punto de la secuencia en el que se presentaron las posiciones contiguas. De este modo, la contigüidad espacial de las 4 o 6 posiciones se presentó al inicio de la secuencia (Grupo 1), en la parte media (Grupo 2), al final de la secuencia (Grupo 3), o bien, se presentó una secuencia en la que todas las posiciones ocurrieron sin contigüidad espacial (Grupo 4). Participaron 28 estudiantes de licenciatura. Los resultados no mostraron diferencias entre grupos en cuanto al número de ensayos requeridos para reproducir la secuencia correctamente. El número de errores fue menor cuando las posiciones contiguas se presentaron al inicio de la secuencia. Los hallazgos se explican a partir de un posible efecto de acentuación de la primacía, dado por la ocurrencia de posiciones contiguas al inicio de la secuencia.

Molecular and functional study of pediatric patients with Niemann-Pick C in Argentina / Estudio molecular y funcional de pacientes pediátricos con Niemann-Pick C en Argentina

Abstract Niemann-Pick type C (NP-C) is a rare, autosomal recessive disorder. At least 95% of all the cases with this disease are due to mutations in the NPC1 gene. The clinical signs and symptoms of NP-C are classified into visceral, neurological and psychiatric. Our aim is to report the clinical findings, molecular results and filipin staining of 4 patients. The age of onset, expressed as median and range, was 0.2 (0.08-4.0) years and the age of diagnosis was 4.0 (2.5-8.9) years. Neurological and/or visceral manifestations were presented in our patients. Foamy cells in bone marrow biopsy were found in two patients. Through a molecular analysis of NPC1 gene, one non-reported (novel) and 4 previously described mutations were found. The filipin staining showed a positive pattern in all the patients. The diagnostic confirmation of these pediatric patients means a contribution to the casuistry of this disease in Argentina.

Resumen Niemann-Pick tipo C (NP-C) es una enfermedad poco frecuente, con un patrón de herencia au tosómico recesivo. Al menos el 95% de los casos se producen por mutaciones en el gen NPC1. Los signos y síntomas clínicos de NP-C se clasifican en viscerales, neurológicos y psiquiátricos. En este trabajo presentamos los hallazgos clínicos, los resultados moleculares y la tinción con filipina de 4 pacientes con NP-C. La edad de presentación de los primeros síntomas, expresada como mediana y rango, fue de 0.2 años (0.08-4.0) años y la edad del diagnóstico fue 4.0 (2.5-8.9) años. Los pacientes presentaron manifestaciones neurológicas y / o vis cerales. Se encontraron células espumosas en la biopsia de médula ósea en 2 pacientes. El análisis molecular del gen NPC1 encontró 1 variante nueva y 4 previamente publicadas. La tinción de filipina mostró un patrón positivo en todos los pacientes. La confirmación diagnóstica de este grupo de pacientes pediátricos significa un aporte a la casuística de esta enfermedad en Argentina.

APLICACIÓN DEL MODELO DE PÉRDIDA DE ADN PARA EL DISEÑO DE CEBADORES EN Potamotrygon magdalenae (POTAMOTRYGONIDAE) / Application of the model of DNA loss for desing of primers in Potamotrygon magdalenae (Potamotrygonidae)

RESUMEN El diseño de cebadores es fundamental para amplificar regiones de genes debido a que la especificidad que mantienen cebador-secuencia de interés puede causar el éxito o fracaso en la reacción de PCR. En relación a Potamotrygon magdalenae (especie de interés de acuerdo al PAN Tiburones-Colombia), existe poca información disponible de aspectos relacionados con la genética poblacional de esta Raya. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar cebadores bajo los criterios del Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), que permitan evaluar el estado genético de las poblaciones de P. magdalenae. Alineamos secuencias de la superfamilia Dayastoidea, disponibles en el NCBI, de los genes mitocondriales Citocromo C Oxidasa 1 (MT-CO1) y Citocromo b (MT-CYB). Seguimos los parámetros Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0,2) y Terminalgap penalties (0,1) y seleccionamos dos pares de cebadores de acuerdo con el DNA-LM. Estimamos el producto amplificado del gen MT-CO1 en 916 pb y del gen MT-CYB en 774 pb, en muestras de P. magdalenae procedentes de diferentes ciénagas del Magdalena medio. Discutimos los resultados desde la perspectiva de validar la especificidad de los cebadores diseñados, teniendo en cuenta la correspondencia e identidad de las secuencias de los genes considerados. Los cebadores aquí reportados pueden contribuir a ampliar el conocimiento de la genética poblacional, biogeografía y filogenética de la raya de agua dulce P. magdalenae.

ABSTRACT The primer design is critical for amplifying gene regions because the specificity that primer-sequence maintain can cause success or failure in the PCR reaction. Concerning Potamotrygon magdalenae (a species of interest according to the PAN Tiburones-Colombia), there is little information available about aspects related to population genetics of this river stingray. This study aimed to design primers under DNA Loss Model (DNA-LM) criteria, which will allow assessing the genetics status of populations of P. magdalenae. We aligned sequences from the superfamily Dayastoidea, available in the NCBI, of the mitochondrial genes Cytochrome C Oxidase 1 (MT-CO1) and Cytochromeb (MT-CYB). We followed the parameters Gap open penalty (5), Gap extension penalty (0.2) and Terminal gap penalties (0.1) and selected two pairs of primers according to the DNA-LM. We calculated the amplified product of the MT-CO1 gene in 916 pb and the MT-CYB gene in 774 pb in samples from different swamps of the middle Magdalena. We discussed the results from the perspective of validating the specificity of the primers designed, considering the correspondence and identity of gene sequences considered. The primers reported here will contribute to broadening the knowledge of population genetics, biogeography and phylogenetic of the river stingray P. magdalenae.

Portación nasal, antibiotipo y genotipo de cepas de Staphylococcus aureus aisladas en estudiantes de Medicina y de Enfermería Campus San Felipe, Universidad de Valparaíso, Chile, durante el año 2017 / Nasal carriage, antibiotype and genotype of isolated Staphylococcus aureus from Medicine and Nursing students of Campus San Felipe, University of Valparaiso, Chile, during 2017

INTRODUCCIÓN. Staphylococcus aureus es parte de la microbiota nasal en 20-30% de la población general, colonización que constituye un reservorio para su transmisión, lo que es preocupante en cepas resistentes a meticilina (SARM). OBJETIVO: Determinar la prevalencia de S. aureus en estudiantes de Medicina y Enfermería del Campus San Felipe y caracterizar sus aislamientos. MATERIAL Y MÉTODOS: El 2017 se midió la portación nasal a 225 estudiantes, a las cepas aisladas se le analizó su antibiotipo por difusión en agar, la relación clonal por electroforesis de campo pulsado y MLST. En SARM se determinó el cassette SCCmec y gen de la leucocidina de Panton-Valentine. RESULTADOS: 61 estudiantes portaron S. aureus (27,1%) incluyendo dos cepas SARM (0,9%). Staphylococcus aureus mostró resistencia a penicilina (75%), eritromicina (14%) y clindamicina (10%), cloranfenicol (1,6%) y levofloxacina, oxacilina, cefoxitina (3,3%). Se diferenciaron diecinueve pulsotipos y el secuenciotipo coincidió con complejos clonales descritos a nivel mundial en portadores de S. aureus: CC30, CC8, CC97, CC15, CC22 y CC1. Las dos cepas SARM correspondieron con los clones chileno/cordobés y USA100NY/J, ambas del CC5. CONCLUSIÓN: La portación nasal de S. aureus y SARM en los estudiantes coincidió con la portación en la población general y las cepas sensibles a meticilina mostraron diversidad clonal y alta susceptibilidad antimicrobiana, exceptuando a penicilina.

BACKGROUND: Staphylococcus aureus is part of the nasal microbiota in 20-30% of the population. This colonization is also a reservoir for its dissemination, which is worrying in the case of strains with resistance to methicillin (MRSA). AIM: To determine S. aureus nasal carriage in nursing and medical students of San Felipe Campus and characterize theirs isolates. METHODS: During 2017, nasal swabs were taken from 225 students and seeded in salt manitol agar. Antibiotypes were determined by agar diffusion and the genetic clonality was assessed by PFGE and MLST in isolated S. aureus. SCCmec cassette and Panton-Valentine leukocidin gene (pvl) presence were determined in the MRSA isolates. RESULTS: 61 students carried S. aureus (27.1%) including two MRSA strains (0.9%). S. aureus showed resistance to penicillin (75%), erythromycin (14%) and clindamycin (10%), chloramphenicol (1.6%) and levofloxacin, oxacillin, cefoxitin (3.3%). Nineteen PFGE-types were differentiated, and their sequence-types coincided with main clonal complexes described in S. aureus carriers from different places worldwide: CC30, CC8, CC97, CC15, CC22 and CC1. MRSA strains belonged to CC5 and they corresponded to the Chilean/Cordobes and USA100NY/J clones. CONCLUSION: Nasal carriage of S. aureus and MRSA in students, coincided with the general population and sensitive-methicillin strains showed clonal diversity and high antimicrobial susceptibility except for penicillin.

EFECTO DEL FILTRADO DE SECUENCIAS EN EL ENSAMBLADO DEL GENOMA DE Bacillus altitudinis 19RS3 AISLADO DE Ilex paraguariensis / Effect of sequence filtering on the assembly of the Bacillus altitudinis 19RS3 genome isolated from Ilex paraguariensis

RESUMEN El filtrado de secuencias es un paso esencial sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, en el cual las lecturas de baja calidad o una parte son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor del N50, definido como la longitud del cóntigo que representa el 50 % de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de Bacillus altitudinis 19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el software FastqC y se filtraron las lecturas con el softwareTrimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el software SPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis 19RS3 se obtuvo a partir de las lecturas filtradas con el valor de k-mer 79, que generó 16 cóntigos mayores a 500 pb con un N50 de 931 914 pb y el cóntigo más largo de 966 271 pb.

ABSTRACT Sequence filtering is an essential step regardless of the type of technology applied for sequencing a genome, in which low-quality readings or a portion are eliminated. In an assembly, the construction of a genome is carried out from the union of short reads in contigs. Some assemblers measure the relationship between sequences of a fixed length (k-mer) that can be affected by the presence of low-quality sequences. A common approach to evaluating assemblies is based on the analysis of the number of contigs, the length of the longest contig, and the value of N50 defined as the length of the contig representing 50 % of the length of the assembly. In this context, the objective of this study was to evaluate the effect of the use of crude and filtered reads on the values of the quality parameters obtained from the genome assembly of Bacillus altituidinis 19RS3 isolated from Ilex paraguariensis. The quality analysis of both starting files was performed with the FastqC software and the readings were filtered with the Trimmomatic software. The SPAdes software was used for the assembly and the QUAST tool for its evaluation. The best assembly for B. altitudinis 19RS3 was obtained from the filtered readings with the value of k-mer 79, which generated 16 contigs greater than 500 bp with a N50 of 931 914 bp and the longest contig of 966 271 bp.

Análisis de los resultados de un programa de calidad en cuidados paliativos para los últimos días de vida. Diez años de experiencia / Analysis of the results of a palliative care quality program for the last days of life: ten years of experience

Las secuencias integradas de cuidado para últimos días de vida proponen estándares de calidad para optimizar la atención de pacientes y familias. Se implementó el Programa Asistencial Multidisciplinario Pallium (PAMPA ©) basado en estándares del International Collaborative for Best Care for the Dying Person en cuatro fases: inducción, implementación, diseminación y sustentabilidad, en cinco centros de salud en Argentina, entre 2008 y 2018. Se incluyeron 1237 pacientes adultos en situación de últimos días de vida, en seguimiento por equipos de cuidados paliativos entrenados en el PAMPA ©. Se efectuó una auditoría antes y después de la ejecución del programa, aún en curso. El rango de medianas de permanencia en los cinco centros desde el inicio de la secuencia hasta el fallecimiento fue de 16 a 178 horas. Se compararon objetivos de cuidado: control de síntomas, comunicación, necesidades multidimensionales, hidratación y nutrición, documentación de intervenciones y cuidados post mortem. El análisis conjunto mostró una mejoría del número de registros (p = 0.001). La comunicación del plan de cuidados con el paciente no mostró diferencias (p = 0.173). Se realizó capacitación y supervisión permanente a los equipos profesionales de quienes se registraron percepciones de la implementación. Los principales emergentes de este análisis cualitativo fueron: actitudes ante el programa, aportes fundamentales, fortalezas, debilidades y definición subjetiva del programa, reconocimiento de las singularidades culturales institucionales y su influencia en el cuidado. El PAMPA © demostró la factibilidad de un modelo de atención para pacientes y familias en final de vida, basado en estándares de calidad internacionales

The integrated care pathways for the last days of life propose quality standards optimizing the care of patients and families. The Pallium Multidisciplinary Assistance Program (PAMPA ©) was implemented based on standards of the International Collaborative for Best Care for the Dying Person in 4 phases: induction, implementation, dissemination and sustainability, in five health centers in Argentina, between 2008 and 2018. A total of 1237 adult patients in the last days of life were included and cared for by palliative care teams trained in PAMPA ©. An audit was conducted before and after the implementation of the Program, which is still going on. The median range of follow up into five centers from the beginning of the pathway until death varied from 16 to 178 hours. Care goals were compared: symptom control, communication, multidimensional needs, hydration and nutrition, documentation of interventions and post-mortem care. The overall analysis showed an improvement in the number of records (p = 0.001). The goal of communication on care plan to the patient showed no difference (p = 0.173). Continuous training, support and permanent teams' supervision were carried out and perceptions and impact of the implementation were registered. The main emerging items of the qualitative analysis were attitudes towards the program, fundamental contributions, strengths, weaknesses and subjective definition of the program, recognition of institutional cultural singularities and its influence on care. PAMPA © demonstrated its feasibility as a model of end of life care for patients and families, based on international quality standards

Dez anos de experiência. Resumo: As sequências integradas de cuidado para últimos dias de vida propõem padrões de qualidade para otimizar a atenção de pacientes e famílias. Implementou-se o Programa Assistencial Multidisciplinar Pallium (PAMPA ©) baseado em parâmetros do International Collaborative for Best Care for the Dying Person em quatro fases: indução, implementação, disseminação e sustentabilidade, em cinco centros de saúde na Argentina, entre 2008 e 2018. Se incluíram 1237 pacientes adultos em situação terminal, assistidos por equipes de cuidados paliativos treinadas no PAMPA ©. Fez-se uma auditoria antes e despois da execução do programa, que ainda está sendo desenvolvido. A média de permanência nos cinco centros desde o início da sequência até a morte deu entre 16 a 178 horas. Conferiram-se objetivos de cuidado: controle de sintomas, comunicação, necessidades multidimensionais, hidratação e nutrição, documentação de intervenções e cuidados post mortem.A análise conjunta tem evidenciado uma melhora do número de registros (p = 0.001). A comunicação do regime de cuidados com o paciente não mostrou diferenças (p = 0.173). Realizou-se capacitação e supervisão permanente às equipes profissionais e se registraram as percepções da implementação.Desta análise qualitativa surgiram notadamente: atitudes em fase do programa, contribuições fundamentais, fortalezas, fraquezas e definição subjetiva do programa, reconhecimento das singularidades culturais institucionais e sua influência no cuidado. O PAMPA © demonstrou a factibilidade de um modelo de atendimento para pacientes e famílias em estado terminal, baseado em padrões de qualidade internacionais

Evaluación auténtica como alternativa para la mejora en el proceso de enseñanza - aprendizaje de educación física en escuelas primarias / Authentic evaluation: an alternative to improve the teaching - learning process in primary school physical education

El objetivo de esta investigación fue examinar las estrategias, instrumentos y criterios de evaluación auténtica que aplican los maestros de educación física en nivel primaria, en función de la planificación y la aplicación de secuencias didácticas previamente establecidas para su proceso de intervención en el aula. Participaron voluntariamente tres maestros de educación física de tres diferentes escuelas, una escuela federal, una estatal y una privada en el estado de Chihuahua, México. El trabajo de investigación se caracterizó como un estudio de casos múltiple donde los maestros participaron en un taller de evaluación auténtica y elaboraron secuencias didácticas que fueron implementadas para examinar la aplicación de estrategias e instrumentos de evaluación auténtica. El análisis cualitativo de las observaciones, cuestionarios y entrevistas sugieren que la aplicación de dichas secuencias didácticas, junto con la implementación de una evaluación auténtica, favoreció el desempeño docente y enriqueció el ambiente de aprendizaje. Las implicaciones del estudio apuntan hacia la necesidad de formalizar y sistematizar la aplicación de estrategias e instrumentos de evaluación auténtica en la educación básica, cuando estos están directamente relacionados con las secuencias didácticas y los contenidos curriculares.

The aim of this study was to examine the strategies, instruments, and criteria of authentic evaluation that physical education teachers apply at the primary level, based on the planning and application of didactic sequences previously established for an intervention process. Initially and voluntarily, three physical education teachers participated from three different schools, one federal, one state, and one private, in Chihuahua State, Mexico. The research project was characterized as a multiple case study, where teachers participated in an authentic evaluation workshop and developed didactic sequences that were implemented to examine the application of strategies and instruments of authentic evaluation. The qualitative analysis of the observations, questionnaires, and interviews suggest that the application of these didactic sequences together with the use of authentic evaluation strategies, favored teaching performance and enriched the learning environment. The implications of the study point to the need to formalize and systematize the application of authentic evaluation strategies and instruments within basic education when these are causally related to the didactic sequencesand the curriculum content.

Métodos y desafíos en la medición de desigualdades sociales en salud de Cuba / Methods and challenges in the measurement of social inequalities in health of Cuba

Introducción: Los individuos en posiciones de desventaja socioeconómica presentan un mayor riesgo de sufrir enfermedades. En Cuba, las ciencias sociales investigan sobre la inequidad social desde enfoques diferentes, en los que prevalecen las técnicas cualitativas con poca divulgación de los métodos cuantitativos que permitan la localización de desigualdades. Objetivo: Proponer un procedimiento para medir las desigualdades sociales en salud en el contexto cubano con el empleo de métodos cuantitativos. Métodos: Revisión bibliográfica sobre las técnicas y sus fundamentos. Se compararon los métodos según desafíos metodológicos, estructura de la información de entrada, ventajas y limitantes, interpretación de los resultados, posibilidades para capturar la desigualdad y software disponible para cada técnica. Se propusieron etapas para la medición de las desigualdades sociales en salud de acuerdo con la comparación realizada, los desafíos metodológicos planteados en las investigaciones, las alternativas metodológicas propuestas y la experticia de los investigadores. Conclusiones: Entre las limitantes de los métodos clásicos está la necesidad de tener datos hasta el nivel mínimo de análisis. El agrupamiento tiene como desafío metodológico el diseño de una extracción de rasgos. El análisis multinivel asume que los efectos contextuales son los mismos para todos los individuos dentro de los grupos a lo largo del tiempo. Esta dificultad es resuelta por el análisis de secuencias sociales. El requerimiento de datos longitudinales es el mayor impedimento de esta técnica para su utilización en Cuba(AU)

Introduction: Individuals in positions of socio-economic disadvantage are at increased risk for diseases. In Cuba, the social sciences research on social inequity from different approaches, in which prevail the qualitative techniques with little disclosure of quantitative methods that allow the location of inequalities. Objective: To propose a procedure for measuring social inequalities in health in the Cuban context with the use of quantitative methods. Methods: Bibliographical review on the techniques and their fundamentals. The methods were compared according to the methodological challenges, the structure of the entry information, advantages and limiting factors, interpretation of the results, possibility to capture inequality, and software available for each technique. There were proposed stages for measuring the social inequalities in health according with the comparison made, the methodological challenges posed in the researches, the methodological alternatives proposed and the expertise of the researchers. Conclusions: Among the limitations of the classical methods is the need to have data up to the minimum level of analysis. Grouping has as methodological challenge the design of a removal of features. Multilevel analysis assumes that the contextual effects are the same for all individuals within groups over time. This difficulty is solved by the analysis of social scripts. The requirement of longitudinal data is the biggest handicap of this technique for its use in Cuba(AU)

Métodos y desafíos en la medición de desigualdades sociales en salud de Cuba / Methods and challenges in the measurement of social inequalities in health of Cuba

RESUMEN Introducción: Los individuos en posiciones de desventaja socioeconómica presentan un mayor riesgo de sufrir enfermedades. En Cuba, las ciencias sociales investigan sobre la inequidad social desde enfoques diferentes, en los que prevalecen las técnicas cualitativas con poca divulgación de los métodos cuantitativos que permitan la localización de desigualdades. Objetivo: Proponer un procedimiento para medir las desigualdades sociales en salud en el contexto cubano con el empleo de métodos cuantitativos. Métodos: Revisión bibliográfica sobre las técnicas y sus fundamentos. Se compararon los métodos según desafíos metodológicos, estructura de la información de entrada, ventajas y limitantes, interpretación de los resultados, posibilidades para capturar la desigualdad y software disponible para cada técnica. Se propusieron etapas para la medición de las desigualdades sociales en salud de acuerdo con la comparación realizada, los desafíos metodológicos planteados en las investigaciones, las alternativas metodológicas propuestas y la experticia de los investigadores. Conclusiones: Entre las limitantes de los métodos clásicos está la necesidad de tener datos hasta el nivel mínimo de análisis. El agrupamiento tiene como desafío metodológico el diseño de una extracción de rasgos. El análisis multinivel asume que los efectos contextuales son los mismos para todos los individuos dentro de los grupos a lo largo del tiempo. Esta dificultad es resuelta por el análisis de secuencias sociales. El requerimiento de datos longitudinales es el mayor impedimento de esta técnica para su utilización en Cuba.

ABSTRACT Introduction: Individuals in positions of socio-economic disadvantage are at increased risk for diseases. In Cuba, the social sciences research on social inequity from different approaches, in which prevail the qualitative techniques with little disclosure of quantitative methods that allow the location of inequalities. Objective: To propose a procedure for measuring social inequalities in health in the Cuban context with the use of quantitative methods. Methods: Bibliographical review on the techniques and their fundamentals. The methods were compared according to the methodological challenges, the structure of the entry information, advantages and limiting factors, interpretation of the results, possibility to capture inequality, and software available for each technique. There were proposed stages for measuring the social inequalities in health according with the comparison made, the methodological challenges posed in the researches, the methodological alternatives proposed and the expertise of the researchers. Conclusions: Among the limitations of the classical methods is the need to have data up to the minimum level of analysis. Grouping has as methodological challenge the design of a removal of features. Multilevel analysis assumes that the contextual effects are the same for all individuals within groups over time. This difficulty is solved by the analysis of social scripts. The requirement of longitudinal data is the biggest handicap of this technique for its use in Cuba.

Diseminación clonal de KPC-2 en Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos / Clonal dissemination of KPC-2 in carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae

Objetivo: Determinar los mecanismos de resistencia antibiótica y la epidemiología molecular de aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistentes a carbapenémicos. Materiales y métodos: 30 aislados multirresistentes de K. pneumoniae fueron obtenidos a partir de: urocultivo, aspirado traqueal, secreción de herida, sonda vesical, hemocultivo, líquido peritoneal, punta de catéter, colección abdominal y secreción bronquial. Los aislados fueron colectados de noviembre de 2012 a abril de 2013. La identificación y susceptibilidad antibiótica fue determinada por el sistema automatizado VITEK 2. Para la amplificación de genes de resistencia se empleó PCR, la determinación de las Secuencias Tipo (ST) fue obtenida por tipificación multilocus de secuencias (MLST) y la relación clonal fue establecida por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE). Resultados: Todos los aislados mostraron fenotipos multirresistentes, excepto a colistina y tigeciclina. El 100% de los aislados fue productor de la carbapenemasa KPC-2. La determinación de la presencia de genes codificantes de β-lactamasas de Espectro Extendido mostró que el 67% de los aislados fue positivo para el gen blaCTX-M, el 100% fue positivo para el gen blaSHV y 93% fue positivo para el gen blaTEM. El análisis de la relación clonal de los 30 aislados agrupó a 20 en un mismo pulso tipo. El análisis por MLST demostró que la ST predominante fue ST258 presente en el 60% de la población, seguida de ST1199 presente en el 20% de la población analizada. Conclusiones: Los resultados obtenidos demuestran la importancia de implementar y combinar estudios epidemiológicos, clínicos y moleculares para comprender la distribución de la resistencia entre bacterias de interés clínico.

Objective: To determine the mechanism of antibiotic resistance and molecular epidemiology of carbapenem resistant isolates of Klebsiella pneumoniae. Materials and Methods: 30 multidrug resistant isolates of K. pneumoniae were obtained from urine culture, tracheal aspirate, wound secretion, bladder catheter, blood culture, peritoneal fluid, catheter tip, abdominal collection, and bronchial secretion. K. pneumoniae isolates were collected between November 2012 and April 2013. Identification and susceptibility were determined by the VITEK 2 system. Resistance genes were identified by PCR, sequence type (ST) was established by multilocus sequence typing (MLST), and clonal relationship was defined by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Results: All isolates were multidrug resistant and susceptible to colistin and tigecycline. 100% of isolates produced KPC-2 carbapenemase. This study detected Extended Spectrum β-Lactamases enconding genes. 67% of isolates were positive for blaCTX-M, 100% were positive for blaSHV, and 93% of isolates were positive for blaTEM. Analysis of the clonal relationship clustered 20 isolates in the same clonal complex. Multilocus sequence typing showed the predominant sequence type ST 258 in 60% of population. ST 1199 were present in 20% of bacterial population. Conclusion: Molecular epidemiology, clinical research and molecular biology studies improve understanding of mechanisms of resistance distribution among bacteria of clinical interest.

Paciente masculino con cariotipo 46 XX negativo para el gen SRY y sin ambigüedad genital: reporte de un caso / Male patient 46, XX SRY -negative and unambiguous genitalia: A case report

En la mayoría de los casos, la diferenciación sexual masculina ocurre con la participación del gen SRY. Sin embargo, se pueden presentar otros genotipos excepcionales, como en el caso que se presenta en este reporte. Se trata de un paciente adulto de sexo masculino atendido en el Servicio de Paternidades del Instituto de Genética de la Universidad Nacional de Colombia. Se le hicieron los análisis del gen de la amelogenina y de repeticiones cortas en tándem (Short Tandem Repeat, STR) específicas para el gen SRY con estuches comerciales de identificación humana, así como los de cariotipo convencional e hibridación in situ fluorescente del SRY, y el estudio de microdeleciones del cromosoma Y mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se le hizo la evaluación clínica y se le brindó asesoramiento genético. El paciente no presentaba ambigüedad genital, su cariotipo era 46 XX, y el perfil molecular era negativo para el gen SRY y positivo para el ZFY. Se le diagnosticó un trastorno de diferenciación sexual 46 XX testicular no sindrómico, una rara condición genética. Solo el 20 % de los pacientes con este diagnóstico son negativos para SRY y exhiben perfiles moleculares diversos. La información disponible parece indicar que el ZFY está relacionado con la diferenciación sexual masculina, aún en ausencia del gen SRY.

In most cases, male sexual differentiation occurs with SRY gene mediation. However, exceptional genotypes have been identified, as shown in this paper. This was a male adult patient seen at the Servicio de Paternidades, Instituto de Genética, Universidad Nacional de Colombia. The following procedures were carried out: Amelogenin gene and short tandem repeat analyses using human identification commercial kits, conventional karyotype, SRY fluorescent in situ hybridization, PCR analysis for Y chromosome microdeletions, clinical evaluation, and genetic counseling. We present an adult male with unambiguous genitalia, karyotype 46,XX, and an SRY negative and ZFY positive molecular profile. The diagnosis of nonsyndromic 46,XX testicular disorder of sex development (DSD) -a rare genetic condition- was established. Only 20 % of similarly diagnosed patients are SRY negative and exhibit diverse molecular profiles. Until now, available evidence seems to indicate that, even in the absence of SRY, the ZFY factor is involved in male sexual differentiation.

Análisis de los resultados de un programa de calidad en cuidados paliativos para los óltimos días de vida: Diez aóos de experiencia / Analysis of the results of a palliative care quality program for the last days of life. Ten years of experience

Las secuencias integradas de cuidado para ó;ºltimos días de vida proponen estándares de calidad para optimizar la atenció;n de pacientes y familias. Se implementó; el Programa Asistencial Multidisciplinario Pallium (PAMPA©) basado en estándares del International Collaborative for Best Care for the Dying Person en cuatro fases: inducció;n, implementació;n, diseminació;n y sustentabilidad, en cinco centros de salud en Argentina, entre 2008 y 2018. Se incluyeron 1237 pacientes adultos en situació;n de ó;ºltimos días de vida, en seguimiento por equipos de cuidados paliativos entrenados en el PAMPA©. Se efectuó; una auditoría antes y despuó;©s de la ejecució;n del programa, aó;ºn en curso. El rango de medianas de permanencia en los cinco centros desde el inicio de la secuencia hasta el fallecimiento fue de 16 a 178 horas. Se compararon objetivos de cuidado: control de síntomas, comunicació;n, necesidades multidimensionales, hidratació;n y nutrició;n, documentació;n de intervenciones y cuidados post mortem. El análisis conjunto mostró; una mejoría del nó;ºmero de registros (p = 0.001). La comunicació;n del plan de cuidados con el paciente no mostró; diferencias (p = 0.173). Se realizó; capacitació;n y supervisió;n permanente a los equipos profesionales de quienes se registraron percepciones de la implementació;n. Los principales emergentes de este análisis cualitativo fueron: actitudes ante el programa, aportes fundamentales, fortalezas, debilidades y definició;n subjetiva del programa, reconocimiento de las singularidades culturales institucionales y su influencia en el cuidado. El PAMPA© demostró; la factibilidad de un modelo de atenció;n para pacientes y familias en final de vida, basado en estándares de calidad internacionales.

The integrated care pathways for the last days of life propose quality standards optimizing the care of patients and families. The Pallium Multidisciplinary Assistance Program (PAMPA©) was implemented based on standards of the International Collaborative for Best Care for the Dying Person in 4 phases: induction, implementation, dissemination and sustainability, in five health centres in Argentina, between 2008 and 2018. A total of 1237 adult patients in the last days of life were included and cared for by palliative care teams trained in PAMPA©. An audit was conducted before and after the implementation of the Program, which is still going on. The median range of follow up into five centres from the beginning of the pathway until death varied from 16 to 178 hours. Care goals were compared: symptom control, communication, multidimensional needs, hydration and nutrition, documentation of interventions and post-mortem care. The overall analysis showed an improvement in the number of records (p = 0.001). The goal of communication on care plan to the patient showed no difference (p = 0.173). Continuous training, support and permanent teams supervision were carried out and perceptions and impact of the implementation were registered. The main emerging items of the qualitative analysis were: attitudes towards the program, fundamental contributions, strengths, weaknesses and subjective definition of the program, recognition of institutional cultural singularities and its influence on care. PAMPA© demonstrated its feasibility as a model of end of life care for patients and families, based on international quality standards.

Mutational profile by targeted next generation sequencing of non-small cell lung cancer in the Mexican population / Perfil mutacional por secuenciación de nueva generación en cáncer de pulmón de células no pequeñas en población mexicana

Abstract: Objective: Targeted next-generation sequencing (t-NGS) has revolutionized clinical diagnosis allowing multiplexed detection of genomic alterations. This study evaluated the profile of somatic mutations by t-NGS in Mexican patients with non-small cell lung cancer (NSCLC). Materials and methods: Genomic DNA was extracted from 90 lung adenocarcinomas and sequences were generated for a panel of 48 cancer genes. Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) mutations were detected in parallel by quantitative PCR. Results: The mutational profile of NSCLC revealed alterations in 27 genes, where TP53 (47.8%) and EGFR (36.7%) exhibited the highest mutation rates. EGFR Q787 mutations were present in 14 cases (15.6%), 10 cases had exon 19 deletions (11.1%), seven cases had L858R (7.8%). The mutational frequency for genes like EGFR, MET, HNF1A, HER2 and GUSB was different compared to caucasian population. Conclusion: t-NGS improved NSCLC treatments efficacy due to its sensitivity and specificity. A distinct pattern of somatic mutations was found in Mexican population.

Resumen: Objetivo: La secuenciación dirigida de nueva generación (SNG) permite la detección múltiple de mutaciones. Este estudio evalúa el perfil de mutaciones somáticas por SNG en pacientes mexicanos con cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP). Material y métodos: Se aisló ADN de 90 muestras de pacientes con CPCNP y se analizarón 48 genes relacionados con cáncer. Las mutaciones del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) se detectaron por PCR cuantitativa. Resultados. Se detectaron alteraciones en 27 genes. Las mutaciones más frecuentes fueron TP53 (47.8%) y EGFR (36.7%). En el gen EGFR, 14 casos fueron mutaciones Q787 (15.6%), 10 presentaron microdeleciones en el exón 19 (11.1%), y siete en L858R (7.8%). La frecuencia de mutación en EGFR, MET, HNF1A, HER2 y GUSB fue diferente en comparación con población caucásica. Conclusión: NGS modifica el tratamiento del paciente con CPCNP por su sensibilidad y especificidad para detectar mutaciones. La población mexicana presenta un perfil mutacional particular.

A common Salmonella Enteritidis sequence type from poultry and human gastroenteritis in Ibagué, Colombia / Un tipo de secuencia común de Salmonella Enteritidis de origen aviar y de humano con gastroenteritis en Ibagué, Colombia

Abstract Introduction: Salmonella Enteritidis is a major cause of human salmonellosis in the world, with contaminated eggs and raw chicken meat as the main routes of infection. The main Salmonella spp. serovars circulating in laying hen farms, the surface of eggs, and in raw chicken carcasses have been identified in Ibagué, Colombia. However, it is unknown whether those serovars are responsible for human gastroenteritis. Objective: To evaluate the genetic relationship between gastroenteritis and Salmonella Enteritidis isolates from poultry and humans using multilocus sequence typing (MLST). Materials and methods: Salmonella spp. was isolated from clinical cases of gastroenteritis (n=110). Antibiotic susceptibility tests, followed by serotyping and MLST were conducted and S. Enteritidis was compared to those from laying hen farms and marketed eggs. Results: Ten isolates of Salmonella spp. were obtained from the stools of people with gastroenteritis. The prevalence of Salmonella spp. in human stools was 9.09%, and S. Enteritidis (n=4), S. Typhymurium (n=2), S. Newport (n=1), S. Uganda (n=1), S. Grupensis (n=1), and S. Braenderup (n=1) were the main serotypes. MLST indicated that a common S. Enteritidis sequence type (ST11) was present in all three sources and showed the same antibiotic resistance pattern. Conclusion: Salmonella Enteritidis ST11 constitutes a link between consumption and manipulation of contaminated eggs and human gastroenteritis in Ibagué. Additional studies would be required to establish if other Salmonella serovars isolated from raw chicken meat are also associated with human gastroenteritis.

Resumen Introducción. Salmonella Enteritidis es una de las mayores causas de salmonelosis en el mundo; los huevos contaminados y la carne de pollo cruda son sus principales fuentes de infección. En Ibagué, Colombia, se han identificado los principales serovares que circulan en granjas, superficies de huevos y canales de pollo, pero se desconoce si esos serovares son responsables de la gastroenteritis. Objetivo. Evaluar la relación genética entre los aislamientos de Salmonella Enteritidis de aves de corral y de humanos con la gastroenteritis mediante tipificación de multiloci de secuencias (Multilocus Sequence Typing, MLST). Materiales y métodos. Se aisló Salmonella spp. de casos clínicos de gastroenteritis (n=110). Se hizo la prueba de sensibilidad antibiótica, así como la serotipificación y la tipificación mediante MLST, y se comparó S. Enteritidis de humanos con la hallada en granjas de gallinas ponedoras y en huevo comercializado (n=6). Resultados. Se aislaron 10 cepas de Salmonella spp. a partir de heces de humanos con gastroenteritis. Se obtuvo una prevalencia de Salmonella spp. de 9,09%, y se identificaron los serotipos S. Enteritidis (n=4), S. Typhymurium (n=2), S. Newport (n=1), S. Grupensis (n=1), S. Uganda (n=1) y S. Braenderup presentes en pacientes con gastroenteritis. Mediante la MLST, se comprobó que un tipo de secuencia común (ST11) de S. Enteritidis estuvo presente en todas las tres fuentes y presentó el mismo patrón de resistencia antibiótica. Conclusión. Salmonella Enteritidis ST11 constituye un vínculo entre el consumo y la manipulación de huevos contaminados, y la gastroenteritis en humanos en Ibagué. Se requieren estudios complementarios para conocer si otros serovares de Salmonella aislados de carne de pollo cruda también se asocian con la gastroenteritis en humanos.

Modelamiento proteico de la Tubulina de G. lambliapor homología de secuencias / Protein modeling of G. Lamblia Tubulin through sequence homology

La Giardiasis ocasionada por Giardia intestinalis (conocida como Giardia lamblia), es una de las infecciones parasíticas más comunes en todo el mundo y con mayor prevalencia en países en desarrollo como el nuestro. Existen muchas drogas para el tratamiento de la giardiasis, de diferente eficacia y efectos adversos como la curcumina que inhibe la polimerización de los microtubulos por un mecanismo distinto al de la colchicina. Sin embargo, la estructura cristalográfica de la Tubulina de G. lamblia (cadenas α y ß) permanece desconocida. El análisis de alineamiento de secuencias (PBLAST) indica una identidad del 86,98 y 88,32 % entre las cadenas α y ß de la Tubulina de G. lamblia y B. taurus (PDB:5NQT). El Modelamiento por Homología de la estructura proteica de la Tubulina de G. lamblia utilizando como molde a la Tubulina de B. taurus mediante el servidor SWISS-MODEL, generó una estructura proteica con los siguientes parámetros: z-core = -1,16 y -1,41, QMEANscore6 = 0,71 y 0,70, % de confiabilidad (de los diagramas de Ramachandran) = 96,08 y 96,95 %, RMS (Root Mean Square) = 0,081 y MOLPROBITYscore = 1,26. Estos parámetros indican que la estructura proteica de la Tubulina de G. lamblia obtenida a partir del Modelamiento por Homología es de buena calidad, por tanto, esta estructura podría ser utilizada en futuras evaluaciones, como el análisis in silico de compuestos antiGiardia.

Giardiasis caused by Giardia intestinalis (known as Giardia lamblia), is one of the most common parasitic infections in the world and with a higher prevalence in developing countries like ours. There are many drugs for the treatment of giardiasis, of different efficacy and adverse effects such as curcumin that inhibits the polymerization of microtubules by a mechanism other than colchicine. However, the crystallographic structure of G. lamblia Tubulin (α and ß chains) remains unknown. The sequence alignment analysis (PBLAST) indicates an identity of 86,98 and 88,32 % between the α and ß chains of the Tubulin of G. lamblia and B. taurus (PDB: 5NQT). Homologous Modeling of the protein structure of G. lamblia Tubulin using the B. taurus Tubulin as a template employing the SWISS-MODEL server, generated a protein structure with the following parameters: z-core = -1,16 and -1,41, QMEANscore6 = 0,71 and 0,70, % of reliability (from Ramachandran plots) = 96,08 y 96,95 %, RMS (Root Mean Square) = 0,081 and MOLPROBITYscore = 1,26. These parameters indicate that the protein structure of G. lamblia Tubulin obtained from Homology Modeling is of good quality, therefore, this structure could be used in further evaluations, such as the in silico analysis of antiGiardia compounds.

Genotipos de Neisseria meningitidis aislados de pacientes con enfermedad meningocócica en Paraguay, 1996-2015 / Genotypes of Neisseria meningitidis isolates in patients with meningococcal meningitis in Paraguay, 1996-2015 / Genótipos de Neisseria meningitidis isolados de pacientes com doença meningocócica no Paraguai, 1996-2015

RESUMEN Objetivo Describir las características fenotípicas y genotípicas de cepas de Neisseria meningitidis aisladas de enfermedad meningocócica en Paraguay entre 1996 y 2015. Métodos Se estudiaron por métodos microbiológicos convencionales y técnicas moleculares 114 aislamientos de N. meningitidis y 12 muestras clínicas sin aislamiento confirmadas por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que fueron remitidas por los diferentes centros centinelas y centros colaboradores de Paraguay. Resultados El grupo de edad más afectado fue el de menores de 1 año (19,0%), seguido por el de 1 a 5 años (17,5%). Un mayor porcentaje de las cepas se aisló de casos de meningitis (81,7%) y el serogrupo B se encontró en 60,3% de los casos. Los fenotipos más frecuentes fueron B:4:P1.14 (16,0%), B:15:P1.5, C:NT:NST y W:NT:P1.2 (10,5%), respectivamente. Los complejos clonales prevalentes fueron ST-11/ET37 complex 29,6% (8/27) con predominio del serogrupo W (6/8), ST-35 complex 18,5% (5/27) en el serogrupo B (4/4), y ST-32/ET5 complex 14,8% (4/16) en el serogrupo B (5/5). Conclusiones En Paraguay la enfermedad meningocócica es relativamente infrecuente. Los análisis de distribución de serogrupo muestran que el más frecuente es el B y en los últimos dos años aumentaron los casos de enfermedad meningocócica por C y W. Los complejos clonales encontrados se correlacionan con los hallados en la región del Cono Sur. Debido al alto nivel de virulencia de N. meningitidis, su vigilancia debe constituir una prioridad estratégica de los sistemas de salud pública nacionales y regionales para prevenir brotes epidémicos y apoyar la toma de decisiones en salud pública.

ABSTRACT Objective Describe the phenotypical and genotypical characteristics of Neisseria meningitidis isolates from cases of meningococcal disease in Paraguay between 1996 and 2015. Methods Conventional microbiological methods and molecular techniques were used to study 114 isolates of N. meningitidis and 12 clinical samples without isolation (confirmed by polymerase chain reaction), provided by various sentinel centers and collaborating centers in Paraguay. Results The most affected age group was children under 1 year (19.0%), followed by 1-5-year-olds (17.5%). The highest percentage of strains was isolated in meningitis cases (81.7%) and serogroup B was found in 60.3% of cases. The most frequent phenotypes were B:4:p1.14 (16.0%), B:15:p1.5, C:nt:nst, and W:nt:p1.2 (10.5%), respectively. The prevalent clonal complexes were: ST-11/ET37 complex, 29.6% (8/27), predominantly serogroup W (6/8); ST-35 complex, 18.5% (5/27), in serogroup B (4/4); and ST-32/ET5 complex, 14.8% (4/16), in serogroup B (5/5). Conclusions Meningococcal meningitis is relatively uncommon in Paraguay. Distribution analysis showed that serogroup B is the most common and that the number of cases of meningococcal disease caused by serogroups C and W increased in the last two years. The identified clonal complexes were correlated with those found in the Southern Cone region. Due to the high virulence of N. meningitidis, its surveillance should be a strategic priority of national and regional public health systems to prevent epidemic outbreaks and support public health decision-making.

RESUMO Objetivo Descrever as características fenotípicas e genotípicas de cepas de Neisseria meningitidis isoladas de casos de doença meningocócica no Paraguai entre 1996 e 2015. Métodos Foram estudados por métodos microbiológicos convencionais e técnicas moleculares 114 isolados de N. meningitidis e 12 amostras clínicas sem isolamento confirmadas por reação em cadeia da polimerase (PCR) enviados por diferentes centros-sentinela e centros colaboradores do Paraguai. Resultados A faixa etária mais afetada foi a de crianças menores de 1 ano (19,0%) e crianças de 1 a 5 anos (17,5%). Uma maior porcentagem de cepas foi isolada de casos de meningite (81,7%) e o sorogrupo B foi identificado em 60,3% dos casos. Os fenótipos mais comuns foram B:4:P1.14 (16,0%), B:15:P1.5, C:NT:NST e W:NT:P1.2 (10,5%), respectivamente. Os complexos clonais mais prevalentes foram o complexo ST-11/ET37 (29,6%, 8/27) com predomínio no sorogrupo W (6/8), complexo ST-35 (18,5%, 5/27) no sorogrupo B (4/4) e complexo ST-32/ET5 (14,8%, 4/16) no sorogrupo B (5/5). Conclusões A doença meningocócica é relativamente pouco comum no Paraguai. A análise da distribuição dos sorogrupos demonstrou que o sorogrupo B é o mais prevalente e, nos últimos dois anos, ouve um aumento nos casos de doença meningocócica pelos sorogrupos C e W. Os complexos clonais encontrados se correlacionam com os achados na região do Cone Sul. Devido à alta virulência da N. meningitidis, a vigilância deste agente deve ser uma prioridade estratégica dos sistemas de saúde pública nacionais e regionais para prevenir surtos epidêmicos e subsidiar a tomada de decisão em saúde pública.

Aprendizaje serial de secuencias basadas en la posición y dimensión de sus componentes / Serial learning of sequences based on the position and dimension of its components

El objetivo de esta investigación fue evaluar el aprendizaje serial empleando el método de recuerdo de secuencias de tres componentes. Uno de los componentes de las secuencias fue la posición mientras los otros dos variaron en propiedad dimensional: colores y/o números. El Experimento 1 evaluó las diferencias en el aprendizaje y recuerdo de una secuencia de colores o números. Los resultados mostraron que la secuencia de números se aprendió más rápido que la de colores. El Experimento 2 buscó aislar el efecto del aprendizaje inicial de la secuencia de posiciones sobre el aprendizaje y recuerdo posterior de una secuencia de colores o números superpuesta a la secuencia de posiciones ya aprendida. Los resultados mostraron que aprender inicialmente la secuencia de posiciones facilitó el aprendizaje de los componentes posteriores de la secuencia. El análisis se orienta a la identificación de un gradiente de posición como factor explicativo del aprendizaje de este tipo de secuencias; además se propone la existencia de un efecto de la dimensión de los componentes de las secuencias en su aprendizaje y recuerdo. Finalmente, se analizan las funciones atípicas obtenidas en las curvas de posición serial de los dos experimentos

Serial learning was evaluated using the recall method. Three-component sequences were used. One of the components was the position of the element, while the other two varied in the dimensional property: colors or numbers. Experiment 1 evaluated differences in learning and remembering a sequence of colors or numbers. The results showed the numerical sequence was learned faster than the colors sequence; Experiment 2 isolate the effect of initial learning of positions on learning and subsequent recall of superimposed sequences of colors or numbers. The results showed that learn the positions facilitated the learning of sequence. The analysis identified a position gradient as an explanatory factor of sequence learning; We also discuss about the item dimension effect on learning and recall sequences. Finally, the atypical serial position curves obtain were analyzed

Implementación hardware del algoritmo de Needleman-Wunsch modificado usando una arquitectura paralela / Hardware implementation of modified Needleman-Wunsch algorithm using a parallel architecture / Implementação de hardware do algoritmo modificado Needleman-Wunsch usando uma arquitetura paralela

Resumen Este artículo presenta el diseño de un procesador para el alineamiento global de pares de cadenas de ADN. El principal bloque funcional del procesador es un arreglo paralelo de dos dimensiones que permite realizar cálculos simultáneos, reduciendo el tiempo de procesamiento con respecto a la implementación software. En este trabajo, el hardware diseñado lleva a cabo la alineación de dos secuencias de más de 400 nucleótidos correspondientes a la proteína de transición 1 (Tnp1) de la rata parda y el ratón común. El algoritmo implementado es k-band, una modificación del algoritmo de alineamiento global Needleman-Wunsch, donde se realizan únicamente cálculos sobre las diagonales principales de la matriz, formando una banda que puede ser de un tamaño variable. Se realizan simulaciones del diseño propuesto usando bandas de K=2, 4, 6, 8 y 10.

Abstract This paper proposes a DNA sequence pair global alignment processor design. The processor main functional block is a two-dimensional parallel array that allows simultaneous computations, reducing the processing time compared to the software implementation. In this work, the designed hardware performs over 400 nucleotides sequence alignment corresponding to the Mus musculus transition protein 1 (Tnp1), mRNA and the Rattus norvegicus transition protein 1 (Tnp1), mRNA. The implemented algorithm is k-band, a Needleman-Wunsch global alignment algorithm modification, where calculations are made only on the matrix diagonals, establishing a band that can be of a variable size. Simulations of the proposed design are performed using K = 2, 4, 6, 8 and 10 bands.

Resumo Este artigo propõe um projeto de processador de alinhamento global de pares de cadeia de DNA. O bloco funcional principal do processador é uma matriz bidimensional paralela que permite cálculos simultâneos, reduzindo o tempo de processamento para a implementação do software. Neste trabalho, o hardware projetado executa o alinhamento de duas sequências de mais de 400 nucleótidos correspondente à proteína de transição 1 (Tnp1) do rato marrom e ao mouse comum. O algoritmo implementado é k-band, uma modificação do algoritmo de alinhamento global Needleman-Wunsch, onde os cálculos são feitos apenas nas diagonais da matriz, estabelecendo uma banda que pode ser de tamanho variável. As simulações do projeto proposto são realizadas usando K = 2, 4, 6, 8 e 10 bandas.

Molecular characterization of non-vaccine Streptococcus pneumoniae serotypes 11A, 15 B/C and 23A recovered from invasive isolates in Colombia / Caracterización molecular de los serotipos no vacunales 11A, 15 B/C y 23A de Streptococcus pneumoniae recuperados de aislamientos invasivos en Colombia

Resumen Introduction: A total of 192 invasive Streptococcus pneumoniae isolates, from serotypes 11A, 15B/C and 23A (not included in the conjugated vaccines), were collected in Colombia between 1994 and 2014 as part of the activities of the Network surveillance system for the causative agents of pneumonia and meningitis (SIREVA II). Objective: To determine the molecular characteristics ofinvasive S. pneumoniaeisolates from serotypes 11A, 15B/C and 23A in Colombia from 1994 to 2014. Materials and methods: The molecular characterization of the isolates was carried out through Pulse-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST). Results: Serotype 11A showed one clonal group represented by ST62. Serotype 15B/C was composed of three groups associated with Netherlands15B-37 ST199 (28.75%), ST8495 (18.75%), and SLV (Single-Locus Variant) of ST193 (21.25%). Isolates from serotype 23A were gathered in three clonal groups, with70.21% closely related toST42, 17.02% to Colombia23F-ST338, and6.38% to Netherlands15B-37 ST199. Conclusion: Clones Colombia23F-ST338 andNetherlands15B-ST199 covered more serotypes than those previously found by other authors, including serotype 23A. These analyses reveal the importance of capsular switching in the spreading of successful clones among non-vaccine serotypes causing invasive pneumococcal disease.

Abstract Introducción. En Colombia se recolectaron 192 aislamientos invasivos de Streptococcus pneumoniae de los serotipos 11A, 15B/C y 23A (no incluidos en las vacunas conjugadas) entre 1994 y 2014, como parte de las actividades del Sistema de Redes de Vigilancia de los Agentes Responsables de Neumonías y MeningitisBacterianas (SIREVA II). Objetivo. Determinar las características moleculares de aislamientosinvasivos de los serotipos11A, 15B/C y 23A de S. pneumoniae recolectados en Colombia entre 1994 y 2014. Materiales y métodos. La caracterización molecular de los aislamientos se hizo medianteelectroforesis en gel de campo pulsado (Pulse-Field Gel Electrophoresis, PFGE) y por tipificación de secuencias multilocus (Multilocus Sequence Typing, MLST). Resultados. El serotipo 11A mostró un grupo clonal representadopor el ST62, en tanto que el serotipo15B/C se distribuyó en tres grupos asociados conlos clones Netherlands15B-37 ST199 (28,75 %), ST8495 (18,75 %) y SLV (variante en un solo locus) de ST193 (21,25 %). Los aislamientos con serotipo 23A se agruparon en tres gruposclonales; 70,21 % de ellos estaban estrechamente relacionadoscon elST42, 17,02 % con elColombia23F-ST338, y 6,38 % con el Netherlands15B-37 ST199. Conclusión. Los clones Colombia23F-ST338 y Netherlands15B-ST199 encontrados en este estudio abarcaronmás serotipos de los reportados previamente por otros autores, incluido el serotipo23A. Estos análisis revelan laimportancia de la conmutación(switching) capsular en la expansión de clones exitosos entre los serotipos no vacunales como causa de enfermedad invasiva neumocócica.

Mutational spectrum in breast cancer associated BRCA1 and BRCA2 genes in Colombia / Espectro de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2 asociados a cáncer de mama en Colombia

Abstract Introduction: The risk of developing breast and ovarian cancer is higher in families that carry mutations in BRCA1 or BRCA2 genes, and timely mutation detection is critical. Objective: To identify the presence of mutations in the Colombian population and evaluate two testing strategies. Methods: From a total universe of 853 individual blood samples referred for BRCA1 and BRCA2 typing, 256 cases were analyzed by complete direct sequencing of both genes in Myriad Genetics, and the remaining 597 cases were studied by partial sequencing based on founder mutations in a PCR test designed by ourselves ("Profile Colombia"). Results: We found 107 patients carrying deleterious mutations in this group of patients, 69 (64.5%) located in BRCA1, and 38 (35.5%) in BRCA2. Overall, we detected 39 previously unreported mutations in Colombia (22 in BRCA1 and 17 in BRCA2) and only 4 out of the 6 previously reported founder mutations. Sixty four out of 597 patients (10.7%) studied by "Profile Colombia" showed mutations in BRCA1 or BRCA2, and 41/256 patients (16%) showed mutations by complete BRCA1-BRCA2 sequencing. Conclusions: The spectrum of 44 different mutations in Colombia as detected in our study is broader than the one previously reported for this country. "Profile Colombia" is a useful screening test to establish both founder and new mutations (detection rate of 10.7%) in cases with family history of breast cancer. Complete sequencing shows a detection rate of 16.0%, and should complement the study of the genetic basis of this disease.

Resumen Introducción: El riesgo de desarrollar cáncer de mama y cáncer de ovario puede transmitirse en familias que porten mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2. La detección de estas mutaciones permite tomar decisiones oportunas en el ámbito de la medicina preventiva. Objetivo: Estudiar el espectro de mutaciones en la población colombiana y evaluar dos estrategias de detección. Metodos: Se incluyeron en total 853 pacientes con diagnóstico de cáncer de mama y con solicitud de análisis de los genes BRCA1 y BRCA2. Un total de 256 pruebas se analizaron mediante secuencia directa completa de estos genes en Myriad Genetics, y las restantes 597 se estudiaron mediante secuencia parcial basada en mutaciones fundadoras a través de la prueba "Perfil Colombia", implementada por nosotros. Resultados: Se detectaron 107 pacientes portadores de mutaciones en pacientes colombianos, 69 de las cuales estaban localizadas en BRCA1 y 38 en BRCA2. De estas 39 mutaciones son nuevas (22 en BRCA1 y 17 en BRCA2) y solo se hallaron 4 de las 6 mutaciones reportadas previamente como fundadoras en Colombia. En 64/597 pacientes analizados mediante el "Perfil Colombia" se detectaron mutaciones en BRCA1 o BRCA2, así como en 41/256 pacientes que solicitaron la secuenciación completa de los genes BRCA1 y BRCA2. Conclusiones: El espectro de mutaciones fundadoras en Colombia es más amplio que el reportado anteriormente para este país. El "Perfil Colombia" es una prueba que revela a la vez mutaciones fundadoras y mutaciones nuevas, con una tasa de detección del 10.7%. La secuenciación completa presenta una tasa de detección del 16.0% y puede complementar el diagnóstico de la base genética de esta enfermedad.