Genes da instabilidade de microssatélites no câncer colorretal: papel na inflamação e estresse oxidativo / Microsatellite instability genes in colorectal cancer: role in inflammation and oxidative stress

A instabilidade de microssatélites é um fenômeno genético caracterizado pela alteração na repetição de sequências de nucleotídeos conhecidas como microssatélites. Esta instabilidade pode ocorrer devido a defeitos nos genes reparadores de DNA, como os genes MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2. A inflamação crônica tem sido associada ao desenvolvimento do câncer colorretal. Os genes da instabilidade de microssatélites estão envolvidos na regulação da resposta inflamatória, podendo influenciar a progressão tumoral. Estudos demonstraram que a presença de instabilidade de microssatélites em tumores colorretais está relacionada a uma maior infiltração de células imunes, como linfócitos T, macrófagos e neutrófilos, que podem modular a resposta inflamatória no microambiente tumoral. O estresse oxidativo é caracterizado pelo desequilíbrio entre a produção de espécies reativas de oxigênio e a capacidade antioxidante do organismo e desempenha um papel importante na carcinogênese. Os genes da instabilidade de microssatélites podem influenciar a resposta ao estresse oxidativo, afetando a capacidade das células tumorais de lidar com o dano oxidativo e promovendo a sobrevivência celular. O objetivo deste trabalho consiste na compreensão dos genes envolvidos na instabilidade de microssatélites no câncer colorretal e como eles contribuem para o desenvolvimento da doença, relacionando com processos inflamatórios e estresse oxidativo nas células tumorais. Justifica-se pela necessidade de compreensão das interconexões entre a instabilidade de microssatélites, inflamação e o estresse oxidativo em pacientes com câncer colorretal.

Microsatellite instability is a genetic phenomenon characterized by changes in the repetition of nucleotide sequences known as microsatellites. This instability may occur due to defects in DNA repair genes, such as the MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 genes. Chronic inflammation has been linked to the development of colorectal cancer. Microsatellite instability genes are involved in regulating the inflammatory response and may influence tumor progression. Studies have shown that the presence of microsatellite instability in colorectal tumors is related to a greater infiltration of immune cells, such as T lymphocytes, macrophages and neutrophils, which can modulate the inflammatory response in the tumor microenvironment. Oxidative stress is characterized by the imbalance between the production of reactive oxygen species and the body's antioxidant capacity and plays an important role in carcinogenesis. Microsatellite instability genes can influence the response to oxidative stress, affecting the ability of tumor cells to deal with oxidative damage and promoting cell survival. The objective of this work is to understand the genes involved in microsatellite instability in colorectal cancer and how they contribute to the development of the disease, relating it to inflammatory processes and oxidative stress in tumor cells. It is justified by the need to understand the interconnections between microsatellite instability, inflammation and oxidative stress in patients with colorectal cancer.

Medullary colon carcinoma with microsatellite instability: case report / Carcinoma medular do cólon com instabilidade de microssatélites: relato de caso

Colorectal cancer is the third most common neoplasm and the second most lethal worldwide. The most common histological type is adenocarcinoma, characterized by its glandular pattern. Medullary colon carcinoma is a rare histological variant of colorectal cancer, characterized by a predominantly solid architecture, poorly di?erentiated or undifferentiated morphology, often associated with an anomalous immunophenotype and microsatellite instability. The present study reports a case in an academic service of general surgery of a 74-year-old patient who presented with a tumor of the ascending colon, histologically with an exuberant lymphocytic in?ltrate, suggestive of large cell lymphoma, but which was revealed by subsequent immunohistochemistry to be medullary carcinoma of the colon with microsatellite instability.

O câncer colorretal é a terceira neoplasia mais comum e a segunda mais letal no mundo. O adenocarcinoma é o tipo histológico mais comum, caracterizado pelo seu padrão glandular. O carcinoma medular do cólon é uma variante histológica rara do câncer colorretal, caracterizada por uma arquitetura predominantemente sólida, morfologia pouco diferenciada ou indiferenciada, frequentemente associada a um imunofenótipo anômalo e instabilidade de microssatélites. O presente estudo relata um caso em um serviço acadêmico de cirurgia geral de um paciente de 74 anos que apresentou tumor de cólon ascendente, histologicamente com infiltrado linfocitário exuberante, sugestivo de linfoma de grandes células, mas que foi revelado através de exame subsequente imunohistoquímico como carcinoma medular do cólon com instabilidade de microssatélites.

Colorectal cancer: histopathological profile and prevalence of dna repair system deficiency in patients submitted to surgical treatment in a university hospital / Câncer colorretal: perfil histopatológico e prevalência da deficiência do sistema de reparação do dna em pacientes submetidos a tratamento cirúrgico em um hospital universitário

ABSTRACT BACKGROUND: Part of colorectal cancer cases occurs due to modifications in the DNA mismatch repair system, which are responsible for microsatellite instability. This alteration results in an unconventional phenotypic pattern of colorectal cancer. AIMS: To describe the epidemiological, histopathological and molecular profiles of patients with colorectal cancer who underwent surgical treatment in a reference hospital. METHODS: This is a cross-sectional, retrospective study with a quantitative approach, that included a review of patients' medical records who underwent oncological surgery for colorectal cancer. RESULTS: A total of 122 colorectal cancer cases were identified, with microsatellite instability detected in 8.2% of the sample. The gender distribution was similar, with 52.46% males, and the weighted average age was 63 years (standard deviation±11.65). However, in the microsatellite instability group, the predominant age was below 60 years. Regarding the histological type, adenocarcinoma not otherwise specified accounted for 80.33% of the cases, being the most prevalent in both groups, with the mucinous type being more frequent among the instability cases. The pT3 pathological staging (46.72%) was the most predominant. The topography was more prevalent on the left (60.66%), but there was a significant difference when compared to the group with microsatellite instability, in which 80% of the neoplasms were located on the right (p=0.006). CONCLUSIONS: Differences in age and neoplastic topography found in microsatellite instability samples highlight the distinctive presentation pattern of the disease. Recognizing these characteristics is essential for developing prevention strategies, in addition to early and accurate diagnosis of colorectal cancer.

RESUMO RACIONAL: Parte dos casos de câncer colorretal ocorre devido a alterações nas enzimas de reparo do DNA, responsáveis pela instabilidade de microssatélites. Esta alteração resulta em um padrão fenotípico não convencional de câncer colorretal. OBJETIVOS: Descrever os aspectos epidemiológicos, histopatológicos e moleculares dos pacientes com câncer colorretal submetidos a tratamento cirúrgico em hospital de referência. MÉTODOS: Trata-se de um estudo transversal, retrospectivo com abordagem quantitativa, com revisão de prontuários médicos de pacientes submetidos a cirurgia oncológica por câncer colorretal. RESULTADOS: Foram registrados 122 casos de câncer colorretal, com instabilidade de microssatélites detectada em 8,2% da amostra. A distribuição por sexo foi semelhante, sendo 52,46% do sexo masculino, e média ponderada de idade de 63 anos (±11,65), contudo no grupo com instabilidade, a faixa etária predominante foi abaixo de 60 anos. Em relação ao tipo histológico, o adenocarcinoma sem outra especificação representou 80,33% dos casos, sendo o mais prevalente em ambos os grupos, mas com maior frequência do tipo mucinoso em caso de instabilidade. O estadiamento patológico pT3 (46,72%) foi predominante. A topografia da neoplasia foi mais prevalente à esquerda (60,66%), mas houve diferença significativa em relação ao grupo com instabilidade de microssatélites, no qual 80% das neoplasias localizavam-se à direita (p=0,006019). CONCLUSÕES: As diferenças de idade e topografia neoplásica encontradas nas amostras com instabilidade de microssatélites destacam o padrão não habitual de apresentação da doença. O conhecimento, portanto, dessas distinções é necessário para o desenvolvimento de estratégias de prevenção, além de diagnóstico precoce e preciso do câncer colorretal.

Population genetic structure of two herds of Aberdeen Angus cattle breed in Colombia / Estructura genética poblacional de dos hatos de ganado bovino Aberdeen Angus en Colombia / Estrutura genética da população de dois rebanhos da raça Aberdeen Angus na Colômbia

Abstract Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus.

Resumen Antecedentes: Dentro de la raza Aberdeen Angus existen dos biotipos conocidos como Old Type y New Type, las cuales difieren en su origen y producción de carne. En Colombia, esta raza se ha venido comercializando desde hace aproximadamente 80 años. No obstante, aún no se han realizado estudios sobre su origen, parentesco y niveles de diversidad genética de esta raza en hatos colombianos, lo cual es importante para planear estrategias de cruce y manejo. Objetivo: Medir la diversidad y estructura genética de dos hatos colombianos de Aberdeen Angus Old Type y New Type de Huila y Cundinamarca y evaluar la introgresión mitocondrial con otras razas. Métodos: Se caracterizó un grupo de diez loci microsatélite y se secuenció la Región Control Mitocondrial. Se aplicaron estimadores de diversidad genética y diferenciación poblacional, junto con pruebas de asignación poblacional. Resultados: Los loci microsatélite fueron altamente polimórficos, tal como lo indicaron el Contenido de Información Polimórfica (0,599) y la Probabilidad de Identidad (1,896 10-08). Las poblaciones evaluadas de Aberdeen Angus en Colombia fueron altamente diversas y se diferenciaron claramente en dos grupos correspondientes a los fenotipos Old Type y New Type. En contraste, los datos mitocondriales no recobraron estos dos grupos y mostraron una amplia mezcla genética. Conclusiones: Este estudio optimizó un grupo de diez marcadores altamente polimórficos que pueden ser usados para estudios de parentesco y genética poblacional de Aberdeen Angus. La diferenciación genética en loci nucleares concordó con las diferencias fenotípicas entre Old y New Types, pero los datos mitocondriales indicaron ancestría de múltiples razas europeas en el origen del Aberdeen Angus colombiano.

Resumo Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.

Instabilidade microssatélite e Epstein-Barr vírus como fatores de risco para o desenvolvimento de adenocarcinoma gástrico / Microssatellite instability and Epstein-Barr viruses as risk factors for the development of gastric adenocarcinoma

Ainda que a ciência avance a passos largos, o câncer gástrico continua figurado como condição comum e letal e muitas controvérsias existem em relação aos agentes agressores que o estimulem. O objetivo deste estudo foi avaliar o grau de relação entre o Epstein-Barr vírus, a instabilidade microssatélite e o adenocarcinoma gástrico. É estudo transversal retrospectivo que consistiu na revisão de 35 laudos de pacientes com adenocarcinoma gástrico. Obteve-se blocos de parafina e lâminas histopatológicas coradas pela técnica de H&E, ambos contendo amostras com diagnóstico prévio de adenocarcinoma gástrico. Após foram testados por imunoistoquímica os biomarcadores MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2. Em conclusão, tanto o Epstein-Barr vírus quando a instabilidade microssatélite estão presentes em proporção significativa de adenocarcinoma gástrico.

Although science advances by leaps and bounds, gastric cancer continues to figure as a common and lethal condition and many controversies exist in relation to the aggressive agents that stimulate it. The aim of this study was to evaluate the degree of relationship between Epstein-Barr virus, microsatellite instability and gastric adenocarcinoma. It is a retrospective cross-sectional study that consisted of a review of 35 reports of patients with gastric adenocarcinoma. Paraffin blocks and histopathological slides stained using the H&E technique were obtained, both containing samples with a previous diagnosis of gastric adenocarcinoma. Afterwards, the biomarkers MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 were tested by immunohistochemistry. In conclusion, both Epstein-Barr virus and microsatellite instability are present in a significant proportion of gastric adenocarcinoma.

Molecular confirmation of twinning in the West Indian Manatee (Trichechus manatus) / Confirmação molecular de gemelaridade em peixes-boi marinho (Trichechus manatus)

Abstract: Few twinning events have been recorded in the West Indian manatee (Trichechus manatus, Sirenia: Trichechidae) and no previous published study has provided confirmation of this phenomenon based in molecular tools. Here we investigate a possible case of twinning in an endangered Brazilian population of T. manatus using molecular tools. We analyzed two male neonates found stranded in Ceará State, on the northeastern coast of Brazil. The DNA of both individuals was isolated, and 10 microsatellite loci were amplified and genotyped. Following the identification of the alleles, the probabilities of identity by descent (∆7 and ∆8) and relatedness (rxy) were calculated using estimators that evaluate inbreeding. The two individuals shared most of the alleles, with differences in the genotypes being identified in only two loci. All the estimators identified a level of relatedness compatible with that found between siblings (selfed or outbred), indicating they were dizygotic twins. This is the first confirmed case of fraternal twins in free-ranging West Indian manatees in South America. The recognition of this type of twinning provides elements to improve actions for the rehabilitation of stranded animals and their subsequent release to the environment.

Resumo: Poucos eventos de gemelaridade foram registrados para o peixe-boi marinho (Trichechus manatus, Sirenia: Trichechidae) e nenhum estudo previamente publicado confirmou esse fenômeno com base em ferramentas moleculares. Aqui investigamos um possível caso de gemelaridade em uma ameaçada população brasileira de T. manatus utilizando ferramentas moleculares. Foram analisados dois neonatos machos encontrados encalhados no Ceará, costa nordeste do Brasil. O DNA dos indivíduos foi isolado e 10 loci microsatélites foram amplificados e genotipados. Após a identificação dos alelos, as probabilidades de identidade por descendência (∆7 e ∆8) e relação (rxy) foram calculadas usando estimadores que avaliam endogamia. Os dois indivíduos partilharam a maioria dos alelos, com diferenças nos genótipos sendo identificadas em apenas dois loci. Todos os estimadores identificaram um nível de parentesco compatível com o encontrado entre irmãos (com e sem endogamia), o que aponta para o fato de serem gêmeos dizigóticos. Este é o primeiro caso confirmado de gêmeos fraternais em peixes-boi marinho de vida livre na América do Sul. O reconhecimento deste tipo de gemelaridade fornece elementos para aprimorar ações que visem a reabilitação de animais encalhados e sua posterior soltura ao ambiente.

PD-1 blockade as a future treatment for colorectal cancer with microsatellite instability / Bloqueio do PD-1 como futuro tratamento do cancro colorretal com instabilidade de microssatélites

ABSTRACT Introduction: Colorectal cancer is the third most common cancer worldwide, with about 15% of these tumours related with microsatellite instability, which confers distinct characteristics to these tumours, both clinicopathological and in the response to treatments. In fact, the poor response to chemotherapy in these tumours has led to the investigation for new treatments, with immunotherapy being the most successful one to date. The focus of this review is to assess the response of microsatellite unstable colorectal cancer to PD-1 blockade, and the mechanisms behind that response. Methods: A PubMed research was conducted, resulting in the inclusion of 47 articles in this review. Results: Microsatellite instability results in a high neoantigen load, leading to a highly active immune microenvironment of the tumour, mainly due to T-cells. To counteract this, there is an upregulation of PD-1, acting as a "brake" for immune cells, facilitating tumour growth and metastasis. This upregulation makes these tumours great candidates for treatment with PD-1 blockade, as seen in many clinical trials, where the overall responses and progression free survival rates were higher than those observed in microsatellite stable tumours. Conclusion: With the importance of colorectal cancer with microsatellite instability new treatments are necessary. Therefore, PD-1 blockade is a promising treatment for colorectal cancer with microsatellite instability, with improvement in survival rates and a better prognosis for these patients.

RESUMO Introdução: O câncer colorretal é o terceiro mais comum em todo o mundo, com cerca de 15% desses tumores relacionados com instabilidade dos microssatélites, o que confere características distintas a esses tumores, tanto clínico patológicas quanto na resposta aos tratamentos. De fato, a fraca resposta à quimioterapia nesses tumores levou à investigação de novos tratamentos, sendo a imunoterapia a mais bem sucedida até o momento. O foco desta revisão é avaliar a resposta do câncer colorretal com microssatélites instáveis ao bloqueio do PD-1 e os mecanismos por trás dessa resposta. Métodos: Foi realizada uma pesquisa na base de dados PubMed, resultando na inclusão de 47 artigos nesta revisão. Resultados: A instabilidade de microssatélites resulta em uma alta carga de neoantígenos, levando a um microambiente imunológico altamente ativo do tumor, principalmente devido às células T. Para neutralizar isso, há uma maior expressão do PD-1, atuando como um "freio" para as células imunes, facilitando o crescimento do tumor e suas metástases. Essa expressão faz desses tumores grandes candidatos ao tratamento com bloqueio PD-1, como demonstrado em vários ensaios clínicos, onde as respostas globais e as taxas de sobrevivência livres de progressão foram maiores do que as observadas em tumores com microssatélites estáveis. Conclusão: Com a importância do câncer colorretal com instabilidade de microssatélites, novos tratamentos são necessários. Portanto, o bloqueio do PD-1 é um tratamento promissor para o câncer colorretal com instabilidade de microssatélites, com melhora nas taxas de sobrevivência e melhor prognóstico para esses pacientes.

Prognosis in colorectal cancer beyond TNM / Prognóstico no carcinoma colorretal para além do TNM

ABSTRACT Introduction: Colorectal cancer is one of the neoplasms with the greatest social impact. Given the great molecular heterogeneity and diversity of pathophysiological mechanisms, it is difficult to define prognostic factors that could guide therapy. Objectives: To identify the molecular prognostic factors that may be of interest in clinical practice and to synthesize the existing evidence. Material and methods: The search for the articles was carried out using the PubMed platform and the keywords "sporadic colorectal cancer and prognosis", for articles published between 2014 and 2019. We selected all articles published on studies in humans and written in English or Portuguese. Of the 215 articles found, 35 articles were selected to perform this review. Results: Current evidence supports the use of four molecular markers in clinical practice − KRAS, NRAS and BRAF (EGFR signalling pathway) and the mismatch repair status. Conclusion: The use of molecular biomarkers in clinical practice to define prognosis is still little supported by the existent evidence. The studies are slightly contradictory, so new projects and international collaborations must be carried out in this area to obtain more robust evidence.

RESUMO Introdução: O carcinoma colorretal é uma das neoplasias com maior impacto social. Dada a grande heterogeneidade molecular e diversidade de mecanismos fisiopatológicos, torna-se difícil definir fatores de prognóstico que orientem a terapêutica. Objetivos: Identificar os fatores de prognóstico moleculares que poderão vir a ter interesse na prática clínica e fazer uma síntese da evidência existente. Material e métodos: A pesquisa dos artigos foi realizada recorrendo à plataforma PubMed e utilizou-se as palavras-chave "sporadic colorectal cancer and prognosis", para artigos publicados entre 2014 e 2019. Foram selecionados todos os artigos publicados sobre estudos em humanos e escritos em inglês ou em português. Dos 215 artigos encontrados, foram selecionados 35 artigos para realizar esta revisão. Resultados: A evidência atual apoia a utilização de quatro marcadores moleculares na prática clínica - KRAS, NRAS e BRAF (via de sinalização do EGFR) e o estado mismatch repair. Conclusão: A utilização na prática clínica de biomarcadores moleculares para definir o prognóstico é ainda pouco apoiada pela evidência disponível. Os estudos são algo contraditórios, pelo que novos projetos e colaborações internacionais devem ser realizados neste âmbito para se obter evidência mais robusta.

Genetic evidence supports polygamous mating system in a wild population of Prochilodus lineatus (Characiformes: Prochilodontidae), a Neotropical shoal spawner fish

Behavioral observations made on fish have revealed remarkably diverse reproductive strategies, including polygamy by both sexes. Still, to date, most Neotropical species remain unstudied as to whether the observed reproductive behavior in natural populations correlates with their genetic mating systems. Here, we investigated the genetic mating system of a wild population of Prochilodus lineatus settled in the Middle Uruguay River basin. By using sibship reconstruction and parental inference methods based on microsatellites' genotypes, we inferred 45 females and 47 males as potential parents of the 87 larvae analyzed. We found evidence supporting polygamous mating in both sexes: while a high percentage of males (44.7%) fertilized the eggs of one female, 55.3% of the inferred males fertilized eggs of up to four females. Likewise, while 44.5% of the inferred females had their eggs fertilized by one only male, 55.5% of females were fertilized by multiple males. The estimated proxy of the effective population size (Nb) was 126, exhibiting moderate to high levels of genetic diversity. The genetic evidence contributed in this study complements earlier behavioral observations of formation of spawning nuclei of aggregating breeders, which may be promoting a polygamous mating strategy in this long-distance migratory fish.(AU)

Observações do comportamento de peixes neotropicais têm revelado estratégias reprodutivas marcadamente variáveis, incluindo poligamia nos dois sexos. Ainda assim, até então, a correlação entre comportamento reprodutivo observado em populações naturais e sistemas de acasalamento genético permanece pouco explorada para maioria de espécies Neotropicais. Neste estudo investigamos o sistema genético de acasalamento de Prochilodus lineatus em uma população natural estabelecida no Médio rio Uruguai. Utilizando métodos de reconstrução de grupos familiares e inferências parentais baseados em genótipos de microssatélites, inferimos 45 fêmeas e 47 machos como os possíveis parentais das 87 larvas amostradas. Encontramos evidência que permite apoiar a ocorrência de acasalamento poligâmico em ambos os sexos: enquanto uma percentagem alta de machos (44,7%) fertilizou somente uma fêmea, 55,3% dos machos inferidos fertilizaram mais de uma fêmea (até quatro por macho). Da mesma forma, enquanto que 44,5% das fêmeas inferidas tiveram seus ovos fertilizados por apenas um único macho, 55,5% das fêmeas tiveram ovos fertilizados por múltiplos machos. A estimativa do tamanho populacional efetivo (Nb) foi 126, exibindo níveis entre moderados e altos de diversidade genética. A evidência genética que apresentamos nesse estudo complementa observações iniciais da formação de núcleos de desova que podem promover estratégias de acasalamento poligâmico nessa espécie migratória de longa distância.(AU)

Genetic diversity of Piracanjuba populations in fish stocking programs in the Tietê River, Brazil / Diversidad genética de poblaciones de Piracanjuba del programa de repoblamiento del Río Tietê, Brasil / Diversidade genética de populações de Piracanjuba do programa de repovoamento do Rio Tietê, Brasil

Abstract Background: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) is a fish species highly affected by anthropogenic actions such as overfishing, water pollution, and hydroelectric developments. This species is currently considered in danger of extinction. Objective: To analyze the genetic diversity of a natural population (NP) and two captive broodstocks (SA and SB) of B. orbignyanus. Methods: Samples of caudal fins (NP: 24, SA: 30, and SB: 30) were collected. DNA was extracted and amplified for six RAPD primers and four microsatellite loci. Results: Sixty polymorphic fragments and 17 microsatellite alleles were detected. High intrapopulation heterozygosity (NP: 0.692, SA: 0.724, and SB: 0.686) was observed. Thirty-eight fragments and six alleles were shared among NP, SA, and SB. The FIS and Shannon's Index of diversity revealed a lack of inbreeding within groups. AMOVA analyses and FST indicated very high (NP vs SA and SB) and small (SA vs SB) genetic differentiation, confirmed by genetic distance and identity, number of migrants and a dendrogram, which revealed the formation of two genetic groups. Conclusions: The two marker types showed similar variability. The groups have adequate genetic variability, with high differentiation between NP and SA-SB, and similarity between broodstocks.

Resumen Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) es una especie de pez fuertemente impactada por acciones antrópicas como sobrepesca, contaminación del agua y proyectos hidroeléctricos. Esta especie está considerada en peligro de extinción. Objetivo: Analizar la diversidad genética de una población natural (NP) y de dos lotes de reproductores (SA y SB) de B. orbignyanus en cautiverio. Métodos: Se colectaron 84 muestras de aleta caudal (NP: 24, SA: 30 y SB: 30). El ADN fue extraído y amplificado para seis cebadores RAPD y cuatro loci microsatélites. Resultados: Se obtuvieron 60 fragmentos polimórficos y 17 alelos microsatélites. Se observó alta heterocigosidad intra-poblacional (NP: 0,692; SA: 0,724 y SB: 0,686). Treinta y ocho fragmentos y seis alelos fueron compartidos entre NP, SA y SB. Los valores de FIS e índice de Shannon mostraron ausencia de endogamia entre los grupos. Los análisis de ANOVA y FST indicaron alta (NP vs SA y SB) y pequeña (SA vs SB) diferenciación genética; resultados confirmados por la distancia e identidad genética, número de migrantes y dendograma, evidenciando la formación de dos grupos genéticos. Conclusiones: Los grupos poseen adecuada variabilidad genética, con alta diferenciación entre NP vs SA-SB y similitud entre los lotes de reproductores.

Resumo Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) é uma espécie peixe fortemente impactada por ações antrópicas como sobrepesca, poluição e construção de hidrelétricas. Atualmente, essa espécie engloba a lista de peixes que correm perigo de extinção. Objetivo: Analisar a diversidade genética de uma população natural (NP) e de dois estoques de reprodutores em cativeiro (SA e SB) de B. orbignyanus. Métodos: Foram coletadas amostras de nadadeira caudal de 84 indivíduos (NP: 24, SA: 30 e SB: 30). O DNA foi extraido e amplificado para seis primers RAPD e quatro loci microssatélites. Resultados: Foram obtidos 60 fragmentos polimórficos e 17 alelos microssatélites. Foi observada uma alta heterozigosidade intra-populacional (NP: 0,692; SA: 0,724 e SB: 0,686). Trinta e oito fragmentos e seis alelos foram compartilhados entre NP, SA e SB. Os valores de FIS e índice de Shannon demonstraram ausência de endogamia entre os grupos. As análises de AMOVA e FST indicaram alta (NP vs SA e SB) e pequena (SA vs SB) diferenciação genética, resultados confirmados pela distância e identidade genética, número de migrantes e dendrograma, que evidenciaram a formação de dois grupamentos genéticos. Conclusões: Os grupos possuem adequada variabilidade genética, com alta diferenciação entre NP e SA-SB e similaridade entre os estoques de reprodutores.

Simulation of pattern of gene flow in Canjerana fragments in the Brazilian Atlantic Rainforest for evaluating genetic conservation strategies / Simulação do padrão de fluxo gênico em fragmentos de Canjerana no bioma Mata Atlântica para definição de estratégias de conservação genética

ABSTRACT: Gene flow is important for the conservation of genetic resources to allow connectivity of geographically isolated populations and which genetic variability is reduced. Gene movement is a function of flow rate and model. Understanding how gene flow occurs can contribute to the conservation and selection of priority populations that could benefit from an eventual intervention. Simulation softwares allow making inferences about past events based on current datasets or predict future phenomena under real genetic scenarios. Adverse phenomena can be predicted and actions can be taken to avoid them. The aim of this study was to identify a model and the gene flow rates that could explain genetic structure of eight forest fragments of Cabralea canjerana in development in the Brazilian Atlantic Rainforest. To do this, simulations were performed with the EASYPOP software using a microsatellite marker dataset obtained for the species by Melo and collaborators, in 2012, 2014 and 2016. We tested five models and nine migration rates and we selected the model that produced values closer to those previously obtained for them. Criteria used for selection were the observed and expected heterozygosity and the Wright's F Statistics obtained in the simulations. The gene flow model selected was the isolation by distance model that used a rate of 0.1. We observed high levels of genetic differentiation among the fragments as result of their reproductive isolation. To allow homogenization of the allelic frequencies through gene flow, the solution would be to create ecological corridors with the aim of connecting distant fragments.

RESUMO: O fluxo gênico, cuja efetividade é função do modelo e da taxa, assume especial importância na conservação de recursos genéticos por permitir a conectividade de populações isoladas geograficamente, sujeitas à redução da variabilidade genética. O entendimento de como o fluxo gênico ocorre pode contribuir no planejamento de ações para a conservação e na seleção de populações prioritárias para uma eventual intervenção. Programas de simulação permitem inferir sobre eventos passados, a partir de dados atuais ou prever fenômenos futuros sob cenários genéticos reais. Fenômenos adversos podem ser previstos e medidas podem ser tomadas para contorná-los. O objetivo deste estudo foi identificar o modelo e a taxa de fluxo gênico que melhor explicam a estrutura genética de oito fragmentos da espécie arbórea florestal Cabralea canjerana, em desenvolvimento na região brasileira do bioma Mata Atlântica. Foram realizadas simulações com o programa EASYPOP usando dados de marcadores microssatélites obtidos por Melo e colaboradores, em 2012, 2014 e 2016, sendo testados cinco modelos e nove taxas de migração, selecionando-se o modelo que apresentou os valores mais próximos daqueles que foram publicados. Os critérios usados para a seleção do modelo foram a heterozigosidade observada e esperada e as estatísticas F de Wright obtidas nas simulações. O modelo de fluxo gênico entre os fragmentos foi o de isolamento por distância a uma taxa de 0.1. Foram observados elevados índices de diferenciação genética entre os fragmentos em decorrência do seu isolamento reprodutivo. Desse modo, sugere-se a construção de corredores ecológicos com vistas a conectar fragmentos distantes e, desta forma, permitir a homogeneização das frequências alélicas por meio do fluxo gênico.

Phenotypic and genotypic characterization and compatibility among genotypes to select elite clones of cupuassu / Caracterização fenotípica, genotípica e compatibilidade entre genótipos para seleção de clones elite de cupuaçuzeiro

ABSTRACT The expansion of the genetic base of cultivated materials is an ongoing activity of the cupuassu (Theobroma grandiflorum) breeding program. However, the parents involved need to be genotypically and phenotypically characterized to ensure compatibility of crossings, as well as to assist in the selection of more promising individuals for hybridization. This study aimed to identify and select T. grandiflorum clones that are compatible and genetically divergent using tools such as the estimates of genotypic, phenotypic, and combined distances, as well as the compatibility rates among clones. The genetic distance analysis of the clones was performed with 14 heterologous microsatellite primers of cocoa (Theobroma cacao) that amplify the DNA of cupuassu. Phenotypic characterization was based on 14 variables related to fruit production. The joint dissimilarity matrix was obtained by means of the sum of the phenotypic and molecular dissimilarity matrices. The intra- and inter-clonal compatibility was estimated through controlled crossings. A low correlation was noted between the dissimilarity matrices based on the molecular and agronomic data. As for compatibility, all clones were self-incompatible, with different compatibility rates when crossed. The compatibility index was strongly influenced by the degree of relationship of the clones. It was possible to identify and select the most promising sets of cupuassu clones to be used in breeding programs, despite their genetic relationship.

RESUMO A ampliação da base genética dos materiais de cultivo é trabalho contínuo do programa de melhoramento genético do cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum). Há necessidade, entretanto, que os parentais envolvidos estejam caracterizados fenotípica e genotipicamente, para auxiliar na escolha dos indivíduos que serão hibridizados, bem como para garantir os mecanismos de rastreabilidade e proteção das cultivares. Este estudo teve como objetivo identificar e selecionar clones de cupuaçuzeiro inter-compatíveis e geneticamente divergentes, utilizando como ferramentas as distâncias genotípica, fenotípica e combinada mistas, assim como as taxas de compatibilidade entre os clones. Estimativas das distâncias genéticas entre os clones foram realizadas com base em 14 iniciadores microssatélites heterólogos de cacaueiro (Theobroma cacao) que amplificam o DNA do cupuaçuzeiro. Para a caracterização fenotípica foram empregadas 14 variáveis ​​relacionadas à produção de frutos. A matriz de dissimilaridade conjunta foi obtida por meio da soma das matrizes de dissimilaridade fenotípica e molecular. A compatibilidade intra e inter-clonal foi estimada através de cruzamentos controlados. Houve uma baixa correlação entre as matrizes de dissimilaridade com base nos dados moleculares e agronômicos. Quanto à compatibilidade, todos os clones foram auto-incompatíveis, contudo, compatíveis entre si, com diferentes taxas. O índice de compatibilidade foi fortemente influenciado pelo grau de relacionamento dos clones. Foi possível identificar e selecionar os conjuntos de clones de cupuaçuzeiro mais promissores para ser usados em melhoramento genético, apesar da ocorrência de relação genética entre eles.

Fatal toxoplasmosis in an immunosuppressed domestic cat from Brazil caused by Toxoplasma gondii clonal type I / Toxoplasmose fatal em um gato doméstico imunossuprimido do Brasil causada por Toxoplama gondii clonal tipo I

Abstract The objective of the study was to report on a fatal case of feline toxoplasmosis with coinfection with the feline leukemia virus (FeLV). A domestic cat (Felis silvestris catus) presented intense dyspnea and died three days later. In the necropsy, the lungs were firm, without collapse and with many white areas; moderate lymphadenomegaly and splenomegaly were also observed. The histopathological examination showed severe necrotic interstitial bronchopneumonia and mild necrotic hepatitis, associated with intralesional cysts and tachyzoites of Toxoplasma gondii that were positive by anti-T. gondii immunohistochemical (IHC) evaluation. The bone marrow showed chronic myeloid leukemia and the neoplastic cells were positive by anti-FeLV IHC evaluation. DNA extracted from lungs was positive for T. gondii by PCR targeting REP-529. T. gondii was characterized by PCR-RFLP and by the microsatellites technique. ToxoDB-PCR-RFLP #10, i.e. the archetypal type I, was identified. Microsatellite analysis showed that the strain was a variant of type I with two atypical alleles. This was the first time that a T. gondii clonal type I genotype was correlated with a case of acute toxoplasmosis in a host in Brazil.

Resumo O objetivo deste estudo foi relatar um caso de toxoplasmose felina fatal com coinfecção com o vírus da leucemia felina (FeLV). Um gato doméstico (Felis silvestris catus) apresentou intensa dispneia e morreu três dias depois. Na necropsia, observaram-se pulmões firmes, não colabados e com múltiplas áreas brancas, além de linfoadenomegalia e esplenomegalia moderadas. No exame histopatológico, evidenciaram-se broncopneumonia intersticial necrótica acentuada e hepatite necrótica discreta associada a cistos e taquizoítas de T. gondii intralesionais positivos na imuno-histoquímica (IHC) anti-T. gondii. Evidenciou-se ainda, na medula óssea, leucemia mieloide crônica com IHC anti-FeLV positiva nas células neoplásicas. O DNA extraído dos pulmões foi positivo para T. gondii por meio da PCR-REP-529. T. gondii foi caracterizado por PCR-RFLP e pela técnica de microssatélites. Foi identificado o genótipo ToxoDB-PCR-RFLP #10, i.e., o arquétipo tipo I. A análise por microssatélites mostrou que a cepa era uma variante do tipo I, com dois alelos atípicos. Esta é a primeira vez que T. gondii clonal tipo I foi relacionado com um caso agudo de toxoplasmosis em um hospedeiro no Brasil.

Monitoramento e conservação genética de populações naturais de Prochilodus lineatus dos rios Pardo, Mogi-Guaçu e Tietê, São Paulo / Monitoring and conservation genetics of Prochilodus lineatus wild populations of Pardo, Mogi Guaçu and Tiete rivers, São Paulo

O objetivo do presente estudo foi determinar a diversidade e a estrutura genética de seis populações naturais de Prochilodus lineatus em usinas hidrelétricas (UHE) dos rios Pardo (UHE Limoeiro - LMO), Mogi-Guaçu (UHE Mogi-Guaçu - MOG) e Tietê (UHE Promissão - PRO, UHE Barra Bonita - BAB, UHE Nova Avanhandava - NAV e UHE Bariri - BAR). Foi encontrado um total de 47 alelos, com tamanhos entre 118pb e 330pb. Os resultados de heterozigosidade média observada (0,490 a 0,625) refletiram uma alta variabilidade genética intrapopulacional. Os valores de distância genética (0,149 a 0,773), Fst (0,006 a 0,218) e Nm (1,2 a 4,2) mostraram a presença de similaridade genética entre as populações. De acordo com a AMOVA, houve maior variação dentro das populações do que entre elas. O dendograma mostrou a formação de dois agrupamentos (LMO-PRO-MOG e BAR-BAB-NAV). Concluiu-se que as populações naturais apresentaram alta variabilidade genética, com similaridade genética entre elas, possivelmente causada pelo programa de repovoamento realizado nesses rios.(AU)

The aim of this study was to determine the genetic diversity and structure of six wild populations of Prochilodus lineatus in Hydroelectric Power Plants (HPP) of the Pardo (HPP Limoeiro - LMO), Mogi Guacu (HPP Mogi-Guaçu - MOG), and Tiete (HPP Promissão - PRO, HPP Barra Bonita - BAB, HPP Nova Avanhandava - NAV and HPP Bariri - BAR) rivers. A total of 47 alleles, ranging in size from 118bp to 330bp were found. The results of observed heterozygosity average (0.490 to 0.625) reflected a high intra-population genetic variability. The values of genetic distance (0.149 to 0.773), Fst (0.006 to 0.218), and Nm (1.2 to 4.2) showed that between the populations there is genetic similarity. According to AMOVA there was higher variation within populations than between them. The dendrogram demonstrated the formation of two groups (LMO-PRO-MOG and BAR-BAB-NAV). It was concluded that wild populations had high genetic variability with genetic similarity between them, possibly caused by the restocking program performed in these rivers.(AU)

Molecular marker linked to the rb1 gene and association with pre-harvest sprouting tolerance in wheat / Marcador molecular ligado ao gene rb1 em trigo e associação com a tolerância à germinação pré-colheita

The objective of this study was to identify microsatellites molecular markers linked to R genes, that confer the wheat grain color and evaluate the association with pre-harvest sprouting tolerance. This study was conducted with a F2 population with 203 plants, derived from the cross between PFAU x CD0666 genotypes, which segregates for one grain color gene. Were analyzed 43 molecular markers located in regions that containing R genes on 3B and 3D chromosomes. The Xbarc344 molecular marker was identified as linked to the R gene at a distance of 26.1 cM with 83.25% of selection efficiency. From the phenotypic analysis was confirmed the association between grain color with Xbarc344 molecular marker, however, there was no association between Xbarc344 with pre-harvest sprouting tolerance. Also, there was no association between grain color with pre-harvest sprouting tolerance. Although the grain color in wheat is a trait easy to select, it is known that not all R genes are involved with pre-harvest sprouting tolerance. Therefore, it is important the genetic mapping and specific evaluation of each R gene with pre-harvest sprouting tolerance. Thus, the molecular markers identified as associated with each R gene can be used to select plants that contain such genes, since it is not possible to identify phenotypically which R gene each plant has.

O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares microssatélites ligados aos genes R, que conferem a cor do grão em trigo e avaliar a associação com a tolerância à germinação na espiga. O estudo foi realizado em uma população com 203 plantas F2, derivadas do cruzamento entre os genótipos PFAU x CD0666, que segregam para um gene da cor do grão. Foram analisados 43 marcadores moleculares localizados nas regiões que contêm os genes R nos cromossomos 3B e 3D. Foi identificado que o marcador Xbarc344 está ligado ao gene R a uma distância de 26,1 cM e apresentou eficiência de seleção de 83,25%. A partir da análise fenotípica foi possível confirmar a associação da cor do grão com o marcador Xbarc344, no entanto, não houve associação deste marcador e da cor do grão com a tolerância à germinação na espiga. Embora a cor do grão seja uma característica fácil de selecionar em trigo, é notório que nem todos os genes R estão envolvidos com a tolerância à germinação na espiga. Sendo assim, é importante o mapeamento genético e a avaliação específica da associação de cada gene R com esta característica. Assim, os marcadores moleculares identificados como associados a cada gene R podem ser utilizados para selecionar plantas que contenham tais genes, uma vez que não é possível identificar fenotipicamente qual gene R cada planta possuí.

Divergência genética em germoplasma de alho / Genetic diversity in garlic germplasm

RESUMO: O alho é uma das hortaliças mais importantes no mercado brasileiro e mundial. No Piauí, mais especificamente na microrregião de Picos, o alho semi-nobre foi cultivado em larga escala e supria a demanda de vários municípios do estado. Devido à entrada do alho nobre no mercado brasileiro, houve redução na produção de alho semi-nobre que pode ter levado à perda de diversidade genética. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética em doze variedades de alho, sendo quatro de origem piauiense e oito da Coleção de Germoplasma de Alho da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - Universidade de São Paulo (ESALQ/USP). Para isso, caracterizou-se o germoplasma com base nos descritores propostos pelo International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), atualmente Bioversity International, e realizou-se a genotipagem das variedades a partir de oito locos SSR. Os resultados obtidos com a análise morfológica corroboraram as análises moleculares, evidenciando complementaridade dessas dimensões de análise no estudo da diversidade genética em alho. Assim, conclui-se que existe divergência genética entre as variedades de alho estudadas em função da procedência do germoplasma e sugere-se que o material oriundo da ESALQ/USP trata-se de um germoplasma distinto do cultivado no Piauí. A divergência genética existente entre as variedades de alho no Piauí indica a possibilidade de seleção de genótipos superiores que aumentem a competitividade do alho piauiense frente ao alho importado.

ABSTRACT: Garlic is one of the most important crops in Brazil and in the world. In Piauí State, specifically in micro region of Picos, semi-noble garlic was once grown on a large scale and supplied the demand of various municipalities in the state. After the noble garlic was introduced to the Brazilian market, the production of semi-noble garlic reduced which may have led to loss of genetic diversity.This study investigated the genetic diversity in twelve varieties of garlic, four originally from Piauí State and eight from the Garlic Germplasm Collection of the College of Agricultura "Luiz de Queiroz" - Universidade de São Paulo (ESALQ / USP). The present study characterized the germplasm based on descriptions proposed by the International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), currently Bioversity International, and conducted the genotyping of varieties from eight SSR loci. The agronomic characters and microsatellite genotyping were efficient to estimate genetic diversity among the garlic varieties. The results obtained with the morphological analysis corroborated the molecular analyses, demonstrating complementarity of these analyses dimensions in the study of genetic diversity in garlic. Thus, we concluded that genetic diversity exists among the varieties of garlic studied in terms of the germplasm origin and suggests that the material from the ESALQ / USP is a germplasm distinct from that grown in Piauí State. The genetic divergence among varieties of garlic in Piauí State indicates the possibility of selecting superior genotypes that increase the competitiveness of garlic from Piauí State against imported garlic.

A influência da instabilidade de microssatélites e outros biomarcadores nos desfechos clínicos de pacientes com câncer colorretal metastático: um estudo caso-controle / The influence of microsatellite instability and other biomarkers on the clinical outcomes of patients with metastatic colorectal cancer: a case-control study

O câncer colorretal metastático (CCRm) é uma doença clinicamente e molecularmente heterogênea. Os pacientes apresentam diferentes prognósticos e respostas variáveis às terapias direcionadas contra o tumor. Alterações na função do sistema de reparo do DNA (deficiency mismatch repair - dMMR) estão associadas com o fenótipo de instabilidade de microssatélites e bom prognóstico em tumores de estádio inicial. No entanto, dMMR é raro no CCRm e pouco se sabe sobre sua influência na taxa de resposta (TR) ao tratamento. Nosso objetivo primário foi comparar a TR, de acordo com o status dMMR, nos pacientes com CCRm. Os desfechos secundários foram TR, conforme RAS e BRAF mutados, e a sobrevida global (SG), de acordo com dMMR. MÉTODOS: Estudo retrospectivo com grupo controle que comparou a TR por RECIST 1.1 em pacientes com CCRm, tratados com quimioterapia (QT) sistêmica, de acordo com o status dMMR. Os dados clínicos foram coletados, retrospectivamente, dos prontuários médicos. Todas as imagens foram digitais e recuperadas para avaliação de resposta por um único radiologista, cego quanto ao status dMMR. dMMR foi definido como a perda de expressão imuno-histoquímica em pelo menos um dos genes MMR (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). Mutações em RAS e BRAF foram investigadas por meio de sequenciamento gênico. Os casos foram os pacientes com dMMR, e os controles, com MMR proficiente (pMMR), selecionados de forma consecutiva, em proporção de 1:2. Com base em características clínicas e moleculares, os indivíduos dMMR foram classificados como provável Lynch ou dMMR esporádico. Estatística descritiva foi usada para resumir os resultados. A associação entre dMMR e os resultados específicos de cada grupo foram analisados pelo teste do qui-quadrado, e para a avaliação de SG mediana, curvas de Kaplan-Meier e teste log-rank foram utilizados. Valores bicaudados de p < 0.05 foram considerados significativos. RESULTADOS: Entre janeiro de 2009 e janeiro de 2013, de...

Metastatic colorectal cancer (mCRC) is a clinically and molecularly heterogeneous disease, where patients present different prognosis and variable responses to cancer-directed therapies. Alterations in the function of DNA deficiency mismatch repair (dMMR) genes are associated with microsatellite instability and good prognosis in early stage tumors. However dMMR dysfunction is rare in mCRC and little is known about its influence on treatment response rate (RR). Our primary endpoint was to compare the RR of mCRC patients according to dMMR status and to explore differences between patients with likely sporadic versus likely Lynch-related tumors. Secondary endpoints were RR according to RAS and BRAF mutation status, and survival times as per dMMR status. METHODS: Retrospective study with control group that compared the RR by RECIST 1.1 in patients with mCRC treated with systemic chemotherapy according to dMMR status. Clinical data were collected retrospectively from medical charts. All images were digital and were retrieved for response evaluation by a single radiologist blinded to dMMR results. dMMR status was defined as loss of immunohistochemistry expression in at least one of the MMR genes (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). RAS and BRAF mutations were investigated through next generation sequencing. Cases were defined as dMMR and controls, as proficient MMR (pMMR) patients, in a 1:2 fashion. Based on clinical and molecular features, dMMR patients were classified as likely Lynch or sporadic. Descriptive statistics was used to summarize the results. The association between dMMR and outcomes of each group were analyzed by chi-square test; estimates of median overall survival were done by the Kaplan-Meier method and comparisons, by the log-rank test. Two-tailed p values < 0.05 were considered significant. RESULTS: From January 2009 to January 2013, out of 1270 patients, 762 were eligible and screened for dMMR: N = 27 (3.5%) had dMMR and N = 735 (96.5%) had...

Fatores clínicos, epidemiológicos e histopatológicos associados à instabilidade de microssatélites em câncer colorretal / Factors clinical, epidemiological and histopathological associated with microsatellite instability in colorectal cancer

Objetivo: Verificar a frequência de instabilidade de microssatélites (IMS) em casos de carcinoma colorretal, bem como seus fatores de risco. Material e Método: Foram analisados históricos de pacientes com CCR, avaliando sexo, idade, presença ou ausência de instabilidade de microssatélites MLH-1 e MSH- 2, positividade e negatividade do marcador p53, reatividade do marcador Ki67, profundidade da lesão, invasão vascular e linfonodal e localização do tumor. Resultados: Obteve-se 10,37% de casos com IMS. Não houve correlação entre IMS e idade, gênero, localização do tumor, invasão linfonodal e vascular, profundidade da lesão, mutação de TP53 e taxa de proliferação por anti Ki67. Conclusão: Nesse estudo a presença de IMS no CCR não apresentou relação com fatores clínicos e epidemiológicos conhecidos para essa neoplasia.

Objective: The aim of this study was to verify the frequency of microsatellite instability (MSI) in cases of colorectal carcinoma and their risk factors. Material and Method: We analyzed historical CRC patients, evaluating sex, age, instability MLH -1 microsatellite and MSH- 2 , positivity of the p53 marker, percentage of Ki67 marker , presence of lymph nodes metastases , depth of lesion , vascular and lymph nodes invasion and tumor location. Results: There was 10.37 % of cases with IMS. There was no correlation between IMS and age, gender, tumor location , lymph node and vascular invasion, depth of the lesion , TP53 mutation and proliferation rate by anti Ki67. Conclusion: The presence of IMS in CRC is not related with clinical and epidemiological factors known to this neoplasm.

Genotypic characterization of ten microsatellite loci in two Brazilian free range (Caipira) chicken lines / Caracterização genotípica de dez loci de microssatélites em duas linhagens de galinhas caipiras brasileiras

This study aimed to investigate the genetic variability of two Brazilian free range (Caipira) chickens lines using microsatellites analysis of ten loci. It was collected a total of 99 blood samples, which 49 were from Paraíso Pedrês (PP) and 50 were from Rubro Negra (RN) lines. The amplification of the DNA fragments was performed by polymerase chain reaction (PCR) and the genotyping was conduct using ABI 3130 sequencer. The allele number variation was among 3 (LEI0254) to 32 (LEI0212) in the PP line, and 4 (LEI0254) to 31 (LEI0212) in the RN line. The allelic average per locus was 13.3 and 13.1 in the PP and RN lines, respectively. The average observed and the expected heterozygosity were 0.650 and 0.820 in the PP line, and 0.671 and 0.804 in the RN line. All of the analyzed loci were informative (PIC>0.5). These results indicate that these free-range animals have a high genetic variability, at least for the majority of the analyzed loci, and this genetic variation is higher than the commercial chickens and similar for the no-commercial birds.

Este trabalho teve como objetivo investigar a variabilidade genética de duas linhagens de galinhas caipiras brasileiras usando 10 locos de microssatélites. Noventa e nove amostras de sangue total foram coletadas, sendo 49 da linhagem Paraíso Pedrês (PP) e 50 da linhagem Rubro Negra (RN). As amplificações dos fragmentos do DNA foram realizadas pela técnica da reação em cadeia pela polimerase (PCR), e a genotipagem ocorreu em um sequenciador ABI 3130. O número de alelos variou de 3 (LEI0254) a 32 (LEI0212), na linhagem PP, e de 4 (LEI0254) a 31 (LEI0212), na linhagem RN. O número médio de alelos por loco foi de 13,3 e de 13,1 nas linhagens PP e RN, respectivamente. A heterozigosidade observada média e a heterozigosidade esperada média foram 0,650 e 0,820, na linhagem PP, e 0,671 e 0,804, na linhagem RN. Todos os locos analisados foram informativos (PIC>0,5). Estes resultados indicam que estes animais caipiras têm uma grande variabilidade genética, pelo menos para a maioria dos locos analisados, e que esta variação genética é maior do que a das galinhas comerciais e semelhante à de aves não comerciais.

Identificação de loci microssatélites com potencial de amplificação na espécie de Peixe-Rei (Odontesthes humensis) / Identification of microsatellite loci with amplification potential in "pejerrey" (Odontesthes humensis)

In this work, 25,806 potentially amplifiable microsatellite loci (PAL) were identified in pejerrey, (Odontesthes humensis), with 21% of dinucleotide, 22% trinucleotide, 37% tetranucleotide, 13% pentanucleotide and 7% hexanucleotide. Of the total loci, 167 were classified as "Best PAL", more likely to be variables in populations. The results show that with a small coverage of the genome it was possible to identify a large number of microsatellite loci...