Distribuição clonal de escherichia coli isoladas em infecções do trato urinário adquiridas na comunidade no período de 2001 a 2009 na cidade de Salvador-Bahia / Clonal distribution of Escherichia coli isolated from urinary tract infections acquired in the community during the period 2001-2009 in the city of Salvador, Bahia

Estimar a prevalência de resistência a antimicrobianos em isolados de Escheríchía colí e avaliar o desempenho dos testes laboratoriais rápidos para diagnóstico das infecções não complicadas do trato urinário adquiridas na comunidade. Este trabalho foi dividido em dois estudos, no primeiro para avaliar o perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, foi avaliada uma amostra consecutiva de 411 isolados de E. colí procedentes de pacientes com Infecção do Trato Urinário (ITU) atendidos numa unidade de emergência de hospital privado no período de julho de 2008 a julho 2009. A identificação e os testes de susceptibilidade a antimicrobianos utilizou o sistema automatizado WalkAway - Microscan@ (Siemens - Califórnia). No segundo estudo, para avaliar o desempenho dos testes rápidos para diagnóstico de ITU, além dos casos de ITU do primeiro estudo, foram incluídos 411 pacientes sem ITU atendidos no mesmo local e período. Os testes rápidos estudados, microscopia direta (Gram), teste de piúria e teste do nitrito, foram realizados conforme respectivos protocolos, realizando os controle de qualidade de todas as etapas. A amostra de casos de ITU era formada por 342 (83%) adultos e 69 (17%) crianças. A distribuição por sexo entre adultos e crianças, mostrou predominância dos episódios no sexo feminino (85%). Dos 22 antibióticos testados, a maior prevalência de resistência foi encontrada para ampicilina sulbactam (41%), ampicilina (49%), cefalotina (33%) e sulfametoxazol-trimetoprim (36%), além disso, observamos uma inusitada taxa de resistência à clprofloxacma (9%). Quarenta e dois por cento dos isolados de E. colí apresentaram resistência a três ou mais drogas. Houve um aumento na taxa de resistência à cefalotina, em comparação com estudo realizado na mesma cidade em 2001-2002. Não foram observadas variações significativas nas taxas de resistência para a maioria dos demais antimicrobianos. Dentre os testes rápidos avaliados a detecção de piúria apresentou a maior sensibilidade (95%; IC95%: 92-97%) e a menor especificidade (66%; IC95%: 61-70%). O teste de nitrito apresentou a maior especificidade (99%; IC95%: 98-100%) e a menor sensibilidade (45%; IC95%: 40-50%). No geral, o teste com maior acurácia foi a microscopia direta (84%; IC95%: 79-88%), seguido da detecção de piúria (80%; IC95%: 77-83%). O teste de nitrito teve o maior valor preditivo positivo (VPP) e o teste de piúria o maior valor preditivo negativo (VPN). Os testes rápidos apresentaram concordância modesta e a combinação de resultados positivos com maior VPP foi obtida com os testes de nitrito e microscopia direta (Gram). Enquanto a combinação de microscopia direta (Gram) e piúria negativos tiveram o maior VPN. Os isolados de E. colí apresentaram elevadas taxas de resistência a: ampicilina, ampicilina-sulbactam, sulfametoxazol-trimetoprim e cefalotina, limitando a indicação desses antibióticos para tratamento empírico das ITUs adquiridas na comunidade. Apesar da variação nos valores de sensibilidade e especificidade dos testes rápidos avaliados, o teste de nitrito positivo e o teste de piúria negativo apresentaram a melhor taxa de acerto para confirmar ou afastar o diagnóstico de ITU, respectivamente. Embora, os testes rápidos possam ser considerados úteis no diagnóstico das ITU-AC, a urocultura ainda é o teste laboratorial definitivo para diagnóstico de ITU.

Introduction: Urinary tract infection (UTI) is considered the second most common infection in humans. It is estimated that there are about 150 million cases of UTIs per year worldwide. Increasing rates of antimicrobial resistance among uropathogens challenges UTI treatments. Objective: To determine the distribution of clonal strains of E. coli isolated from patients with community-acquired UTI according to the profile of antimicrobial susceptibility; and to evaluate the role of clonal groups in the spread and persistence of resistance in these infections. Methods: Eight hundred seventy four strains of E. coli were isolated from patients with UTI, coming from outpatient clinics in three hospitals in the city of Salvador - Bahia, from 2001 to 2009. The susceptibility profile was determined by broth microdilution method (Siemens - Microscan ®). The samples selected for genotyping (n = 275) were identified for clonal groups by comparing the patterns of PFGE, using the criteria of Tenover (1995). All study stages were quality control by strain E. coli ATCC 25922. Results: Among the antibiotics tested, the highest prevalence of resistance was for ampicillin (AMP) (49%) followed by trimethoprim - sulfamethoxazole (SXT) (36-42%) and for cephalothin (12-33%). The rate of resistance to ciprofloxacin (CIP) ranged between 9-14 %. In the Clonal Analysis distribution, performed according to antimicrobial resistance phenotypes, we found a higher prevalence of a clonal group CgA (63%) among multidrug resistant strains. This result differs from samples with some degree of resistance or multi-sensitive in which we observed clonal diversity. Conclusion: The high prevalence of resistance to SXT, AMP, and cephalothin contraindicate the use of these antibiotics in the empirical treatment of community-acquired UTI. The relatively high rate of resistance to CIP, raises attention to the increase and spread of antimicrobial resistance in this community and potentially complicate and encumber the treatment of these infections. We observe the emergence of a clonal group (CgA) in the final period of the study (2008-2009) associated with multidrug resistant strains. This finding suggests that the expansion of particular clones may have an important role in the spread of bacterial resistance in community-acquired UTI.

Prevalência de resistência a antimicrobianos e uso de testes rápidos no diagnóstico das infecções do trato urinário adquiridas na comunidade / Prevalence of antimicrobial resistance and use of quick tests for the diagnosis of community acquired urinary tract infections

Estimar a prevalência de resistência a antimicrobianos em isolados de Escheríchía colí e avaliar o desempenho dos testes laboratoriais rápidos para diagnóstico das infecções não complicadas do trato urinário adquiridas na comunidade. Este trabalho foi dividido em dois estudos, no primeiro para avaliar o perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, foi avaliada uma amostra consecutiva de 411 isolados de E. colí procedentes de pacientes com Infecção do Trato Urinário (ITU) atendidos numa unidade de emergência de hospital privado no período de julho de 2008 a julho 2009. A identificação e os testes de susceptibilidade a antimicrobianos utilizou o sistema automatizado WalkAway - Microscan@ (Siemens - Califórnia). No segundo estudo, para avaliar o desempenho dos testes rápidos para diagnóstico de ITU, além dos casos de ITU do primeiro estudo, foram incluídos 411 pacientes sem ITU atendidos no mesmo local e período. Os testes rápidos estudados, microscopia direta (Gram), teste de piúria e teste do nitrito, foram realizados conforme respectivos protocolos, realizando os controle de qualidade de todas as etapas. A amostra de casos de ITU era formada por 342 (83%) adultos e 69 (17%) crianças. A distribuição por sexo entre adultos e crianças, mostrou predominância dos episódios no sexo feminino (85%). Dos 22 antibióticos testados, a maior prevalência de resistência foi encontrada para ampicilina sulbactam (41%), ampicilina (49%), cefalotina (33%) e sulfametoxazol-trimetoprim (36%), além disso, observamos uma inusitada taxa de resistência à clprofloxacma (9%). Quarenta e dois por cento dos isolados de E. colí apresentaram resistência a três ou mais drogas. Houve um aumento na taxa de resistência à cefalotina, em comparação com estudo realizado na mesma cidade em 2001-2002. Não foram observadas variações significativas nas taxas de resistência para a maioria dos demais antimicrobianos...

Objective: To estimate the prevalence of antimicrobial resistance in Escherichia coli isolates Escherichia coli and evaluate the performance of laboratory tests for fast diagnosis of uncomplicated community acquired urinary tract infections. Methods: This work was divided into two studies; first to evaluate the profile of antimicrobial resistance we evaluated a consecutive sample of 411 isolates of E. coli from patients with urinary tract infection (UTI) attending an emergency unit of a private hospital from July 2008 to July 2009. The identification and antimicrobial susceptibility testing used the automated Walkaway - Microscan ® (Siemens - California). In the second study, to evaluate the performance of quick tests for diagnosis of UTI, apart from cases of UTI in the first study, we included 411 patients without UTI treated at the same place and period. The quick tests studied, direct microscopy (Gram), pyuria and nitrite were performed according to the respective protocols, quality control measures were performed in all stages. Results: The sample consisted of 342 (83%) adults and 69 (17%) children. The gender distributionshowed that a greater number of episodes occurred in females (85%). Of 22 antibiotics tested, the highest prevalence of resistance was found for ampicillinsulbactam (41%), ampicillin (49%), cephalothin (33%) and trimethoprimsulfamethoxazole (36%), and we also noticed an unusual rate of resistance to ciprofloxacin (9%.) Forty-two percent of the isolates of E. coli were resistant to three or more drugs. There was an increase in the rate of resistance to cephalosporins, compared with a study conducted in the same city in 2001-2002. There were no significant variations in rates of resistance to most other antibiotics...