Evaluation of eight protocols for genomic DNA extraction of Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes) / Avaliação de oito protocolos na extração de DNA genômico de Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes)

Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.

Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.

Evaluation of eight protocols for genomic DNA extraction of Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes)

Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.

Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.

Medium- and large-sized mammals in a steppic savanna area of the Brazilian Pampa: survey and conservation issues of a poorly known fauna / Mamíferos de médio e grande porte em uma área de savana estépica do Pampa Brasileiro: levantamento e questões de conservação sobre uma fauna pouco conhecida

Abstract The wildlife of the Brazilian Pampa is threatened by large-scale habitat loss, due in particular to the expansion of soybean cultivation and the conversion of grasslands areas into extensive areas of silviculture. It is essential to study how the mammal fauna copes with the highly fragmented, human-influenced, non-protected landscape. Our study presents the results of a survey of the large- and medium-sized mammals of a typical human-influenced steppic savanna area of the Pampa biome. The survey was conducted exclusively with the use of camera traps over a period of 16 months. The relative frequencies of species in the area were evaluated. We recorded 18 species, some of them locally threatened (Tamandua tetradactyla, Alouatta caraya, Leopardus colocolo, Leopardus geoffroyi, Leopardus wiedii, Puma yagouaroundi, Mazama gouazoubira and Cuniculus paca). Several species were found to thrive in the area; however, many species were considered rare, and undoubtedly new species could be recorded if we continued the sampling. Our results contribute to the knowledge of faunal diversity in the Pampa biome and associated habitats, warn about threats and provide support for conservation measures.

Resumo A fauna do Pampa brasileiro está sendo ameaçada pela grande perda de habitat que vem sofrendo, em especial, devido à expansão do cultivo da soja e da conversão de áreas de pastagens em extensas áreas de silvicultura. É essencial estudar como a fauna de mamíferos lida com a paisagem altamente fragmenta e não protegida, pela influencia humana. Nosso estudo apresenta os resultados de um levantamento dos mamíferos de médio e grande porte em uma área típica do bioma Pampa com influência humana. O levantamento foi realizado exclusivamente com o uso de armadilhas fotográficas ao longo de um período de 16 meses. Foram avaliadas as frequências relativas das espécies na área. Foram registradas 18 espécies, algumas delas ameaçadas localmente (Tamandua tetradactyla, Alouatta caraya, Leopardus colocolo, Leopardus geoffroyi, Leopardus wiedii, Puma yagouaroundi, Mazama gouazoubira e Cuniculus paca). Várias espécies foram encontradas de forma abundante, no entanto, muitas espécies foram consideradas raras, sendo que novas espécies poderiam ser registradas se continuássemos a amostragem. Nossos resultados contribuem para o conhecimento da diversidade de mamíferos do bioma Pampa e habitats associados, alertam sobre ameaças e fornecem suporte para medidas de conservação.

Detecçäo do DNA dos papilomavírus tipos 16 e 18 em lesöes epiteliais adquiridas da conjuntiva / Detection of human papillomavirus DNA types 16 and 18 from acquired epithelial lesions of the conjunctiva

Certos tipos de papilomavírus humanos säo conhecidos como vírus oncogênicos pela capacidade de induzir a transformaçäo maligna das lesöes epiteliais cutâneas, conjuntivais e da mucosa. Essa habilidade tem sido recentemente estabelecida, principalmente com a utilizaçäo de métodos de biologia molecular como a reaçäo de polimerase em cadeia (PCR) e as técnicas de hibridizaçäo. foi avaliada no presente estudo a ocorrência de fragmentos do DNA dos HPVs com suspeita de potencial de transformaçäo maligna, como os HPVs tipos 16 e 18, nas lesöes displásicas e carcinomas da conjuntiva ocular, através das técnicas de PCR e Hibridizaçäo por pontos. Foram estudadas 31 peças histológicas com diagnósticos que variaram de papiloma a carcinoma invasivo da conjuntiva ocular. Essa lesöes conjuntivais foram divididas em dois grupos; entre os que tiveram ou näo recidiva. Os resultados mostram uma positividade de 73 por cento para o DNA do HPV tipo 16 no grupo dos recidivantes e, 65 por cento entre os que näo tiveram recidiva da lesäo. Quanto a positividade ao HPV tipo 18, foi de 9 por cento e 5 por cento nos grupos recidivantes e näo recidivantes, respectivamente. A partir destes dados concluímos que a incidência do DNA do HPV nas lesöes epiteliais da conjuntiva é relativamente alta, sugerindo um possível envolvimento do mesmo no desenvolvimento das neoplasias.

Ciprofloxacina em exacerbaçoes da doença pulmonar obstrutiva crônica-estudo multicêntrico / Ciprofloxacin in exarcebations of chronic obstrutive pulmonary disease(COPD)

O efeito da ciprofloxacina em pacientes com exacerbaçaoda doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) foi estudado num ensaio aberto, prospectivo, conduzido em oito centros do Brasil. Setenta e seis pacientes com exacerbaçao aguda purulenta, associada a piora da dispnéia, foram tratados com ciprofloxacina 500 mg, duas vezes ao dia, por sete a dez dias(x=8,2). O VEF1 era de 1,20 / + - 0,50 /. O escarro de 51 pacientes revelou um número significativo de bactérias e polimorfonucleares. Pelo gram, os patógenos predominantes sugeridos foram S.pneumoniae(33 por cento), bacilos gram negativos(22 por cento), M. catarrhalis(18 por cento) e H. influenzae(16 por cento). Avaliaçao clínica e bacteriológica foi repetidaapós 7, 10 e 21 dias da avaliaçao inicial. Sucesso clínico (desaparecimento ou melhora acentuada dos sintomas e sinais) foi observada em 80 por cento dos pacientes. O número de bactérias foi reduzido no escarro em 86 por cento dos casos. Efeitos adversos relacionados ao tratamento foram relatados por 17 por cento dos pacientes. A ciprofloxacina oral é um tratamento efetivo para exacerbaçoes agudasde DPOC.

Studies on the replication of Mayaro virus grown in interferon treated cells

Mayaro virus grown in interferon treated infected cells has been characterized with regard to its ability to replicate in vertebrate (TC7) and invertebrate (Aedes albopictus) cells. Virus purified from interferon treated TC7 cells adsorbs and penetrates to the same extent as the control virus. During infection, these virus particles caused inhibition of host protein synthesis and synthesized the same spectrum of viral proteins as normal virus. This population however, was apparently more sensitive to interferon treatment. Electron microscopy of TC7 cells showed the presence of numerous aberrant virus particles budding from the plasma membrane.