Actualización de la resistencia a antimicrobianos de bacilos Gram negativos aislados en hospitales de nivel III de Colombia: años 2006, 2007 y 2008 / Antimicrobial resistance of Gram negative bacilli isolated from terciary-care hospitals in Colombia

Introducción. La resistencia a antimicrobianos se ha identificado como uno de los mayores problemas de salud pública, por lo cual debe ser vigilada permanentemente a través de sistemas efectivos de vigilancia. Objetivo. Describir el comportamiento de la resistencia antimicrobiana de bacilos Gram negativos, en las instituciones hospitalarias pertenecientes al Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial en Colombia, de enero 2006 a diciembre 2008. Materiales y métodos. Es un estudio descriptivo realizado con la información de los perfiles de sensibilidad bacteriana suministrada por 14 hospitales de tercer nivel en siete ciudades de Colombia, definidos como el Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial en Colombia, de enero de 2006 a diciembre de 2008. Usando el software WHONET 5.4, se describe el comportamiento de la resistencia bacteriana de las especies de Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y Enterobacter cloacae) y bacilos Gram negativos no fermentadores (Pseudomonas aeruginosa y Acinetobacter baumannii) frente a antibióticos seleccionados como marcadores de resistencia en salas generales y unidades de cuidados intensivos de pacientes adultos.Resultados. En algunas Enterobacteriaceae se observó disminución de la frecuencia de resistencia antimicrobiana, mientras que P. aeruginosa se consolida como un germen multirresistente, cuyas frecuencias de resistencia continúan en aumento. Conclusiones. Los programas de vigilancia pueden tener un impacto en la disminución significativa de gérmenes multirresistentes, ya que contribuyen a la adecuada implementación de protocolos encaminados a fortalecer las estrategias de control de infecciones y el manejo racional de antibióticos en cada hospital.

Introduction. Antimicrobial resistance has been identified as one of the major public health problems worldwide. To facilitate its control, bacterial resistance levels must be monitored permanently by effective surveillance systems.Objective. To describe the antimicrobial resistance patterns of Gram negative bacilli in Colombian hospitals over a 3-year period. Materials and methods. This descriptive study used the bacterial susceptibility profiles provided by 14 tertiary-care hospitals belonging to the Colombian Nosocomial Resistance Study Group. The hospitals were located in 7 major cities in Colombia, and provided records over the period January 2006 to December 2008. Using WHONET 5.4, the antimicrobial resistance patterns were described for the Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Enterobacter cloacae) and non-fermenters (Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii). Comparisons were made in the bacterial responses to selected antibiotics in samples from general wards and from adult intensive care units. Results. The antimicrobial resistance frequencies of several Enterobacteriaceae species showed a decreasing trend. In contrast, P. aeruginosa was demonstrated to be a multidrug-resistance organism with increasing resistance frequencies.Conclusions. These data emphasize the importance of surveillance programs in detecting presence of multidrug-resistant organisms. This information will aid the implementation of protocols aimed to strengthen the infection control strategies and antibiotic stewardship in each hospital.

Genotificación de los polimorfismos -511, -31 y +3954 del gen de la interleucina 1 beta humana en una población colombiana con cuadro de dispepsia / Genetic characterization of the interleukin 1 beta polymorphisms -511, -31 y +3954 in a Colombian population with dyspepsia

Introducción. Varios estudios sugieren que algunos polimorfismos del gen de la interleucina-1beta humana (IL-1beta), como -511, -31 y +3954, están asociados al cáncer gástrico, debido al efecto inhibidor que esta citocina tiene sobre la secreción ácida del estómago, lo cual facilita la colonización e infección por agentes como Helicobacter pylori, así como la génesis de estados preneoplásicos que pueden conducir al desarrollo de cáncer. Objetivo. Genotipificar los polimorfismos +3954,-511 y -31 de la IL-1beta y establecer sus frecuencias en una población de pacientes con diferente sintomatología gástrica. Materiales y métodos. Se analizaron 111 biopsias del antro gástrico obtenidas de pacientes con sintomatología de alguna alteración gástrica. La detección de H. pylori en las muestras se realizó mediante PCR empleando iniciadores específicos para cada región y la genotipificación de las regiones polimórficas de la IL-1beta se realizó por RFLP empleando las enzimas Aval, Alul y Taql para -511, -31 y +3954, respectivamente. Resultados. Se detectó H. pylori en 59,5% de las biopsias gástricas, mientras que el estudio histopatológico reveló que 82,9% de los pacientes padecía alguna enfermedad. La caracterización de las regiones polimórficas del gen de la IL-1beta, seguida de la tipificación por RFLP, permitió evidenciar los tres posibles genotipos de cada uno de los polimorfismos en la población. En los pacientes infectados por H. pylori se encontró con mayor frecuencia (28,6%) el genotipo CC en la región polimórfica -31. Conclusión. No se encontraron diferencias significativas en los genotipos de los individuos infectados y los no infectados por H. pylori, a excepción del genotipo CC en la región polimórfica -31, el cual se encontró con mayor frecuencia en los pacientes con enfermedades benignas.

Introduction. The human interleukin-1beta gen (IL-1 beta) polymorphisms such as -511, -31 and +3954 have been associated with the presence of gastric cancer, due to the inhibitor effect that this protein has on acid secretion in the stomach. Thisfacility can enhance the colonization and infection by agents like Helicobactor. pylori and the genesis of preneoplastic states that can lead to cancer development. Objective. Three polymorphisms of IL-1beta (+3954, -511 and -31) will be genetically characterized and their frequencies established in a population of patients with gastric symptoms. Materials and methods. Gastric antrum biopsies were obtained from 111 patients that showed signs of gastric disorder. A PCR was done to detect the H. pylori presence; a PCR using designed primers for specific regions was done to define the three polymorphic regions of IL-1beta, and a RFLP was carried out using Aval, Alul and TaqI for the position -511, -231 and +3954 for each case. Results. Helicobacter pylori was detected in 59.5% of the evaluated gastric while the histopathology study revealed that 82.9% of patients had some pathology. Characterization of polymorphic regions of IL-1beta gen were joined to RFLP typing evidenced that all descfribed genotypes were present in the study population. However, patients with benign pathologies infected with H. pylori had a high frequency of the CC genotype (28.6%) in the -31 polymorphic regions.Conclusion. No significant differences were found between the genotype frequenciess of the H. pylori-infected and the non-infected populations with one exception. The CC genotype in the -31 polymorphic region was associated with benign pathologies.

Caracterización molecular y bioinformática de la proteína CagA de Helicobacter pylori a partir de biopsias gástricas de pacientes colombianos / Molecular and bioinformatic characterization of Helicobacter pylori CagA protein using gastric biopsies of Colombian patients

El gen cagA de Helicobacter pylori codifica para la proteína CagA considerada uno de los factores de virulencia cuya presencia se asocia a un mayor riesgo de padecer enfermedades gástricas severas. El presente estudio planteó como objetivo el diseño de una estrategia molecular y bioinformática útil en la determinación de la presencia de secuencias repetitivas que pueden contener uno o más motivos de fosforilación (EPIYA). Se amplificó y secuenció la región variable de cagA en muestras H. pylori CagA positivas. Se realizó una búsqueda y selección de herramientas bioinformáticas que permitieran establecer las características de los motivos EPIYA. La presencia de motivos tipo EPIYA-A y EPIYA-B, seguido por una a dos repeticiones de EPIYA-C, similares a los reportados para países de Occidente, fueron encontrados. De las aplicaciones bioinformáticas evaluadas, solo un conjunto de herramientas demostró ser útil en la caracterización de las unidades de repetición en la proteína CagA.

Helicobacter pylori CagA protein, the cagA gen product, has been considered as a virulence factor associated with a considerable increase risk for develops severe gastric illness. The purpose of this research was to design a molecular and bioinformatics strategy that allowed the establishment of phosphorylation status of the tyrosine residue of the CagA protein. The amplification and sequencing of the variable fragment region of cagA in the positive CagA samples were used to do the bioinformatics analysis in order to establish the characteristics of the EPIYA motifs. The presence of the EPIYA-A and EPIYA-B motifs, followed by one or two EPIYA-C repetitions, similar to those reported previously for occidental countries were set up. From the different bioinformatics applications that were employed only one group of tools proved to be useful to characterize the repeated units presents in the CagA protein.