Clinical and genetic study of developmental and epileptic encephalopathy in argentinean pediatric patients / Estudio clínico y genético de encefalopatía epiléptica y del desarrollo en pacientes pediátricos argentinos

Abstract Introduction: The aim of this study was to extend our knowledge of the genetic background of Argentinean pediatric patients with developmental and epileptic encephalopathy (DEE) applying a next generation sequencing (NGS) panel. Methods: Thirty one patients with DEE were studied, including these phenotypes: Dravet syndrome (n:7), Dravet like syndrome (n:3), West syndrome (WS) (n:6), WS that evolved to Lennox-Gastaut syndrome (LGS) (n:4), epilepsy of infancy with migrating focal seizures (n:2), continuous spikes and waves during slow sleep evolving to LGS (n:1), LGS (n:1), myoclonic status in non-progressive encephalopathy (n:1), myoclonic atonic epilepsy (n:1), epileptic encephalopathy with multifocal spikes (n:1) and unclassified epileptic encephalopathy (n:4). Fifty-two genes frequently associated with DEE were studied by NGS in genomic DNA from peripheral blood. Results: Relevant variants were detected in 12 cases; 6 novel pathogenic or likely pathogenic variants, 6 previously reported as pathogenic and 1 variant of unknown sig nificance. Single-nucleotide heterozygous variants were identified in the SCN1A (5), GABRG2 (1), STXBP1 (2) genes, a mosaic variant in SCN2A (1) and a homozygous variant in SCN1B (1). Additionally, a heterozygous deletion involving the SCN1A, SCN2A and SCN3A genes (1), and the most frequent triplet repeat expansion in the ARX gene (1) were detected. Discussion: Genetic diagnosis was made in 39% of patients. We emphasize the importance of considering mosaic variants, copy number variants and hereditary forms when designing and interpreting molecular studies, to optimize diagnosis and management of patients. Approximately 42% of the de tected variants were novel, expanding the knowledge of the molecular basis of DEEs in Latin-American patients.

Resumen Introducción: El objetivo del estudio fue ampliar el conocimiento de las bases moleculares de las encefalopatías epilépticas y del desarrollo (EED) en pacientes pediátricos argentinos aplicando un panel de secuenciación de nueva generación (NGS). Métodos: Se analizaron 31 pacientes con los fenotipos clínicos de síndrome de Dra vet (n:7), síndrome símil Dravet (n:3), síndrome de West (SW) (n:6), SW que evoluciona a síndrome de Lennox Gastaut (SLG)(N:4), epilepsia de la infancia con crisis focales migratorias (n:2), actividad de punta onda continua durante el sueño que evolucionan a SLG (n:1), SLG (n:1), encefalopatía no progresiva con estatus mioclónico (n:1), epilepsia mioclónica atónica (n:1), encefalopatía epiléptica con espigas multifocales (n:1) y encefalopatía epiléptica indeterminada (n:4). Se estudiaron los 52 genes más frecuentemente asociados a EED a través de NGS, en ADN extraído de sangre periférica. Resultados: Se identificaron variantes relevantes en 12 casos, de las cuales 5 fueron nuevas y 6 previamente reportadas como patogénicas o posiblemente patogénicas, mien tras que una variante fue clasificada como de significado incierto. Variantes heterocigotas, de nucleótido único, se identificaron en los genes SCN1A (5), GABRG2 (1), STXBP1 (2), una variante en mosaico en SCN2A (1) y otra homocigota en SCN1B (1). Además, se detectó una deleción que involucra a los genes SCN1A, SCN2A y SCN3A (1) y la expansión de repeticiones de tripletes más frecuente en el gen ARX (1). Discusión: Se alcanzó el diagnóstico molecular en el 39% de los pacientes. Remarcamos la importancia de considerar variantes en mosaico, variantes en el número de copias y formas heredadas al momento de diseñar e interpretar los estudios moleculares, de tal forma de optimizar el diagnóstico y seguimiento de los pacientes con EED. Cabe destacar, que el 42% de las variantes detectadas fueron nuevas, ampliando nuestro conocimiento sobre las bases mole culares de las EED en población latino americana.

Avances genómicos de la última década y su influencia en el enfoque diagnóstico de la discapacidad intelectual / Genomic advances in the last decade and their influence in the diagnosis of intellectual disability

RESUMEN La inteligencia humana es un rasgo poligénico (~1000 genes) con una influencia de cada gen aproximadamente ascendente al 0,1%. Es un atributo indispensable para el desarrollo personal, familiar, social y económico y tiene, además, una relación directamente proporcional al mantenimiento de la salud y a una mayor esperanza de vida. La discapacidad intelectual, consecuentemente, afecta todas estas áreas y constituye un problema de salud pública en varios países de Latinoamérica en los que exhibe una prevalencia mayor al 10%. La etiología de la discapacidad intelectual sea aislada o sindrómica, es genética hasta en un 85% de los casos; se diagnostica mediante las nuevas tecnologías de búsqueda en el genoma, tales como la secuenciación masiva y el análisis cromosómico por micromatrices. El diagnóstico etiológico de la discapacidad intelectual permite la selección de terapias específicas, la determinación del pronóstico y de riesgos de recurrencia familiar e individual.

SUMMARY Human intelligence is a polygenic trait (~1000 genes), with an approximate influence of 0.1% per every individual gen. It is an indispensable attribute for personal, familial, social, and economic development; furthermore, it is directly proportional to health maintenance and a longer life expectancy. Consequently, intellectual disability affects all these areas, and constitutes a public health problem in several Latin American countries where it shows a >10%. In ~85% of the patients, the etiology of intellectual disability, be that isolated or syndromic; it is mostly diagnosed through the new technological search studies of the genome, such as new generation sequencing and/or chromosomal microarray analysis. The clinical and etiological diagnosis of intellectual disability, when duly confirmed, allows the choice of specific treatment modalities, the precise determination of prognosis, and the estimation of individual or familial recurrence risks.

Genómica de los trastornos del desarrollo neurológico / Genomics of neurodevelopmental disorders

Introduction: Neurodevelopmental disorders (NDD) are featured by a delay in the acquisition of motor functions, cognitive abilities and speech, or combined deficits in these areas with the onset before the age of 5 years. Genetic causes account for approximately a half of all NDD cases. Objective: to describe alterations of the genome implied in neurodevelopmental disorders and some aspects of their genetic counseling. Methods: Bibliographic search in Medline, Pubmed, Scielo, LILACS and Cochrane, emphasizing in the last five years, the relationship between the various genetic factors that may be involved in neurodevelopmental disorders. Results: Multiple genetic factors are involved in neurodevelopmental disorders, from gross ones such as chromosomal aneuploidies to more subtle ones such as variations in the number of copies in the genome. Special emphasis is placed on microdeletion-micro duplication syndromes as a relatively frequent cause of NDDs and their probable mechanisms of formation are explained. Final Considerations: Genetic aberrations are found in at least 30-50 percent of children with NDD. Conventional karyotyping allows the detection of chromosomal aberrations encompassing more than 5-7 Mb, which represent 5-10 percent of causative genome rearrangements in NDD. Molecular karyotyping (e.g. SNP array/array CGH) can significantly improve the yield in patients with NDD and congenital malformations(AU)

Introducción: Los trastornos del neurodesarrollo están caracterizados por retardo en la adquisición de las funciones motoras, habilidades cognitivas para el habla o el déficit combinado en estas áreas; se presenta en niños menores de 5 años de edad. Las causas genéticas están implicadas en más de la mitad de los pacientes con estos trastornos Objetivo: Examinar las alteraciones del genoma implicados en los trastornos del neurodesarrollo y algunos aspectos de su asesoramiento genético. Métodos: Búsqueda bibliográfica en Medline, Pubmed, Scielo, LILACS y Cochrane con énfasis en los últimos cinco años, acerca de la relación entre los variados factores genéticos que pueden estar involucrados en los trastornos del neurodesarrollo. Resultados: Los factores genéticos involucrados pueden ser groseros como las aneuploidías cromosómicas hasta los más sutiles como las variaciones en el número de copias en el genoma. Se describen los síndromes de microdeleción-micro duplicación como una causa relativamente frecuente de los trastornos del neurodesarrollo y se explican sus probables mecanismos de formación. Se relacionan las aneuploidías cromosómicas y las variaciones en el número de copia como causas de estos trastornos. Consideraciones finales . Las aberraciones genéticas se encuentran en 30-50 por ciento de los niños con trastornos del neurodesarrollo. El cariotipo convencional permite la detección de aberraciones cromosómicas que abarcan más de 5-7 Mb, lo que representa 5-10 por ciento de los reordenamientos genómicos causales en estos trastornos. El cariotipo molecular (por ejemplo, una matriz de SNP/ CGH de matriz) puede mejorar significativamente la certeza del diagnóstico en pacientes con trastornos del neurodesarrollo y malformaciones congénitas(AU)

Ensino de comportamento verbal elementar por exemplares múltiplos em crianças com autismo / Teaching elementary verbal behavior by multiple exemplar in children with autism / Enseñanza del comportamiento verbal elemental mediante múltiples copias en niños con autismo

No escopo da investigação de sob quais condições ocorre a aprendizagem e a emergência de operantes verbais, diferentes condições de ensino têm sido planejadas. Considerando que a população com Transtorno do Espectro Autista (TEA) apresenta frequentemente um repertório de operantes verbais ausente ou fracamente estabelecido, é necessário o estudo do planejamento de intervenções sistemáticas desses repertórios com condições de favorecer não só a aquisição de vocabulário, mas também o seu potencial gerativo de novas funções verbais. O Multiple Exemplar Instruction (MEI) é uma estrutura de ensino que tem demonstrado resultados promissores pela sua capacidade de estabelecer relações entre comportamentos de ouvinte e de falante e gerar novas respostas verbais. O objetivo deste estudo foi verificar os efeitos do MEI sobre o estabelecimento e integração entre os repertórios de ouvinte e de falante (ecoico, tato e mando). Participaram duas crianças com TEA, com idades de 7 e 8 anos e cuja comunicação era muito restrita e baseada em trocas de figuras. O ensino adotou três conjuntos com três estímulos cada. O ensino com cada conjunto foi realizado separadamente. Ora o ensino consistia no treino de ouvinte baseado em seleção, ora tentativas de ouvinte, ecoico, tato e mando, eram apresentadas de forma rotativa. Sondas múltiplas intercalaram os ensinos e verificaram os efeitos destes sobre o repertório de falante com os demais conjuntos. Os resultados demonstraram um aumento na emissão de respostas de ouvir e falar após o ensino por MEI para os dois participantes, ambos com repertório verbal restrito, mas o procedimento foi mais efetivo para uma das crianças...(AU)

In the scope of research about under what conditions the learning and emergency of verbal operants occurs, different teaching conditions have been planned. Considering that the population with Autistic Spectrum Disorder (ASD) often has a repertoire of verbal operants absent or poorly established, it is necessary to study the planning of systematic interventions in these repertoires with conditions to favor not only vocabulary acquisition, but also their generative potential of new verbal functions. The Multiple Exemplar Instruction (MEI) is a teaching structure that has shown promising results for its ability to establish relationships between listening and speaker behaviors and to generate new verbal responses. The objective of this study was to verify the effects of the MEI on the establishment and integration between the listener repertoires and the speaker (echoic, tact and mand). Two children with ASD, aged between 7 and 8 years old, participated in the study, whose communication was very restricted and based on exchanges of figures. The teaching adopted three sets with three stimuli each. Teaching with each set was carried out separately. The teaching consisted of the training of listener based on selection, sometimes attempts of listener, echoic, tact and mand, were presented in a rotating way. Multiple probes intercalated the teachings and verified the effects of these on the repertoire of speaker with the other sets. The results showed an increase in the emission of listening and speaking responses after MEI teaching for the two participants, both with restricted verbal repertoire, but the procedure was more effective for one of the children...(AU)

El el ámbito de la investigación de en qué condiciones se produce el aprendizaje y la aparición de operantes verbales, se han planificado diferentes condiciones de enseñanza. Teniendo en cuenta que la población con Trastorno del Espectro Autista (TEA) con frecuencia presenta un repertorio de operantes verbales ausentes o débilmente establecidos, es necesario estudiar la planificación de intervenciones sistemáticas en estos repertorios con condiciones para favorecer no solo la adquisición de vocabulario, sino también su potencial generativo de nuevas funciones verbales. La Instrucción Ejemplar Múltiple (MEI) es una estructura de enseñanza que ha mostrado resultados prometedores por su capacidad para establecer relaciones entre los comportamientos del oyente y el hablante y generar nuevas respuestas verbales. El objetivo de este estudio fue verificar los efectos del MEI en el establecimiento e integración entre los repertorios de oyentes y hablantes (eco, tacto y comando). Participaron dos niños con TEA, de 7 y 8 años, cuya comunicación era muy restringida y basada en intercambios de figuras. La enseñanza adoptó tres conjuntos con tres estímulos cada uno. La enseñanza con cada conjunto se llevó a cabo por separado. Algunas veces la enseñanza consistía en entrenar al oyente en base a la selección, a veces los intentos de escuchar, eco, tacto y comando, se presentaban de manera rotativa. Múltiples sondas intercalan las enseñanzas y verifican sus efectos en el repertorio de los hablantes con los otros grupos. Los resultados mostraron un aumento en la emisión de respuestas para escuchar y hablar después de la enseñanza de MEI para ambos participantes, ambos con repertorio verbal restringido, pero el procedimiento fue más efectivo para uno de los niños...(AU)

Variação de número de cópias no cromossomo 4: uma possível síndrome genética? / Number copies variation in chromosome 4: a possible genetic syndrome?

INTRODUÇÃO: Variantes de número de cópias (CNVs) são variações no número de cópias de uma região da sequência genômica, descrevendo deleções ou ganhos em relação a indivíduos controle. Podem ser comuns e de caráter benigno, de significado incerto ou variantes patogênicas. Para interpretação, classificação e avaliação de significado clínico, é realizado comparação dos resultados nas bases de dados do laboratório e análise da literatura científica. OBJETIVO: Relatar caso de adolescente com duplicação/triplicação no cromossomo 4 com déficit cognitivo e dismorfismo facial e discutir se essa CNV pode ser responsável pelos achados clínicos. RELATO DE CASO: Paciente de 15 anos, sexo feminino, levada ao ambulatório de Genética para investigação de possível síndrome genética. Pais consanguíneos (primos). Desde a infância apresenta estrabismo divergente, atraso no desenvolvimento neuropsicomotor com dificuldade de fala. Cursou com síndrome hipotônica com espasmos mioclônicos. Evoluiu com déficit cognitivo. A Ressonância magnética de encéfalo demonstrou comprometimento de hemisférios cerebelares e atrofia de ponte e mesencéfalo. Cariótipo normal (46, XX) e hibridização genômica comparativa baseada em microarranjos (a-CGH) revelou duplicação/ triplicação na região 4p 15.32p15.31, variante de significado incerto. CONCLUSÃO: Destaca-se a importância da investigação através de análises cromossômicas por microarranjos em pacientes com deficiência intelectual, síndrome do espectro do autismo e múltiplas malformações congênitas - isto para aprimoramento diagnóstico, cuidados médicos específicos e aconselhamento genético.

INTRODUCTION: Copy number variants (CNVs) are variations in the number of copies of a region of the genomic sequence, describing deletions or gains in relation to control individuals. They may be common and of benign nature, of uncertain meaning or pathogenic variants. For interpretation, classification and evaluation of clinical significance, a comparison of the results in the laboratory databases and analysis of the scientific literature is performed. OBJECTIVE: To report a case of adolescent with duplication / triplication on chromosome 4 with cognitive deficit and facial dysmorphism and to discuss whether this CNV can be responsible for the clinical findings. CASE REPORT: A 15-year-old female patient was taken to the Genetics outpatient clinic to investigate a possible genetic syndrome. Consanguineous parents. Since childhood, she has divergent strabismus, delayed neuropsychomotor development with speech difficulties. She developed with hypotonic syndrome with myoclonic spasms. She evolved with cognitive deficit. Magnetic resonance imaging of brain showed compromised cerebellar hemispheres and atrophy of the bridge and midbrain. Normal karyotype (46, XX) and comparative genomic hybridization based on microarrays (a-CGH) revealed duplication / triplication in the region 4p 15.32p15.31, variant of uncertain meaning. CONCLUSION: The importance of research through chromosomal analysis by microarray in patients with intellectual disability, autism spectrum syndrome and multiple congenital malformations is highlighted ­ this for diagnosis improvement, specific medical care and genetic counseling.

Genomic imbalances in syndromic congenital heart disease / Desequilíbrios genômicos na cardiopatia congênita sindrômica

Abstract Objective: To identify pathogenic genomic imbalances in patients presenting congenital heart disease (CHD) with extra cardiac anomalies and exclusion of 22q11.2 deletion syndrome (22q11.2 DS). Methods: 78 patients negative for the 22q11.2 deletion, previously screened by fluorescence in situ hybridization (FISH) and/or multiplex ligation probe amplification (MLPA) were tested by chromosomal microarray analysis (CMA). Results: Clinically significant copy number variations (CNVs ≥300 kb) were identified in 10% (8/78) of cases. In addition, potentially relevant CNVs were detected in two cases (993 kb duplication in 15q21.1 and 706 kb duplication in 2p22.3). Genes inside the CNV regions found in this study, such as IRX4, BMPR1A, SORBS2, ID2, ROCK2, E2F6, GATA4, SOX7, SEMAD6D, FBN1, and LTPB1 are known to participate in cardiac development and could be candidate genes for CHD. Conclusion: These data showed that patients presenting CHD with extra cardiac anomalies and exclusion of 22q11.2 DS should be investigated by CMA. The present study emphasizes the possible role of CNVs in CHD.

Resumo Objetivo: Identificar desequilíbrios genômicos patogênicos em pacientes que apresentam cardiopatias congênitas (CC) e anomalias extracardíacas e exclusão da síndrome de deleção 22q11.2 (SD22q11.2). Métodos: Foram avaliados por microarray cromossômico (CMA) 78 pacientes negativos para a deleção 22q11.2, previamente testados por hibridação in situ com fluorescência (FISH) e/ou amplificação de múltiplas sondas dependentes de ligação (MLPA). Resultados: Foram identificadas variações do número de cópias de DNA (CNVs) clinicamente significativas (≥ 300 kb) em 10% (8/78) dos casos, além de CNVs potencialmente relevantes em dois casos (duplicação de 993 kb em 15q21.1 e duplicação de 706 kb em 2p22.3). Genes envolvidos como IRX4, BMPR1A, SORBS2, ID2, ROCK2, E2F6, GATA4, SOX7, SEMAD6D, FBN1 e LTPB1 são conhecidos por atuar no desenvolvimento cardíaco e podem ser genes candidatos a CC. Conclusão: Esses dados mostram que pacientes que apresentam CC, com anomalias extracardíacas e exclusão da SD22q11.2, devem ser investigados por CMA. Ainda, este estudo enfatiza a possível função das CNVs nas CC.

Carcinoma ex-pleomorphic adenoma derived from recurrent pleomorphic adenoma shows important difference by array CGH compared to recurrent pleomorphic adenoma without malignant transformation / Carcinoma ex-adenoma pleomórfico derivado de adenoma pleomórfico recorrente mostra diferença importante por array CGH em comparação com adenoma pleomórfico recorrente sem transformação maligna

Abstract Introduction: A key step of cancer development is the progressive accumulation of genomic changes resulting in disruption of several biological mechanisms. Carcinoma ex-pleomorphic adenoma (CXPA) is an aggressive neoplasm that arises from a pleomorphic adenoma. CXPA derived from a recurrent PA (RPA) has been rarely reported, and the genomic changes associated with these tumors have not yet been studied. Objective: We analyzed CXPA from RPAs and RPAs without malignant transformation using array-comparative genomic hybridization (array-CGH) to identify somatic copy number alterations and affected genes. Methods: DNA samples extracted from FFPE tumors were submitted to array-CGH investigation, and data was analyzed by Nexus Copy Number Discovery Edition v.7. Results: No somatic copy number alterations were found in RPAs without malignant transformation. As for CXPA from RPA, although genomic profiles were unique for each case, we detected some chromosomal regions that appear to be preferentially affected by copy number alterations. The first case of CXPA-RPA (frankly invasive myoepithelial carcinoma) showed copy number alterations affecting 1p36.33p13, 5p and chromosomes 3 and 8. The second case of CXPA-RPA (frankly invasive epithelial-myoepithelial carcinoma) showed several alterations at chromosomes 3, 8, and 16, with two amplifications at 8p12p11.21 and 12q14.3q21.2. The third case of CXPA-RPA (minimally invasive epithelial-myoepithelial carcinoma) exhibited amplifications at 12q13.3q14.1, 12q14.3, and 12q15. Conclusion: The occurrence of gains at chromosomes 3 and 8 and genomic amplifications at 8p and 12q, mainly those encompassing the HMGA2, MDM2, WIF1, WHSC1L1, LIRG3, CDK4 in CXAP from RPA can be a significant promotional factor in malignant transformation.

Resumo Introdução: Uma etapa fundamental do desenvolvimento do câncer é o acúmulo progressivo de alterações genômicas, resultando na ruptura de vários mecanismos biológicos. Carcinoma ex-adenoma pleomórfico (CXAP) é uma neoplasia agressiva que surge a partir de um adenoma pleomórfico. O CXAP derivado de um AP recorrente (APR) foi raramente relatado e, até o momento, as alterações genômicas associadas a esses tumores não foram estudados. Objetivo: Avaliar as diferenças entre os CXAPs decorrentes de APRs e os APRs sem transformações malignas usando hibridização genômica comparativa em microarrays (array Comparative Genomic Hibridization - aCGH) a fim de identificar alterações no número de cópias somáticas e os genes afetados. Método: Amostras de DNA extraídas de tumores provenientes de tecido emblocado em parafina foram submetidos à investigação com a técnica aCGH, e os dados foram analisados com o Nexus Copy Number Discovery Edition v.7. Resultados: Não observamos alterações no numero de cópias somáticas nos APRs sem transformação maligna. Quanto ao CXAP de APR, embora os perfis genômicos sejam exclusivos para cada caso, detectamos algumas regiões cromossômicas que pareciam ser preferencialmente afetadas por alterações no número de cópias. O primeiro caso de CXAP-APR (carcinoma mioepitelial francamente invasivo) apresentou alterações no numero de cópias afetando 1p36.33p13, 5p e cromossomos 3 e 8. O segundo caso de CXAP-APR (carcinoma epitelialmioepitelial francamente invasivo) apresentou várias alterações nos cromossomos 3, 8 e 16, com duas amplificações em 8p12p11.21 e 12q14.3q21.2. O terceiro caso de CXAP-APR (carcinoma epitelial-mioepitelial minimamente invasivo) apresentou amplificações em 12q13.3q14.1, 12q14.3, e 12q15. Conclusão: A ocorrência de ganhos de cromossomos 3 e 8, e as amplificações genômicas em 8p e 12q, principalmente aquelas que englobam os HMGA2, MDM2, WIF1, WHSC1L1, RG3, CDK4 no CXAP decorrente de APR podem ser fatores promocionais significativos para a transformação maligna.

Biossimilares: uma discussão de controvérsias / Biossimilars: a discussion on the controverses

Com o vencimento da patente dos três primeiros anti-TNFs o interesse comercial para o desenvolvimento de cópias conhecidas como biossimilares despertou grande interesse e se encontra em desenvolvimento. No Brasil, a regulação prevê que um verdadeiro biossimilar seja aquele que tenha estudos adequadamente bem feitos de comparação com o produto original (inovador). Entretanto, em alguns países da América Latina, a intenção de cópias (biocópias) foi registrada e está disponível no mercado. No artigo, fazemos uma exposição ampla sobre o momento atual e como o reumatologista deve atualizar-se com a nova perspectiva dos biossimilares.

Investigação da variação no número de cópias genômicas (CNVs) em pacientes com anomalias congênitas e atraso de desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM) pela técnica de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) / Investigation of the copy number variation (CNVs) in patients with congenital anomalies (CA) and mental retardation (MR) using the MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) technique

INTRODUÇÃO: Os desequilíbrios genômicos constituem causa frequente de abortamento, anomalias congênitas (AC) e atraso de desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM). O aprimoramento de novas técnicas de diagnóstico citogenômico, como por exemplo, a MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) e a triagem ampla do DNA utilizando arrays, mostraram que a alteração no número normal de cópias genômicas (CNVs) influencia na patogenicidade dos fenótipos em diversas síndromes. OBJETIVOS: Com isso, os objetivos do presente estudo foram identificar CNVs em pacientes com MC e ADNPM utilizando a técnica de MLPA e, a partir dos resultados alterados, aplicar da técnica de array para a identificação de possíveis rearranjos complexos, além de associar as alterações moleculares encontradas com o fenótipo dos pacientes. MÉTODOS: Participaram do estudo 416 pacientes com MC e ADNPM. As amostras de DNA foram analisadas utilizando a técnica de MLPA com kits comerciais para as principais síndromes de microdeleções (P064) e regiões subteloméricas (P036 e P070). Dois kits de MLPA específicos para as regiões 7q11.23 (P029) e 22q11.2 (P250) também foram utilizados para complementar a identificação de CNVs atípicas. Entre os casos que apresentavam alterações pela técnica de MLPA, 15 pacientes foram submetidos à técnica de array, utilizando três diferentes plataformas: Agilent SurePrint G3 Genoma Humano microarray 180 K, HumanCytoSNP-12 BeadChip, CytoScan(TM) HD array 6.0 Affymetrix®. RESULTADOS: A análise molecular pela técnica de MLPA possibilitou a detecção de microdeleções e/ou microduplicações em 97 pacientes sendo que: em 46 pacientes foi possível encontrar alterações utilizando apenas o kit P064 (microdeleções), em 34 pacientes utilizando apenas os kits P036 e P070 (regiões subteloméricas) e em quatro pacientes só foi possível identificar a alteração utilizando outro kit de MLPA (P250), específico para alterações genômicas em 22q11.2. Rearranjos complexos, envolvendo mais...

INTRODUCTION: Genomic imbalances are the most common cause of miscarriage, congenital anomalies (CA) and mental retardation (MR). With the improvement of new cytogenomics diagnostic techniques, such as the MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) and the array techniques, it have been shown that changes in the normal gene copy number influence the pathogenic variability of phenotypes in different syndromes. AIMS: The aims of the present study were to identify CNVs in patients with CM and RM using the MLPA technique and, from the abnormalities results, to apply the array methodology for the identification of complex rearrangements. Furthermore, the study aimed to associate the alterations found by molecular techniques with the phenotype of patients. METHODS: 416 patients with CM and RM participated in the study. The samples were analysed by MLPA technique with commercial kits for the main microdeletion syndromes (P064) and subtelomeric regions (P036 and P070). Two more MLPA kits for specific regions 7q11.23 (P029) and 22q11.2 (P250) were used to confirm the altered results and to complement some results with the identification of atypical abnormalities. From the patients who presented abnormalities by MLPA technique, 15 underwent by microarray-based comparative genomic hybridization (CGH-array) technique, using three different platform: Agilent SurePrint G3 Human Genome microarray 180 kb, HumanCytoSNP -12 BeadChip, CytoScan(TM) HD ® and Affymetrix 6.0. RESULTS: The molecular analysis by MLPA technique allowed the detection of microdeletions and/or microduplications in 97 patients. In 46 patients it was possible to find genomic alteration using only MLPA kit P064 and in 34 patients using only the subtelomeric kits P036 and P070. For four patients it was only possible to identify the genomic abnormalities using another specific MLPA kit (P250), involving the 22q11.2 region. Complex rearrangements involving more than three chromosomes were detected...

Alteração no número de cópias genômicas e expressão gênica em larga escala em carcinomas de pênis / Copy number alterations and gene expression profiling by large-scale analysis in penile carcinomas

O câncer de pênis (CaPe) é uma neoplasia rara que ocorre em homens preferencialmente a partir da sexta década de vida. Análises utilizando métodos em genética molecular são extremamente limitadas nesses tumores. Esse projeto teve como objetivos identificar alterações no número de cópias genômicas e no padrão de expressão gênica, bem como o perfil integrado dos dados genômicos e transcriptômicos, para determinar biomarcadores relevantes em tumores de pênis. Foram obtidas 48 lesões penianas, sendo 43 carcinomas de células escamosas (CEC) primários, dois carcinomas in situ (CIS), uma hiperplasia (HP), uma metástase e uma recidiva. A genotipagem do HPV foi realizada para 47 amostras utilizando o kit Linear Array HPV Test Genotyping (Roche, CA, USA). A plataforma 4x44K (Agilent Technologies, CA, USA) foi utilizada para análises de alterações no número de cópias genômicas (n=43) e na expressão de transcritos (n=42). A análise dos dados genômicos foi realizada no programa Nexus 6.0 (Biodiscovery, CA, USA) e dos dados de expressão pelo software TMeV 4.5 (http://www.tm4.org). A integração dos dados foi realizada em 37 casos com dados disponíveis para as duas metodologias usando a correlação de Pearson. A análise funcional in silico dos genes alterados foi realizada com o software Ingenuity Pathway Analysis (IPA - Ingenuity® Systems, http://www.ingenuity.com). A confirmação dos dados ocorreu por qPCR e FISH para as alterações genômicas e RT-qPCR para a expressão dos transcritos. A genotipagem para o HPV revelou positividade em 14/42 CaPe avaliados (33,3%), dois CIS, uma HP e uma metástase. As análises de aCGH mostraram um perfil genômico distinto para carcinomas verrucosos em relação aos outros subtipos histológicos de CEC. Entre os tumores, foram encontradas 1.074 alterações no número de cópias (média de 28,3±17,8 CNAs/indivíduo). Os ganhos genômicos mais comuns foram detectados em 3q, 5p, 8q, 9p, 9q, 20p e 21p, enquanto as perdas ocorreram em 3p, 8p, 9p, 21p e Y...

Penile cancer is a rare malignancy that occurs predominantly in men after the sixth decade of life. Molecular genetic data in penile cancer are extremely limited. In this study, it was evaluated copy number alterations and global gene expression by large-scale analysis in penile carcinomas, as well as the integrative profile between genomic and transcriptomic data, in order to uncover the main biomarkers in penile tumors. Forty-eight penile lesions were obtained: 43 squamous cell carcinomas (CEC), two in situ carcinoma (CIS), one hyperplasia (HP), one metastasis and one recurrence. HPV genotyping was performed for 47 samples using Linear Array HPV Test Genotyping kit (Roche, CA, USA). Genomic copy number alterations (n=43) and gene expression analysis (n=42) were assessed by 4x44K platforms (Agilent Technologies, CA, USA). Genomic data were analyzed by Nexus 6.0 (Biodiscovery, CA, USA) and gene expression by using TMeV 4.5 software (http://www.tm4.org). Integrative analysis was carried out for 37 penile tumors with both genomic and transcriptomic available data using Pearson correlation. In silico functional analysis of altered genes was performed by Ingenuity Pathway Analysis software (IPA, Ingenuity® Systems, http://www.ingenuity.com). Data confirmation was performed using qPCR and FISH for copy number alterations, and RT-qPCR for transcript expression results. Fourteen out of 42 penile cancers evaluated (33.3%) were positive for HPV infection, as well as two CIS, one HP and one metastasis. In comparison to other CEC subtypes, aCGH analysis showed differential genomic profile for verrucous carcinomas. Considering tumors, it was found 1.074 copy number alterations (in average, 28.3±17.8 CNA/individual). The most common copy number gains were detected in 3q, 5p, 8q, 9p, 9q, 20p and 21p. Chromosomal losses were found in 3p, 8p, 9p, 21p and Y. Specific alterations on chromosomes 3 and 8 were related to worse outcome and shorter survival. Nineteen differential...

Análise molecular de pacientes com síndrome de Smith-Magenis / Molecular analysis of patients with Smith-Magenis Syndrome

A síndrome de Smith-Magenis (SMS) foi descrita , em 1986, como uma síndrome que envolvia uma mutação na região 17p em 9 pacientes. Sua prevalência esta estimada em um caso a cada 25.000 nascidos vivos. A SMS apresenta fenótipo que inclui características físicas, no desenvolvimento e comportamentais. Os sinais faciais se caracterizam por uma face larga e de forma quadrangular, braquicefalia, frontal proeminente, sinofre, fendas palpebrais alongadas para cima, ponte nasal larga, hipoplasia de face média, nariz largo e achatado, micrognatia na infância com relativa prognatia com a idade e lábio superior protruso e em „v‟ invertido. Os sinais clínicos mais importantes na SMS são omportamentais que levam a autoagressão, hiperatividade e déficit atenção. Foram estudados 31 pacientes brasileiros com suspeita diagnóstica de SMS. As análises genéticas realizadas para avaliar este grupo incluíram técnicas de citogenética molecular (FISH), aCGH, PCR quantitativa e busca por mutações na região de transcrição do gene RAI1. Os resultados demostraram que mais de 90% dos casos neste estudo tinham deficiência mental, atraso no desenvolvimento da fala e comportamento de auto-injúria. Além disso, 30% (9/30) tiveram deleção ou mutação de ponto na região 17p11.2 e RAI1 gene, sendo que 67% apresentaram uma deleção clássica (6/9), 11% tinham uma deleção atípica (1/9) e 22% (2/9) tinham uma mutação no gene RAI1. Foi possível determinar o ponto de quebra das deleções observadas e determinar os genes envolvidos. A deleção atípica descrita neste trabalho atingiu parte do gene RAI e até o momento não havia sido descrita. Além disso, duas mutações de ponto, no exon 3 do gene foram descritas. Por fim, dentro grupo estudado, foi diagnosticado um caso com síndrome da deleção 1p36, sendo possível a sugestão de um novo diagnóstico diferencial para a SMS...

The Smith-Magenis syndrome (SMS) was described in 1986 as a syndrome involving a deletion in the 17p region in 9 patients. Its prevalence is estimated at one case per 25.000 live births. The SMS has phenotype that includes physical and behavioral development. The facial features are characterized by brachycephaly, midface hypoplasia, relative prognatism, everted, "tented" upper lip and deep-set, close-spaced eyes. The most important clinical features in SMS are leading behavioral self-injury, hyperactivity and attention deficit. We studied 31 Brazilian patients with suggested diagnostic to SMS. The genetic analysis performed to evaluate this group included molecular cytogenetic techniques (FISH), aCGH, quantitative PCR and the search for mutations in the gene transcription RAI1. Results showed that over 90% of the cases in this study had intellectual disability, delayed speech-language development, and self-injurious behavior. Furthermore, 30% had deletion or point mutation in the 17p11.2 region and RAI1 gene. Within this group, we found that 67% carried a classic deletion, 11% had an atypical deletion and 22% had a mutation in the RAI1 gene. It was possible to determine the breakpoint of the deletions observed and to determine the genes involved. The atypical deletion described reached part of the gene RAI1 and to date had not been described. In addition, two point mutations in exon 3 gene have been described. Finally, in this study group, one case was diagnosed with 1p36 deletion syndrome hinting of a possible new Differential Diagnosis for SMS...