Effectiveness of the National Quality Control Program in Mycology of Argentina and performance evaluation of participating laboratorios / Efectividad del Programa Nacional de Control de Calidad en Micología de Argentina y evaluación del desempeño de los laboratorios participantes

Abstract The National Quality Control Program in Mycology (PNCCM) of Argentina was establishedin 1996 to improve the quality of the mycological diagnosis, to help establish and to setup standardized procedures and continuous training of laboratory staff. The aim of this studywas to assess the effectiveness of the PNCCM in the 1996---2018 period. Data from the NationalMycology Laboratory Network (NMLN) and PNCCM database was used to estimate the increasein the number of controlled laboratories and jurisdictions, the percentage of participation, theimprovement in the quality of results and the adherence to the program. Satisfaction surveyswere performed to assess user satisfaction. The number of controlled laboratories increasedfrom 29 to 146; participation increased from 49% to 93% and general adherence was 72% inthe evaluated period (1996---2018). Improvement in the quality of the results was 15% for lowcomplexity samples; 7% for intermediate complexity samples and 14% for the identification ofhigh complexity strains. Up to 84% of the users consider the PNCCM to be ''very good'' and 16%''satisfactory''. These results show the importance of the PNCCM, which is widely accepted bymycological diagnostic laboratories from Argentina.

Resumen En 1996 se creó el Programa Nacional de Control de Calidad en Micología (PNCCM)de Argentina con el objetivo de mejorar la calidad del diagnóstico micológico, colaborar enel establecimiento de procedimientos estandarizados en aquellos laboratorios que carecen deellos y contribuir a la capacitación continua del personal.El objetivo de este estudio fue evaluar la efectividad del PNCCM en el período 1996-2018.Se utilizaron los datos de la base de la Red Nacional de Laboratorios de Micología (RNLM) ydel PNCCM para estimar el aumento en el número de laboratorios controlados y el porcentajede participación, la mejora de la calidad de los resultados y la adhesión al programa. Paraevaluar el grado de satisfacción de los usuarios, se analizaron las encuestas de satisfacción delos participantes. En el período evaluado, el número de laboratorios controlados aumentó de 29a 146, la participación aumentó de 49% a 93% y la adherencia general de los participantes fue del72%. La mejora de la calidad de los resultados de los laboratorios fue del 15% para muestras debaja complejidad, 7% para muestras de complejidad intermedia y 14% para la identificación decepas de alta complejidad. El 84% de los usuarios considera que el PNCCM es muy bueno y el 16%que es satisfactorio. Estos resultados evidencian la importancia del PNCCM, que es ampliamenteaceptado por los laboratorios que realizan diagnóstico micológico en nuestro país.

Production of a latex agglutination reagent for the rapid diagnosis of cryptococcal meningitis / Producción de un reactivo de látex para el diagnóstico rápido de criptococosismeníngea

Abstract Cryptococcosis is a fungal disease affecting more than one million people per yearworldwide. Its main etiological agents are Cryptococcus neoformans species complex and Cryp-tococcus gattii species complex. Cryptococcal meningitis (CM) is considered an AIDS-definingcondition. Rapid diagnosis by cryptococcal antigen assays, either the latex agglutination test(LA) or the lateral flow assay, is key to decreasing mortality due to cryptococcal disease. Theaim of the study was to develop a latex agglutination reagent (LA-ANLIS) for the rapid and reliable diagnosis of cryptococcosis in Argentina. This reagent will be produced in order to supplythe NMLN (National Mycology Laboratory Network). The evaluation of LA-ANLIS performanceand its comparison with the Cryptococcus Antigen Latex Agglutination Test System (LA-IMMY)(Immuno-Mycologics, Inc., USA) were conducted in 94 samples of cerebrospinal fluid. LA-ANLISand LA-IMMY compared exhibited 100% positive agreement and 97% negative agreement. LA-ANLIS showed 94% sensitivity and 97% specificity with the positive and negative predictivevalues of 94% and 97%, respectively. The LA-ANLIS is a reliable, reproducible and cost-effectivereagent, especially useful in countries where the commercial kit is not generally available andmust be obtained at a high cost. National production of reagents is the best choice for a reliableaccess to the rapid diagnosis of CM in Argentina.

Resumen La criptococosis es una enfermedad fúngica que afecta a más de un millón de personas por año en todo el mundo. Los principales agentes etiológicos pertenecen a los complejos de especies Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii. La criptococosis meníngea (CM) se considera una enfermedad marcadora de sida. El diagnóstico rápido de esta enfermedad a través de la detección del antígeno de Cryptococcus, ya sea por aglutinación en partículas de látex o por inmunocromatografía, es clave para disminuir la mortalidad. El objetivo del presente estudio fue desarrollar un reactivo de aglutinación en partículas de látex para el diagnóstico rápido y certero de la CM en Argentina. Este reactivo (denominado en adelante LA-ANLIS) será producido para abastecer a la Red Nacional de Laboratorios de Micología. Se evaluó el desempeno del reactivo LA-ANLIS, y se realizó una comparación con el reactivo comercial Immuno-Mycologics, Inc. (en adelante, LA-IMMY) utilizando 94 muestras de líquido cefalorraquídeo. Hubo un 100% de acuerdo positivo y un 97% de acuerdo negativo entre los resultados obtenidos con los reactivos LA-ANLIS y LA-IMMY. El reactivo LA-ANLIS mostró una sensibilidad del 94% y una especificidad del 97%; los valores predictivos positivo y negativo fueron del 94 y del 97%, respectivamente. Se concluye que el LA-ANLIS es un reactivo confiable y rentable, que arroja resultados reproducibles, por lo que es especialmente útil en países donde los reactivos comerciales generalmente no están disponibles o sus costos son elevados. La producción nacional de reactivos es la mejor opción para asegurar el acceso de todos los hospitales al diagnóstico rápido de la CM en Argentina.

Frequency and geographical distribution of genotypes and mating types of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complexes in Argentina / Frecuencia y distribución geográfica de genotipos y tipos sexuales de los complejos de especies Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii en Argentina

Abstract The aim of this work was to know the frequency and geographical distribution of genotypes and mating types of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complexes isolated from human infections in Argentina during the period from April 2009 to April 2011. A multicenter study was conducted, in which 372 isolates were obtained from 61 laboratories throughout the country. Of those, 98.8% of the isolates belonged to the C. neoformans species complex and 1.1% to the C. gattii species complex. Genotype VNI (MATa) was the most frequently isolated (n = 326, 87.6%), followed by VNII (MATa) (n = 22, 5.9%), the recently described VNII-VNIV (aADa) hybrid (n = 14, 3.8%), VNIV (MATa) (n=4, 1.1%), VNIII (aADa) hybrid (n = 1, 0.3%), and VNIII (aADa) hybrid (n = 1, 0.3%). The Argentine Central region showed the greatest number of cases and genotype diversity. Interestingly, a relative high frequency was observed in genotype VNII (MATa) in the Cuyo, Northeast and Northwest regions and, also in VNII-VNIV (aADa) hybrids in the Northwest region. C. gattii species complex was isolated at a low rate; 3 VGI (MATa) and 1 VGII (MATa) isolates were obtained from the Northwest and Central regions. In conclusion, this study shows that genotype frequencies seem to vary among regions in Argentina and reveals a relatively high frequency of rare hybrids in the Northwest region. Further regional clinical and environmental studies may help to elucidate if those varia-tions in frequencies are associated with the existence of regional ecological niches or any other regional factors.

Resumen El objetivo de! trabajo fue conocer la frecuencia y la distribución geográfica de genotipos y tipos sexuales de aislados pertenecientes a los complejos de especies Cryptococcus neoformansy Cryptococcus gattii obtenidos de infecciones humanas en Argentina. Entre abril de 2009 y abril de 2011 se realizó un estudio multicéntrico del que se obtuvieron 372 aislados de 61 laboratorios de diferentes zonas del país. El 98,8% de los aislados pertenecieron al complejo C. neoformansy el 1,1% al complejo C. gattii. El genotipo VNI (MATa) fue el más frecuente (n = 326; 87,6%), le siguieron VNII (MATa) (n = 22; 5,9%), el híbrido VNII-VNIV (aADa) (n = 14; 3,8%), VNIV (MATa) (n =4; 1,1%) y los híbridos VNIII (aADa) (n = 1; 0,3%) y VNIII (aADa) (n = 1; 0,3%). La región Centro mostró el mayor número de casos y la mayor diversidad de genotipos. Cabe destacar que el genotipo VNII (MATa) tuvo una frecuencia relativamente alta en las regiones de Cuyo, Noreste y Noroeste. En esta última región, también fue alta la frecuencia del híbrido VNII-VNIV (aADa). La frecuencia de aislamiento de miembros del complejo C. gattii fue baja: se obtuvieron 3 aislados VGI (MATa) y 1 VGII (MATa) de las regiones Centro y Noroeste. En conclusión, este estudio muestra que las frecuencias de genotipos varían entre las distintas regiones de Argentina y señala la presencia de híbridos poco comunes en una frecuencia relativamente alta dentro de la región Noroeste. Contar con mayor número de estudios clínicos y ambientales regionales podría ayudar a elucidar si tales variaciones están asociadas a la existencia de nichos ecológicos particulares o a algún otro factor regional.

National production of certified reference fungal cultures / Producción nacional de cultivos fúngicos de referencia certificados

Reference fungal cultures (RFCs) are essential for the internal quality control of laboratories. The production of these cultures requires standardized procedures (IRAM 14950:2016 and ISO 17034:2016 standards) carried out by a recognized and accredited laboratory. The aim of this work was to produce RFC in paper disks of autochthonous strains, characterized by two, homogeneous and stable reference methods traceable at species level. RFC were produced using 14 regional species (7 yeasts and 7 filamentous fungi) from the fungal culture collection (DMic). Paper disks were impregnated with a culture suspension, dried and packed. Homogeneity, viability, identity and purity were verified. Short-and long-term stability at different temperatures and storage times were studied. Characterization of each strain allowed to confirm its identity and to ensure its traceability at international level. Produced batches were homogeneous and stable at -20 ±5 °C for 30 months. This method of production was adequate to produce homogeneous and stable RFC with phenotypic and genotypic characteristics correctly defined and internationally traceable. Standardized procedures were developed for the production of certified RFC that could be transferred to other microorganisms. Providing RFC that represent regional strains allows laboratories to produce more reliable results with a favorable impact on medical diagnosis, the environment or the food industry.

Los cultivos microbianos de referencia (CR) son imprescindibles para el control de calidad interno de los laboratorios. Asegurar su producción requiere de procedimientos estandarizados (IRAM 14950:2016 e ISO 17034:2016) realizados en un laboratorio reconocido y acreditado. El objetivo de este estudio fue producir cultivos fúngicos de referencia en discos de papel, a partir de un panel de cultivos autóctonos caracterizados por dos métodos de referencia, trazables a nivel taxonómico de especie, homogéneos y estables. Se produjeron CR de 14 especies circulantes en Argentina (7 de levaduras y 7 de hongos miceliales), depositadas en la colección de hongos de interés médico (DMic). Los discos de papel fueron embebidos con una suspensión del cultivo por producir, secados y envasados. Se verificó la homogeneidad, viabilidad, identidad y pureza de cada lote. Se evaluó la estabilidad a corto y largo plazo a distintas temperaturas y tiempos de almacenamiento. La caracterización de cada CR nos permitió confirmar su identidad y asegurar su trazabilidad a nivel internacional. Los lotes producidos fueron homogéneos y estables durante 30 meses conservados a -20 ±5 °C. Este método resultó adecuado para producir CR homogéneos y estables, con características fenotípicas y genotípicas correctamente definidas y trazables a nivel internacional. Los procedimientos estandarizados desarrollados en este trabajo pueden ser transferidos para producir CR certificados de otros microorganismos. La provisión de CR que represente cepas regionales permite a los laboratorios producir resultados más confiables con un impacto favorable en el diagnóstico médico, los estudios ambientales y la industria alimenticia.

First case report of cryptococcosis due to Cryptococcus decagattii in a pediatric patient in Argentina

Abstract We report the first case of cryptococcosis due to Cryptococcus decagattii in an immunocompetent pediatric patient from an indigenous community in Argentina with a successful outcome. Two isolates (blood, cerebrospinal fluid) were genotyped by restriction fragment length polymorphism of the orotidine monophosphate pyrophosphorylase (URA5) gene as VGIV and identified by multi-locus sequence typing as C. decagattii. Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry identification indicated genotype VGIII. The minimum inhibitory concentration of amphotericin B, fluconazole, itraconazole, and voriconazole was determined (cerebrospinal fluid: 0.25, 16, 0.12, and 0.12, blood: 0.25, 4, 0.12, and 0.06, respectively, all in mg/L).

Epidemiología descriptiva y análisis espacial exploratorio de las dermatofitosis en la provincia de Buenos Aires (2002-2007) / Descriptive epidemiology and exploratory spatial analysis lasdermatofitosis in the province of Buenos Aires (2002-2007)

Las dermatofitosis son las micosis superficiales más frecuentes en la población mundial, representando un problema de gran importancia en salud pública. En la provincia de Buenos Aires,donde habita un tercio de la población Argentina, no se conoce con certeza la distribución de las formas clínicas de la enfermedad y de las especies involucradas. Con el fin de realizar un análisis descriptivo y espacial exploratorio de los casos de dermatofitosis, se analizaron los casosnotificados por la Red de Micología de la provincia de Buenos Aires en un período de 6 años. Entre 2002 y 2007, se registraron 3966 casos procedentes de 41 laboratorios distribuidos en 31 partidos. El 55 por cento de los casos se registraron en los partidos del Conurbano bonaerense y en el partido de La Plata (donde se encuentra la capital de la provincia de Buenos Aires). La relación mujer: hombre fue 1,5:1 y la moda de edad correspondió al grupo etario de 0 - 9 años. La dermatofitosis más frecuente fue la tinea unguium (51,83 por cento) seguidas por tinea capitis (19,32 por cento), tinea corporis(15,19 por cento) y tinea pedis (6,77 por cento). La identificación de dermatofitos se realizó en 1313 casos(33,11 por cento) y las frecuencias fueron: Trichophyton rubrum (42,65 por cento), T. mentagrophytes (23,91 por cento), Microsporum canis (21,48 por cento), T. tonsurans (2,06 por cento), M. gypseum (1,90 por cento), Epidermophyton floccosum (1,22 por cento) y T. verrucosum (0,30%). Los casos de dermatofitosis en la provincia de Buenos Aires, están concentrados en los lugares de mayor densidad poblacional. De acuerdo a nuestros resultados, las mujeres y los niños menores de 10 años fueron las poblaciones más susceptibles...