Estudo de mutações no gene GJB2 e deleção delGJB6-D13S1830 em indivíduos com surdez não sindrômica da região Amazônica / A study of GJB2 and delGJB6-D13S1830 mutations in Brazilian non-syndromic deaf children from the Amazon region

A deficiência auditiva afeta cerca de 1 em cada 1000 recém-nascidos. Mutações no gene da conexina 26 (GJB2) são as causas mais frequentes de surdez não sindrômica em diferentes populações e é sabido que a mutação delGJB6-D13S1830 em DFNB30 é causadora de surdez neurossensorial. Muitos estudos descrevem o envolvimento de mutações no gene GJB2 com a deficiência auditiva em diferentes populações. Entretanto, existe pouca informação sobre a surdez genética no Brasil, especialmente na região Amazônica. OBJETIVO: Determinar a prevalência de mutações no gene GJB2 e da mutação delGJB6-D13S1830 em 77 casos esporádicos de surdez não sindrômicas. MÉTODO: A região codificante do gene GJB2 foi sequenciada e a PCR foi realizada para detectar a mutação delGJB6-D13S1830. RESULTADOS: O alelo 35delG foi encontrado em 9% dos pacientes (7/77). As mutações M34T e V95M foram detectadas em dois distintos pacientes heterozigotos. A mutação não patogênica V27I foi detectada em 28,6% (22/77). Não foi detectada a mutação delGJB6-D13S1830 em nenhum paciente estudado. CONCLUSÃO: Alelos mutantes no gene GJB2 foram observados em 40% (31/77) da amostra. Variantes patogênicas foram detectadas em apenas 12% (9/77). Mais estudos são necessários para elucidar causas genéticas de deficiência auditiva em populações miscigenadas.

Hearing impairment affects about 1 in 1000 newborns. Mutations in the connexin 26 (GJB2) gene rank among the most frequent causes of non-syndromic deafness in different populations, while delGJB6-D13S1830 mutation located in the DFNB30 locus is known to cause sensorineural hearing loss. Despite the many studies on the involvement of GJB2 mutations in hearing impairment in different populations, there is little information on genetic deafness in Brazil, especially in the Amazon region. OBJECTIVE: To determine the prevalence of GJB2 mutations and delGJB6-D13S1830 in 77 sporadic non-syndromic deaf patients. METHOD: The coding region of the GJB2 gene was sequenced and polymerase chain reaction was performed to detect the delGJB6-D13S1830 mutation. RESULTS: Mutant allele 35delG was found in 9% of the patients (7/77). Mutations M34T and V95M were detected in two distinct heterozygous patients. Non-pathogenic mutation V27I was detected in 28.6% of the patients (22/77). None of the deaf patients carried the delGJB6-D13S1830 mutation. CONCLUSION: Mutant alleles on gene GJB2 were observed in 40% (31/77) of the subjects in the sample. Pathogenic variants were detected in only 12% (9/77) of the individuals. More studies are required to elucidate the genetic causes of hearing loss in miscegenated populations.

Haplotype diversity of 17 Y-str loci in an admixed population from the Brazilian Amazon

The allelic and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci most commonly used in forensic testing were estimated in a sample of 138 unrelated healthy males from Macapá, in the northern Amazon region of Brazil. The average gene diversity was 0.6554 ± 0.3315. 134 haplotypes of the 17 loci were observed, 130 of them unique and four present in two individuals each. The haplotype diversity index was 0.9996 + 0.0009, with the most frequent haplogroups being R1b (52.2 percent), E1b1b (11.6 percent), J2 (10.1 percent) and Q (7.2 percent). Most haplogroups of this population belonged to European male lineages (89.2 percent), followed by Amerindian (7.2 percent) and African (3.6 percent) lineages.

Allelic frequencies and statistical data obtained from 12 codis STR loci in an admixed population of the Brazilian Amazon

The allelic frequencies of 12 short tandem repeat loci were obtained from a sample of 307 unrelated individuals living in Macapá, a city in the northern Amazon region, Brazil. These loci are the most commonly used in forensics and paternity testing. Based on the allele frequency obtained for the population of Macapá, we estimated an interethnic admixture for the three parental groups (European, Native American and African) of, respectively, 46 percent, 35 percent and 19 percent. Comparing these allele frequencies with those of other Brazilian populations and of the Iberian Peninsula population, no significant distances were observed. The interpopulation genetic distances (F ST coefficients) to the present database ranged from F ST = 0.0016 between Macapá and Belém to F ST = 0.0036 between Macapá and the Iberian Peninsula.

Mitochondrial DNA mapping of social-biological interactions in Brazilian Amazonian African-descendant populations

The formation of the Brazilian Amazonian population has historically involved three main ethnic groups, Amerindian, African and European. This has resulted in genetic investigations having been carried out using classical polymorphisms and molecular markers. To better understand the genetic variability and the micro-evolutionary processes acting in human groups in the Brazilian Amazon region we used mitochondrial DNA to investigate 159 maternally unrelated individuals from five Amazonian African-descendant communities. The mitochondrial lineage distribution indicated a contribution of 50.2 percent from Africans (L0, L1, L2, and L3), 46.6 percent from Amerindians (haplogroups A, B, C and D) and a small European contribution of 1.3 percent. These results indicated high genetic diversity in the Amerindian and African lineage groups, suggesting that the Brazilian Amazonian African-descendant populations reflect a possible population amalgamation of Amerindian women from different Amazonian indigenous tribes and African women from different geographic regions of Africa who had been brought to Brazil as slaves. The present study partially mapped the historical biological and social interactions that had occurred during the formation and expansion of Amazonian African-descendant communities.

Fator de Necrose Tumoral Alfa eGravidade Clínica em Primoinfectadospelo Plasmodium Vivax / Tumor Necrosis Factor Alpha and Clinical Severity in Non-Immune Plasmodium Vivax

Avaliar a relação entre o FNT-α, a gravidade daapresentaçمo clيnica e a trombocitopenia, além da freqüênciado FNT2 e sua influência sobre os nيveis da citocina. Materiale Métodos: Foram avaliados pacientes primoinfectados peloP. vivax, ³ 15 anos, provenientes de Belém, Parل, com sintomashل £ 21 dias, atendidos e acompanhados clinicamente noInstituto Evandro Chagas (IEC) ou hospitalizados. A parasitemiafoi quantificada todos os dias até a negativaçمo. Adotou-se acloroquina e a primaquina por via oral, durante sete dias,como tratamento. Amostras sanguيneas foram coletadas emD0 e D7 para anلlises hematolَgicas e bioquيmicas, tيtulos doFNT-α e a freqüência do FNT2. Os programas Biostat 2.0 eExcel-Windows foram utilizados para as anلlises estatيsticasdas diferenças e das correlaçُes entre os parâmetros obtidos.Resultados: Oitenta e três pacientes foram atendidos eacompanhados clinicamente no D0, D1, D2, D3 e D7, defevereiro/2002 a março/2003. O FNT-α se correlacionoupositivamente e significativamente com a parasitemia (rs =0,33; p < 0,01) e com os escores clيnicos (rs = 0,48; p = 0,0001),porém negativamente com as plaquetas (rs = -0,48; p < 0,001)em D0. Os nيveis elevados de FNT-a foram responsلveis pelaintensidade das manifestaçُes clيnicas e pela trombocitopenianestes pacientes, porém o FNT2 nمo produziu tيtulos altos dacitocina. Conseqüentemente, tيtulos elevados de FNT-a forambenéficos na maioria dos casos, a plaquetopenia é um sinalde gravidade e outros fatores genéticos foram responsلveispelos nيveis elevados dessa citocina nesta amostra...

Evaluate the relationship between the TNF-a, theseverity of clinical presentation, the thrombocytopenia, thefrequency of TNF2 and its influence over cytokine levels.Material e Methods: We evaluated patients with first episodeof vivax malaria, ³ 15 years, with disease duration £ 21 days,coming from the city of Belém, Parل, attended at the InstitutoEvandro Chagas (IEC) or hospitalized. The parasitemia wasquantified every day till the negativation. The adoptedtreatment was cloroquine and primaquine PO, during sevendays. Blood samples were collected at D0 and D7 to realizequantification of hematological and biochemical parameters,TNF-a titles and TNF2 frequency. The programs Biostat 2.0and Excel for Windows were applied to analyze the differencesand correlations between the parameters. Results: Eighty threepatients were attended and accompanied clinically at D0, D1,D2, D3 and D7, from february/2002 till march/2003. TheTNF-a level correlated positively and significantly withparasitemia (rs = 0.33, p < 0.01) and clinical scores (rs = 0.48,p = 0.0001), but negatively with the platelets (rs = -0.48, p <0.0001) at D0. Consequently, high titles of TNF-a levels werebeneficial to the majority of the cases; the thrombocytopeniais a signal of severity, and others genetic factors were responsiblefor the high levels of this cytokine and phenotypicmanifestations on this sample...

Article Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Leª and Le b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.

Clinical and pathological importance of vacA allele heterogeneity and cagA status in peptic ulcer disease in patients from north Brazil

We have examined the prevalence of gene cagA and vacA alleles in 129 patients, 69 with gastritis and 60 with peptic ulcer diseases from North Brazil and their relation with histopathological data. vacA and cagA genotype were determined by polymerase chain reaction. Hematoxylin-eosin staining was used for histological diagnosis. 96.6 percent of the patients were colonized by Helicobacter pylori strains harboring single vacA genotype (nont-mixed infection). Among them, 11.8 percent had subtype s1a, 67.8 percent had subtype s1b, and 17 percent subtype s2. In regard to the middle region analysis, m1 alleles were found in 75.4 percent and m2 in 21.2 percent of patients. The cagA gene was detected in 78 percent patients infected with H. pylori and was associated with the s1-m1 vacA genotype. The H. pylori strains, vacA s1b m1/cagA-positive, were associated with increased risk of peptic ulcer disease and higher amounts of lymphocytic and neutrophilic infiltrates and the presence of intestinal metaplasia. These findings show that cagA and vacA genotyping may have clinical relevance in Brazil.

Genetic characterization of the population of São Luís, MA, Brazil

Five loci (vWA1, F13A1, D12S67, Apo-B and D1S80) were investigated by polyacrylamide gel electrophoresis followed by silver staining in a sample of 177 individuals from the population of São Luís, State of Maranhão, Brazil. A total of 70 different alleles were identified. A statistically significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium was observed in a single locus (F13A1, p = 0.0075). The average heterozygosity (H) was estimated at 77.7 percent, the mean number of alleles per locus as 14. The PD (capacity of genotype differentiation at each locus) ranged from 88.9 percent (vWA1) to 96.7 percent (F13A1). The combined PE (power of exclusion) of these five loci was 99.8 percent. In terms of racial admixture (42 percent European, 39 percent Indian, and 19 percent African Black ancestry), São Luís presented an estimate similar to Belém, another trihybrid Amazonian population.

Genetical-demographic data from two amazonian populations composed of descendants of african slaves: Pacoval and Curiau

The Amazon region of Brazil includes communities founded by escaped slaves, some of which still remain relatively isolated. We studied two such Afro-Brazilian communities (Pacoval and Curiau), in the rural area of Alenquer, Pará, and in the metropolitan region of Macapá, Amapá, respectively. Among 12 blood loci, alleles considered as markers of African ancestry, such as HBB*S, HBB*C, TF*D1, HP*2M, ABO*B, RH*D-, and CA2*2 were found at frequencies that are expected for populations with a predominantly African origin. Estimates of interethnic admixture indicated that the degree of the African component in Curiau (74 per cent) is higher than that of Pacoval (44 per cent); an Amerindian contribution was not detected in Curiau. Estimated values of African ancestry fit well with the degree of isolation and mobility of the communities. Pacoval exhibited a high proportion of immigrants among the parents and grandparents of the individuals studied, whereas persons living in Curiau exhibited a low level of mobility, despite its location in the metropolitan area of Macapá city, suggesting a relatively strong barrier against the interethnic admixture in this population. In addition, analysis of genetic data in a sub-sample consisting of individuals whose parents and grandparents were born in the study site, and that probably represents the populations two generations ago, indicated that gene flow from non-black people is not a recent event in both populations.

Migration and ethnic change in an admixed population from the Amazon region (Santarém, Pará)

Dados genéticos e demográficos da populaçäo de Santarém, PA, foram analisados. Oitenta e dois por cento dos indivíduos estudados nasceram no Estado do Pará e 11,7 por cento dos imigrantes nasceram na regiäo Nordeste do Brasil. A análise da migraçäo individual média, distância marital média, distância genitor-prole e índice de exogamia identificou uma elevada mobilidade populacional. Alelos característicos dos três principais grupos étnicos foram encontrados, como BCHE*A (caucasóides) ALB*Maku (indígenas) e HBB*S e HBB*C (negros). As proporçöes de ancestralidade negra, índia e branca foram estimadas em 28 por cento, 35 por cento e 37 por cento, respectivamente. Condiderando-se o local de nascimento dos avós, a presença de uma subpopulaçäo pôde ser observada (nativos de Santarém). As proporçöes de ancestralidade negra e índia foram de 11 por cento e 52 por cento respectivamente, significantemente diferentes da amostra total. A estratégia usada, portanto, mostrou-se eficiente para a caracterizaçäo dos fatores responsáveis pela estrutura genético-demográfica desta populaçäo.

Genetic structure and demography of the human population of Obidos, in the brazilian Amazon

Foram estudados parâmetros demográficos e 13 sistemas genéticos em uma amostra de 250 indivíduos da populaçäo tri-híbrida de Obidos, Estado do Pará, Brasil. Os índices de dispersäo indicaram uma baixa mobilidade da populaçäo; 80 por cento dos indivíduos estudados nasceram em Obidos, e 88 por cento dos imigrantes nasceram no Estado do Pará. A distribuiçäo de fenótipos apresenta algumas diferenças quando comparada com as descritas para outras populaçöes amazônicas (Oriximiná, Parintins, Coari, Belém e Manaus). A heterozigosidade média foi estimada em 0,200 (E.P. 0,055), o número médio de alelos em 2,000 (E.P. 0,260), e a percentagem de locos polimórficos em 84,6 por cento. Em termos de mistura racial (38 por cento de brancos, 52 por cento de índios e 10 por cento de negros). Obidos apresenta valores mais similares aos obtidos para a populaçäo de Parintins, Estado do Amazonas, com reduzida contribuiçäo negróide e elevada contribuiçäo indígena

Mobility, blood genetic traits and race mixture in the Amazonian population of Oriximiná

Duzentos e seis indivíduos foram estudados, de maneira variável, com relaçäo a 16 sistemas genéticos que se expressam no sangue, informaçäo concomitante tendo sido obtida quanto à migraçäo individual, distâncias e genitor-prole, e índices de exogamia. Este grupo pode ser caracterizado como tendo mobilidade moderada, com um aumento no número de indivíduos nascidos localmente, mas também migraçäo aumentada daqueles nascidos fora de Oriximiná e agora vivendo lá, com o tempo. Com algumas exceçöes, as freqüências observadas para essas varoáveis säo similares às obtidas em outra populaçäo amazônica (Parintins). Diferenças genéticas com relaçäo a outros grupos do norte näo säo marcantes, estando principalmente confinadas aos valores de ABO*O, ESD*2 e RH*D. A prevalência obtida para este último marcador (33%) é a maior encontrada até agora na regiäo. De interesse especial, devido à sua raridade, foi a detecçäo de PGM2*11, ACP*R e ALB*Maku. O grau estimado de mistura acumulada encontrado em Oriximiná (57% Branco, 15% Negro e 28% Indígena) é similar àqueles obtidos em Manaus e Belém, mas total ou parcialmente diferente daqueles de Trombetas, Parintins e Coari. Estes estudos devem ser ampliados para a delineaçäo do perfil principal e da variabilidade genética a ser ampliados para a delineaçäo do perfl principal e da variabilidade genética a ser esperada em comunidades amazônicas

Serum cholinesterases polymorphism (CHE1 and CHE2 Loci) in indians from the Amazon Region of Brazil: Urubu-Kaapor and Assurini tribes

Freqüencias das variantes atípica e C5+ da colinesterase do soro foram estimadas em 210 índios Urubu-Kaapor e 162 índios Assurini, da Amazônia brasileira. O alelo CHE1*A näo foi detectado nas duas tribos, e o fenótipo C5+ foi encontrado apenas no grupo Urubu-Kaapor, com a elevada freqüência de 26,2%

Studies on serum cholinesterase (CHE1 and CHE2 loci) among Indians from the Amazon region of Brazil: Munduruku and Parakanä tribes

O polimorfismo da colinesterase do soro (locos CHE 1 e CHE 2) foi investigado em 196 índios Munduruku e 123 índios Parakanä, da Amazônia brasileira. A variante atípica näo foi detectada nos dois grupos, e a freqüência do genótipo C5 + foi estimada em 11.3% entre os Munduruku, estando ausente entre os Parakanä. Estes resultados säo comparados com os descritos para outras populaçöes ameríndias

Isolate breakdown in Amazonia: the blacks of the Trombetas river

Um total de 201 indivíduos, descendentes de escravos africanos que fugiram e formaram um comunidade independente às margens dos rios Trombetas e Cuminá, foi estudada com relaçäo a 16 sistemas genéticos (dois grupos sangüíneos, hemoglobina, oito sistemas eritrocitários e cinco proteínas séricas). Dezesseis (59 por cento) dos 27 marcadores genéticos estudados apresentaram freqüências que säo típicas de populaçöes com ancestralidade africana e alguma mistura. A presença de HB*S, CA2*2, ACP*R, GD*A, GD*A- e HP*2M também indicou um conjunto gênico em grande parte africano. A estimativa quantitativa da mistura, usando 11 dos sistemas que apresentaram menos heterogeneidade, forneceu as seguintes percentagens, quanto aos componentes raciais: 62 por cento de negro, 11 por cento de indígena e 27 por cento de branco. Estimativas prévias de miscigenaçäo africana em populaçöes da regiäo amazônica resultaram em números muito menores (13 por cento a 24 por cento). Conclui-se que esta comunidade ainda mantém muito das suas características ancestrais, apesar do processo de mistura racial que está ocorrendo lá e praticamente em todo Brasil

Frequencies of the atypical and C5 variants of serum cholinesterase in Wayana - Apalai Indians

A distribuiçäo das variantes atípica e C5 da colinesterase do soro foi estudada em uma amostra de 127 indígenas Wayana-Apalai. O alelo CHE1*A näo foi detectado, e a freqüência do fenótipo C5+ foi estimada em 7,9%. Esses resultados säo comparados com os observados para outras populaçöes ameríndias