Meta-análisis para evaluar eficiencia de selección genómica en cereales: Meta-analysis for evaluating the efficiency of genomic selection in cereals

La selección genómica (SG) es usada para predecir el mérito de un genotipo respecto a un carácter cuantitativo a partir de datos moleculares o genómicos. Estadísticamente, la SG requiere ajustar un modelo de regresión con múltiples variables predictoras asociadas a los estados de los marcadores moleculares (MM). El modelo se calibra en una población en la que hay datos fenotípicos y genómicos. La abundancia y la correlación de la información de los MM dificultan la estimación, y por ello existen distintas estrategias para el ajuste del modelo basadas en: mejor predictor lineal insesgado (BLUP), regresiones Bayesianas y aprendizaje automático. La correlación entre el fenotipo observado y el mérito genético predicho por el modelo ajustado, provee una medida de eficiencia (capacidad predictiva) de la SG. El objetivo de este trabajo fue realizar un meta-análisis de la eficiencia de la SG en cereales. Se realizó una revisión sistemática de estudios relacionados a SG y se llevó a cabo un meta-análisis, para obtener una medida global de la eficiencia de la SG en trigo y maíz, bajo diferentes escenarios (cantidad de MM y método estadístico usado para la SG). El metaanálisis indicó un coeficiente de correlación promedio de 0,61 entre los méritos genéticos predichos y los fenotipos observados. No se observaron diferencias significativas en la eficiencia de la SG realizada con modelos basados en BLUP (RR-BLUP y GBLUP), enfoque estadístico más comúnmente usado. El incremento de MM no cambia significativamente la eficiencia de la SG.

Genomic selection (GS) is used to predict the merit of a genotype with respect to a quantitative trait from molecular or genomic data. Statistically, GS requires fitting a regression model with multiple predictors associated with the molecular markers (MM) states. The model is calibrated in a population with phenotypic and genomic data. The abundance and correlation of MM information make model estimation challenging. For that reason there are diverse strategies to adjust the model: based on best linear unbiased predictors (BLUP), Bayesian regressions and machine learning methods. The correlation between the observed phenotype and the predicted genetic merit by the fitted model provides a measure of the efficiency (predictive ability) of the GS. The objective of this work was to perform a metaanalysis on the efficiency of GS in cereals. A systematic review of related GS studies and a meta-analysis, in wheat and maize, was carried out to obtain a global measure of GS efficiency under different scenarios (MM quantity and statistical models used in GS). The meta-analysis indicated an average correlation coefficient of 0.61 between observed and predicted genetic merits. There were no significant differences in the efficiency of the GS based on BLUP (RR-BLUP and GBLUP), the most common statistical approach. The increase of MM data, make GS efficiency do not vary widely.

Impacto de la intensidad horaria de la estadística en las pruebas saber 11 / Impact of the time intensity of statistics in the saber 11 tests / Impacto da intensidade temporal da estatística sobre as provas saber 11

Resumen Introducción. En Colombia la Ley General de Educación dio la potestad a las instituciones educativas de organizar sus propios currículos acorde con los proyectos educativos institucionales. Con base en esta autonomía, algunas instituciones fragmentaron el área de matemáticas en asignaturas como estadística y geometría con distribución de tiempo semanal a cada una de ellas. Otras instituciones se organizan en temas y los desarrollan en momentos particulares del año escolar. En ese sentido, conocer los efectos que podrían tener una u otra organización en los procesos educativos representa un interés para profesores, investigadores e instituciones educativas. Objetivo. Determinar el efecto que la distribución de la intensidad horaria de la asignatura estadística podría tener en el desempeño de los estudiantes en la Prueba Saber 11° en instituciones educativas públicas de Medellín-Colombia. Materiales y métodos. Los datos se extrajeron de los resultados de Pruebas Saber 11. Se hizo ajuste de un modelo lineal con efectos mixtos. Resultados. Después de controlar el efecto institución, algunas variables específicas de los estudiantes sí inciden en los resultados obtenidos en matemáticas, pero la distribución de la intensidad horaria que se dedica a la enseñanza de la estadística no es un factor significativo. Conclusiones. La distribución del tiempo e intensidad horaria dedicada a la estadística no tiene un efecto automático ni inmediato en el desempeño de los estudiantes, las instituciones deben considerar estrategias para promover competencias de los estudiantes acordes con su condición económica y social.

Abstract Introduction. In Colombia, the General Education Law gave Educational Institutions the authority to organize their academic curricula according to their corresponding Educational Projects. Based on this institutional autonomy, some educational institutions have divided the area of mathematics into subjects such as statistics and geometry; also they have allocated a weekly time to each one of these subjects. In contrast, other institutions organize the area of mathematics by themes developed at specific times during the school year. In this sense, knowing the effects that one or another allocation could have on educational processes represents an interest for research and for teachers and educational institutions. Objective. Determine the effect that the allocation of teaching hours spent on the statistics subject could have on student performance on the Saber 11th Test in public educational institutions from Medellín-Colombia. Materials and Method. Data were extracted from the Saber 11-test results. A linear model was adjusted with mixed effects. Results. After controlling for the institution effect, it was found that some student-specific variables do impact the results in mathematics. However, allocation of teaching hours spent on statistics is not a significant factor. Conclusions. Time allocation and teaching hours spent on a statistics course do not have automatic or immediate impact on student performance. Every institution should consider strategies to promote student competencies according to their economic and social conditions.

Resumo Introdução. Na Colômbia a Lei Geral da Educação forneceu o poder às instituições educativas de organizar seus próprios currículos conforme com os projetos educativos institucionais. Com base nesta autonomia, algumas instituições fragmentaram a área de matemáticas em disciplinas como estatística e geometria com distribuição do tempo semanal em cada uma delas. Outras instituições organizam-se em temas e os desenvolvem em momentos particulares do ano escolar. Neste sentido, conhecer os efeitos que poderiam ter uma ou outra organização nos processos educativos representa um interesse para professores, pesquisadores e instituições educativas. Objetivo. Determinar o efeito que a distribuição da intensidade temporal da disciplina estatística poderia ter no desempenho dos estudantes nas Prova Saber 11° em instituições educativas públicas de Medellín-Colômbia. Materiais e Métodos. Os dados foram extraídos dos resultados das Provas Saber 11. Realizou-se o ajuste de um modelo lineal com efeitos misturados. Resultados. Depois de controlar o efeito instituição, algumas variáveis específicas dos estudantes sim incidiram nos resultados obtidos em matemáticas, mas a distribuição da intensidade temporal que se dedica ao ensino da estatística não é um fator significativo. Conclusões. A distribuição do tempo e intensidade temporal dedicada à estatística não tem um efeito automático e nem imediato no desempenho dos estudantes, as instituições devem considerar estratégias para promover habilidades dos estudantes acordes com sua condição econômica e social.

Determinantes do emprego secundário e informalidade: evidências adicionais para o mercado de trabalho brasileiro / Determinants of secondary employment and informality: additional evidence for the Brazilian labor market / Determinantes del empleo secundario e informalidad: evidencias adicionales para el mercado de trabajo brasileño

O objetivo deste estudo é analisar os fatores que determinam a escolha de um indivíduo por um emprego secundário e como tal decisão está relacionada com a informalidade. Para tanto, a partir dos dados da Pesquisa Nacional por Amostra de Domicílios (PNAD) contínua, é estimado um modelo logit de efeitos aleatórios para verificar os fatores que influenciam nesta decisão de inserção. Os resultados apontam que o rendimento do trabalho principal, a escolaridade e a informalidade no emprego principal influenciam positivamente na decisão dos trabalhadores em ingressar em um emprego secundário.

This study aims to analyze the factors that determine an individual's choice of having secondary employment and how this decision is related to informality. To that end, based on data from "Pesquisa Nacional por Amostra de Domicílios (PNAD) contínua", we estimate a random effects Logit model to verify factors influencing this decision of insertion. Results indicate that the main work income, schooling and informality in the main employment have a positive influence on the worker's decision to seek secondary employment.

El objetivo de este estudio es analizar los factores que determinan la elección de un individuo de tener un empleo secundario y cómo esta decisión está relacionada con la informalidad. Para ello, a partir de los datos de la Pesquisa Nacional por Amostra de Domicílios (PNAD) contínua, se estima un modelo logit de efectos aleatorios para verificar los factores que influyen en esta decisión de inserción laboral. Los resultados apuntan a que el rendimiento del trabajo principal, la escolaridad y la informalidad en el empleo principal influyen positivamente en la decisión de los trabajadores de obtener en un empleo secundario.

Estimación y variabilidad temporal de talla de madurez gonadal de la caballa (Scomber japonicus peruanus) en el litoral peruano / Estimation and temporal variability in size at gonad maturity of Chub Mackerel (Scomber japonicus peruanus) in the Peruvian littoral

Se estimaron valores de la talla de madurez gonadal (L50) de la caballa (Scomber japonicus peruanus) para los años 1994 - 2017 en el litoral peruano. El análisis se realizó para el periodo noviembre - marzo donde ocurre la mayor actividad reproductiva. La proporción de hembras maduras en relación a la talla se ajustó mediante un modelo logístico binomial, para ello se utilizaron modelos lineales generalizados con efectos mixtos (MLGM) que asumieron efectos aleatorios asociados a los periodos. El ajuste con el MLGM, mediante sus efectos fjos estimó una L50 de 24.8 cm de longitud a la horquilla (LH) (24.69 cm - 24.9 cm), mientras que con cambios entre periodos, mediante sus efectos aleatorios, los valores oscilaron entre 20.4 cm y 27.0 cm de LH en promedio. Se observó que un aumento en la temperatura causó la disminución de la L50 en los periodos 1997 - 1999 y 2015 - 2016, los cuales coinciden con la presencia de eventos El Niño. Una correlación positiva fue encontrada entre las L50 y la biomasa desovante, estos cambios en las L50 podrían indicar un efecto de denso-dependencia. No se mostró una tendencia en la serie de L50, por tanto no habría un efecto de la presión de pesca, traducida como la tasa instantánea de mortalidad por pesca (F) sobre la L50. Sin embargo, creemos que estas disminuciones de la L50, en relación a una baja densidad poblacional y principalmente a un incremento en la F deben darse como un efecto a largo plazo y no en eventos puntuales como se reflejaron en nuestros resultados.

The values of size-at-gonad maturity (L50) of chub mackerel (Scomber japonicus peruanus) were estimated for the years 1994 - 2017 in the Peruvian littoral. The analysis was performed for the period November - March where the highest reproductive activity occurs. The proportion of mature females was ftted using a logistic binary model, through generalized linear mixed models (MLGM), which assumes random effects associated with the periods. The GLMM, with fixed effects estimated a L50 of 24.8 cm of fork length (FL) (24.69 cm - 24.9 cm), while with changes between periods, with random effects, L50 ranged between 20.4 cm and 27.0 cm FL. It was observed that an increase in temperature caused the decrease of the L50 in the years 1997 - 1999 and 2015 - 2016, which coincides with El Niño events. A positive correlation was found between the L50 and spawning biomass, so changes in L50 may be a density-dependent effect. There was no trend in the L50 series, so there would be no effect of the fishing mortality (F) on the L50. However, we think that the decrease in the L50 in relation to a low population density and mainly an increase in F should be given as a long-term effect and not in isolated events as our results showed.

The changing landscape of religious affiliation in Brazil between 1980 and 2010: age, period, and cohort perspectives / /Um estudo sobre a filiação religiosa no Brasil entre 1980 e 2010: efeitos de idade, período e coorte / /El cambio de panorama de las afiliaciones religiosas en Brasil entre 1980 y 2010: perspectivas de edad, período y cohorte

There has been a remarkable decline in the number of Catholics in Brazil over the last few decades, a fact that is attributed to the growth of Pentecostal churches and to an increase in the number of people with no religious affiliation. We analyzed the age, period, and cohort effects associated with religious affiliation in Brazil from 1980 to 2010, applying the Hierarchical Age-Period-Cohort and Cross-Classified Random Effects Model. We observed that age effects were significant but low for Catholics and Pentecostals, and were substantial for those with no religious affiliation, with a negative relationship. For these first two religious affiliations, period effects were of greater magnitude with clear trends: negative for Catholics and positive for Pentecostals. Cohort effects were significant for all three affiliations, but magnitudes were lower than the other two effects. We also verified that the likelihood of being a Pentecostal decreased with formal education, and the opposite occurred for persons with no religious affiliation. These effects, however, were smaller for younger cohorts, possibly due to the reduced social selectivity of recent students pursuing higher education and the increase in overall levels of education...

Houve uma marcante redução no número relativo de católicos no Brasil nas últimas décadas, fato que é associado, principalmente, ao crescimento das igrejas pentecostais e neopentecostais, bem como ao aumento no número de pessoas sem filiação religiosa. Foram analisados os efeitos de idade, período e coorte associados à filiação religiosa no Brasil entre 1980 e 2010, com o uso do modelo idade-período-coorte hierárquico e modelos de efeitos randômicos com classificação-cruzada. Observaram-se efeitos de idade significativos, mas de pequena magnitude para católicos e pentecostais, e efeitos substanciais para aqueles sem filiação religiosa, sendo essa com uma relação negativa. Para as duas primeiras afiliações, os efeitos de período eram de maior magnitude e com tendências claras: negativa para católicos e positiva para pentecostais. Os efeitos de coorte foram significativos para as três afiliações, mas as magnitudes foram menores do que para dos dois outros efeitos. Também verificou-se que a propensão em ser pentecostal diminui com o nível de educação, sendo que o contrário ocorre para pessoas sem religião. Entretanto, esses efeitos são menos marcantes para coortes mais jovens, possivelmente por causa da natureza menos seletiva da educação superior atualmente no Brasil e do aumento generalizado dos níveis de educação...

Ha ocurrido una notable reducción en el número de católicos en Brasil en las últimas décadas, un hecho que se atribuye al crecimiento de las iglesias pentecostales y un aumento del número de personas sin afiliación religiosa. Analizamos los efectos de edad, período y cohortes asociadas a las afiliaciones religiosas en Brasil desde 1980 hasta 2010, aplicando modelos Jerárquico de Edad-Período-Cohorte y de Efecto Aleatorio de Clasificación Cruzada. Observamos que los efectos de edad fueron significativos pero de baja magnitud para católicos y pentecostales, mientras fueron sustanciales para aquellos sin afiliación religiosa, con una relación negativa. Para las dos primeras afiliaciones religiosas, los efectos de período fueron de mayor magnitud y presentaron tendencias claras: negativas para los católicos y positivas para los pentecostales. Los efectos de cohorte fueron significativos para todas las tres afiliaciones, pero las magnitudes fueron menores que los otros dos efectos. También verificamos que la propensión a ser pentecostal se reduce con la educación formal, y lo opuesto ocurrió con las personas sin afiliación religiosa. Sin embargo, tales efectos fueron menores para cohortes más jóvenes, posiblemente debido a la reducción de la selectividad social de estudiantes recientes en búsqueda de una educación más alta y al aumento general en todos los niveles de educación...

La variación genética en el locus de la enzima convertidora se asocia con riesgo de nefropatía diabética / Genetic variation at the angiotensin-I converting enzyme locus and the risk for diabetic nephropathy: an update based on 53 studies and 17 791 subjects

Durante la última década se ha debatido la asociación entre el polimorfismo de inserción/deleción de la enzima convertidora de angiotensina (ECA) y la nefropatía diabética. Para aclarar esta situación actualizamos nuestro metanálisis previo para incluir algunos estudios pertinentes publicados desde 1994, lo que arroja un total de 17 791 sujetos provenientes de 53 estudios. Los casos (n = 9 556) eran personas con diabetes tipo 1 o tipo 2 con nefropatía diabética incipiente o avanzada, mientras que los controles (n = 8 235) eran en su mayor parte normoalbuminúricos. No se detectó ningún sesgo obvio de publicación. Con el uso de una definición de caso mínima sobre la base de la nefropatía diabética incipiente, los sujetos con genotipo II tuvieron una disminución del 22% en el riesgo de enfermedad en comparación con los portadores del alelo D (OR acumulada = 0.78, IC 95% = 0.70-0.87). Si bien se observó una disminución del riesgo entre pacientes de raza blanca con diabetes tipo 1 o tipo 2, la asociación fue más pronunciada entre los asiáticos (chinos, japoneses, coreanos) con diabetes tipo 2 (OR = 0.64, IC 95% = 0.51-0.80); este OR es significativamente diferente del obtenido para los pacientes de raza blanca con diabetes tipo 2 (OR = 0.89, IC 95% = 0.78-1.01) (p = 0.0105). Con una definición de caso más estricta, basada en la nefropatía diabética avanzada, se observó una reducción comparable del riesgo del 19% al 30% entre los tres subgrupos. Esta reducción fue estadísticamente significativa entre los asiáticos con diabetes tipo 2 y los caucásicos con diabetes tipo 1, pero no entre los de raza blanca con diabetes tipo 2. Este metanálisis actualizado fortalece la hipótesis de que la variación genética en el locus de la ECA contribuye al riesgo de la nefropatía diabética.

Comparación de cuatro modelos de regresión para el estudio de factores de riesgo de hato para datos binomiales correlacionados / Comparison of four regression models for the study of herd risk factors for binomial correlated data

The objectives of this study were to compare four linear or logistic regression models and to determine their effects on the level of significance and parameter estimates, using the data from a study on seroprevalence of brucellosis in goats. Information on 5 114 does tested during 2002-2003 from 79 herds in the Bajio region in Michoacan, Mexico was used. The models were: the prevalence of seropositive animals per herd (V1), analyzed by a general linear model (GLM), herds with at least one seropositive animal, analyzed by standard logistic regression (SLRH); V1 analyzed by standard logistic regression (SLR), assuming independence among results within a same herd (SLRA); and V1 analyzed by mixed LR, considering the herd as random effect (MLR). The risk factors included in the four models were: the presence of abortions the year previous to the study, cleanness of the corral (hygiene) and length of lactation. The V1 variable transformed to arcsine-square root did not show a normal distribution. SLRH model (SLR assuming the herd as the unit of interest) and MLR were not compared because they were not nested models. MLR model adjusted the data better than the SLRA model. The deviance (-2LL) from model SLRH (70.6) was similar to their degrees of freedom (75), suggesting that the model adjusted the data very well. Levels of significance for the risk factors were different, depending of the model used. GLM and SLRH models showed significant effects (P < 0.02) only for the presence of abortions; SLRA model showed significant effect (P < 0.05) for the three risk factors, and MLR, effects of the presence of abortions and lactation length, but not for hygiene. The values for the odd ratios (OR) for the SLRA and MLR models were different; the narrowest confidence intervals corresponded to the SLRA model, and the widest to the SLRH model.

Los objetivos de este estudio fueron comparar cuatro modelos de regresión lineal o logística y determinar sus efectos sobre los niveles de significancia y parámetros, utilizando los datos de un estudio de seroprevalencia de brucelosis en cabras. Se utilizó la información de 5 114 cabras en 79 hatos de la región del Bajío, en Michoacán, México, durante 2002-2003. Los modelos fueron: la prevalencia de animales seropositivos por hato (V1), analizados mediante un modelo lineal general (MLG); hatos con al menos un animal seropositivo, analizados mediante regresión logística estándar (RLEH), V1 analizada mediante RLE, suponiendo independencia entre resultados dentro de un mismo hato (RLEA) y V1 analizada mediante RL mixta, considerando al hato como efecto aleatorio (RLM). Los factores de riesgo incluidos en los cuatro modelos fueron: presencia de abortos el año anterior al estudio, limpieza del corral (higiene) y duración de la lactancia. La variable V1 transformada a arcoseno-raíz cuadrada no mostró distribución normal. El modelo RLEH (RL estándar considerando al hato como la unidad de interés) y RLM no se compararon por no ser modelos anidados. El modelo RLM ajustó mejor los datos que el modelo RLEA. La deviance (-2LL) del modelo RLEH (70.6) fue similar a sus grados de libertad (75), ello sugiere que este modelo ajustó estadísticamente bien los datos. Se encontraron niveles de significancia diferentes para los factores de riesgo, según el modelo estadístico utilizado. Los modelos MLG y RLEH mostraron efectos significativos (P < 0.02) sólo de presencia de abortos; el modelo RLEA mostró efecto significativo (P < 0.05) para los tres factores de riesgo, y el RLM, efectos de presencia de abortos y duración de la lactancia, pero no de higiene. Los valores de la razón de momios (OR) para los modelos RLEA y RLM fueron diferentes; los intervalos de confianza más estrechos correspondieron al modelo RLEA, y los más amplios, al RLEH.