Integración de la Bioinformática en la caracterización Clínica y Genómica de Retinitis Pigmentosa, Síndrome de Noonan y Síndrome de Retraso Mental Martin-Probs, en un mismo individuo. Reporte de un Caso / Integration of Bioinformatics in the Clinical and Genomic Characterization of Retinitis Pigmentosa, Noonan Syndrome and Martin-Probs Mental Retardation Syndrome, in the Same Individual. Case report

Introducción: El avance en las técnicas bioinformáticas ha permitido realizar acercamientos y mejoras en los diagnósticos clínicos, correlacionando genotipo ­ fenotipo y permitiendo el acercamiento a una terapia personalizada. Objetivo: Realizar mediante técnicas bioinformáticas, la caracterización molecular y de expresión génica de una paciente con manifestaciones clínicas (dismorfias, retraso en el desarrollo) de una enfermedad compleja (poligénica). Materiales y métodos: Se realizó la secuenciación de exoma completo a partir de una muestra de sangre periférica. Se analizaron los datos obtenidos mediante análisis in-sílico, utilizando programas como SIFT, Mutation Tester, UMD y Provean, para determinar la significancia clínica de variantes encontradas; además se usó programa GeneMania para determinar las interacciones génicas. Resultados:Se encontraron 3 variantes en los genes SEMA4A, PTPN11 y RAB40A, asociados a Retinitis pigmentosa 35, Síndrome de Noonan y Sindrome de retraso mental Martin-Probs, respectivamente; encontrando según los softwares predictores, en el primer caso un significado clínico aparentemente benigno, y en los dos últimos genes un significado clínico patogénico. El análisis de redes génicas reveló alteraciones en funciones biológicas como la señalización mediada por fosfatidilinositol, respuesta al factor del crecimiento fibroblástico, vía de señalización de neutrofina y la morfogénesis de vasos sanguíneo que permitieron explicar gran parte de la sintomatología observada. Conclusión: El análisis personalizado de las patologías complejas mediante el uso de la clínica, herramientas genómicas y bioinformaticas han permitido un avance significativo en las técnicas para el procesamiento y análisis de datos, beneficiando los estudios científicos que permiten el acercamiento a un correcto diagnóstico y adecuada consejería genética.

Introduction: Advances in bioinformatics techniques have allowed approaches and improvements in clinical diagnoses, correlating genotype - phenotype and allowing the approach to personalized therapy. Objective: In order to perform the molecular characterization and gene expression in a patient with complex clinical manifestations through bioinformatics techniques, complete exome sequencing was performed by a peripheral blood sample to a woman with facial dysmorphisms and developmental disorders. Material and methods: We analyzed the data obtained by in-silico analysis, using programs such as SIFT, Mutation Tester, UMD and Provean, to determine the clinical significance of the found variants and GeneMania program was used to determine gene interactions. Results: 3 variants were found in the genes SEMA4A, PTPN11 and RAB40A, associated with Retinitis pigmentosa 35, Noonan Syndrome and Mental Retardation Syndrome Martin-Probs, respectively; according to the predictive softwares, in the first case an apparently benign clinical meaning, and in the last two genes a clinical pathogenic meaning. The analysis of gene networks revealed alterations in biological functions such as signaling mediated by phosphatidylinositol, response to the fibroblastic growth factor, neutrophin signaling pathway and blood vessel morphogenesis that allowed us to explain a large part of the observed symptomatology. Conclusion: The personalized analysis of complex pathologies through the use of clinical, genomic and bioinformatic tools has allowed a significant advance in techniques for processing and analyzing data, benefiting scientific studies that allow the approach to a correct diagnosis and adequate genetic counseling.

Estudios de asociación mediante rastreo genómico y su contribución en la genética del asma / Genome-wide association studies (gwas) and its contribution to the genetic of asthma

A pesar de todos los esfuerzos realizados por más de una década, las bases genéticas de muchas enfermedades comunes y complejas aún siguen siendo desconocidas, sin desmeritar los notables avances que se han logrado con los estudios de ligamiento en familias y de asociación con genes candidatos. Recientemente, el desarrollo de metodologías más robustas, como los estudios de asociación con rastreos genómicos (GWAs), ha permitido replicar asociaciones ya reportadas y a la vez descubrir nuevos genes posiblemente asociados. Los GWAs se basan en la utilización de un número considerable de marcadores genéticos tipo SNPs o STRs, los cuales son detectados con el propósito de encontrarlos asociados con la aparición y/o desarrollo de ciertas enfermedades. Teniendo en cuenta el gran impacto que actualmente tienen los GWAs como herramienta genética en la búsqueda de asociaciones, se hace una revisión teórica acerca del diseño e interpretación de los resultados de los mismos y su contribución en el asma y fenotipos relacionados.

Despite all the efforts of more than a decade, the genetic basis of many common and complex diseases are still unknown, without demerit the remarkable progress that has been made with the linkage studies in families and association studies of candidate genes. Recently, development of more robust methodologies, like genome-wide associations studies (GWAs), has allowed to replicate previously reported associations and at the same time discovers new possibly associated genes. The GWAs are based on the use of a considerable number of genetic markers like SNPs or STRs which are searched in order to of associate them with the appearance or development of certain diseases. Given the large current impact of the GWAs as genetic tool in the search of associations this is a theoretical review on the design and interpretation of results and contribution of GWAs in asthma and related phenotypes.