Molecular diagnosis of epileptic encephalopathy of the first year of life applying a customized gene panel in a group of Argentinean patients.

OBJECTIVE: The aim of this study was to perform a molecular characterization of 17 Argentinean pediatric patients with diagnosis of having epileptic encephalopathies (EEs) of the first year of life without known etiology, applying next-generation sequencing (NGS). METHODS: We included 17 patients with EE with age of onset under 12 months without known etiology after ruling out structural abnormalities, metabolic disorders, and large chromosomal abnormalities. They presented with the following clinical phenotypes: Dravet syndrome (DS; n: 7), epilepsy of infancy with migrating focal seizures (EIMFS; n: 3), West syndrome (WS; n: 2), and undetermined epileptic encephalopathy (UEE; n: 5). Neurologic examinations, seizure semiology, brain magnetic resonance imaging, and standard electroencephalography (EEG) or video-EEG studies were performed in all cases. Using a custom amplicon strategy, we designed an NGS panel to study 47 genes associated with EEs. RESULTS: Pathogenic variants were detected in 8 cases (47%), including seven novel pathogenic variants and one previously reported as being pathogenic. The pathogenic variants were identified in 6 patients with DS (SCN1A gene), one with EIMFS (SCN2A gene), and one with UEE (SLC2A1 gene). Nonrelevant variants were identified in the patients with WS. CONCLUSION: We demonstrated the feasibility of an NGS-gene panel approach for the analysis of patients with EE in our setting. A genetic diagnosis was achieved in nearly 50% of patients, 87% of them presenting with nonpreviously reported variants. The early identification of the underlying causative genetic alteration will be a valuable tool for providing prognostic information and genetic counselling and also to improve therapeutic decisions in Argentinean patients.

Influencia del número de copias del gen smn2 y de la deleción del gen naip en el desarrollo y evolución de la atrofia muscular espinal / Influence of smn2 gene copy number and deletion of naip gene in the development and evolution of spinal muscular atrophy

INTRODUCCIÓN La atrofia muscular espinal (AME) se clasifica en tres subtipos pediátricos. El 95% de los niños con AME presenta deleción homocigota del gen SMN1. La variabilidad fenotípica se relaciona con genes modificadores como SMN2 y NAIP. OBJETIVOS Correlacionar el número de copias del gen SMN2 y la deleción del gen NAIP con la severidad de la enfermedad en niños con AME, diagnosticados y en seguimiento. MÉTODOS En el Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan se estudió a 98 niños con diagnóstico de AME, categorizados de acuerdo con criterios establecidos a nivel internacional (Consensus Statement for Standard of Care in Spinal Muscular Atrophy 2007). El número de copias del gen SMN2 se determinó mediante Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) y PCR en tiempo real. La ausencia de NAIP se determinó por MLPA. RESULTADOS Mediante MLPA se pudo determinar el número de copias de SMN2 en todos los pacientes, con la PCR en tiempo real en 96/98 pacientes. Los resultados de ambas técnicas fueron equivalentes en 95/96 casos. Todos los AME tipo I presentaron 2 copias, mientras que más del 95% de los AME tipo II y III mostraron entre 3 y 4 copias de SMN2. Sólo en el grupo AME tipo III se observaron 4 copias de SMN2. El gen NAIP estuvo ausente en el 76% de los AME tipo I y presente en más del 89% de los AME tipo II y III. DISCUSIÓN El número de copias del gen SMN2 se correlacionó con el fenotipo de AME (más leve a mayor número de copias de SMN2). La ausencia del gen NAIP se asoció con el fenotipo más severo. La metodología MLPA resultó ser más robusta que la PCR en tiempo real y proporcionó mayor información acerca de la región AME.

Caracterización de tres microsatelites del gen de fibrosis quistica en familias argentinas / Characterization of 3 microsatellites of the cystic fibrosis gene in Argentine families

La población de Argantina es altamente Heterogénea para las mutaciones del gen regulador de la conductancia de transmembrana de la fibrosis quística (CFTR). El estudio de 14 mutaciones reportadas entre las más frecuentes, detectó ambos alelos mutados (genotipo completo) en sólo el 51 porciento de los pacientes. Este estudio confirmó el diagnóstico de Fibrosis Quística de estos pacientes y posibilitó detectar entres sus familiares, individuos portadores asintomáticos. Sin embargo, en el resto de los pacientes, el análisis molecular directo, no aportó la información necesaria para el asesoriamento familiar. Con el objetivo de estabelecer la transmisióan de microsatélite (IVS17bTA, IVS8CA y IVS17bCA) localizados en regiones intrónicas del gan CFTR. En las 40 familias FQ analizadas, se detectaron diferentes variantes alélicas, 15 para IVS17TA, 10 para IVS8CA y 4 para IVS17CA . El contenido de información polimórfica y de heterocigosis de estos marcadores fue elevado, a exepción de IVS17bCA que resultó poco polimórfico. A través del análisis simultáneo de estos tres microsatélite se pudo asesorar al 100 porciento de las familias. Nuestros resultados demuestran que estos microsatélites, constituyen un excelente gru[po de marcadores, útiles para realizar estudios de ligamiento de población Argentina.

Caracterización de tres microsatelites del gen de fibrosis quistica en familias argentinas / Characterization of 3 microsatellites of the cystic fibrosis gene in Argentine families

La población de Argantina es altamente Heterogénea para las mutaciones del gen regulador de la conductancia de transmembrana de la fibrosis quística (CFTR). El estudio de 14 mutaciones reportadas entre las más frecuentes, detectó ambos alelos mutados (genotipo completo) en sólo el 51 porciento de los pacientes. Este estudio confirmó el diagnóstico de Fibrosis Quística de estos pacientes y posibilitó detectar entres sus familiares, individuos portadores asintomáticos. Sin embargo, en el resto de los pacientes, el análisis molecular directo, no aportó la información necesaria para el asesoriamento familiar. Con el objetivo de estabelecer la transmisióan de microsatélite (IVS17bTA, IVS8CA y IVS17bCA) localizados en regiones intrónicas del gan CFTR. En las 40 familias FQ analizadas, se detectaron diferentes variantes alélicas, 15 para IVS17TA, 10 para IVS8CA y 4 para IVS17CA . El contenido de información polimórfica y de heterocigosis de estos marcadores fue elevado, a exepción de IVS17bCA que resultó poco polimórfico. A través del análisis simultáneo de estos tres microsatélite se pudo asesorar al 100 porciento de las familias. Nuestros resultados demuestran que estos microsatélites, constituyen un excelente gru[po de marcadores, útiles para realizar estudios de ligamiento de población Argentina. (AU)