Characterisation and traceability of extra virgin olive oil and table olive of Azapa variety marketed in Chile using Microsatellite Molecular Markers / Caracterización y trazabilidad de aceite de oliva virgen extra y aceituna de mesa de la variedad Azapa comercializados en Chile mediante marcadores moleculares microsatélites

Chile has two certified origin olive products: Extra-Virgin Olive Oil (EVOO) from Huasco valley and the Azapa variety table olive from the Azapa valley. However, efficient methodologies are needed to determine the varieties and raw materials involved in the end products. In this study, we assessed the size of alleles from ten microsatellites in 20 EVOOs and in leaves and fruits of 16 olive varieties cultivated in Chile to authenticate their origins. The identification of varieties relied on specific allele sizes derived from microsatellites markers UDO99-011 and DCA18-M found in leaves and fruit mesocarp. While most Chilean single-variety EVOOs matched the variety declared on the label, inconsistencies were observed in single-variety EVOOs containing multiple varieties. Our findings confirm that microsatellites serve as a valuable as diagnostic tools for ensuring the quality control of Geographical Indication certification for Azapa olives and EVOO with Designation of Origin from Huasco.

Chile cuenta con dos productos de oliva de origen certificado: El aceite de oliva virgen extra (AOVE) del valle del Huasco y la aceituna de mesa de la variedad Azapa del valle de Azapa. Sin embargo, se necesitan metodologías eficientes para determinar las variedades y materias primas involucradas en los productos finales. En este estudio, evaluamos el tamaño de los alelos de diez microsatélites en 20 AOVEs y en hojas y frutos de 16 variedades de aceituna cultivadas en Chile para autentificar sus orígenes. La identificación de las variedades se basó en los tamaños alélicos específicos derivados de los marcadores microsatélites UDO99-011 y DCA18-M encontrados en las hojas y el mesocarpio de los frutos. Aunque la mayoría de los AOVEs chilenos monovarietales coincidían con la variedad declarada en la etiqueta, se observaron incoherencias en los AOVEs monovarietales que contenían múltiples variedades. Nuestros hallazgos confirman que los microsatélites sirven como valiosas herramientas de diagnóstico para asegurar el control de calidad de la certificación de Indicación Geográfica para aceitunas de Azapa y AOVE con Denominación de Origen de Huasco.

Diversity and genetic structure of natural populations of the palm tree Euterpe precatoria (Arecaceae) / Diversidad y estructura genética de poblaciones naturales de la palmera Euterpe precatoria (Arecaceae)

Abstract Introduction: The natural ecosystems of northern Mato Grosso, Brazil, are in process of fragmentation, mainly due to population growth and the expansion of agriculture. This endangers the palm Euterpe precatoria (locally known as açaí), used for construction, palm hearts, juices and ice cream. Objective: To evaluate the local diversity and genetic structure in native populations of E. precatoria. Methods: We collected leaves from 106 fruiting palms from five populations in Mato Grosso State, for analysis of microsatellite markers with Polymerase Chain Reaction. Results: The five SSR loci revealed a total of 30 alleles, ranging from 5 (EE23 and EE43) to 7 (EE2 and EE15), with an average of 6 alleles per locus. The mean PIC was 0.74 and confirmed low heterozygosity and inbreeding. The UPGMA dendrogram produced two groups and molecular variance revealed greater genetic differentiation within populations. The high levels of homozygous microsatellite loci indicate low genetic diversity. Conclusions: These populations have low gene diversity, high average number of alleles per locus, and rare and exclusive alleles. We recommend the establishment of permanent conservation units with corridors among them.

Resumen Introducción: Los ecosistemas naturales del norte de Mato Grosso, Brasil, están en proceso de fragmentación, principalmente debido al crecimiento de la población y la expansión de la agricultura. Esto pone en peligro la palma Euterpe precatoria (localmente conocida como açaí), utilizada para la construcción, extracción de palmito, preparación de jugos y helados. Objetivo: Evaluar la diversidad local y estructura genética en poblaciones nativas de E. precatoria. Métodos: Recolectamos hojas de 106 palmas fructíferas de cinco poblaciones en el estado de Mato Grosso, para análisis de marcadores microsatélites con el método de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Resultados: Los cinco loci SSR revelaron un total de 30 alelos, que van desde 5 (EE23 y EE43) hasta 7 (EE2 y EE15), con un promedio de 6 alelos por locus. El PIC medio fue de 0.74 y confirmó baja heterocigosidad y endogamia en las poblaciones. El dendrograma UPGMA produjo dos grupos y la varianza molecular reveló una mayor diferenciación genética dentro de las poblaciones. Los loci de microsatélites presentaron un alto nivel de homocigotos lo que indica una baja diversidad genética. Conclusiones: Estas poblaciones tienen baja diversidad genética, alto promedio de alelos por locus y alelos raros y únicos. Recomendamos el establecimiento de unidades de conservación permanentes con corredores entre ellas.

Protocolo para la certificación por conformidad genética de clones en jardines de propagación de caucho (Hevea brasiliensis) / Protocol for the certification by genetic conformity of clones in rubber propagation gardens (Hevea brasiliensis)

RESUMEN A partir de visualización por electroforesis capilar de 9 regiones micro-satélites amplificadas con cebadores fluoromarcados se determinó el polimorfismo de los marcadores Hmct5, 102, HV 30, 548, HV 15, 416, m574, 103 y 358 identificados en el ADN de muestras de tejido foliar de 12 clones de caucho (Hevea brasiliensis) conservados en jardines clonales de AGROSAVIA en Colombia y 25 clones en jardines clonales de origen en Brasil. Con base en los resultados del análisis se consolidó una base de datos que permite corroborar la identidad por conformidad de clones de caucho a partir de muestras foliares. El protocolo establecido consiste en una aproximación metodológica para la amplificación de dichas regiones micro-satélites por PCR punto final y la visualización de los fragmentos obtenidos de este procedimiento por electroforesis capilar multiplexada, reduciendo costos y optimizando el tiempo en laboratorio. Adicionalmente se encontraron discrepancias entre el perfil electroforético obtenido del clon FX 3864 muestreado en Colombia con el obtenido en Brasil. Se propone considerar la necesidad de corroborar la identidad de los clones reproducidos en jardines clonales para su comercialización en Colombia, utilizando metodologías sensibles y reproducibles, como la estandarizada en este estudio.

ABSTRACT The polymorphism of 9 regions identified in the DNA of leaf tissue sampled from 12 rubber clones conserved in clonal gardens of AGROSAVIA in Colombia and 25 clones in clonal gardens of origin in Brazil was visualized by capillary electrophoresis after amplification with the fluorolabeled primer microsatellite markers Hmct5, 102, HV 30, 548, HV 15, 416, m574, 103 and 358. Upon the results analysis, a database was consolidated that allows to corroborate the genetical identity by conformity with 37 rubber clones from leaf samples. The established protocol is a methodological approach using end-point PCR towards the amplification by multiplexed capillary electrophoresis of micro-satellite regions and their visualization, reducing costs and optimizing time in the laboratory. Additionally, discrepancies were found between the electrophoretic profile obtained from clone FX 3864 sampled in Colombia with that obtained in Brazil. It is proposed to consider the need to corroborate the identity of the clones reproduced in clonal gardens for their commercialization in Colombia, using sensitive and reproducible methodologies, such as the one standardized in this study.

Genetic connectivity of the metapopulation of the coral Pocillopora verrucosa (Scleractinia: Pocilloporidae) in multi-use marine protected areas of the Gulf of California, and management implications / Conectividad genética de la metapoblación del coral Pocillopora verrucosa (Scleractinia: Pocilloporidae) en áreas protegidas multipropósito del Golfo de California, e implicaciones de manejo

Abstract Introduction: Estimates of contemporary connectivity of the broadcast spawning coral Pocillopora verrucosa between multi-use marine protected areas (MUMPAs) are required to assess MUMPA effectiveness and their ability to enhance resilience against disturbances. Objective: To determine the genetic structure and connectivity patterns between P. verrucosa demes inside the Gulf of California and evaluate the role and effectiveness of established MUMPAS in their protection and resilience. Methods: We assessed P. verrucosa connectivity along its peninsular range (∼350 km), including five locations and three MUMPAs in the Gulf of California using six microsatellite genetic markers. Results: Population structure was significant (F ST = 0.108***) when demes included clonal replicates; however, when these clones were removed from the analysis, the sexual individuals comprised a metapopulation panmixia (F ST = 0.0007 NS). To further understand connectivity patterns, an assignment test was carried out which identified ten recent between-deme migrants with a mean dispersal distance of 116.6 km (± 80.5 SE). No long-distance dispersal was detected. These results highlight the ecological importance of the Bahía de La Paz region, including Archipiélago de Espíritu Santo MUMPA. This region, located at the center of the species peninsular range, exports larva to downstream sink demes such as the Loreto (northwardly) and Cabo Pulmo (southwardly) MUMPAs. Of importance, inter-MUMPA spacing was larger than the mean larval dispersal by ~56 km, suggesting thar the designation of intermediate 'no-take' zones would enhance short-distance connectivity. Conclusion: This study contributes as a baseline for policymakers and authorities to provide robust strategies for coral ecosystem protection and suggest that protection efforts must be increased towards peninsular intermediate reefs to promote metapopulation resilience from natural and anthropogenic factors.

Resumen Introducción: La estimación de la conectividad en corales escleractinios, como P. verrucosa, dentro de una red de áreas marinas protegidas (MPA) preestablecidas es fundamental para garantizar la efectividad en su conservación e incrementar su resiliencia. Objetivo: Determinar la estructura genética y la conectividad entre los demes de P. verrucosa dentro del Golfo de California, y evaluar el papel y efectividad de la red preestablecida de áreas marinas protegidas. Métodos: Se evaluó la conectividad de P. verrucosa en cinco locaciones a lo largo del golfo incluyendo tres MPA usando seis marcadores microsatélites. Resultados: Se demostró que existe estructura poblacional adjudicada a la presencia local y heterogénea de individuos clones (F ST = 0.108***); pero al removerlos del análisis, los individuos de origen sexual conformaron una metapoblación en panmixia (F ST = 0.0007 NS). Así mismo, se identificaron 10 potenciales migrantes en la región con una dispersión promedio de 116.57 km (± 80.47 SE) y sin conexión entre localidades extremas. De relevancia, se identificó la importancia ecológica del área central o Bahía de La Paz y MPA Archipiélago Espíritu Santo, como fuente larvaria de corales a toda la región. Además, se determinó que el espacio inter-MPA fue mayor que la distancia de dispersión promedio larvaria mencionada, por lo que sería de importancia ecológica el establecimiento de MPAs intermedias que favorezcan la conectividad a distancias cortas. Conclusiones: Los resultados encontrados en el estudio son pertinentes y contribuyen como línea base para los tomadores de decisiones y autoridades, proporcionando la conectividad de la región para establecer las estrategias de protección apropiadas, sugiriendo aumentar la conservación de las subpoblaciones centrales, la cuales promueven la resiliencia metapoblacional de P. verrucosa ante factores ambientales y/o antropogénicos.

Spondias mombin (Anarcadiaceae): molecular characterization and conservation / Spondias mombin (Anarcadiaceae): caracterización molecular y conservación

Abstract Introduction: The fruit of the yellow mombin (Spondias mombin L.) is notable due to its sensory and functional qualities. However, there is little knowledge regarding the genetic diversity of this species, and this would aid the implantation of the cultivation of the fruit as a crop, since current production is based on extractivism. Objective: Evaluate the diversity and genetic structure of natural populations of S. mombin in the state of Mato Grosso, Brazil, through microsatellite molecular markers in order to assist in the implementation of conservation strategies and the collection of genetic resources. Methods: A total of 139 S. mombin individuals were sampled in ten natural populations. PCR amplifications were performed with seven fluorescence-marked microsatellite primers. Genetic diversity was evaluated by the number of alleles, expected (He) and observed heterozygosity (Ho), polymorphic information content (PIC), fixation index (ƒ), rare and exclusive alleles. The genetic structure was evaluated using AMOVA, UPGMA dendrogram and Bayesian statistical analysis. Results: 46 alleles were amplified, which had an average of 6.6 alleles per locus. He was higher than Ho and f was positive, indicating the presence of inbreeding. The PIC ranged from 0.048 to 0.700, and only two loci were poorly informative. We found 27 rare alleles and 16 unique alleles. The largest component of variation was intrapopulational (90.64 %). The estimated gene flow was 1.99, which indicates that there is no genetic isolation between populations, and justifies the FST value (0.0963). The ten populations were grouped into two groups, and two populations constituted an isolated group. The Mantel test demonstrated that the genetic structure is not related to the geographic distance between populations. Conclusion: There is genetic diversity in the populations of S. mombin, which must be conserved in situ or ex situ, due to the diversity they present and because they are promising sources for collection of germplasm.

Resumen Introducción: El fruto amarillo del jobo o yuplón (Spondias mombin L.) destaca por sus cualidades sensoriales y funcionales. Sin embargo, existe poco conocimiento sobre la diversidad genética de esta especie, lo que ayudaría a la implantación del cultivo del fruto como cultivo, ya que la producción actual se basa en el extractivismo. Objetivo: Evaluar la diversidad y estructura genética de poblaciones naturales de S. mombin en el estado de Mato Grosso, Brasil, a través de marcadores moleculares microsatélites para ayudar en la implementación de estrategias de conservación y recolección de recursos genéticos. Métodos: Se muestrearon un total de 139 individuos de S. mombin en diez poblaciones naturales. Las amplificaciones por PCR se realizaron con siete cebadores de microsatélites marcados con fluorescencia. La diversidad genética se evaluó por el número de alelos, heterocigosidad esperada (He) y observada (Ho), contenido de información polimórfica (PIC), índice de fijación (ƒ), alelos raros y exclusivos. La estructura genética se evaluó mediante AMOVA, dendrograma UPGMA y análisis estadístico bayesiano. Resultados: Se amplificaron 46 alelos, los cuales tenían un promedio de 6.6 alelos por locus. Fue más alto que Ho y f positivo, lo que indica la presencia de endogamia. El PIC osciló entre 0.048 y 0.700, y solo dos loci fueron poco informativos. Encontramos 27 alelos raros y 16 alelos únicos. El mayor componente de variación fue intrapoblacional (90.64 %). El flujo de genes estimado fue de 1.99, lo que indica que no hay aislamiento genético entre poblaciones y justifica el valor de FST (0.0963). Las diez poblaciones se agruparon en dos grupos y dos poblaciones constituyeron un grupo aislado. La prueba de Mantel demostró que la estructura genética no está relacionada con la distancia geográfica entre poblaciones. Conclusión: Existe diversidad genética en las poblaciones de S. mombin, la cual debe ser conservada in situ o ex situ, por la diversidad que presentan y porque son fuentes promisorias para la recolección de germoplasma.

Presencia de inestabilidad microsatélite en pacientes colombianos con adenocarcinoma colorrectal / Microsatellite instability in Colombian patients with colorectal adenocarcinoma

Resumen Introducción y objetivos: la vía de inestabilidad de microsatélites (IMS) está implicada en la carcinogénesis de un 15 % de carcinomas colorrectales (CCR). La detección de esta alteración tiene relevancia en el pronóstico y en el tratamiento de los pacientes con CCR. El objetivo del presente estudio es determinar la prevalencia de IMS en CCR en una cohorte de pacientes de Bogotá, Colombia. Materiales y métodos: se evaluó por inmunohistoquímica la presencia de homólogo MutL 1 (MLH1), segregación posmeiótica aumentada 2 (PMS2), homólogo mutS 2 (MSH2) y homólogo mutS 6 (MSH6) en muestras de CCR prevenientes de colectomías. Adicionalmente, se analizaron las variables clinicopatológicas. A los casos con pérdida de MLH1 y PMS2 se les evaluó la mutación del gen BRAF. Resultados: en total se incluyeron 86 casos. La mediana de edad de los pacientes con CCR fue de 69 años, 52,3 % fueron hombres. De los pacientes con CCR, 12 (13,9 %) presentaron IMS, de los cuales 10 (83,3 %) tenían ausencia de expresión MLH1/PMS2 y 2 (16,7 %), de MSH2/MSH6. La mediana de edad de los pacientes con CCR e IMS fue de 52 años (45-76,5), 9 eran hombres y el 66,7 % de estos casos se localizaron en el colon derecho. El tipo histológico más frecuente fue adenocarcinoma moderadamente diferenciado (67 %). Los linfocitos infiltrantes al tumor fueron observados en el 83 %, la presencia de infiltrado de tipo Crohn estaba presente en el 42 %. La mutación de BRAF se observó en el 30 % de los pacientes con pérdida de MLH1 y PMS2. Conclusión: la prevalencia de la IMS en nuestra población fue de 14 %, datos similares a los observados en la población norteamericana y europea. Sin embargo, se observa que el 83 % presentó pérdida de expresión del complejo MLH1/PMS2, una prevalencia mayor comparada con otras poblaciones.

Abstract Introduction: The microsatellite instability (MSI) pathway is involved in the carcinogenesis of 15% of colorectal carcinomas (CRC). The detection of this alteration is relevant for the prognosis and treatment of CRC patients. Objective: The aim of this study is to determine the prevalence of MSI in CRC in a cohort of patients in Bogotá, Colombia. Materials and methods: The presence of MLH1, PMS2, MSH2, and MSH6 was evaluated by immunohistochemistry in CRC samples collected during colectomy. Clinicopathological variables were analyzed as well. Cases with loss of MLH1 and PMS2 were evaluated for BRAF gene mutation. Results: A total of 86 cases were included. The median age was 69 years, 52.3% were male. 12 (13.9%) patients had IMS, 10 (83.3%) had absence of MLH1/PMS2 expression and 2 (16.7%) absence of MSH2/MSH6 expression. The median age of patients with IMS was 52 years (45-76.5), of which 9 were male. 66.7% of carcinomas were located in the right colon and the most frequent histological type was moderately differentiated adenocarcinoma (67%). Tumor infiltrating lymphocytes were observed in 83% of the cases, while the presence of Crohn's-like infiltrate was present in 42%. BRAF mutation was observed in 30% of patients with loss of MLH1 and PMS2. Conclusion: The prevalence of IMS in our population was 14%, similar to the data observed in the North American and European populations. However, we observed that 83% had loss of expression of the MLH1/PMS2 complex, a higher prevalence compared to other populations.

The spawning method affects the reproductive efficiency of piracanjuba fish (Brycon orbignyanus) in restocking programs / El método de desove afecta la eficiencia reproductiva de piracanjuba (Brycon orbignyanus) en programas de repoblación / O método de desova afeta a eficiência reprodutiva de piracanjuba (Brycon orbignyanus) em programas de repovoamento

Abstract Background: Preserving the genetic diversity of wild fish is an important consideration for restocking programs, as inbreeding can compromise progeny survival as well as impact the resilience of natural populations. Objective: To evaluate the influence of spawning method: semi-natural (SN) or strip-spawning (ST), and the number of breeders (1♀:3♂ and 2♀:6♂) on the reproductive efficiency and genetic diversity of B. orbignyanus progeny destined for restoration of wild stocks. Methods: Rates of fertilization, hatching and broodfish mortality were recorded. For genetic evaluations (allele frequency, observed and expected heterozygosity, Shannon index, inbreeding coefficient, molecular variance analysis, and genetic differentiation), breeders (n=24), and their progenies (90 larvae/treatment) were sampled and analyzed using eight microsatellite markers. Results: Higher fertilization and hatching rates, and lower broodfish mortality were observed for the SN method (p<0.05), whereas the number of breeders did not affect these parameters (p>0.05). Interaction between spawning method and number of breeders was not significant (p>0.05). The amplified microsatellite loci produced a total of 30 alleles, with sizes between 80 and 225 bp and their frequencies indicated an increase (p<0.05) of genetic diversity in the progenies, but low genetic differentiation between treatments (p>0.05). Conclusion: The spawning methods and number of breeders tested increased equally the genetic diversity of the progeny, with low genetic differentiation between treatments. In contrast, rates of fertilization, hatching and brood fish mortality revealed that the SN method resulted in the best reproductive efficiency due to the handling stress and injuries caused by ST. Thus, SN proves to be the most suitable spawning-method for B. orbignyanus in restocking programs.

Resumen Antecedentes: Mantener la diversidad genética de los peces salvajes es una consideración importante para los programas de repoblación, ya que la endogamia puede comprometer la supervivencia de la progenie y afectar la supervivencia de las poblaciones naturales. Objetivo: Evaluar la influencia del método de desove (seminatural - SN o en franjas - ST) y el número de reproductores (1♀:3♂ y 2♀:6♂) sobre la eficiencia reproductiva y la diversidad genética de progenies de B. orbignyanus destinados a la restauración de poblaciones silvestres. Métodos: Se monitorearon las tasas de fertilización, eclosión y mortalidad de reproductores. Para las evaluaciones genéticas (frecuencias alélicas, heterocigosidad observada y esperada, índice de Shannon, coeficiente de endogamia, análisis de varianza molecular y diferenciación genética) los reproductores (n=24) y su progenie (90 larvas/tratamiento) se muestrearon y analizaron utilizando ocho marcadores microsatélites. Resultados: La interacción entre el método de desove y el número de reproductores no fue significativa (p>0,05). Se obtuvieron mejores tasas de fecundación y eclosión (p<0,05), y una menor mortalidad de reproductores (p<0,05) con el método SN, mientras que el número de reproductores no tuvo efecto (p>0,05). Los loci de microsatélites amplificados produjeron un total de 30 alelos con tamaños entre 80 y 225 pb, y sus frecuencias indicaron un aumento (p<0,05) en la diversidad genética de las progenies, pero una baja diferenciación genética entre tratamientos (p>0,05). Conclusión: Los métodos de desove y el número de reproductores evaluados aumentaron de la misma manera la diversidad genética de las progenies, con baja diferenciación genética entre tratamientos. En contraste, las tasas de fecundación, eclosión y mortalidad de peces reproductores revelaron que el SN tuvo la mejor eficiencia reproductiva, un hecho relacionado con el estrés del manejo y las lesiones causadas por el ST. Por lo tanto, el SN demuestra ser el método de desove más adecuado para B. orbignyanus en los programas de repoblación.

Resumo Antecedentes: A manutenção da diversidade genética dos peixes selvagens é uma importante consideração para programas de repovoamento, já que a endogamia pode comprometer a sobrevivência da progênie, além de impactar na resiliência das populações naturais. Objetivo: Avaliar a influência do método de desova (semi-natural - SN ou por extrusão - ST) e número de reprodutores (1♀:3♂ e 2♀:6♂) na eficiência reprodutiva e na diversidade genética de progênie de B. orbignyanus destinados à recuperação de estoques selvagens. Métodos: Taxas de fertilização, eclosão e mortalidade de reprodutores foram monitorados. Para avaliações genéticas (frequências alélicas, heterozigosidade observada e esperada, índice de Shannon, coeficiente de endogamia, análise de variância molecular e diferenciação genética), reprodutores (n=24) e sua progênie (90 larvas/tratamento) foram amostrados e analisados utilizando oito marcadores microssatélites. Resultados: Interação entre método de desova e número de reprodutores não foi significante (p>0,05). Melhores taxas de fertilização e eclosão (p<0,05), e menor (p<0,05) mortalidade de reprodutores foram observados para o método SN, enquanto que o número de reprodutores não afetou esses parâmetros (p>0,05). Os loci microssatélites amplificados produziram um total de 30 alelos, com tamanhos entre 80 e 225 pb e suas frequências indicaram aumento (p<0,05) da diversidade genética nas progênies, mas baixa diferenciação genética entre os tratamentos (p>0,05). Conclusão: Os métodos de desova e números de reprodutores avaliados aumentaram igualmente a diversidade genética das progênies, com baixa diferenciação genética entre tratamentos. Em contraste, as taxas de fecundação, eclosão e mortalidade de reprodutores revelaram que SN obteve a melhor eficiência reprodutiva, fato relacionado com o estresse de manipulação e injurias causadas por ST. Por isso, SN se mostrou como o método de desova mais adequado para B. orbignyanus em programas de repovoamento.

Twins from different fathers: A heteropaternal superfecundation case report in Colombia / Gemelos de diferentes padres: un caso de superfecundación heteropaternal en Colombia

Abstract: Heteropaternal superfecundation is an extremely rare phenomenon that occurs when a second ova released during the same menstrual cycle is additionally fertilized by the sperm cells of a different man in separate sexual intercourse. In August, 2018, the Grupo de Genética de Poblaciones e Identificación at Universidad Nacional de Colombia received a request to establish the paternity of a pair of male twins with genetic markers. The following analyses were performed: amelogenin gene, autosomal short tandem repeat (STR), and Y-STR analyses by means of human identification commercial kits, paternity index, and the probability of paternity calculation and interpretation. A paternity index of 2.5134E+7 and a probability of paternity of 99.9999% for twin 2 were obtained while 14 out of 17 Y-chromosome markers and 14 out of 21 autosomal short tandem repeats were excluded for twin 1. The results indicated that the twins have different biological fathers. Although heteropaternal superfecundation is rarely observed among humans given its low frequency, in paternity disputes for dizygotic twins it is mandatory to demand the presence of the two twins in the testing to avoid wrong conclusions.

Resumen: La superfecundación heteropaternal es un fenómeno extremadamente raro que se produce cuando un segundo óvulo, liberado durante el mismo ciclo menstrual, es fertilizado por un espermatozoide de un hombre diferente en relaciones sexuales separadas. En agosto de 2018, el Grupo de Genética de Poblaciones e Identificación de la Universidad Nacional de Colombia recibió una solicitud para establecer la paternidad mediante marcadores genéticos de un par de mellizos varones, en quienes se hizo el análisis del gen de amelogenina, el análisis de repeticiones cortas en tándem (Short Tandem Repeats, STR) autosómicas y del cromosoma Y (Y-STR) mediante kits comerciales de identificación humana y cálculos e interpretación del índice de paternidad y probabilidad de paternidad. Se obtuvo un índice de paternidad de 2,5134E+7 y una probabilidad de paternidad de 99,9999 % para el gemelo 2, en tanto que en el gemelo 1 se excluyeron 14 de los 17 marcadores del cromosoma Y y 14 de los 21 sistemas STR autosómicos evaluados. Los resultados indicaron que los gemelos tienen diferentes padres biológicos. A pesar de que la superfecundación heteropaternal rara vez se observa en humanos debido a su baja frecuencia, en las disputas de paternidad para los gemelos dicigóticos, es obligatorio exigir en la prueba la presencia de los dos gemelos para evitar conclusiones incorrectas.

SSR and ISSR markers in assessing genetic diversity in Gallus gallus domesticus: a quantitative analysis of scientific production / Marcadores SSR e ISSR na avaliação da diversidade genética em Gallus gallus domesticus: uma análise quantitativa da produção científica

Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: microsatellites, SSR, ISSR, genetic variability and genetic diversity, all of them coupled to chicken and/or birds results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.(AU)

A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: microssatélites, SSR, ISSR, variabilidade genética e diversidade genética, todos eles associados a resultados de galinha e / ou aves o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.(AU)

Características histopatológicas del carcinoma colorrectal con inestabilidad microsatelital (IMS) / Histopathologic characteristics of microsatellite instability in colorectal cancer

El carcinoma colorrectal es una de las neoplasias con mayor incidencia a nivel mundial. Algunos de los tipos tienen componente hereditario y asociación con defectos en la reparación génica a nivel replicacional, por mutaciones en los genes encargados (MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2), llamándose esto la inestabilidad microsatelital. Esta situación se acompaña de mayor predisposición a desarrollar carcinoma colorrectal y algunos extracolónicos que incluyen cáncer de estómago, endometrio, ovarios y tracto urinario, entre otros. Es importante, entonces, evaluar la presencia de la inestabilidad microsatelital a nivel histopatológico conociendo que hay ciertos hallazgos que hacen sospechar la presencia de estas alteraciones genéticas, tales como la presencia de linfocitos intraepiteliales, infiltrado inflamatorio Crohn-like , el subtipo histológico y la localización. El objetivo de este artículo es revisar en detalle algunas características de las variables mencionadas, así como resaltar la importancia de otras variables histopatológicas con impacto pronóstico.

Colorectal cancer (CRC) is one of the most common cancers in the world. Some have a heritable component and are associated with a genetic defect in replication error repair due to MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 genes mutations known as microsatellite instability. This entails a greater predisposition to CRC and other extracolonic cancers including stomach, endometrium, ovary and urinary tract cancers, among other. Thus, it is important to detect histologic microsatellite instability through certain findings such as intraepithelial infiltrating lymphocytes, Crohn-like inflammatory reaction, histologic subtype and anatomical location leading to suspect the presence of genetic alterations. The objective of this article was to examine some features of said variables in detail and highlight the importance of other histopathologic variables with prognostic significance.

SSR and ISSR markers in assessing genetic diversity in Gallus gallus domesticus: a quantitative analysis of scientific production / Marcadores SSR e ISSR na avaliação da diversidade genética em Gallus gallus domesticus: uma análise quantitativa da produção científica

ABSTRACT: Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: 'microsatellites', 'SSR', 'ISSR', 'genetic variability' and 'genetic diversity', all of them coupled to 'chicken' and/or 'birds' results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.

RESUMO: A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: 'microssatélites', 'SSR', 'ISSR', 'variabilidade genética' e 'diversidade genética', todos eles associados a resultados de 'galinha' e / ou 'aves' o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.

Cáncer de colon en Colombia, fenotipo molecular: tamizaje para síndromes con agregación familiar / Colorectal cancer in Colombia molecular phenotype: screening for syndromes with familial aggregation

Objetivo: Caracterizar las características clínico-patológicas y algunos fenotipos moleculares del cáncer colorrectal (CCR), en 1278 pacientes de la región andina colombiana. Métodos: Se analizó una muestra de 1278 pacientes con CCR. Análisis de expresión de los genes MMR-Mismatch Repair-hMLH1, utilizando métodos inmunohistoquímicos (IHC). Para inestabilidad microsatelital-MSI se utilizó ADN de tejido tumoral-normal mediante PCR. Resultados: Promedio de edad 57,4 años, la enfermedad es más frecuente en el género femenino 53,2%. La frecuencia de pacientes menores de 50 años (26,5%) es mayor a la esperada, el CCR en estos casos se asoció a tipos histológicos agresivos -carcinoma mucinoso y carcinoma en anillo de sello- p=<0,000, los cuales, a su vez, resultaron asociados a inestabilidad microsatelital (MSI-H). La localización más frecuente: recto (31,1%), p=0,002, el diagnóstico se produjo en estados avanzados de la enfermedad T3-T4 (75,1%) p=0,022. Tipo histológico más frecuente: adenocarcinoma. La sensibilidad del análisis inmunohistoquímico de MLH1 para la detección de MSI+, fue de 71% (CI: 49 - 87). El análisis por IHC-MLH1 en 575 casos mostró pérdida de la expresión en el 7% de los pacientes. Las pruebas de MSI se realizaron en 451 casos de CCR; el 23% presentaron alta inestabilidad microsatelital (MSI-H). Conclusión: La determinación de inestabilidad microsatelital y la inmunohistoquímica para MMR permiten identificar pacientes en riesgo de ser portadores de mutaciones relacionadas con síndrome de Lynch en pacientes colombianos.

Objective: To characterize the main clinicopathological features and the molecular phenotypes of Colorectal Carcinoma (CRC), in 1,278 patients from the Colombian Andean region. Methods: 1278 patients with CRC. Analyses of the MMR (Mismatch Repair) genes hMLH1, immunohistochemical methods (IHC) were used. To evaluate microsatellite instability (MSI), DNA from tumoral-normal tissue by PCR. Results: The average age of Colombian CRC patients is 57.4 years. The disease is more common in females (53.2%). The frequency of patients younger than 50 years (26.5%) is higher than expected; the CRC in these cases was associated with histological types: aggressive, mucinous carcinoma and singlet ring carcinoma (P= <0.000), which in turn were associated with microsatellite instability (MSI-H). The most frequent location was in the rectum (31.3%), p=0.002 and the diagnosis occurred in advanced stages of the disease T3-T4 (75.1%) p=0.022. The most common histological type was adenocarcinoma. The sensitivity of the immunohistochemical analysis of MLH1 for the detection of MSI+ was 71% (Cl: 49-87). In 575 cases, the IHC-MLH1 analysis showed loss of expression in 7% of patients. MSI analysis was performed in 451 cases of CRC, with 25% show in high microsatellite instability (MSI-H). Conclusions: The determination of microsatelital instability and immunohistochemistry for MMRs allow to identify patients at risk of being carriers of mutations related to Lynch syndrome in Colombian patients.

MIDAS: Aplicación informática para la identificación de microsatélites exactos e inexactos en secuencias genómicas / MIDAS: Computer application for the identification of exact and inaccurate microsatellites in genomic sequences

Los microsatélites son secuencias cortas repetidas en tándem, frecuentes y diversas en los genomas de todas las especies, constituyendo importantes marcadores en múltiples áreas de investigación basadas en la genómica. Se han encontrado asociaciones de estos marcadores a un número importante de enfermedades en humanos. En el desarrollo de vacunas se ha demostrado cómo los patógenos pueden evadir la respuesta inmune simplemente alterando la composición de las secuencias repetidas en sus genes. Existen numerosas aplicaciones informáticas destinadas a la detección de estas secuencias, no obstante, éstas no cubren todas las expectativas debido a la divergencia de criterios y enfoques aplicados a la solución del problema de su detección. MIDAS implementa una solución no heurística basada en dos algoritmos combinatorios en serie: el primero detecta microsatélites exactos, y el segundo, de permitirlo los parámetros del modelo, extiende las secuencias a su versión inexacta óptima. La aplicación tiene como entrada la secuencia genómica en formato GBFF o FASTA y su salida brinda las posiciones de los microsatélites en la secuencia genómica, así como tamaños, alineamientos, flancos, posiciones, etc. El algoritmo tiene una elevada eficiencia y es exhaustivo, detectando todas las posibles secuencias repetidas independientemente de su composición nucleotídica(AU)

Microsatellites are tandem repeat, frequent and diverse short sequences in the genomes of all species, constituting important markers in multiple areas of genomics-based research. Associations of these markers have been found in a significant number of human diseases. Vaccine development has shown how pathogens can evade the immune response by simply altering the composition of repeat sequences in their genes. There are numerous computer applications for the detection of these sequences, but they do not meet all expectations due to the divergence of criteria and approaches applied to solving the problem of their detection. MIDAS implements a non-heuristic solution based on two combinatorial algorithms in series: the first one detects exact microsatellites, and the second one, if the model parameters allow it, extends the sequences to their optimal inaccurate version. The application has as input the genomic sequence in GBFF or FASTA format and its output provides the microsatellite positions in the genomic sequence, as well as sizes, alignments, flanks and other statistics. The algorithm is highly efficient and comprehensive, detecting all possible repeat sequences regardless of their nucleotide composition(AU)

MIDAS: Aplicación informática para la identificación de microsatélites exactos e inexactos en secuencias genómicas / MIDAS: Computer application for the identification of exact and inaccurate microsatellites in genomic sequences

Los microsatélites son secuencias cortas repetidas en tándem, frecuentes y diversas en los genomas de todas las especies, constituyendo importantes marcadores en múltiples áreas de investigación basadas en la genómica. Se han encontrado asociaciones de estos marcadores a un número importante de enfermedades en humanos. En el desarrollo de vacunas se ha demostrado cómo los patógenos pueden evadir la respuesta inmune simplemente alterando la composición de las secuencias repetidas en sus genes. Existen numerosas aplicaciones informáticas destinadas a la detección de estas secuencias, no obstante, éstas no cubren todas las expectativas debido a la divergencia de criterios y enfoques aplicados a la solución del problema de su detección. MIDAS implementa una solución no heurística basada en dos algoritmos combinatorios en serie: el primero detecta microsatélites exactos, y el segundo, de permitirlo los parámetros del modelo, extiende las secuencias a su versión inexacta óptima. La aplicación tiene como entrada la secuencia genómica en formato GBFF o FASTA y su salida brinda las posiciones de los microsatélites en la secuencia genómica, así como tamaños, alineamientos, flancos, posiciones, etc. El algoritmo tiene una elevada eficiencia y es exhaustivo, detectando todas las posibles secuencias repetidas independientemente de su composición nucleotídica(AU)

Microsatellites are tandem repeat, frequent and diverse short sequences in the genomes of all species, constituting important markers in multiple areas of genomics-based research. Associations of these markers have been found in a significant number of human diseases. Vaccine development has shown how pathogens can evade the immune response by simply altering the composition of repeat sequences in their genes. There are numerous computer applications for the detection of these sequences, but they do not meet all expectations due to the divergence of criteria and approaches applied to solving the problem of their detection. MIDAS implements a non-heuristic solution based on two combinatorial algorithms in series: the first one detects exact microsatellites, and the second one, if the model parameters allow it, extends the sequences to their optimal inaccurate version. The application has as input the genomic sequence in GBFF or FASTA format and its output provides the microsatellite positions in the genomic sequence, as well as sizes, alignments, flanks and other statistics. The algorithm is highly efficient and comprehensive, detecting all possible repeat sequences regardless of their nucleotide composition(AU)

The effects of fragmentation on the genetic structure of Theobroma speciosum (Malvaceae) populations in Mato Grosso, Brazil / Efectos de la fragmentación en la estructura genética de las poblaciones de Theobroma speciosum (Malvaceae) en Mato Grosso, Brazil

Abstract Native Theobroma species, such as cacauhy, are losing their habitat due to the intense forest fragmentation in the Amazon region, and preserving their genetic diversity has been the focus of many conservation programs. The aim of the present study is to assess whether fragmentation and habitat reduction affect its genetic structure and lead to genetic diversity losses in natural Theobroma speciosum populations. The study was conducted in two Mato Grosso State (Brazil) locations: Apiacás and Alta Floresta counties. Juruena National Park (JNP) in Apiacás County holds a natural T. speciosum population that has not suffered anthropic influences. A population composed of individuals from three anthropized urban forest parks (UF) in Alta Floresta County was analyzed for comparison. The leaves of 75 T. speciosum individuals distributed in the urban forest fragments and of 100 individuals found in the Juruena National Park were sampled. All nine microsatellite loci showed high polymorphism levels between categories (adults and sub-adults), in both populations. The sub-adult individuals of the fragmented area had a higher value (0.71), and the preserved population, the same value (0.69). The analysis of molecular variance showed 83 % genetic diversity within categories; 16 %, between populations; and only 1 %, between categories. Although the effects were small, a persistent fragmentation process can increase inbreeding and facilitate genetic drift, leading T. speciosum populations to inbreeding depression and loss of diversity. Rev. Biol. Trop. 66(1): 218-226. Epub 2018 March 01.

Resumen Las especies nativas de Theobroma, como cacauhy, están perdiendo su hábitat debido a la intensa fragmentación forestal en la región amazónica. Por lo tanto, preservar la diversidad genética ha sido el objetivo principal de la mayoría de los programas de conservación. El objetivo de este estudio fue evaluar si la fragmentación y la reducción del hábitat afectan la estructura genética y causan la pérdida de diversidad genética en poblaciones naturales de Theobroma speciosum. El estudio se realizó en dos localidades del estado de Mato Grosso, Mato Grosso, Brasil, en el municipio de Apiacás, se consideró una población natural de T. speciosum sin influencia antrópica, ubicada en el Parque Nacional Juruena (JNP) y en el municipio De Alta Floresta se analizó una población compuesta por individuos de tres parques forestales urbanos antropizados (UF). Fueron muestreadas las hojas de 75 individuos de T. speciosum de los fragmentos de bosque urbano y 100 individuos del Parque Nacional de Juruena. Los nueve loci microsatélites mostraron altos niveles de polimorfismo entre las categorías (adultos y sub-adultos) en ambas poblaciones. En la población media, los individuos sub-adultos fragmentados de la población (UF) mostraron un mayor valor de f (0.71), mientras que la categoría de población preservada (JNP) presentó valores iguales entre sí (0.69). El análisis de la varianza molecular mostró que la mayoría de la diversidad genética está dentro de las categorías (83 %), mientras que el 16 % se encuentra entre la población y sólo el 1 % entre las categorías. Aunque los efectos fueron pequeños, si el proceso de fragmentación persistente puede aumentar los niveles de endogamia y facilitar la acción de la deriva genética. En el curso de varias generaciones, estos efectos pueden conducir a la depresión endogámica, la pérdida de diversidad y la alteración de la estructura genética de poblaciones de T. speciosum.

Diversity and spatial genetic structure of a natural population of Theobroma speciosum (Malvaceae) in the Brazilian Amazon / Diversidad y estructura genética espacial de una población natural de Theobroma speciosum (Malvaceae) en la Amazonía brasileña

Abstract:The quantification of genetic diversity and intrapopulation spatial genetic structure (SGS) of tree species are important aspects for in and ex situ conservation practices. In this study we seek to understand the importance of conservation areas by quantifying the genetic diversity and the spatial genetic structure of a natural population of Theobroma speciosum. Within this population, 49 adults and 51 subadults were genotyped for five microsatellite loci. The results showed that adults and subadults have similar levels of genetic diversity and inbreeding (adults: A= 10.4, Ae = 10.3, F= 0.68, subadults: A= 10.6, Ae= 10.6, F= 0.57). Genetic diversity was spatially structured within the population, and the results suggest that near-neighbor trees up to a distance of 70 m are likely related. SGS is likely the result of short-distance seed dispersal, the short-distance range of pollinators, and infrequent breaches of the self-incompatible mating system. Considering the high demographic density of the species and size of the study area, as well as the high average number of alleles per locus and the presence of rare alleles, we believe that the study population is an excellent resource for in situ genetic conservation of T. speciosum. The study area is also a useful resource for collecting germplasm for ex situ conservation and seed collection, either for breeding programs used in the restoration of degraded areas or forest improvement. Rev. Biol. Trop. 64 (3): 1091-1099. Epub 2016 September 01.

ResumenLa cuantificación de la estructura de la diversidad genética e genética intrapoblacional espacial (SGS) de especies de árboles son importantes en las prácticas de conservación ex situ. En este estudio se busca determinar la importancia de las unidades de conservación mediante la cuantificación de la diversidad genética y la estructura espacial de una población natural de Theobroma speciosum. Dentro de esta población, a 49 adultos y 51 subadultos se les analizó el genotipo para cinco microsatélites loci. Los resultados mostraron que los adultos y subadultos tienen niveles similares de diversidad genética y endogamia (adultos: A= 10.4, Ae = 10.3, F= 0.68; subadultos: A= 10.6, Ae = 10.6, F= 0.57). La diversidad genética detectada fue estructurada espacialmente dentro de la población y los árboles vecinos hasta una distancia de 70 m estaban probablemente relacionados. Esta SGS es probablemente el resultado de la dispersión de semillas de corta distancia. El establecimiento de unidades de conservación permanentes como el Parque Nacional Juruena mostró que las áreas de conservación son herramientas valiosas en la preservación de la diversidad genética en las poblaciones naturales. Debido a la alta densidad demográfica de la especie y el tamaño del área de estudio, así como el elevado número promedio de alelos por locus y la presencia de alelos raros, creemos que la población de estudio es un excelente recurso para la conservación genética in situ de T. speciosum y también es un recurso útil de germoplasma para la recolección de conservación ex situ y la semilla, ya sea para programas de mejoramiento utilizados en la restauración de áreas degradadas o mejora de los bosques.

Genotypic variability and antifungal susceptibility of Candida tropicalis isolated from patients with candiduria.

BACKGROUND: Candida tropicalis is an emerging major human pathogen in nosocomial infections, and it is considered the second or third species of Candida most isolated from urine cultures. AIMS: The study aimed at characterizing genotypically C. tropicalis strains from patients with candiduria in a university hospital, and assessed the antifungal susceptibility profile. METHODS: The study was conducted with hospitalized patients who developed urinary tract infection from C. tropicalis from June 2010 to June 2011 at the Grande Dourados University Hospital of the Federal University, Dourados, MS, Brazil. Susceptibility to the antifungal agents amphotericin B and fluconazole was determined by broth microdilution. The genotypic variability of isolates of C. tropicalis was analyzed by microsatellite markers and RAPD-PCR. RESULTS: Only one isolate was resistant to amphotericin B (MIC→16µg/ml); the others were susceptible to fluconazole and amphotericin B. The genotypic variability by RAPD-PCR resulted in distinct profiles for RAPD markers. A total of 10 alleles were observed for the microsatellite loci, URA3 and CT14, which were grouped differently, and four associations were observed for locus URA3 and eight for locus CT14. CONCLUSIONS: C. tropicalis isolates from urine were susceptible to the antifungal agents tested. The genotyping techniques make possible proving the similarity and genetic diversity among isolates of C. tropicalis involved in nosocomial infections. This knowledge is important for the control and prevention of nosocomial infections caused by this yeast species.

Diversidad y estructura genética de accesiones de palma de aceite (Elaeis guineesis Jacq.)provenientes de Camerún / Diversity and genetic structure of oil palm accession (Elaeis guineesis Jacq.) from Cameroon

La palma de aceite Elaeis guineesis Jacq. posee gran importancia debido al aceite que se extrae de sus frutos, del cual se obtienen derivados refinados de gran valor comercial como el biodiesel, entre otros. Esta investigación buscó determinar la estructura y diversidad genética de 311 muestras de palma de aceite proveniente de la República de Camerún mediante 10 marcadores microsatélite. Los resultados mostraron valores promedio para el número medio de alelos por locus de Na=8.433 y un número efectivo de alelos por locus de Ne=4.756; las diferencias entre estos valores permiten inferir que los 106 alelos encontrados para estas poblaciones son considerados alelos raros. Adicionalmente, el valor de diversidad genética fue alto (valor medio de He= 0.781) respecto a reportes de varios autores. La varianza molecular obtenida evidenció que el mayor porcentaje (80 %) se encuentra dentro de los individuos. Los análisis mostraron que no se definió ningún tipo de estructura poblacional, lo que permitió inferir un alto flujo genético entre las zonas geográficas, esto corroborado por los altos valores de diversidad genética obtenidos. Los 311 genotipos evaluados fueron definidos como una población natural heterogénea heterocigota, apta para favorecer el aumento de la base genética de las poblaciones cultivadas de palma de aceite.

Oil palm Elaeis guineesis Jacq. is of great importance because of the oil extracted from its fruits, whose refined derivatives are commercially valuable as biodiesel, among others uses. This study sought to determine the structure and genetic diversity of 311 oil palm samples from the Republic of Cameroon with 10 microsatellite markers. The results showed values for the average number of alleles per locus of Na= 8.433 and effective number of alleles per locus of Ne= 4.756; from the differences between these values, it can be inferred that the 106 alleles found for these populations could be considered rare alleles. Additionally the value of genetic diversity was high (mean value of He= 0.781) compared to reports of several authors. The obtained molecular variance showed that the highest percentage (80 %) was found within the individuals. The analysis did not show any defined population structure, which allowed us to infer a high gene flow among the geographic zones, corroborated it by the high genetic diversity values obtained. The 311 genotypes were defined as a heterogeneous heterozygous natural population suitable to increase the genetic base of oil palm cultivated populations.

Microsatellites loci reveal heterozygosis and population structure in vampire bats (Desmodus rotundus) (Chiroptera: Phyllostomidae) of Mexico / Microsatélites revelan heterocigosidad y estructura poblacional de murciélagos vampiro (Desmodus rotundus) (Quiróptera: Phyllostomidae) de México

A limited number of studies have focused on the population genetic structure of vampire bats (Desmodus rotundus) in America. This medium-sized bat is distributed in tropical areas of the continent with high prevalence in forested livestock areas. The aim of this work was to characterize the vampire population structure and their genetic differentiation. For this, we followed standard methods by which live vampires (caught by mist-netting) and preserved material from scientific collections, were obtained for a total of 15 different locations, ranging from Chihuahua (North) to Quintana Roo (Southeast). Tissue samples were obtained from both live and collected animals, and the genetic differentiation, within and among localities, was assessed by the use of seven microsatellite loci. Our results showed that all loci were polymorphic and no private alleles were detected. High levels of heterozygosis were detected when the proportion of alleles in each locus were compared. Pairwise F ST and R ST detected significant genetic differentiation among individuals from different localities. Our population structure results indicate the presence of eleven clusters, with a high percentage of assigned individuals to some specific collecting site. Rev. Biol. Trop. 62 (2): 659-669. Epub 2014 June 01.

Muy pocos trabajos se han enfocado en el estudio genético de las poblaciones de vampiro (Desmodus rotundus) en América. Este murciélago de tamaño mediano se encuentra distribuido en las áreas tropicales de América, con una gran prevalencia en zonas de ganadería. La recolecta de tejidos se realizó mediante redes de niebla y en con ejemplares de colecciones, estas dan un total de 15 localidades. Mediante el uso de siete microsatellites, nosotros estudiamos la diferenciación genética dentro y entre localidades muestreadas, estas fueron desde Chihuahua en el norte, hasta Quintana Roo en el sureste. Todos los loci fueron polimórficos y no se encontraron alelos privados. Se encontraron altos niveles de heterócigos cuando se compararon la proporción de alelos en cada locus. Comparaciones pareadas de F ST y R ST mostraron una diferenciación genética entre los individuos de las diferentes localidades. Los resultados de estructura genética indican la presencia de once clusters, con un alto porcentaje de asignación de los individuos a las localidades en donde fueron recolectados.

Estrategia de genotipado del gen FMR1: Método de diagnóstico alternativo para el Síndrome X Frágil y otras enfermedades por expansión de trinucleotidos / Genotyping strategy for the FMR1 gene: An alternative diagnostic method for the Fragile X syndrome and other trinucleotide expansion diseases

Objetivos: Diseñar una estrategia alternativa por PCR para el genotipado de secuencias ricas en citosinas, basada en modificación nucleotídica. Material y métodos: Se modificó el gen FMR1 nativo de ocho individuos clínicamente no afectados por el Síndrome X frágil, cambiando las citosinas por uracilos, empleando bisulfito de sodio. El ADN modificado fue purificado y cuantificado por espectrofotometría. Las estructuras alternativas y potenciales islas CpG que adopta el microsatélite inestable fueron simuladas con los programas MFOLD y CpGplot. Se generaron cebadores específicos que hibriden tanto con el microsatélite modificado (Primer T) y con una secuencia modificada de las islas CpG (Primer M), utilizando el programa MethPrimer. Finalmente, ambas secuencias fueron amplificadas por PCR y los amplicones fueron separados por electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE por sus siglas en inglés) al 6% y visualizados con tinción de nitrato de plata. Resultados: La modificación del ADN fue evidenciada por espectrofotometría al uracilo. Las estructuras observadas en la simulación fueron las horquillas encontrándose dos potenciales islas CpG. La amplificación con los cebadores T, confirmó el diseño in silico desarrollado para abordar la estructura en horquillas. La amplificación con los cebadores M permitió detectar metilación de la primera isla CpG del gen FMR1.Conclusión: Se propone un diseño alternativo para amplificación de secuencias de microsatélite que contengan citosinas metiladas y no metiladas. Se requieren estudios posteriores con muestras de ADN que contengan microsatélites muy expandidos para validar su aplicación para diagnóstico molecular. (AU)

Objectives: To design an alternative strategy for genotyping cytosine-rich sequences using PCR and nucleotide modification. Methods: The FMR1 gene wild type was modified in the DNA obtained from eight individuals clinically unaffected for Fragile X Syndrome; cytosines were replaced by uracils using sodium bisulfite. Modified DNA was purified and quantified by spectrophotometry. Alternative structures and potential CpG islands of the unstable microsatellite were simulated using MFOLD and CpGplot tools. Specific primers were generated to hybridize with both the modified microsatellite (Primer G) and a modified sequence of CpG islands (Primer M) using the MethPrimer software. Finally, both sequences were amplified by PCR and the amplicons were separated by electrophoresis in silver-stained PAGE 6% gels. Results: The DNA modification was evidenced by spectrophotometry to uracil. We found two potential CpG islands. The amplification with T primers confirmed the "in silico" design developed to engage hairpin structures. The amplification with M primers detected methylation of the first CpG island in the FMR1 gene. Conclusion: We propose an alternative design for amplifying microsatellite sequences that contain methylated and unmethylated cytosine bases. Further studies are required with DNA samples containing expanded microsatellites to validate its molecular diagnostic application. (AU)