Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.(AU)

Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos dágua do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.(AU)

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an Invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Abstract Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Resumo Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos d'água do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an invasive species in Central Punjab Pakistan / Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): uma espécie invasora no centro de Punjab, Paquistão

Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos d’água do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Molecular Phylogenetics of Physa acuta (Pulmonata: Basommatophora): an Invasive species in Central Punjab Pakistan

Abstract Physids belong to Class Gastropoda; belong to Phylum Mollusca and being bioindicators, intermediate hosts of parasites and pests hold a key position in the ecosystem. There are three species of Genus Physa i.e. P. fontinalis, Physa acuta and P. gyrina water bodies of Central Punjab and were characterized on the basis of molecular markers High level of genetic diversity was revealed by polymorphic RAPD, however SSR markers were not amplified. The multivariate analysis revealed polymorphism ranging from 9.09 percent to 50 percent among the three Physid species. Total number of 79 loci were observed for the three species under study and 24 loci were observed to be polymorphic. These RAPD fragment(s) can be developed into co dominant markers (SCAR) by cloning and can be further sequenced for the development of the Physa species specific markers to identify the introduced and native species in Pakistan.

Resumo Os físidos pertencem à classe Gastropoda; pertencem ao filo Mollusca e, sendo bioindicadores, hospedeiros intermediários de parasitas e pragas, ocupam uma posição-chave no ecossistema. Existem três espécies do gênero Physa, ou seja, P. fontinalis, Physa acuta e P. gyrina em corpos dágua do Punjab Central e foram caracterizadas com base em marcadores moleculares. Alto nível de diversidade genética foi revelado por RAPD polimórfico, no entanto os marcadores SSR não foram amplificados. A análise multivariada revelou polimorfismo variando de 9,09% a 50% entre as três espécies de Physid. Um número total de 79 loci foi observado para as três espécies em estudo e 24 loci foram observados como polimórficos. Esses fragmentos RAPD podem ser desenvolvidos em marcadores codominantes (SCAR) por clonagem e podem ser posteriormente sequenciados para o desenvolvimento de marcadores específicos da espécie Physa para identificar as espécies introduzidas e nativas no Paquistão.

Antifungal potential of biosurfactants produced by strains of Bacillus spp. (Bacillales: Bacillaceae) selected by molecular screening / Potencial antifúngico de biosulfactantes producidos por cepas de Bacillus spp. (Bacillales: Bacillaceae) seleccionadas por tamizaje molecular

Introduction: Bacillus species are used as biological controllers for phytopathogenic fungi, and the mechanisms to produce controllers include biosynthesis of lipopeptide biosurfactants with antifungal activity. Objective: To evaluate the antifungal potential of the biosurfactants produced by Bacillus strains, selected by molecular screening, on Fusarium oxysporum. Methods: We selected four molecular markers, related to the biosynthesis of surfactin, fengicin, and lichenysin (srfA, spf, fenB, LichAA) in nine Bacillus strains. We used two mineral media with several culture conditions, for biosurfactant production, and a well diffusion test for antifungal potential. Results: Only the biosurfactant produced by UFAB25 inhibits the mycelial growth of F. oxysporum (44 % ± 13): this biosurfactant was positive for srfA, spf, and fenB genes involved in the synthesis of surfactin and fengicine. Antifungal activity depends on culture conditions and the strain. Conclusions: Genetic markers are useful to detect strains with antifungal potential, facilitating the selection of bio-controllers. The biosurfactant profile is influenced by the strain and by culture conditions.

Introducción: Especies de Bacillus han sido empleadas como controladores biológicos contra hongos fitopatógenos. Entre los mecanismos utilizados se destaca la biosíntesis de biosurfactantes lipopeptídicos con actividad antifúngica. Objetivo: Evaluar el potencial antifúngico de los biosurfactantes producidos por cepas Bacillus nativas, previamente seleccionadas mediante tamizaje molecular, sobre Fusarium oxysporum. Métodos: Se utilizaron cuatro marcadores moleculares, relacionados con la biosíntesis de surfactina, fengicina y liquenisina (srfA, spf, fenB, LichAA) sobre nueve cepas de Bacillus. Se utilizaron dos medios minerales con diferentes condiciones de cultivo para la producción del biosurfactante. Se evaluó el potencial antifúngico de los biosurfactantes mediante la prueba de difusión en pozos. Resultados: Se determinó que solo el biosurfactante producido por UFAB25 actúa como inhibidor del crecimiento micelial de Fusarium oxysporum (43.6 % ± 13), esta cepa es positiva para los genes srfA, spf y fenB, involucrados en la síntesis de surfactina y fengicina. La actividad antifúngica depende de las condiciones de cultivo y la cepa. Conclusiones: Los marcadores genéticos ayudan a detectar cepas con potencial antifúngico, facilitando la selección de biocontroladores. El perfil del biosurfactante está influenciado no solo por la cepa, sino también por las condiciones del cultivo.

Genetic connectivity of the metapopulation of the coral Pocillopora verrucosa (Scleractinia: Pocilloporidae) in multi-use marine protected areas of the Gulf of California, and management implications / Conectividad genética de la metapoblación del coral Pocillopora verrucosa (Scleractinia: Pocilloporidae) en áreas protegidas multipropósito del Golfo de California, e implicaciones de manejo

Abstract Introduction: Estimates of contemporary connectivity of the broadcast spawning coral Pocillopora verrucosa between multi-use marine protected areas (MUMPAs) are required to assess MUMPA effectiveness and their ability to enhance resilience against disturbances. Objective: To determine the genetic structure and connectivity patterns between P. verrucosa demes inside the Gulf of California and evaluate the role and effectiveness of established MUMPAS in their protection and resilience. Methods: We assessed P. verrucosa connectivity along its peninsular range (∼350 km), including five locations and three MUMPAs in the Gulf of California using six microsatellite genetic markers. Results: Population structure was significant (F ST = 0.108***) when demes included clonal replicates; however, when these clones were removed from the analysis, the sexual individuals comprised a metapopulation panmixia (F ST = 0.0007 NS). To further understand connectivity patterns, an assignment test was carried out which identified ten recent between-deme migrants with a mean dispersal distance of 116.6 km (± 80.5 SE). No long-distance dispersal was detected. These results highlight the ecological importance of the Bahía de La Paz region, including Archipiélago de Espíritu Santo MUMPA. This region, located at the center of the species peninsular range, exports larva to downstream sink demes such as the Loreto (northwardly) and Cabo Pulmo (southwardly) MUMPAs. Of importance, inter-MUMPA spacing was larger than the mean larval dispersal by ~56 km, suggesting thar the designation of intermediate 'no-take' zones would enhance short-distance connectivity. Conclusion: This study contributes as a baseline for policymakers and authorities to provide robust strategies for coral ecosystem protection and suggest that protection efforts must be increased towards peninsular intermediate reefs to promote metapopulation resilience from natural and anthropogenic factors.

Resumen Introducción: La estimación de la conectividad en corales escleractinios, como P. verrucosa, dentro de una red de áreas marinas protegidas (MPA) preestablecidas es fundamental para garantizar la efectividad en su conservación e incrementar su resiliencia. Objetivo: Determinar la estructura genética y la conectividad entre los demes de P. verrucosa dentro del Golfo de California, y evaluar el papel y efectividad de la red preestablecida de áreas marinas protegidas. Métodos: Se evaluó la conectividad de P. verrucosa en cinco locaciones a lo largo del golfo incluyendo tres MPA usando seis marcadores microsatélites. Resultados: Se demostró que existe estructura poblacional adjudicada a la presencia local y heterogénea de individuos clones (F ST = 0.108***); pero al removerlos del análisis, los individuos de origen sexual conformaron una metapoblación en panmixia (F ST = 0.0007 NS). Así mismo, se identificaron 10 potenciales migrantes en la región con una dispersión promedio de 116.57 km (± 80.47 SE) y sin conexión entre localidades extremas. De relevancia, se identificó la importancia ecológica del área central o Bahía de La Paz y MPA Archipiélago Espíritu Santo, como fuente larvaria de corales a toda la región. Además, se determinó que el espacio inter-MPA fue mayor que la distancia de dispersión promedio larvaria mencionada, por lo que sería de importancia ecológica el establecimiento de MPAs intermedias que favorezcan la conectividad a distancias cortas. Conclusiones: Los resultados encontrados en el estudio son pertinentes y contribuyen como línea base para los tomadores de decisiones y autoridades, proporcionando la conectividad de la región para establecer las estrategias de protección apropiadas, sugiriendo aumentar la conservación de las subpoblaciones centrales, la cuales promueven la resiliencia metapoblacional de P. verrucosa ante factores ambientales y/o antropogénicos.

Population genetics of the endangered catfish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae) based on species-specific microsatellite loci

The Neotropical catfish genus Pseudoplatystoma comprises eight species of large size, widely distributed in South American basins. The endangered species P. magdaleniatum is endemic to Magdalena basin (Colombia), experiences high fishing pressure and its population genetics is relatively unknown. To study the genetic status and structure of P. magdaleniatum, 25 species-specific polymorphic microsatellite loci were developed using next-generation sequencing and then tested in samples collected in the Magdalena-Cauca basin. Based on 15 of these loci, P. magdaleniatum showed a high number of alleles per locus (9-10), high values of observed (0.762-0.798) and expected (0.770-0.791) heterozygosities, recent reduction of population size and gene flow. These findings constitute a baseline to measure potential changes in genetic diversity and structure of this commercially important species in a basin undergoing high anthropogenic activities.(AU)

El género de bagres neotropicales Pseudoplatystoma comprende ocho especies de gran tamaño, ampliamente distribuidas en las cuencas de Suramérica. La especie en peligro de extinción P. magdaleniatum es endémica de la Cuenca del Magdalena (Colombia), experimenta una alta presión pesquera y su genética poblacional es relativamente desconocida. Para estudiar el estado y estructura genética de P. magdaleniatum, se desarrollaron 25 loci microsatélites polimórficos especie específicos utilizando secuenciación de próxima generación y se evaluaron en muestras recolectadas en la Cuenca del Magdalena-Cauca. Con base en 15 loci, P. magdaleniatum mostró un alto número de alelos por locus (9-10), valores altos de heterocigosidad observada (0.762-0.798) y esperada (0.770-0.791), reducción reciente del tamaño poblacional y flujo génico. Estos hallazgos constituyen una línea de base para medir cambios potenciales en la diversidad y estructura genética de esta especie comercialmente importante en una cuenca sometida a altas actividades antropogénicas.(AU)

Population genetics of the endangered catfish Pseudoplatystoma magdaleniatum (Siluriformes: Pimelodidae) based on species-specific microsatellite loci

The Neotropical catfish genus Pseudoplatystoma comprises eight species of large size, widely distributed in South American basins. The endangered species P. magdaleniatum is endemic to Magdalena basin (Colombia), experiences high fishing pressure and its population genetics is relatively unknown. To study the genetic status and structure of P. magdaleniatum, 25 species-specific polymorphic microsatellite loci were developed using next-generation sequencing and then tested in samples collected in the Magdalena-Cauca basin. Based on 15 of these loci, P. magdaleniatum showed a high number of alleles per locus (9-10), high values of observed (0.762-0.798) and expected (0.770-0.791) heterozygosities, recent reduction of population size and gene flow. These findings constitute a baseline to measure potential changes in genetic diversity and structure of this commercially important species in a basin undergoing high anthropogenic activities.(AU)

El género de bagres neotropicales Pseudoplatystoma comprende ocho especies de gran tamaño, ampliamente distribuidas en las cuencas de Suramérica. La especie en peligro de extinción P. magdaleniatum es endémica de la Cuenca del Magdalena (Colombia), experimenta una alta presión pesquera y su genética poblacional es relativamente desconocida. Para estudiar el estado y estructura genética de P. magdaleniatum, se desarrollaron 25 loci microsatélites polimórficos especie específicos utilizando secuenciación de próxima generación y se evaluaron en muestras recolectadas en la Cuenca del Magdalena-Cauca. Con base en 15 loci, P. magdaleniatum mostró un alto número de alelos por locus (9-10), valores altos de heterocigosidad observada (0.762-0.798) y esperada (0.770-0.791), reducción reciente del tamaño poblacional y flujo génico. Estos hallazgos constituyen una línea de base para medir cambios potenciales en la diversidad y estructura genética de esta especie comercialmente importante en una cuenca sometida a altas actividades antropogénicas.(AU)

Meta-analysis of the differential effects of habitat fragmentation and degradation on plant genetic diversity.

Genetic diversity is a key factor for population survival and evolution. However, anthropogenic habitat disturbance can erode it, making populations more prone to extinction. Aiming to assess the global effects of habitat disturbance on plant genetic variation, we conducted a meta-analysis based on 92 case studies obtained from published literature. We compared the effects of habitat fragmentation and degradation on plant allelic richness and gene diversity (equivalent to expected heterozygosity) and tested whether such changes are sensitive to different life-forms, life spans, mating systems, and commonness. Anthropogenic disturbance had a negative effect on allelic richness, but not on gene diversity. Habitat fragmentation had a negative effect on genetic variation, whereas habitat degradation had no effect. When we examined the individual effects in fragmented habitats, allelic richness and gene diversity decreased, but this decrease was strongly dependent on certain plant traits. Specifically, common long-lived trees and self-incompatible species were more susceptible to allelic richness loss. Conversely, gene diversity decreased in common short-lived species (herbs) with self-compatible reproduction. In a wider geographical context, tropical plant communities were more sensitive to allelic richness loss, whereas temperate plant communities were more sensitive to gene diversity loss. Our synthesis showed complex responses to habitat disturbance among plant species. In many cases, the absence of effects could be the result of the time elapsed since the disturbance event or reproductive systems favoring self-pollination, but attention must be paid to those plant species that are more susceptible to losing genetic diversity, and appropriate conservation should be actions taken.

Meta-Análisis de los Efectos Diferenciales de la Fragmentación y Degradación del Hábitat sobre la Diversidad Genética de las Plantas Resumen La diversidad genética es un factor clave para la supervivencia y evolución de las poblaciones. Sin embargo, la perturbación antropogénica de los hábitats puede dañar esta diversidad, volviendo a las poblaciones más susceptibles a la extinción. Con el objetivo de evaluar los efectos globales de la perturbación del hábitat sobre la variación genética de las plantas, realizamos un meta-análisis basado en 92 estudios de caso obtenidos de la literatura publicada. Comparamos los efectos de la degradación y fragmentación del hábitat sobre la riqueza de alelos y la diversidad de genes (equivalente a la heterocigosidad esperada) de las plantas y probamos si dichos cambios son sensibles para diferentes formas de vida, tiempos de vida, sistemas de apareamiento y preponderancia. La perturbación antropogénica tuvo un efecto negativo sobre la riqueza de alelos, pero no sobre la diversidad genética. La fragmentación del hábitat tuvo un efecto negativo sobre la variación genética, mientras que la degradación del hábitat no tuvo efecto. Cuando examinamos los efectos individuales en los hábitats fragmentados, la riqueza de alelos y la diversidad genética disminuyeron, pero esta disminución estuvo vinculada fuertemente con ciertas características de las plantas. Específicamente, los árboles de larga vida y las especies auto-incompatibles fueron más susceptibles a la pérdida de la riqueza de alelos. De manera contraria, la diversidad genética disminuyó en especies comunes de vida corta (hierbas) con reproducción auto-compatibles. En un contexto geográfico más amplio, las comunidades de plantas tropicales fueron más sensibles a la pérdida de la riqueza de alelos, mientras que las comunidades de plantas de zonas templadas fueron más sensibles a la pérdida de diversidad de genes. Nuestra síntesis mostró respuestas complejas a la perturbación del hábitat entre las especies de plantas. En muchos casos, la ausencia de efectos podría ser el resultado del tiempo transcurrido desde el evento de perturbación o los sistemas reproductivos que favorecen la auto-polinización, pero se le debe prestar atención a aquellas especies de plantas que son más susceptibles a la pérdida de la diversidad genética, para así poder realizar las acciones de conservación apropiadas.

Methodology for in silico mining of microsatellite polymorphic loci

Polymorphisms with variable number of tandem repeats (VNTR), are genetic markers used in areas of genomics as evolutionary, epidemiological and population genetics studies. The growth of genomic sequences in data banks and the development of computational tools for bioinformatics allow the mining of these markers without the need to use experimental methods, extending the analysis to non-model organisms of medical or economic importance. Due to the low complexity of these sequences and the high number of candidates presented when inspecting one or several genomes in a scaled manner, difficulties arise in processing the volume of data that is generated and the detection of polymorphisms by visual inspection in candidate markers. A methodology and its algorithmic specificities are described, implemented in a software pipeline, which allow the fast and reliable identification of polymorphic SSRs loci. The global processing is done by the concatenation of the programs MIDAS, BLAST and the PSSR-Extractor script. The inputs are directory paths where multiple sequence files are found in FASTA or GBFF format and the outputs are the SSRs, access codes to the databases, positions in the genome, number of repetitions and the degree of polymorphism expressed as range of variation, allelic frequency, allele number and polymorphic information content (PIC). An optional script, SSRMerge, allows the identification of unique (non-redundant) loci in the set of processed genome sequences with taxonomically closed relationship. Twenty three complete genomes (RefSeq from NCBI) belonging to various isolates of Mycobacterium tuberculosis were processed, 4433 SSRs were detected and from them 414 non-redundant loci were extracted within the species. The polymorphisms for these SSRs were mined in the BLAST server outputs and different measures are reported that reflect loci variations(AU)

Los polimorfismos con número variable de repeticiones en tándem (VNTR), constituyen marcadores genéticos utilizados en áreas de la genómica como estudios evolutivos, epidemiológicos y de genética poblacional. Los bancos de secuencias genómicas y las herramientas computacionales como BLAST permiten el minado de estos marcadores sin utilizar métodos experimentales, extendiéndolo a organismos no modelos de importancia médica o económica. Debido a la baja complejidad de estas secuencias y el número de candidatos que se presentan al inspeccionar un genoma cuando el procedimiento es escalado, surgen dificultades para procesar el volumen de datos generado y detectar por inspección visual los polimorfismos en los marcadores candidatos. Se presentan una metodología y varios software que permiten la identificación y extracción rápida y fiable de loci polimórficos de SSRs. El procesamiento se hace por la concatenación de los programas MIDAS, BLAST, y el script PSSR-Extractor. Las entradas son rutas de directorios donde se encuentren múltiples archivos de secuencia en formato FASTA o GBFF y las salidas son los SSRs, códigos de acceso al GenBank, posiciones en el genoma, número de repeticiones y el grado de polimorfismo expresado como rango de variación, frecuencia alélica, cantidad de alelos y contenido de información polimórfica (PIC). Un script opcional, SSRMerge, permite la identificación de loci únicos (no redundantes) a nivel de especie, de género o en general del conjunto las secuencias que se desee procesar. Se procesaron 23 genomas completos (RefSeq del NCBI) pertenecientes a diversos aislamientos de Mycobacterium tuberculosis. Se detectaron 4433 SSRs extrayéndose 414 loci no redundantes dentro de la especie. Realizado el minado de polimorfismos en las salidas del servidor BLAST para estos SSRs se reportan medidas que reflejan las variaciones que presentan estos loci(AU)

MIDAS: Aplicación informática para la identificación de microsatélites exactos e inexactos en secuencias genómicas / MIDAS: Computer application for the identification of exact and inaccurate microsatellites in genomic sequences

Los microsatélites son secuencias cortas repetidas en tándem, frecuentes y diversas en los genomas de todas las especies, constituyendo importantes marcadores en múltiples áreas de investigación basadas en la genómica. Se han encontrado asociaciones de estos marcadores a un número importante de enfermedades en humanos. En el desarrollo de vacunas se ha demostrado cómo los patógenos pueden evadir la respuesta inmune simplemente alterando la composición de las secuencias repetidas en sus genes. Existen numerosas aplicaciones informáticas destinadas a la detección de estas secuencias, no obstante, éstas no cubren todas las expectativas debido a la divergencia de criterios y enfoques aplicados a la solución del problema de su detección. MIDAS implementa una solución no heurística basada en dos algoritmos combinatorios en serie: el primero detecta microsatélites exactos, y el segundo, de permitirlo los parámetros del modelo, extiende las secuencias a su versión inexacta óptima. La aplicación tiene como entrada la secuencia genómica en formato GBFF o FASTA y su salida brinda las posiciones de los microsatélites en la secuencia genómica, así como tamaños, alineamientos, flancos, posiciones, etc. El algoritmo tiene una elevada eficiencia y es exhaustivo, detectando todas las posibles secuencias repetidas independientemente de su composición nucleotídica(AU)

Microsatellites are tandem repeat, frequent and diverse short sequences in the genomes of all species, constituting important markers in multiple areas of genomics-based research. Associations of these markers have been found in a significant number of human diseases. Vaccine development has shown how pathogens can evade the immune response by simply altering the composition of repeat sequences in their genes. There are numerous computer applications for the detection of these sequences, but they do not meet all expectations due to the divergence of criteria and approaches applied to solving the problem of their detection. MIDAS implements a non-heuristic solution based on two combinatorial algorithms in series: the first one detects exact microsatellites, and the second one, if the model parameters allow it, extends the sequences to their optimal inaccurate version. The application has as input the genomic sequence in GBFF or FASTA format and its output provides the microsatellite positions in the genomic sequence, as well as sizes, alignments, flanks and other statistics. The algorithm is highly efficient and comprehensive, detecting all possible repeat sequences regardless of their nucleotide composition(AU)

MIDAS: Aplicación informática para la identificación de microsatélites exactos e inexactos en secuencias genómicas / MIDAS: Computer application for the identification of exact and inaccurate microsatellites in genomic sequences

Los microsatélites son secuencias cortas repetidas en tándem, frecuentes y diversas en los genomas de todas las especies, constituyendo importantes marcadores en múltiples áreas de investigación basadas en la genómica. Se han encontrado asociaciones de estos marcadores a un número importante de enfermedades en humanos. En el desarrollo de vacunas se ha demostrado cómo los patógenos pueden evadir la respuesta inmune simplemente alterando la composición de las secuencias repetidas en sus genes. Existen numerosas aplicaciones informáticas destinadas a la detección de estas secuencias, no obstante, éstas no cubren todas las expectativas debido a la divergencia de criterios y enfoques aplicados a la solución del problema de su detección. MIDAS implementa una solución no heurística basada en dos algoritmos combinatorios en serie: el primero detecta microsatélites exactos, y el segundo, de permitirlo los parámetros del modelo, extiende las secuencias a su versión inexacta óptima. La aplicación tiene como entrada la secuencia genómica en formato GBFF o FASTA y su salida brinda las posiciones de los microsatélites en la secuencia genómica, así como tamaños, alineamientos, flancos, posiciones, etc. El algoritmo tiene una elevada eficiencia y es exhaustivo, detectando todas las posibles secuencias repetidas independientemente de su composición nucleotídica(AU)

Microsatellites are tandem repeat, frequent and diverse short sequences in the genomes of all species, constituting important markers in multiple areas of genomics-based research. Associations of these markers have been found in a significant number of human diseases. Vaccine development has shown how pathogens can evade the immune response by simply altering the composition of repeat sequences in their genes. There are numerous computer applications for the detection of these sequences, but they do not meet all expectations due to the divergence of criteria and approaches applied to solving the problem of their detection. MIDAS implements a non-heuristic solution based on two combinatorial algorithms in series: the first one detects exact microsatellites, and the second one, if the model parameters allow it, extends the sequences to their optimal inaccurate version. The application has as input the genomic sequence in GBFF or FASTA format and its output provides the microsatellite positions in the genomic sequence, as well as sizes, alignments, flanks and other statistics. The algorithm is highly efficient and comprehensive, detecting all possible repeat sequences regardless of their nucleotide composition(AU)

Frequency of canine degenerative myelopathy SOD1:c.118G>A mutation in 22 dog breeds in Guadalajara, Mexico / Frecuencia de la mutación SOD1:c.118G>A de mielopatía degenerativa canina en 22 razas de perros en Guadalajara, México / Frequência da mutação SOD1: c.118G>A de mielopatía degenerativa canina em 22 raças de cães no Guadalajara, México

Abstract Background: Canine degenerative myelopathy (DM) is a late-onset disease that primarily affects large-breed dogs. The disease involves the spinal cord and produces progressive paresia and, eventually, complete loss of mobility. DM has been related to missense mutation c.118G>A in the SOD1 gene. Objective: To determine the genotypic and genic frequencies of DM in Mexico. Methods: In total, 330 samples from 22 different dog breeds were genotyped using the polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP) technique. Results: The mutation was identified in 71 animals from 11 different breeds. Observed genic frequencies were 0.78 for the G allele and 0.14 for the A allele. Genotypic frequencies were 0.79 for the G/G wild-type, 0.14 for the G/A heterozygote, and 0.7 for the A/A homozygote. Conclusion: The genic frequency of this allele is high among the studied populations. A molecular marker program that identifies the DM mutation in breeding dogs should be implemented in order to reduce this frequency.

Resumen Antecedentes: La mielopatía degenerativa canina (MD) es una enfermedad progresiva de presentación tardía que afecta a la médula espinal, generalmente en caninos de razas grandes, y que produce paresis progresiva y eventual pérdida completa de la movilidad. Se ha relacionado con una mutación puntual por sustitución de bases en el gen SOD1 recientemente identificado como c.118G>A. Objetivo: Determinar las frecuencias genotípicas y génicas para la presentación de DM en México. Métodos: Se genotipificaron 330 muestras de perros de 22 razas mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa y polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PCR- RFLPs). Resultados: Se identificó la mutación en 71 animales de 11 razas diferentes. Las frecuencias génicas encontradas fueron de 0,78 para el alelo G y de 0,14 para el alelo A. Las frecuencias genotípicas fueron de 0,79 para el tipo silvestre G/G, 0,14 para el heterocigoto G/A y 0,7 para el homocigoto A/A. Conclusión: La frecuencia encontrada para la mutación es alta en las poblaciones estudiadas. La aplicación de un programa de selección asistida por marcadores moleculares contra la mutación causante de MDC en perros reproductores resultaría útil para reducir su frecuencia.

Resumo Antecedentes: A mielopatía degenerativa canina (MD) é uma doença progressiva de apresentação tardia que afeta a medula espinal geralmente de caninos de raças grandes e que produz paresia progressiva e eventualmente a perda completa da mobilidade. Tem sido relacionada com uma mutação pontual por substituição de bases no gen SOD1, recentemente identificado como c.118G>A. Objetivo: Determinar as frequências genotípicas e genéticas para a apresentação de DM no México. Métodos: Genotipagem de 330 amostras de cães de 22 raças por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase e polimorfismos no comprimento de fragmentos de restrição (PCR- RFLPs). Resultados: A mutação foi identificada em 71 animais de 11 raças diferentes. As frequências gênicas encontradas foram de 0,78 para o alelo G e de 0,14 para o alelo A. As frequências genotípicas foram de 0,79 para o tipo silvestre G/G, 0,14 para o heterozigoto G/A e 0,7 para o homozigoto A/A. Conclusão: A frequência encontrada para a mutação é alta nas populações estudadas. A implementação de um programa de seleção assistida por marcadores moleculares contra a mutação que causa MDC seria útil para reduzir a sua frequência.

B4GALT1, LHR, FSHR and IGF2 polymorphisms and scrotal circumference in Nellore bulls / Polimorfismos dos genes B4GALT1, LHR, FSHR e IGF2 e perímetro escrotal em touros da raça Nelore

We assessed whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes beta 1,4- galactosyltransferase (B4GALT1), luteinizing hormone receptor (LHR), follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) and insulin-like growth factor 2 (IGF2) could be molecular markers for scrotal circumference (SC) in Nellore bulls. Animals with positive (+, n = 104) and negative (-, n = 74) expected progeny difference for scrotal circumference at 365 days (EPD SC 365) were selected and their SNPs were analyzed by restriction fragment length polymorphism (RFLP). The correlation between EPD SC 365 and expected progeny difference for age at first birth (EPD AFB) was also investigated. The SNPs in B4GALT1 and FSHR was not different between two groups analyzed. The CC genotype for LHR gene was most frequent in animals with EPD SC 365(+), whereas the TT was most frequent in the EPD SC 365(-). For IGF2 the CT and CC were the most frequent genotypes observed in animals with positive and negative EPD SC 365, respectively. The EPD SC 365 was negatively correlated with the EPD AFB (r = 0.23). We suggest that CC and TT genotypes for LHR and IGF2, respectively, could be possible molecular markers for SC selection in Nellore bulls, that can also predict for AFB.(AU)

Foram avaliados se polimorfismos de base única (SNPs) presentes nos genes beta-1,4- galactosiltransferase (B4GALT1), receptor de hormônio luteinizante (LHR), receptor de hormônio folículo estimulante (FSHR) e fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF2) poderiam ser marcadores moleculares para o perímetro escrotal (PE) em touros da raça Nelore. Animais com diferença esperada de progênie positiva (+, n = 104) e negativa (-, n = 74) para PE aos 365 dias (DEP PE 365) foram selecionados e seus SNPs foram analisados utilizando a técnica de polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP). A correlação entre DEP PE 365 e idade ao primeiro parto (DEP IPP) também foi investigada. Os SNPs dos genes B4GALT1 e FSHR não apresentaram diferença entre os dois grupos analisados. O genótipo CC para o gene LHR foi mais freqüente em animais com DEP PE 365 (+), enquanto o TT foi mais frequente no grupo com DEP PE 365 (-). Para o gene IGF2, os genótipos CT e CC foram mais freqüentes em animais com DEP PE 365 positiva e negativa, respectivamente. A DEP PE 365 foi negativamente correlacionada com a DEP IPP (r = -0,23). O genótipo CC para o gene LHR e genótipo TT para o gene IGF2 podem ser possíveis marcadores de PE para a seleção assistida em touros da raça Nelore, podendo ser ainda preditores para IPP.(AU)

B4GALT1, LHR, FSHR and IGF2 polymorphisms and scrotal circumference in Nellore bulls / Polimorfismos dos genes B4GALT1, LHR, FSHR e IGF2 e perímetro escrotal em touros da raça Nelore

We assessed whether single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes beta 1,4- galactosyltransferase (B4GALT1), luteinizing hormone receptor (LHR), follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) and insulin-like growth factor 2 (IGF2) could be molecular markers for scrotal circumference (SC) in Nellore bulls. Animals with positive (+, n = 104) and negative (-, n = 74) expected progeny difference for scrotal circumference at 365 days (EPD SC 365) were selected and their SNPs were analyzed by restriction fragment length polymorphism (RFLP). The correlation between EPD SC 365 and expected progeny difference for age at first birth (EPD AFB) was also investigated. The SNPs in B4GALT1 and FSHR was not different between two groups analyzed. The CC genotype for LHR gene was most frequent in animals with EPD SC 365(+), whereas the TT was most frequent in the EPD SC 365(-). For IGF2 the CT and CC were the most frequent genotypes observed in animals with positive and negative EPD SC 365, respectively. The EPD SC 365 was negatively correlated with the EPD AFB (r = 0.23). We suggest that CC and TT genotypes for LHR and IGF2, respectively, could be possible molecular markers for SC selection in Nellore bulls, that can also predict for AFB.

Foram avaliados se polimorfismos de base única (SNPs) presentes nos genes beta-1,4- galactosiltransferase (B4GALT1), receptor de hormônio luteinizante (LHR), receptor de hormônio folículo estimulante (FSHR) e fator de crescimento semelhante à insulina 2 (IGF2) poderiam ser marcadores moleculares para o perímetro escrotal (PE) em touros da raça Nelore. Animais com diferença esperada de progênie positiva (+, n = 104) e negativa (-, n = 74) para PE aos 365 dias (DEP PE 365) foram selecionados e seus SNPs foram analisados utilizando a técnica de polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (RFLP). A correlação entre DEP PE 365 e idade ao primeiro parto (DEP IPP) também foi investigada. Os SNPs dos genes B4GALT1 e FSHR não apresentaram diferença entre os dois grupos analisados. O genótipo CC para o gene LHR foi mais freqüente em animais com DEP PE 365 (+), enquanto o TT foi mais frequente no grupo com DEP PE 365 (-). Para o gene IGF2, os genótipos CT e CC foram mais freqüentes em animais com DEP PE 365 positiva e negativa, respectivamente. A DEP PE 365 foi negativamente correlacionada com a DEP IPP (r = -0,23). O genótipo CC para o gene LHR e genótipo TT para o gene IGF2 podem ser possíveis marcadores de PE para a seleção assistida em touros da raça Nelore, podendo ser ainda preditores para IPP.

Date palm micropropagation: Advances and applications / Micropropagação de tamareira: Avanços e aplicações

ABSTRACT Date palm (Phoenix dactylifera L.) is a fruit tree resilient to adverse climatic conditions predominating in hot arid regions of the Middle East and North Africa. The date fruit contains numerous chemical components that possess high nutritional and medicinal values. Traditional propagation by offshoots is inefficient to satisfy current demands for date palm trees. Alternatively, micropropagation provides an efficient means for large-scale propagation of date palm cultivars. Both somatic embryogenesis and organogenesis, either directly or indirectly though the callus phase, have been demonstrated in date palm in vitro regeneration. Culture initiation commonly utilizes shoot-tip explants isolated from young offshoots. Recently, the immature inflorescences of adult trees were utilized as an alternative nondestructive source of explants. In addition to the nature of the explant used, successful plant regeneration depends on the cultivar, composition of the culture medium and physical status. Challenges of date palm micropropagation include long in vitro cycle, latent contamination, browning, somaclonal variation as well as ex vitro acclimatization and transplanting. A remarkable amount of research investigating these factors has led to optimized protocols for the micropropagation of numerous commercially important cultivars. This has encouraged the development of several international commercial tissue culture laboratories. Molecular characterization provides an assurance of genetic conformity of regenerated plantlets, a key feature for commercial production. This article describes date palm micropropagation protocols and also discusses recent achievements with respect to somaclonal variation, molecular markers, cryopreservation and future prospects.

RESUMO A tamareira (Phoenix dactylifera L.) é uma arvore frutífera adaptada à condições climáticas adversas predominantemente em regiões áridas do Oriente Médio e Norte Africano. As tâmaras possuem vários componentes químicos com alto valor medicinal e nutricional. A propagação tradicional por estacas não é suficiente para satisfazer a demanda por mudas e assim, a micropropagação apresenta-se como uma alternativa eficiente para a produção de mudas em larga escala. Embriogênese somática e organogênese, tanto direta quanto indireta via calos, tem sido usada para obter a regeneração in vitro de tamareira. O inicio do cultivo in vitro normalmente utiliza meristemas excisados de brotações jovens. Recentemente, inflorescências imaturas de árvores adultas são usadas como fonte alternativa de explantes não destrutiva. Além da origem do explante, o sucesso da regenerção depende do cultivar, da composição do meio de cultura e de condições físicas. Desafios na micropropagação de tamareira incluem um longo ciclo in vitro, contaminação, escurecimento do tecido, variação somaclonal além do enraizamento e aclimatização ex vitro. Diversos estudos investigando esses fatores tem conduzido à otimização de protocolos de micropropagação de inúmeros cultivares comerciais proporcionando o estabelecimento de vários laboratórios de cultura de tecidos de plantas. A caracterização molecular permite uma segura conformidade genética do material regenerado, considerado uma característica chave na produção comercial. Essa revisão descreve protocolos de micropropagação de tamareira e aborda as mais recentes conquistas relacionadas à variação somaclonal, marcadores moleculatres, criopreservação e perspectivas futuras.

Identificación de QTL de resistencia a la bacteriosis vascular en yuca bajo condiciones naturales de infección / Qtl identification for cassava bacterial blight resistance under natural infection conditions

Cassava, Manihot esculenta Crantz, represents the main food source for more than one billion people. Cassava's production is affected by several diseases, one of the most serious is cassava bacterial blight (CBB) caused by Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). A quantitative trait loci (QTL) analysis for CBB resistance was performed under natural infection conditions, using a mapping population of 99 full-sibs genotypes highly segregant and a SNP-based high dense genetic map. The phenotypic evaluation was carried out in Puerto López, Meta, Colombia, during the rainy season in 2015. Both resistant and susceptible transgressive segregants were detected in the mapping population. Through a non-parametric interval mapping analysis, two QTL were detected, explaining 10.9 and 12.6 % of phenotypic variance of resistance to field CBB. After a bioinformatics exploration four genes were identified in the QTL intervals. This work represents a contribution to the elucidation of the molecular bases of quantitative cassava resistance to Xam.

La yuca, Manihot esculenta Crantz, representa la principal fuente de alimento para cerca de 1000 millones de personas. La producción de yuca se ve afectada por diversas enfermedades, una de las más serias es la bacteriosis vascular (CBB) causada por Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). En este estudio se realizó un análisis de loci de rasgos cuantitativos (QTL) para la resistencia a CBB en condiciones naturales de infección, usando una población de mapeo constituida por 99 genotipos de hermanos completos segregantes y un mapa genético altamente denso basado en SNPs. La evaluación fenotípica se llevó a cabo en Puerto López (Meta), Colombia, durante la época de lluvias durante el segundo semestre de 2015. En la población de mapeo fueron detectados individuos con una segregación transgresiva tanto resistentes como susceptibles. A través de un análisis no paramétrico de intervalo simple, se detectaron dos QTL que explican el 10,9 y el 12,6 % de la varianza fenotípica de la resistencia en campo a CBB. Mediante análisis bioinformáticos se identificaron cuatro genes candidatos presentes en los intervalos de los QTL. Este trabajo representa un esfuerzo por dilucidar los mecanismos moleculares implicados en la resistencia de yuca a CBB.

Worse prognosis in breast cancer patients can be predicted by immunohistochemical analysis of positive MMP-2 and negative estrogen and progesterone receptors / Pacientes com câncer de mama de pior prognóstico podem ser estimadas por análise imuno-histoquímica de MMP-2 positiva e receptores de estrógeno e progesterona negativos

Summary Introduction: Breast cancer is the most cause of death, and approximately 90% of these deaths are due to metastases. Matrix metalloproteinase-2 (MMP-2) gelatinase activity is able to degrade a major constituent of the tumor microenvironment, type IV collagen. Two well-established proteins used as markers in clinical practice for breast cancer are the receptors for estrogen (ER) and progesterone (PR). Although the presence of these receptors has been associated with a better prognosis, loss of these proteins can occur during tumor progression, with subsequent resistance to hormone therapy. Objective: To study the correlation among MMP-2, ER, and PR, as well as the establishment of the metastatic process in primary breast tumors. Method: Breast cancer samples (n=44) were analyzed by immunohistochemistry for MMP-2, ER, and PR. Results: We observed that 90% of patients who had metastases and died showed positive staining for MMP-2 (p=0.0082 for both). Using Kaplan-Meier analysis, we found that negative ER patients who were also positive for MMP-2 had even worse disease-free survival (DFS) and overall survival (OS) (p= 0.012 and p=0.005, respectively). Similar results were found in PR-negative patients for DFS (a trend p=0.077) and OS (p=0.038). Conclusion: Regardless of our small sample size (n=44), the data obtained strongly suggest that MMP-2 in combination with already well-established markers could help to predict the emergence of metastases and death in patients with breast cancer.

Resumo Introdução: o câncer de mama é a segunda causa de morte no mundo, sendo 90% dessas mortes decorrentes de metástases. A metaloprotease de matriz 2 (MMP-2) possui atividade de gelatinase capaz de degradar o principal constituinte do microambiente tumoral, o colágeno do tipo IV. Há duas proteínas bem estabelecidas utilizadas como marcadores na prática clínica para o câncer de mama, os receptores de estrógeno (RE) e de progesterona (RP). Embora a presença desses receptores tenha sido associada a um melhor prognóstico, a perda delas pode ocorrer durante a progressão do tumor, com subsequente resistência à terapia hormonal. Objetivo: analisar a correlação entre as proteínas MMP-2, RE e RP por imuno-histoquímica e estabelecer o processo metastático em tumores de mama primários. Método: amostras de tumor de mama (n=44) foram analisadas por imuno-histoquímica para MMP-2, receptor de estrógeno e progesterona. Resultados: observou-se que 90% das pacientes que tinham metástases e morreram apresentaram coloração positiva para a MMP-2 (p=0,0082 para ambos). Usando a análise de Kaplan-Meier, verificou-se que as pacientes RE negativas, também positivas para MMP-2, apresentaram sobrevida livre de doença (SLD) e sobrevida global (SG) (p=0,012 e p=0,005, respectivamente) piores quando comparadas às pacientes MMP-2 negativas. Resultados semelhantes foram encontrados em pacientes RP negativas para SLD (p=0,077) e SG (p=0,038). Conclusão: embora o número de amostras avaliadas tenha sido baixo (n=44), esses dados iniciais permitem inferir que a MMP-2 em combinação com os marcadores já bem estabelecidos poderia ajudar na previsão do surgimento de metástase e morte em pacientes com câncer de mama.

Diagnostic Cytochrome b gene profiles for the identification of paca (Cuniculus paca) bushmeat: implications for the monitoring of illegal hunting and wildlife trade / Perfis diagnósticos do gene Citocromo b para a identificação molecular de paca (Cuniculus paca): implicações para a detecção e monitoramento de caça e comércio ilegal

Abstract Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) is the second largest rodent found in Brazil. The quality of the meat and a long tradition of hunting have contributed to the decline of the natural populations of this species. Hunting of paca is strictly prohibited in Brazil, but in spite of this restriction, no forensic tools are available for the identification of the meat. We describe an efficient method, based on single nucleotide polymorphisms of the cytochrome b gene, that can be used to differentiate biological material derived from paca from those of domestic species commonly used as sources of meat. The identification of the presence of C. paca in the samples was 100% reliable.(AU)

Resumo Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) é o segundo maior roedor brasileiro. A qualidade da carne e a forte tradição da caça de subsistência são fatores que contribuem significativamente para o declínio das populações. Apesar da proibição a caça no Brasil, no momento ainda não há ferramentas disponíveis para identificar a carne e seus produtos como prova forense. Neste trabalho propomos um método eficaz de identificação, baseado em polimorfismos de único nucleotídeo no gene Citocromo b, objetivando diferenciar material biológico de paca das espécies domésticas comumente utilizadas como alimento no Brasil. A identificação das amostras de paca foram possíveis em 100% das amostras analisadas.(AU)

Diagnostic Cytochrome b gene profiles for the identification of paca (Cuniculus paca) bushmeat: implications for the monitoring of illegal hunting and wildlife trade / Perfis diagnósticos do gene Citocromo b para a identificação molecular de paca (Cuniculus paca): implicações para a detecção e monitoramento de caça e comércio ilegal

Abstract Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) is the second largest rodent found in Brazil. The quality of the meat and a long tradition of hunting have contributed to the decline of the natural populations of this species. Hunting of paca is strictly prohibited in Brazil, but in spite of this restriction, no forensic tools are available for the identification of the meat. We describe an efficient method, based on single nucleotide polymorphisms of the cytochrome b gene, that can be used to differentiate biological material derived from paca from those of domestic species commonly used as sources of meat. The identification of the presence of C. paca in the samples was 100% reliable.

Resumo Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) é o segundo maior roedor brasileiro. A qualidade da carne e a forte tradição da caça de subsistência são fatores que contribuem significativamente para o declínio das populações. Apesar da proibição a caça no Brasil, no momento ainda não há ferramentas disponíveis para identificar a carne e seus produtos como prova forense. Neste trabalho propomos um método eficaz de identificação, baseado em polimorfismos de único nucleotídeo no gene Citocromo b, objetivando diferenciar material biológico de paca das espécies domésticas comumente utilizadas como alimento no Brasil. A identificação das amostras de paca foram possíveis em 100% das amostras analisadas.