Systematic review on molecular detection of congenital and neonatal infections caused by TORCH and SARS-CoV-2 in newborns' cerebrospinal fluid / Revisáo sistemática sobre deteção molecular de infecções congênitas e neonatais causadas por TORCH e SARS-CoV-2 no líquido cefalorraquidiano de recém-nascidos

ABSTRACT Objective: To verify the use and identify advantages of molecular methods for congenital infections diagnosis in cerebrospinal fluid of neonates. Data source: The review was registered in the International Prospective Register of Systematic Reviews (PROSPERO), under CRD42021274210. The literature search was performed in databases: PubMed, Virtual Health Library/ Latin American and Caribbean Center on Health Sciences Information (VHL/BIREME), Scopus, Web of Science, Excerpta Medica database (EMBASE), Cochrane, ProQuest, and EBSCOhost. The search was carried out from August to October 2021 and updated in December 2022, respecting the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) guidelines. The selection sequence was: 1) Duplicate title removal; 2) Examination of titles and abstracts; 3) Full-text retrieval of potentially relevant reports; and 4) Evaluation of the full text according to eligibility criteria by two independent authors. Inclusion criteria considered randomized and non-randomized control trials, longitudinal, cross-sectional, and peer-reviewed studies in humans, published in English, Spanish, Italian, and Portuguese, with newborns up to 28 days old who had congenital neuroinfections by toxoplasmosis, rubella, cytomegalovirus, herpes simplex (TORCH), and others such as Treponema pallidum, Zika, parvovirus B-19, varicella zoster, Epstein-Barr, and SARS-CoV2, diagnosed by polymerase chain reaction (PCR). Two evaluators extracted the following information: author, year of publication, nationality, subjects, study type, methods, results, and conclusion. Data synthesis: The most studied pathogen was herpes simplex. Several articles reported only nonspecific initial symptoms, motivating the collection of cerebrospinal fluid and performing PCR for etiological investigation. Conclusions: Molecular methods are effective to detect pathogen genomes in cerebrospinal fluid, which can impact clinical evolution and neurological prognosis.

RESUMO Objetivo: Verificar a utilização e identificar as vantagens dos métodos moleculares para diagnóstico de infecções congênitas no líquido cefalorraquidiano de neonatos. Fontes de dados: A revisão foi registrada na base PROSPERO (International Prospective Register of Systematic Reviews) sob CRD42021274210. A busca bibliográfica foi realizada nas bases de dados PubMed, Biblioteca Virtual em Saúde/ Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (BVS/BIREME), Scopus, Web of Science, Excerpta Medica database (EMBASE), Cochrane, ProQuest, e EBSCOhost. A busca foi feita no período de agosto a outubro de 2021 e atualizada em dezembro de 2022, respeitando as orientações do Preferred Reporting Items for Systematic Reviews e Meta-Analyises (PRISMA). A sequência da seleção dos estudos foi: 1) Remoção de duplicatas; 2) Exame de títulos e resumos; 3) Recuperação dos textos completos potencialmente relevantes; e 4) Avaliação do texto completo conforme critérios de elegibilidade por dois autores independentes. O critério de inclusão considerou ensaios clínicos randomizados e não randomizados, estudos longitudinais, transversais, revisados por pares, estudos em humanos, publicados em inglês, espanhol, italiano e português, com recém-nascidos de até 28 dias que sofreram neuroinfecções congênitas pelos agentes toxoplasmose, rubéola, citomegalovírus, herpes simples (TORCH), e outros como Treponema pallidum, Zika, parvovírus B-19, varicela zoster, Epstein-Barr, e SARS-CoV-2, diagnosticadas por reação em cadeia de polimerase (PCR). Dois avaliadores extraíram as seguintes informações: autor, ano de publicação, nacionalidade, sujeitos, tipo de estudo, métodos, resultados e conclusão. Síntese dos dados: O patógeno mais estudado foi Herpes Simples. Muitos artigos relataram somente sintomas iniciais inespecíficos, motivando a coleta de líquido cefalorraquidiano e realização da PCR para investigação etiológica. Conclusões: Os métodos moleculares são eficazes para detectar o genoma do patógeno no líquido cefalorraquidiano, o que pode impactar na evolução clínica e no prognóstico neurológico.

A perspective of the prevalent H9N2 virus with a special focus on molecular and pathological aspects in commercial broiler chicken in Punjab, Pakistan / Perspectiva do vírus H9N2 prevalente com foco especial em aspectos moleculares e patológicos em frangos de corte comerciais em Punjab, Paquistão

Frequent outbreaks of avian influenza H9N2 virus in Pakistan revealed that this subtype has become endemic in the poultry industry and, besides economic losses, poses a threat to public health. The present study describes the molecular characterization and pathological alterations in naturally infected broiler chickens with the current H9N2 field strain and their phylogenomic dynamics. In this study, tissue samples (trachea, lung, kidney and intestine) from 100 commercial chicken flocks were collected from July 2018 to August 2019. Samples were subjected to molecular detection, phylogeny and subsequent pathological examination. The complete length of the HA gene was successfully amplified in five samples. Nucleotide sequencing revealed positive samples placed in a clade belonging to the B2 sub-lineage of the G1 genotype and categorized as LPAIV based on the amino acid sequence of the HA gene at the cleavage site (PAKSSR/G). Genetic analysis of the haemagglutinin (HA) gene revealed nt: 80.5%-99.5%; aa: 83.8%-98.9% homology to H9N2 strains reported previously from Pakistan, neighbouring countries, and (A/Quail/Hong Kong/G1/97). Gross lesions include a slight airsacculitis, mild hemorrhages, diffuse congestion and purulent exudate in tracheal mucosa, fibrinonecrotic cast in the trachea lumen and mild pulmonary congestion. Histopathological alterations include sloughing of epithelial cells and infiltration of inflammatory cells in the trachea, mononuclear cells (MNCs) infiltration, pulmonary congestion and exudate in the lumen of parabronchi, peritubular congestion in the kidneys with degeneration of tubular epithelial cells and degenerative changes in the intestinal villi epithelial cells and goblet cell hyperplasia. Immunohistochemistry analysis confirmed the presence of AIVH9N2 antigen in the trachea, lungs, kidney and intestine. Electron microscopy revealed ultrastructural changes in the trachea, including degenerated cilia, mitochondrial swelling and enlarged endoplasmic reticulum. Based on all essential analysis, the present study revealed the distribution of the H9N2 virus of G1 genotype in Punjab, Pakistan, with mild to moderate pathogenicity.

Surtos frequentes do vírus da gripe aviária H9N2 no Paquistão revelaram que esse subtipo se tornou endêmico na avicultura e, além das perdas econômicas, representa uma ameaça à saúde pública. O presente estudo descreve a caracterização molecular e as alterações patológicas em frangos de corte naturalmente infectados com a atual cepa H9N2 e sua dinâmica filogenômica. Neste estudo, amostras de tecidos (traqueia, pulmões, rim e intestino) de 100 lotes comerciais de frangos foram coletadas de julho de 2018 a agosto de 2019. As amostras foram submetidas à detecção molecular, filogenia e posterior exame patológico. O comprimento completo do gene HA foi amplificado com sucesso em cinco amostras. O sequenciamento de nucleotídeos revelou amostras positivas colocadas em um clado pertencente à sublinhagem B2 do genótipo G1 e categorizado como LPAIV com base na sequência de aminoácidos do gene da hemaglutinina (HA) no local de clivagem (PAKSSR/G). A análise genética do gene da HA revelou: nt = 80,5%-99,5%; aa = 83,8%-98,9% de homologia com cepas de H9N2 relatadas anteriormente no Paquistão e em países vizinhos (A/Quail/Hong Kong/G1/97). As lesões macroscópicas incluíram aerossaculite leve, hemorragias leves, congestão difusa e exsudato purulento na mucosa traqueal, cilindro fibrinonecrótico no lúmen da traqueia e congestão pulmonar leve. As alterações histopatológicas incluíram descamação de células epiteliais, infiltração de células inflamatórias na traqueia, infiltração de células mononucleares (MNCs), congestão pulmonar e exsudato no lúmen dos parabrônquios, congestão peritubular nos rins com degeneração das células epiteliais tubulares, alterações degenerativas nas células epiteliais das vilosidades intestinais e hiperplasia de células caliciformes. A análise imunoistoquímica confirmou a presença do antígeno AIVH9N2 na traqueia, nos pulmões, no rim e no intestino. A microscopia eletrônica revelou alterações ultraestruturais na traqueia, incluindo cílios degenerados, inchaço mitocondrial e retículo endoplasmático aumentado. Com base em todas as análises, o presente estudo revelou a distribuição do vírus H9N2 do genótipo G1 em Punjab, Paquistão, com patogenicidade de leve a moderada.

Clinico-pathological assessment of virulent Newcastle Disease Virus in ducks

Abstract Newcastle disease (ND) is an infectious, highly contagious and lethal disease of avian species. It is considered that ducks are natural reservoir or carrier for Newcastle disease virus (NDV) and are resistant against different strains of NDV. Current study was designed to evaluate the pathogenesis of Newcastle disease in domestic ducks through histopathology, immunohistochemistry (IHC) and serum biochemical changes. For this purpose, eighty ducks were reared for 42 days and divided in two groups A and B. Ducks in group A were challenged with (NDV) at rate of 0.1 ml of ELD50 (virus titer 107.32/100µl) on second week of age, whereas Group B was control negative. Splenomegaly, atrophy of thymus and necrotic lesion in kidney were observed on 9th day of post infection. Hepatic degeneration and mononuclear cell infiltration were noticed in proventriculus and intestine in challenged ducks. Viral antigen detected in lungs, intestine, proventriculus and lymphoid organs of infected ducks through IHC. Albumin and total protein values were significantly low in infected groups A as compared to control group B. ALT, AST, and ALP values were significantly high in infected group A. On 5th and 7th day of post infection oropharyngeal swabs were negative for NDV and cloacal swabs were positive for NDV through Reverse transcriptase polymerase chain reaction. It is concluded that ducks are susceptible to NDV and virulent strain of NDV caused disease in ducks.

Resumo A doença de Newcastle (DN) é uma doença infecciosa, altamente contagiosa e letal de espécies aviárias. Considera-se que os patos são reservatórios ou portadores naturais do vírus da doença de Newcastle (VDN) e são resistentes a diferentes cepas de VDN. O presente estudo foi desenvolvido para avaliar a patogênese da DN em patos domésticos por meio de histopatologia, imuno-histoquímica (IHQ) e alterações bioquímicas séricas. Para este propósito, 80 patos foram criados por 42 dias e divididos em dois grupos A e B. Os patos do grupo A foram submetidos ao VDN a uma taxa de 0,1 ml de ELD50 (título viral de 107,32 / 100 µl) na segunda semana de idade, enquanto o Grupo B foi controle negativo. Esplenomegalia, atrofia do timo e lesão necrótica no rim foram observadas no 9º dia pós-infecção. Degeneração hepática e infiltração de células mononucleares foram observadas no proventrículo e intestino em patos infectados. Antígeno viral foi detectado em pulmões, intestino, proventrículo e órgãos linfoides de patos infectados por IHQ. Os valores de albumina e proteína total foram significativamente baixos no grupo A infectado em comparação com o grupo B. Os valores de ALT, AST e ALP foram significativamente altos no grupo A. No 5º e no 7º dia após a infecção, os esfregaços orofaríngeos foram negativos para VDN, enquanto os esfregaços cloacais foram positivos para VDN por meio da reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa. Conclui-se que os patos são suscetíveis ao VDN e à cepa virulenta de VDN que causou doenças em patos.

Corneal transplantation and concomitant SARS-CoV-2 infection: a case report / Transplante de córnea e infecção concomitante por SARS-CoV-2: relato de caso

ABSTRACT This report was aimed at presenting a case of neurotrophic keratitis and concomitant SARS-CoV-2 infection in a patient who has recently undergone a corneal DALK transplant. One month after corneal transplantation with adequate corneal epithelialization, the patient presented neurotrophic keratitis with a torpid course of the corneal transplant coinciding with a SARS-CoV-2 infection, with an excessive host immune response. In addition, the patient presented a re-positivization of nasopharyngeal polymerase chain reaction of SARS-CoV-2 with past disease after starting treatment with autologous serum eye drops. The implications at the ophthalmological level of SARS-CoV-2 infection may be clarified as the time the illness progresses and we learn more about how it acts. In this case, the disparity of signs and symptoms, the antecedent of corneal surgery, and the possibility of a herpetic infection as a cause of the primary leukoma suggested neurotrophic keratitis. Nonetheless, the involvement of systemic SARS-CoV-2 infection in the process, triggering an excessive host immune response at the corneal level with an increase in inflammatory cytokines must be taken into account. No relationship was found between treatment with autologous serum and re-positivization of nasopharyngeal polymerase chain reaction, presenting the patient a favorable response to treatment.

RESUMO O objetivo deste relato foi apresentar um caso de ceratite neurotrófica e infecção concomitante por SARS-CoV-2 em paciente submetido recentemente a transplante de córnea DALK. Um mês após o transplante de córnea com adequada epitelização da córnea, o paciente apresentou ceratite neurotrófica com curso tórpido do transplante de córnea, coincidindo com infecção por SARS-CoV-2, com resposta imune excessiva do hospedeiro. Além disso, o paciente apresentou repositivização da reação em cadeia da polimerase nasofaríngeo de SARS-CoV-2, com doença pregressa após iniciar tratamento com colírio de soro autólogo. As implicações a nível oftalmológico da infecção por SARS-CoV-2, podem ser esclarecidas à medida que a doença progride e aprendemos mais sobre sua forma de atuação. Neste caso, a disparidade de sinais e sintomas, o antecedente de cirurgia de córnea e a possibilidade de infecção herpética como causa do leucoma primário sugeriram ceratite neurotrófica. No entanto, deve-se levar em consideração o envolvimento da infecção sistêmica por SARS-CoV-2 no processo, desencadeando uma resposta imune excessiva do hospedeiro no nível da córnea, com aumento de citocinas inflamatórias. Não foi encontrada relação entre o tratamento com soro autólogo e a repositivização da reação em cadeia da polimerase nasofaríngea, apresentando ao paciente uma resposta favorável ao tratamento.

Infección congénita por citomegalovirus: evaluación de diagnóstico y desafíos en la detección temprana / Congenital cytomegalovirus infection: diagnosis assessment and challenges in early detection / Infecção congênita por citomegalovírus: avaliação do diagnóstico e desafios na detecção precoce

Resumen La detección temprana de la infección congénita por citomegalovirus (cCMV) en pacientes pediátricos permite la implementación de un tratamiento apropiado con el fin de reducir la gravedad de las secuelas asociadas a esta infección, lo cual impacta directamente en la calidad de vida del paciente. El objetivo de este estudio fue determinar la tasa de positividad de infección por CMV en niños con sospecha clínica de infección congénita y analizar las estrategias utilizadas en la confirmación diagnóstica de laboratorio. Para ello se realizó un análisis retrospectivo de muestras de niños con sospecha clínica de cCMV, las cuales fueron evaluadas en el laboratorio de Virología de la institución mediante una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) específica para citomegalovirus (CMV). Fue incluido un total de 698 pacientes y se analizaron 125 muestras de sangre de tarjetas de screening neonatal (TSN) y 659 muestras de orina en el período comprendido entre el 1 de enero de 2016 y el 31 de diciembre de 2022. El diagnóstico de cCMV fue confirmado en 24 pacientes mediante la presencia del virus en muestras de orina o TSN según la edad del paciente, lo que correspondió al 3,4% (24/698) del total de los pacientes estudiados.

Abstract Early detection of congenital cytomegalovirus (cCMV) infection in pediatric patients enables the implementation of appropriate treatment to reduce the severity of associated sequelae, directly impacting the child's quality of life. The aim of this study was to determine the CMV positivity rate in children clinical suspected of congenital infection and to analyse the strategies used in laboratory diagnostic confirmation. A retrospective analysis of samples from children with clinical suspected cCMV was evaluated by the Virology Laboratory of this institution using real-time polymerase chain reaction (qPCR) specific for cytomegalovirus (CMV). A total of 698 patients were included, analysing 125 samples from neonatal screening cards (NSC) and 659 urine samples in the period between January 1, 2016 and December 31, 2022. The diagnosis of congenital CMV (cCMV) was confirmed in 24 patients through the presence of the virus in urine or NSC samples, corresponding to 3.4% (24/698) of the total patients studied.

Resumo A detecção precoce da infecção congênita pelo citomegalovírus (cCMV) em pacientes pediátricos permite a implementação de um tratamento adequado com o objetivo de reduzir a gravidade das sequelas associadas a esta infecção, o que impacta diretamente na qualidade de vida da criança. O objetivo deste estudo foi determinar a taxa de positividade de infecção por CMV em crianças com suspeita de infecção congênita e analisar as estratégias utilizadas na confirmação diagnóstica laboratorial. Para isso, foi realizado uma análise retrospectiva de amostras de crianças com suspeita de cCMV, as quais foram estudiadas pelo laboratório de Virologia da instituição por meio de reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) específica para citomegalovírus (CMV). Um total de 698 pacientes foram incluídos, sendo analisadas 125 amostras de sangue de cartões de triagem neonatal (TSN) e 659 amostras de urina no período entre 1º de janeiro de 2016 e 31 de dezembro de 2022. O diagnóstico de cCMV foi confirmado em 24 pacientes pela presença do vírus em amostras de urina ou TSN, de acordo com a idade do paciente, correspondendo a 3,4% (24/698) do total de pacientes estudados.

Role of the IL8 rs4073 polymorphism in central nervous system toxicity in patients receiving multidrug-resistant tuberculosis treatment / Papel do polimorfismo rs4073 do gene IL8 na toxicidade do sistema nervoso central em pacientes em tratamento para tuberculose multirresistente

ABSTRACT Objective: To determine the role of the IL8 rs4073 polymorphism in predicting the risk of central nervous system (CNS) toxicity in patients receiving standard pharmacological treatment for multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB). Methods: A cohort of 85 consenting MDR-TB patients receiving treatment with second-line antituberculosis drugs had their blood samples amplified for the IL8 (rs4073) gene and genotyped. All patients were clinically screened for evidence of treatment toxicity and categorized accordingly. Crude and adjusted associations were assessed. Results: The chief complaints fell into the following categories: CNS toxicity; gastrointestinal toxicity; skin toxicity; and eye and ear toxicities. Symptoms of gastrointestinal toxicity were reported by 59% of the patients, and symptoms of CNS toxicity were reported by 42.7%. With regard to the genotypes of IL8 (rs4073), the following were identified: AA, in 64 of the study participants; AT, in 7; and TT, in 11. A significant association was found between the dominant model of inheritance and CNS toxicity for the crude model (p = 0.024; OR = 3.57; 95% CI, 1.18-10.76) and the adjusted model (p = 0.031; OR = 3.92; 95% CI, 1.13-13.58). The AT+TT genotype of IL8 (rs4073) showed a 3.92 times increased risk of CNS toxicity when compared with the AA genotype. Conclusions: The AT+TT genotype has a tendency to be associated with an increased risk of adverse clinical features during MDR-TB treatment.

RESUMO Objetivo: Determinar o papel do polimorfismo rs4073 do gene IL8 na previsão do risco de toxicidade do sistema nervoso central (SNC) em pacientes em tratamento farmacológico padrão para tuberculose multirresistente (TBMR). Métodos: Amostras de sangue de uma coorte de 85 pacientes com TBMR que assinaram um termo de consentimento livre e esclarecido e que estavam recebendo tratamento com medicamentos antituberculosos de segunda linha foram amplificadas para o gene IL8 (rs4073) e genotipadas. Todos os pacientes foram avaliados clinicamente quanto a evidências de toxicidade do tratamento e categorizados de acordo com os achados. Foram avaliadas as associações brutas e ajustadas. Resultados: As principais queixas enquadraram-se nas seguintes categorias: toxicidade do SNC; toxicidade gastrointestinal; toxicidade cutânea; e toxicidade ocular e ototoxicidade. Sintomas de toxicidade gastrointestinal foram relatados por 59% dos pacientes, e sintomas de toxicidade do SNC foram relatados por 42,7%. Foram identificados os seguintes genótipos de IL8 (rs4073): AA, em 64 dos participantes; AT, em 7; TT, em 11. Houve associação significativa entre o modelo dominante de herança e toxicidade do SNC no modelo bruto (p = 0,024; OR = 3,57; IC95%: 1,18-10,76) e no ajustado (p = 0,031; OR = 3,92; IC95%: 1,13-13,58). O genótipo AT+TT do gene IL8 (rs4073) apresentou risco 3,92 vezes maior de toxicidade do SNC que o genótipo AA. Conclusões: O genótipo AT+TT tende a se associar a um maior risco de características clínicas adversas durante o tratamento da TBMR.

Clinico-pathological assessment of virulent Newcastle Disease Virus in ducks / Avaliação clínico-patológica do Vírus da Doença de Newcastle em patos

Abstract Newcastle disease (ND) is an infectious, highly contagious and lethal disease of avian species. It is considered that ducks are natural reservoir or carrier for Newcastle disease virus (NDV) and are resistant against different strains of NDV. Current study was designed to evaluate the pathogenesis of Newcastle disease in domestic ducks through histopathology, immunohistochemistry (IHC) and serum biochemical changes. For this purpose, eighty ducks were reared for 42 days and divided in two groups A and B. Ducks in group A were challenged with (NDV) at rate of 0.1 ml of ELD50 (virus titer 107.32/100µl) on second week of age, whereas Group B was control negative. Splenomegaly, atrophy of thymus and necrotic lesion in kidney were observed on 9th day of post infection. Hepatic degeneration and mononuclear cell infiltration were noticed in proventriculus and intestine in challenged ducks. Viral antigen detected in lungs, intestine, proventriculus and lymphoid organs of infected ducks through IHC. Albumin and total protein values were significantly low in infected groups A as compared to control group B. ALT, AST, and ALP values were significantly high in infected group A. On 5th and 7th day of post infection oropharyngeal swabs were negative for NDV and cloacal swabs were positive for NDV through Reverse transcriptase polymerase chain reaction. It is concluded that ducks are susceptible to NDV and virulent strain of NDV caused disease in ducks.

Resumo A doença de Newcastle (DN) é uma doença infecciosa, altamente contagiosa e letal de espécies aviárias. Considera-se que os patos são reservatórios ou portadores naturais do vírus da doença de Newcastle (VDN) e são resistentes a diferentes cepas de VDN. O presente estudo foi desenvolvido para avaliar a patogênese da DN em patos domésticos por meio de histopatologia, imuno-histoquímica (IHQ) e alterações bioquímicas séricas. Para este propósito, 80 patos foram criados por 42 dias e divididos em dois grupos A e B. Os patos do grupo A foram submetidos ao VDN a uma taxa de 0,1 ml de ELD50 (título viral de 107,32 / 100 µl) na segunda semana de idade, enquanto o Grupo B foi controle negativo. Esplenomegalia, atrofia do timo e lesão necrótica no rim foram observadas no 9º dia pós-infecção. Degeneração hepática e infiltração de células mononucleares foram observadas no proventrículo e intestino em patos infectados. Antígeno viral foi detectado em pulmões, intestino, proventrículo e órgãos linfoides de patos infectados por IHQ. Os valores de albumina e proteína total foram significativamente baixos no grupo A infectado em comparação com o grupo B. Os valores de ALT, AST e ALP foram significativamente altos no grupo A. No 5º e no 7º dia após a infecção, os esfregaços orofaríngeos foram negativos para VDN, enquanto os esfregaços cloacais foram positivos para VDN por meio da reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa. Conclui-se que os patos são suscetíveis ao VDN e à cepa virulenta de VDN que causou doenças em patos.

Use of Schirmer strips and conjunctival swabs for virus detection on the ocular surface of adults: a scoping review / Fitas de Schirmer e swab conjunctival para detecção de vírus na superfície ocular de adultos: scoping review

ABSTRACT Schirmer strips and conjunctival swabs are used in ophthalmology for the collection of tears and fluids. One of the biggest challenges during the COVID-19 pandemic has been accurate diagnosis and, in some cases, ocular manifestations are among the first symptoms. In this context, this study aimed to collect evidence to support the use of Schirmer strips and conjunctival swabs as a method of sample collection for viral analysis. A literature search was conducted following the Scoping Review protocol defined by The Joanna Briggs Institute. Studies were analyzed regarding virus research, collection methods, and sample analysis. The findings support that viruses can be detected on the ocular surface through analysis of Schirmer strips and conjunctival swabs. However, additional studies with larger samples and time data are necessary to confirm these conclusions.

RESUMO A fita de Schirmer e o swab conjunctival são utilizados na oftalmologia como métodos de coleta para lágrimas e fluidos. Durante a pandemia da COVID-19, um dos desafios foi o diagnóstico correto e se sabe que, em alguns casos, as manifestações oculares podem ser um dos primeiros sintomas. Nesse contexto, este estudo tem como objetivo levantar evidência que destaque o uso de fitas de Schirmer e de swabs conjuntivais como método de coleta para análise viral. Conduziu-se uma revisão de literatura seguindo o protocolo para Scoping Review definido pelo Joanna Briggs Institute. Os pesquisadores analisaram os estudos em busca do vírus pesquisado, os métodos de coleta e os métodos de análise. Vírus podem ser detectados na superfície ocular através da análise de fitas de Schirmer e de swabs conjuntivais, entretanto novos estudos com populações maiores e com definições claras de tempo são necessários para conclusões mais assertivas no tema.

Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene / Desempenho da técnica tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP na pesquisa de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) rs12979860 (C/T) e rs8099917 (T/G) no gene IFNL4

Single nucleotide polymorphisms (SNPs, rs12979860 e rs8099917) in the Interferon Lambda 4 gene (IFNL4, formerly IFNL3and/or IL28B) has been associated with failure in the innate immune response, sustained virological response in hepatitis C, and HTLV-1-associated myelopathy (HAM) development. To search for these polymorphisms several methodologies can be employed, such as sequencing, real-time or quantitative polymerase chain reaction (qPCR), restriction fragment length polymorphism analysis in PCR products (PCR-RFLP), and tetra-primer PCR. The present study compared the performance of the tetra-primer PCR in relation to the PCR-RFLP, both optimized in the Research HTLV Laboratory of the Center of Immunology of Instituto Adolfo Lutz in São Paulo. One hundred DNA samples obtained from patients of STD/Aids Reference Centre in São Paulo, previously analyzed for IL28B SNPs by PCR-RFLP were selected for analysis, after confirming that they represent all IL28B SNPs patterns described in the literature. The results obtained showed concordance between the PCR-RFLP and the tetra-primer PCR SNPs results, and because of the low cost, easy to perform, and minor employment of biological specimen and reagents, the tetra-primer PCR is of choice to be used in routine. (AU)

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (single nucleotide polymorphisms, SNPs rs12979860 e rs8099917) no gene que codifica o Interferon Lambda 4 (IFNL4, antigamente IFNL3 e/ou IL28B) têm sido associados às falhas na resposta imune inata e resposta virológica sustentada na hepatite C, e a mielopatia associada ao HTLV-1 (HTLV-1-associated myelopathy, HAM). A pesquisa destes polimorfismos pode empregar diversas metodologias: sequenciamento, reação em cadeia da polimerase em tempo real ou quantitativa (quantitative polymerase chain reaction, qPCR), análise de fragmentos de restrição enzimática em produtos de PCR (restriction fragment length polymorphism in PCR products, PCR-RFLP) e a tetra-primer PCR. Este estudo comparou o desempenho da tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP, ambas otimizadas no Laboratório de Pesquisa em HTLV do Centro de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo. Foram selecionadas 100 amostras de DNA obtidas de pacientes do Centro de Referência e Treinamento em DST/Aids de São Paulo cujos SNPs na IL28B foram anteriormente determinados por PCR-RFLP e representaram todos os perfis descritos em literatura. Os resultados obtidos mostraram concordância entre elas, e pelo fato da tetra-primer PCR ter menor custo, ser de fácil execução, empregar menos tempo, insumos e material biológico, é a técnica de escolha para uso em rotina. (AU)

First molecular description of autochthonous urban cases of canine visceral leishmaniasis in the city of Belém, Pará, Brazil / Primeira descrição molecular de casos autóctones urbanos de leishmaniose visceral canina na cidade de Belém, Pará, Brasil

Leishmaniasis is an anthropozoonosis transmitted by vectors, with dogs being the main domestic reservoirs. Brazil is one of the countries most affected by this disease, and it has been described in humans and dogs in every region in the country. In the northern region leishmaniasis cases in humans have been described in more than 100 municipalities in the State, including the capital, Belém. This study involves two cases of canine visceral leishmaniasis in which the animals developed clinical signs compatible with the disease in urban areas in Belém, the Pará state capital. The diagnosis was confirmed via polymerase chain reaction (PCR) to detect SSUr-rDNA and kDNA of Leishmania sp. and Leishmania infantum, respectively. In one of the cases the animal died and in the other the animal underwent treatment with medicines prescribed for dogs. Through this treatment, parasitemia in the second animal has been kept under control and is being monitored through molecular tests. Previously, no canine cases had been notified from urban neighborhoods in the city of Belém, but only on the island of Cotijuba, at a distance of 29 kilometers from the city. Cases of canine and human leishmaniasis have been recorded close to the capital, Belém, which has areas of conserved vegetation and where the presence of disease vectors has been described. Thus, as has been done in several other Brazilian cities, this study uses clinical and laboratory findings to confirm the presence of autochthonous cases of canine visceral leishmaniasis in the city of Belém.

A leishmaniose é uma antropozoonose transmitida por vetores, sendo os cães os principais reservatórios domésticos. O Brasil é um dos países mais acometidos por esta doença, sendo descrita em humanos e cães em todas as regiões do país. Na região norte casos de leishmaniose em humanos foram descritos em mais de 100 municípios do Estado, incluindo a capital, Belém. Este estudo envolve dois casos de leishmaniose visceral canina em que os animais desenvolveram sinais clínicos compatíveis com a doença em áreas urbanas de Belém, capital do estado do Pará. O diagnóstico foi confirmado pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para detectar o SSUr-rDNA e kDNA de Leishmania sp e Leishmania infantum, respectivamente. Em um dos casos o animal veio a óbito e no outro o animal foi submetido a tratamento com medicamentos prescritos para cães. Por meio desse tratamento, a parasitemia no segundo animal foi mantida sob controle e está sendo monitorada por meio de testes moleculares. Anteriormente, nenhum caso canino havia sido notificado em bairros urbanos da cidade de Belém, apenas na ilha de Cotijuba, distante 29 quilômetros da cidade. Casos de leishmaniose canina e humana foram registrados próximo à capital, Belém, que possui áreas de vegetação conservada e onde foi descrita a presença de vetores de doenças. Assim, como tem sido registrado em várias outras cidades brasileiras, este estudo utiliza achados clínicos e laboratoriais para confirmar a presença de casos autóctones de leishmaniose visceral canina na cidade de Belém.

Investigation of campylobacteriosis and genital trichomoniasis in bulls from rural properties in the Pantanal of Mato Grosso state, Brazil / Investigação de Campilobacteriose e Tricomonose genital em touros de propriedades rurais do Pantanal Mato-Grossense, Brasil

Bovine genital campylobacteriosis (BGC) and bovine trichomoniasis (BT) are diseases of cattle that are primarily transmitted through sexual contact. Although bulls may be asymptomatic, these infectious diseases contribute to reproductive failure, embryonic death, and abortion in cows. Infection in cattle causes significant economic losses. BGC is caused by two bacterial subspecies, Campylobacter fetus subsp. venerealis and Campylobacter fetus subsp. fetus, whereas the protozoan Tritrichomonas foetus causes BT. Mato Grosso state has the largest bovine herd in Brazil, particularly in the Pantanal region. This area encompasses vast expanses of land characterized by annual floods and a predominant reliance on natural breeding for animal reproduction. These conditions create a favorable environment for the occurrence of BGC and BT within the herd. Given the lack of up-to-date data regarding the prevalence of these diseases, this study aimed to examine the presence of Campylobacter spp. and Tritrichomonas foetus in samples from 100 bulls in the municipalities of Poconé, Santo Antônio de Leverger, and Nossa Senhora do Livramento located in the Pantanal region of Mato Grosso state. Preputial smegma samples were retrieved using preputial swabs and stored in a saline solution at -80ºC for subsequent analysis. Polymerase chain reaction was used to identify the presence of Campylobacter fetus subsp. venerealis, Campylobacter fetus subsp. fetus, and Tritrichomonas foetus. Despite a questionnaire revealing epidemiological conditions conducive to the persistence and spread of these pathogens, they were not detected in the bulls evaluated on rural properties in the Pantanal of Mato Grosso region.(AU)

Campilobacteriose genital bovina (CGB) e Tricomonose bovina (TB) são doenças infectocontagiosas de transmissão venérea, assintomáticas nos touros, sendo consideradas como importantes enfermidades causadoras de falha reprodutiva, morte embrionária ou abortamento, ocasionando perdas econômicas significativas em rebanhos bovinos infectados. CGB é causada pela bactéria Campylobacter fetus subsp. venerealis e Campylobacter fetus subsp. fetus, e TB pelo protozoário Tritrichomonas foetus. O estado de Mato Grosso é detentor do maior rebanho bovino do Brasil, envolve a região do Pantanal Mato-Grossense que possui grandes extensões de terra, com ciclo anual de enchentes e a reprodução dos animais realizada predominantemente por monta natural, condições estas, favoráveis a presença de CGB e TB no rebanho. Considerando a carência de informações recentes sobre a ocorrência dessas enfermidades no estado de Mato Grosso, o objetivo deste estudo foi investigar a presença de Campylobacter spp. e Tritrichomonas foetus em 100 touros provenientes dos municípios de Poconé, Santo Antônio de Leverger e Nossa Senhora do Livramento, localizados na região pantaneira do estado de Mato Grosso. Amostras de esmegma prepucial foram coletadas por meio de escarificação via swab prepucial e armazenadas em solução salina a -80ºC. Para a detecção de Campylobacter fetus subsp. venerealis, Campylobacter fetus subsp. fetus, e Tritrichomonas foetus, foi realizada a reação em cadeia pela polimerase (PCR). Apesar do questionário aplicado nas propriedades revelar condições epidemiológicas que favorecem a manutenção e disseminação desses patógenos, este estudo não identificou a presença dos referidos agentes em touros avaliados nas propriedades rurais do pantanal Mato-Grossense.(AU)

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

ABSTRACT: The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

RESUMO: O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Aeromonas from farmed tambaqui from North Brazil: molecular identification and pathogenic potential / Aeromonas de tambaqui de cultivo do norte do Brasil: identificação molecular e potencial patogênico

The aim of this study was to molecularly identify different species of Aeromonas isolated from farmed tambaqui (Colossoma macropomum) from North Brazil, and evaluate their pathogenic potential by the presence of virulence genes. From the extraction of bacterial DNA, PCR (polymerase chain reaction) of the primers 16S rDNA, aerA (cytolytic enterotoxin), ast (cytotoxic enterotoxin) and act (cytotoxic enterotoxin) were performed. Of 24 isolates evaluated, eight amplified the ast gene, one amplified the act gene, but the areA gene was not amplified in any isolate. Sequencing of the 16S rRNA primer revealed a predominance of Aeromonas jandaei specie (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), for the first time isolated from fish in Brazil, and Aeromonas hydrophila (4%) each appeared as just one isolate. Results showed that 32% of Aeromonas isolated from farmed tambaqui have considerable pathogenic potential for systemic damage, since the selected PCR primers are encoding the most common virulence genes in Aeromonas with high pathogenic intensity.

O objetivo deste estudo foi identificar molecularmente diferentes espécies de Aeromonas isoladas de tambaqui (Colossoma macropomum) de cultivo do norte do Brasil e avaliar seu potencial patogênico pela presença de genes de virulência. A partir da extração do DNA bacteriano, foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) dos primers 16S rDNA, aerA (enterotoxina citolítica), ast (enterotoxina citotóxica) e act (enterotoxina citotóxica). Dos 24 isolados avaliados, oito amplificaram o gene ast, um amplificou o gene act, mas o gene areA não foi amplificado em nenhum isolado. O sequenciamento do primer 16S rRNA revelou uma predominância da espécie Aeromonas jandaei (92%). Aeromonas taiwanensis (4%), pela primeira vez isolada em peixes no Brasil, e Aeromonas hydrophila (4%) apareceram cada uma como apenas um isolado. Os resultados mostram que 32% das Aeromonas isoladas de tambaqui de cultivo apresentam considerável potencial patogênico para danos sistêmicos, uma vez que os primers de PCR selecionados estão codificando os genes de virulência mais comuns em Aeromonas com alta intensidade patogênica.

Detección molecular de patotipos de Escherichia coli productores de enfermedad diarreica aguda en niños en un hospital de Rosario, Argentina: patotipos de Escherichia coli en niños / Molecular detection of Escherichia coli pathotypes associated to acute diarrheal disease in children in a hospital in Rosario, Argentina: Escherichia coli pathotypes in children

Objetivo: Detectar los patotipos de Escherichia coli en una población pediátrica con enfermedad diarreica aguda en la ciudad de Rosario para adoptar medidas de intervención oportunas y eficaces en Salud Pública. Materiales y métodos: Se estudiaron 360 muestras de heces de niños menores de 15 años que presentaron cuadro diarreico agudo y que concurrieron a un hospital pediátrico de la ciudad de Rosario, Argentina. La investigación se realizó desde enero de 2021 a abril del 2022. La detección de patotipos se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa. Resultados: Se identificaron el 21.11% de Escherichia coli diarrogénicas (DEC). Se detectaron los genes de virulencia correspondientes a: E. coli enteroagregativa (EAEC) (42,10%), E. coli enteroinvasiva (EIEC) (23.68%), E. coli enterotoxigénica ETEC) (14.47%), E. coli enteropatógena (EPEC) (15.79%) y E. coli enterohemorrágica (EHEC) (1.32%). Se detectaron infecciones mixtas por EAEC/EPEC (1.32%) y ETEC/EAEC (1.32%). Conclusiones: Los métodos de diagnóstico moleculares son una herramienta fundamental en el estudio de la epidemiologia de las enfermedades diarreicas aguda. Más aún, su implementación resulta primordial para identificar del agente etiológico de DEC, disminuir la diseminación de estos patógenos y reducir así la morbi-mortalidad asociada a las diarreas en la población pediátrica.

Objective: Detect Escherichia coli pathotypes in a pediatric population with acute diarrheal disease in the city of Rosario to adopt timely and effective intervention measures in Public Health. Material and methods: A total of 360 fecal samples from pediatric patient with ADD and who attended in a pediatric hospital in Rosario, Argentina, were studied. The research was carried out from January 2021 to April 2022. The identification of pathotypes was carried out by polymerase chain reaction. Results: 21.11% diarrheagenic Escherichia coli (DEC) strains were identified. The virulence genes corresponding to all the pathotypes studied were detected: enteroaggregative E. coli (EAEC) (42.10%), enteroinvasive E. coli (EIEC) (23.68%), enterotoxigenic E. coli (ETEC) (14.47%), enteropathogenic E. coli (EPEC) (15.79%) and enterohemorrhagic E. coli (EHEC) (1.32%). Mixed EAEC/EPEC (1.32%) and ETEC/EAEC (1.32%) infections were detected. Conclusions: Molecular diagnostic methods are a fundamental tool in the study of the epidemiology of acute diarrheal disease. The application of these techniques is essential to identify the etiological agent of DEC, reduce the spread of these pathogens and thus reduce morbidity and mortality associated with diarrhea in the pediatric population.

Tumor markers expression levels in gastric cancer patient's peripheral blood by rt-pcr assessment / Avaliação por rt-pcr de expressão de marcadores tumorais em sangue periférico de pacientes com câncer gástrico

ABSTRACT BACKGROUND: Hematological recurrence is the second most frequent cause of failure in the treatment of gastric cancer. The detection of circulating tumor markers in peripheral blood by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) method may be a useful tool to predict recurrence and determine the patient's prognosis. However, no consensus has been reached regarding the association between the tumor markers level in peripheral blood and its impact on patient survival. AIMS: To evaluate the expression of the circulating tumor markers CK20 and MUC1 in peripheral blood samples from patients with gastric cancer by qRT-PCR, and to verify the association of their expression levels with clinicopathological characteristics and survival. METHODS: A total of 31 patients with gastric adenocarcinoma were prospectively included in this study. CK20 and MUC1 expression levels were analyzed from peripheral blood by the qRT-PCR technique. RESULTS: There was no statistically significant (p>0.05) association between CK20 expression levels and clinical, pathological, and surgical features. Higher MUC1 expression levels were associated with female patients (p=0.01). There was a correlation between both gene levels (R=0.81, p<0.001), and CK20 level and tumor size (R=0.39, p=0.034). CONCLUSIONS: CK20 and MUC1 expression levels could be assessed by qRT-PCR from total peripheral blood samples of patients with gastric cancer. CK20 levels were correlated to MUC1 levels as well as to tumor size. There was no difference in disease-free survival and overall survival regarding both genetic markers expression in this series.

RESUMO RACIONAL: A recorrência hematológica é a segunda causa mais frequente de falha no tratamento do câncer gástrico. A detecção de marcadores tumorais circulantes no sangue periférico, pelo método de reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa quantitativa (qRT-PCR) pode ser uma ferramenta útil para prever a recorrência e determinar o prognóstico do paciente. No entanto, ainda não foi alcançado consenso em relação à associação entre o nível de marcadores tumorais circulantes no sangue periférico e seu impacto na sobrevida do paciente. OBJETIVOS: Avaliar a expressão de CK20 e MUC1 em amostras de sangue periférico de pacientes com câncer gástrico por meio de qRT-PCR e verificar a associação dos níveis de expressão com características clinicopatológicas e sobrevida. MÉTODOS: Trinta e um pacientes com adenocarcinoma gástrico foram incluídos, prospectivamente. Os níveis de expressão de CK20 e MUC1 foram analisados a partir de sangue periférico por meio de qRT-PCR. RESULTADOS: Não houve associação estatisticamente significativa (p>0,05) entre os níveis de expressão de CK20 com características clínicas, patológicas e cirúrgicas. Níveis mais elevados de expressão de MUC1 estavam associados a pacientes do sexo feminino (p=0,01). Houve correlação entre os níveis de ambos os genes (R=0,81, p<0,001), nível de CK20 e tamanho do tumor (R=0,39, p=0,034). CONCLUSÕES: Os níveis de CK20 e MUC1 podem ser avaliados por qRT-PCR a partir de amostras de sangue periférico total de pacientes com câncer gástrico, os níveis de CK20 estavam correlacionados com os de MUC1, assim como tamanho do tumor. Não houve diferença de sobrevida global ou livre de doença em relação à expressão de ambos marcadores genéticos nesta série.

Técnicas biomoleculares aplicadas em hospedeiros intermediários da esquistossomose / Biomolecular techniques applied to intermediate hosts of Schistosomiasis

A esquistossomose é uma doença parasitária acometida por milhões de pessoas no mundo. Essa parasitose é transmitida por caramujos que servem de hospedeiros intermediários de helmintos digenéticos. A identificação correta das espécies transmissoras pode auxiliar no conhecimento epidemiológico da doença. Contudo, métodos convencionais de classificação podem ter resultado duvidoso, devido à variação intraespecífica entre os espécimes. Em virtude disso, esta revisão teve como objetivo descrever as principais técnicas moleculares que podem ser aplicadas, assim como o aprimoramento dos métodos ao longo do tempo. A PCR é uma técnica desenvolvida através da polimerização de DNA em cadeia realizada in vitro, onde se amplifica o DNA em múltiplas cópias, por replicação enzimática, sem necessidade de um organismo vivo. Na PCR, em tempo real, as fases de amplificação, detecção e quantificação são totalmente automatizadas, ocorrendo em simultâneo. Com a evolução da técnica convencional, foi surgindo a Proteína C Reativa ­ Polimorfismo de Comprimento de Fragmento de Restrição (PCR-RFLP), os microssatélites, e a PCR-RAPD. Através dessas variantes foi possível classificar, com precisão, as espécies transmissoras, fazer as análises da variabilidade genética intraespecífica e ampliar os estudos filogenéticos das populações. O conhecimento da aplicação de técnicas moleculares pode auxiliar em pesquisas relacionadas à epidemiologia e ao controle populacional dos vetores transmissores da esquistossomose mansônica.

Schistosomiasis is a parasitic disease that affects millions of people worldwide. This parasitosis is transmitted by snails that serve as intermediate hosts for digenetic helminths. The correct identification of the transmitting species can help in the epidemiological knowledge of the disease. However, conventional methods of classification may present questionable results due to intraspecific variation between specimens. As a result, this review aimed to describe the main molecular techniques that can be applied, as well as describe the improvement of the methods over time. PCR is a technique developed through the polymerization of DNA strands carried out in vitro, where it amplifies the DNA in multiple copies by enzymatic replication, without needing a living organism. In real-time PCR, amplification, detection and quantification phases are fully automated, occurring simultaneous. The evolution of the conventional technique resulted in the advent of Protein C Reactive - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), microsatellites, and Protein C Reactive ­ Random Amplification of Polymorphic DNA (PCR-RAPD). Through these variants it was possible to accurately classify the transmitting species, perform the analysis of intraspecific genetic variability and expand the phylogenetic studies of the populations. Knowledge of the application of molecular techniques can assist in research related to the epidemiology and population control of these vectors that transmit schistosomiasis mansoni.

Prevalence of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in southern Aburrá Valley, Colombia

Background: Bacteria of the Anaplasmataceae family and canine hemoparasitic protozoans transmitted by ticks are common in Colombia due to circulation and biological adaptation of vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objective: To detect the circulation of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in three municipalities in southern Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. Methods: Primers were used to amplify the 16S rRNA associated with the Anaplasmataceae family, dsb for Ehrlichia sp. and 18S rRNA for Hepatozoon sp. Results: Of the 357 samples of venous blood obtained, representing all the sheltered dogs in the study zone, Ehrlichia canis DNA was detected in 2.2% of individuals, showing identity of 100% with previous sequences from the GenBank. Hepatozoon canis showed 8.7% (31/357) prevalence of infection, with 100% identity to genotypes from Japan, Brazil, and Spain. Only one sequence of H. canis exhibited a phylogenic divergence concerning H. canis previously reported in Brazil and the Old World. Conclusions: This study confirms the circulation of E. canis and H. canis in asymptomatic shelter dogs in the south-central zone of the Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. The present study is the first molecular detection of H. canis in the Province of Antioquia and the third report of canine hepatozoonosis from Colombia, highlighting the importance of considering this agent in veterinary clinic.

Antecedentes: Los agentes patógenos transmitidos por garrapatas, tales como las bacterias de la familia Anaplasmataceae y los protozoos hemoparasitarios caninos, son comunes en Colombia debido a la circulación y la adaptación biológica del vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar la circulación de Ehrlichia canis y Hepatozoon canis en perros protegidos en tres municipios del sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. Métodos: Se usaron cebadores para amplificar el gen 16S rRNA asociado con la familia Anaplasmataceae y el gen dsb para Ehrlichia sp. y el 18S rRNA para Hepatozoon sp. Resultados: De las 357 muestras de sangre venosa obtenidas, que representan a todos los perros de albergues en la zona de estudio, 2,2% fueron positivas para Ehrlichia canis, con 100% de identidad con secuencias anteriores publicadas en todo el mundo. Hepatozoon canis mostró una prevalencia de infección del 8,7% (31/357), con una identidad del 100% con genotipos de Japón, Brasil y España. Solo una secuencia de H. canis exhibió divergencia filogénica en relación con H. canis previamente reportada en Brasil y el Viejo Mundo. Conclusiones: Este estudio confirma la circulación de E. canis y H. canis en perros asintomáticos de albergues en la zona centro-sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. El presente estudio es la primera detección molecular en el Departamento de Antioquia y el tercer reporte de hepatozoonosis canina de Colombia destacando la importancia de considerar este agente en la clínica veterinaria.

Antecedentes: Agentes patogênicos transmitidos por carrapatos, como bactérias da família Anaplasmataceae e protozoários hemoparasitários caninos, são comuns na Colômbia devido à circulação e adaptação biológica do vetor Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar Ehrlichia canis e Hepatozoon canis em cães abrigados em três municípios do sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. Métodos: Os primers foram utilizados para amplificar o rRNA 16S associado à família Anaplasmataceae, o dsb para Ehrlichia sp. e o rRNA 18S para Hepatozoon sp. Resultados: Das 357 amostras de sangue venoso obtidas, representando todos os cães abrigados na zona de estudo, 2,2% foram positivas para Ehrlichia canis, com 100% de identidade com sequências anteriores publicadas em todo o mundo. Hepatozoon canis mostrou uma prevalência de infecção de 8,7% (31/357), com 100% de identidade com genótipos do Japão, Brasil e Espanha. Apenas uma sequência de H. canis apresentou divergência filogênica em relação a H. canis previamente relatados no Brasil e no Velho Mundo. Conclusões: Este estudo confirma a circulação de E. canis e H. canis em cães de abrigo assintomáticos na zona centro-sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. O presente estudo é a primeira detecção molecular no Departamento de Antioquia e o terceiro relato de hepatozoonose canina na Colômbia, destacando a importância de considerar este agente na clínica veterinária.

O papel dos polimorfismos genéticos na etiologia da endometriose / The role of genetic polymorphism in the etiology of endometriosis

O objetivo deste estudo é apresentar uma revisão atualizada sobre o papel dos polimorfismos genéticos na etiologia da endometriose. Trata-se de uma pesquisa bibliográfica feita no PubMed utilizando os descritores "polymorphism and endometriosis". Foram identificados 36 artigos e após aplicação dos critérios de inclusão foram selecionados 17 artigos para a amostra final. Os principais resultados foram: 1) cerca de 60% dos artigos foram publicados em 2019; 2) em 35,3% dos estudos o número de casos e controles investigados foi menor que 100; 3) a maioria dos trabalhos investigou de um a dois polimorfismos por gene; 4) a produção científica sobre endometriose é maior em países orientais; 5) houve heterogeneidade quanto aos periódicos onde os trabalhos foram publicados; 6) as principais técnicas para detecção de polimorfismos foi a PCR-RFLP e o PCR em tempo real, com frequências semelhantes. Em suma, os polimorfismos genéticos podem estar implicados na etiologia da endometriose.

The aim of this study is to present an updated review on the role of genetic polymorphisms in the etiology of endometriosis. This is a literature review made on PubMed using the descriptors "polymorphism and endometriosis". A total 36 articles were identified and, after applying the inclusion criteria, 17 articles were selected for the final sample. The main results were: 1) approximately 60% of the articles were published in 2019; 2) 35.3% of the studies investigated less than 100 cases and controls; 3) most studies investigated one to two polymorphisms per gene; 4) scientific production on endometriosis is higher in Eastern countries; 5) heterogeneity was observed regarding the journals where works were published; 6) the main techniques for detecting polymorphisms were PCR-RFLP and real-time PCR, with similar frequencies. In summary, it can be concluded that genetic polymorphisms may be implicated in the etiology of endometriosis.

Anal High-risk HPV and Liquid-based Cytology of Immunocompetent Brazilian Women with Genital High-risk HPV / HPV de alto risco e citologia em meio líquido de canal anal de mulheres brasileiras imunocompetentes com HPV genital de alto risco

Abstract Objective The purpose of this study was to compare the frequency of the occurrence of high-risk human papillomavirus (HPV) and abnormal anal cytology in immunocompetent women with and without HPV-induced genital lesions. Methods This analytical cross-sectional, observational study was conducted between July 2017 and December 2018 in a specialized outpatient clinic of a tertiary hospital in Fortaleza, CE. Fifty-seven immunocompetent women with and without genital intraepithelial lesions were assessed; they were divided into two groups: group 1 was comprised of women with HPV-associated genital lesions (n=26), and group 2 was comprised of those without HPV-associated genital lesions (n=31). Samples for liquidbased cytology and high-risk DNA-HPV polymerase chain reaction real-time tests were collected from the cervix and anus. All cases were evaluated using high-resolution anoscopy; biopsies were performed when required. The Fisher exact and chi-squared tests were applied for consolidated data in the contingency table, and the Student ttest and Mann-Whitney U-test for independent variables. Results Anal high-risk HPV infections were more frequent in group 1 (odds ratio [OR], 4.95; 95% confidence interval [CI], 1.34-18.3; p=0.012), along with concomitant highrisk HPV infections in the uterine cervix and the anus (OR 18.8; 95% CI, 2.20-160; p<0.001). The incidence of high-risk cervical HPV infection was associated with highrisk anal HPV infection (OR, 4.95; 95% CI, 1.34-18.3; p=0.012). There was no statistical difference concerning abnormal anal cytology or anoscopy between the groups, and no anal intraepithelial lesion was found in either group. Conclusion Immunocompetent women with HPV-associated genital lesions and high-risk cervical HPV were more likely to have high-risk anal HPV.

Resumo Objetivo O objetivo deste estudo foi comparar a frequência de papilomavírus humano (HPV) de alto risco e citologia anal anormal em mulheres imunocompetentes com e sem lesões genitais induzidas por HPV. Métodos Este estudo transversal analítico e observacional foi realizado entre julho de 2017 e dezembro de 2018 em um ambulatório especializado de um hospital terciário em Fortaleza, CE. Cinquenta e sete mulheres imunocompetentes com e sem lesões intraepiteliais genitais foram avaliadas. Foram divididas em dois grupos: grupo 1, composto por mulheres com lesões genitais associadas ao HPV (n=26) e grupo 2, composto pormulheres sem lesões genitais associadas ao HPV (n=31). Amostras para citologia em meio líquido e testes de reação em cadeia da polimerase em tempo real para DNA-HPV de alto risco foram coletadas do colo do útero e do ânus. Todos os casos foram avaliados por anuscopia de alta resolução; sendo realizada biópsia quando necessária. Os testes exatos de Fisher e qui-quadrado foram aplicados para dados consolidados na tabela de contingência; o teste t de Student e o teste U de Mann-Whitney foram aplicados para variáveis independentes. Resultados As infecções anais por HPV de alto risco forammais frequentes no grupo 1 (razão de chances [RC], 4,95; intervalo de confiança [IC] de 95%, 1,34-18,3; p=0,012), assim como infecções concomitantes por HPV de alto risco em colo uterino e ânus (RC 18,8; IC de 95%, 2,20-160; p<0,001). A incidência de infecção de HPV cervical de alto risco foi associada à infecção de HPV anal de alto risco (RC, 4,95; IC de 95%, 1,34-18,3; p=0,012). Não houve diferença estatística em relação à citologia anal anormal ou anuscopia entre os grupos, e não houve caso de lesão intraepitelial anal em nenhum dos grupos. Conclusão Mulheres imunocompetentes com lesões genitais associadas ao HPV e com HPV cervical de alto risco foram mais propensas a ter HPV anal de alto risco.

Results of a sample-to-cutoff ratio using Abbott Architect rHTLV-I/II assay allow to predict detection of HTLV-1 and HTLV-2 proviral DNA by real-time PCR / Resultados da razão sinal da amostra sobre o cutoff da reação no ensaio Abbott Architect rHTLV-I/II permite prever a detecção de DNA proviral por PCR em tempo real

The present study aims to correlate the sample-to-cutoff ratios (S/CO) distributions of reactive results for HTLV-1/2 antibodies with the detection of proviral DNA in a population of blood donor candidates. It was carried out a retrospective data search of 632 HTLV-1/2 reactive samples, submitted to confirmatory testing from January 2015 to December 2019. Serological screening was performed by chemiluminescent microparticle immunoassay Architect rHTLV-I/II, whereas confirmatory testing was performed by in-house real-time polymerase chain reaction method. 496 out of 632 samples (78%) had undetectable HTLV-1/2 proviral DNA and 136 (22%) had detectable proviral DNA. HTLV infection was not confirmed in any individual for whom the S/CO ratio value was <4, and proviral DNA detection rates gradually escalated as S/CO ratio values increased. The sensitivity and predictive positive value found for the Architect rHTLV-I/II was 100% and 22%, respectively. The receiver operating characteristic (ROC) curve analysis showed that the optimal S/CO ratio value for predicting the presence of HTLV-1/2 was 18.11. High S/CO ratios were more associated with the detection of proviral DNA. The S/CO ratio value <4 suggests excluding true HTLV infection and the risk of blood transmission (AU).

O estudo tem como objetivo correlacionar às distribuições das razões sample-to-cutoff (S/CO) de resultados reagentes para anticorpos HTLV-1/2 com a detecção de DNA proviral em uma população de candidatos à doação de sangue. Realizou-se uma busca retrospectiva de dados de 632 amostras reagentes para HTLV-1/2 submetidas à testagem confirmatória entre janeiro de 2015 a dezembro de 2019. A triagem sorológica foi realizada pelo imunoensaio quimioluminescente de micropartículas Architect rHTLV-I/II, enquanto o teste confirmatório foi realizado pelo método de PCR em tempo real in-house. 496 de 632 amostras (78%) apresentaram DNA proviral indetectável e 136 (22%) apresentaram DNA proviral detectável. A infecção por HTLV não foi confirmada em nenhum indivíduo com valor de S/CO <4 e as taxas de detecção de DNA proviral escalonaram gradualmente à medida que as razões S/CO aumentaram. A sensibilidade e valor preditivo positivo encontrados para o Architect rHTLV-I/II foram 100% e 22%, respectivamente. Utilizando análise de curva ROC, o valor de razão S/CO ideal para predizer a presença de DNA proviral foi de 18,11. Razões S/CO elevadas foram mais associadas à detecção de DNA proviral. Em suma, o valor de S/CO <4 sugere a exclusão de infecção por HTLV e o risco de transmissão pelo sangue (AU).