Baciloscopia para tuberculose pulmonar: estudo multicêntrico do esfregaço para baciloscopia de escarro no diagnóstico da tuberculose pulmonar segundo a Organização Mundial da Saúde e o Ministério da Saúde / Bacilloscopy for pulmonary tuberculosis: multicenter study of bacilloscopy sputum smears in the diagnosis of pulmonary tuberculosis according to the World Health Organization and Brazilian Ministry of Health

A baciloscopia de escarro no diagnóstico da tuberculose pulmonar foi padronizada pela OMS quanto à preparação, coloração e leitura do esfregaço. O Ministério da Saúde (MS) adota esta padronização na coloração e leitura, mas o esfregaço é realizado na forma estendida em 2/3 da lâmina, diferentemente do formato elíptico da OMS. O objetivo deste trabalho foi comparar os dois tipos de esfregaços, avaliando sensibilidade/especificidade, tempo gasto na preparação e leitura e questões de biossegurança. Participaram do estudo oito laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz. Durante três meses, foram preparadas duas lâminas com 356 amostras de escarro, uma segundo a OMS e outra de acordo com o MS. A leitura foi realizada pela contagem semi quantitativa em cruzes, conforme o índice baciloscópico recomendado pelo MS/OMS. A sensibilidade no esfregaço elíptico foi de 97,0por cento, especificidade 97,5por cento, acurácia 97,2por cento e erro 2,8por cento. A concordância dos resultados de leitura em cruzes foi de: 80,7por cento nos raros BAAR; 83,7por cento nos 1positivo; 89,8por cento nos 2positivo;90,9por cento nos 3positivo e 97,5por cento nos negativos (Kappa igual 0,87 valor p menor que 0,001). A confecção (valor p igual 0,03) e a leitura do esfregaço (valor p igual 0,01) mostraram-se mais rápidas pelo método da OMS e também mais apropriadas em relação à biossegurança. Este estudo demonstrou a viabilidade de se adotar no Brasil o esfregaço padronizado mundialmente pela OMS.

Characterization of mycobacteria from a major Brazilian outbreak suggests that revision of the taxonomic status of members of the Mycobacterium chelonae-M. abscessus group is needed.

An outbreak of postsurgical infections caused by rapidly growing mycobacteria has been ongoing in Brazil since 2004. The degrees of similarity of the rpoB and hsp65 sequences from the clinical isolates and the corresponding sequences from both the Mycobacterium massiliense and the M. bolletii type strains were above the accepted limit for interspecies variability, leading to conflicting identification results. Therefore, an extensive characterization of members of the M. chelonae-M. abscessus group was carried out. The M. abscessus, M. chelonae, M. immunogenum, M. massiliense, and M. bolletii type strains and a subset of clinical isolates were analyzed by biochemical tests, high-performance liquid chromatography, drug susceptibility testing, PCR-restriction enzyme analysis of hsp65 (PRA-hsp65), rpoB, and hsp65 gene sequencing and analysis of phylogenetic trees, DNA-DNA hybridization (DDH), and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of the 16S rRNA gene (RFLP-16S rRNA). The clinical isolates and the M. abscessus, M. massiliense, and M. bolletii type strains could not be separated by phenotypic tests and were grouped in the phylogenetic trees obtained. The results of DDH also confirmed the >70% relatedness of the clinical isolates and the M. abscessus, M. massiliense, and M. bolletii type strains; and indistinguishable RFLP-16S rRNA patterns were obtained. On the contrary, the separation of clinical isolates and the M. abscessus, M. massiliense, and M. bolletii type strains from M. chelonae and M. immunogenum was supported by the results of PRA-hsp65, DDH, and RFLP-16S rRNA and by the rpoB and hsp65 phylogenetic trees. Taken together, these results led to the proposition that M. abscessus, M. massiliense, and M. bolletii represent a single species, that of M. abscessus. Two subspecies are also proposed, M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. massiliense, and these two subspecies can be distinguished by two different PRA-hsp65 patterns, which differ by a single HaeIII band, and by differences in their rpoB (3.4%) and hsp65 (1.3%) sequences.

Maintenance of Mycobacterium tuberculosis on glass beads.

The intent of this study was to estimate the shelf life of Mycobacterium tuberculosis strains, and to observe the loss of viability in some of them from year to year. From 2000 to 2004, 10,015 cultures of M. tuberculosis were preserved by freezing on glass beads at -70 degrees C. With the expectation that the loss of viability might be around 5-10%/yr of storage, 730 strains were analyzed in order to establish the prevalence of recovery within a 5% margin of error. This study shows that 94% of the strains preserved at -70 degrees C on glass beads could be recovered within 30 days. The recovery rates for drug-susceptible and drug-resistant strains showed no significant differences. The growth rates and the number of strains that showed abundant growth before the 30th day of incubation represent important features, since the subculture of a strain preserved for future use ought to quickly produce abundant growth in order to avoid misinterpretation of the tests. Our experience indicates that storage of M. tuberculosis on glass beads at -70 degrees C is a suitable procedure for an active culture collection in a public health laboratory like ours, where maintenance of M. tuberculosis cultures is a complementary activity and must be quick, practical, effective, and economical.

Nontuberculous mycobacteria isolated in São José do Rio Preto, Brazil between 1996 and 2005.

OBJECTIVE: To study the incidence of nontuberculous mycobacteria and the range of species isolated between 1996 and 2005 at a regional branch of the Adolfo Lutz Institute-located in the city of São José do Rio Preto, Brazil-and to show the importance of laboratory testing. METHODS: Mycobacteria were isolated from pulmonary and extrapulmonary specimens and identified through phenotyping and molecular methods (polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis). RESULTS: We isolated 317 nontuberculous mycobacterium strains: Mycobacterium avium complex, 182 (57.4%); M. gordonae, 33 (10.4%); M. fortuitum, 25 (7.9%); M. chelonae, 8 (2.5%); M. terrae complex, 8(2.5%); M.kansasii, 7 (2.2%); and less frequent species, 54 (17%). During this period, 72 cases (33.3%) were characterized as mycobacteriosis, according to bacteriological criteria established by the American Thoracic Society in 2007. Of those 72 cases, 56 were attributed to M.avium complex. Of those 56, 29 (51.8%) were characterized as disseminated disease. Six cases were attributed to M. fortuitum, 3 to M. gordonae, 2 to M. chelonae, 1 to M. abscessus, 1 to M. kansasii, 1 to M. intracellulare, 1 to M. malmoense and 1 to Mycobacterium ssp. CONCLUSIONS: These results show the importance of the bacteriological diagnosis, since identification of the species enables early and appropriate treatment.

Isolamento de micobactérias não-tuberculosas em São José do Rio Preto entre 1996 e 2005 / Nontuberculous mycobacteria isolated in São José do Rio Preto, Brazil between 1996 and 2005

OBJETIVO: Estudar a ocorrência de micobactérias não-tuberculosas e a variabilidade das espécies isoladas na região atendida pelo Instituto Adolfo Lutz-Regional de São José do Rio Preto-no período entre 1996 e 2005, assim como mostrar a importância do diagnóstico laboratorial. MÉTODOS: A partir de amostras pulmonares e extrapulmonares, foi realizado o isolamento de micobactérias, e estas foram identificadas por métodos fenotípicos e pelo método molecular polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis. RESULTADOS: Foram isoladas 317 cepas de micobactérias não-tuberculosas: complexo Mycobacterium avium, 182 (57,4%); M. gordonae, 33 (10,4%); M. fortuitum, 25(7,9%); M. chelonae, 8 (2,5%); complexo M. terrae, 8 (2,5%); M. kansasii, 7 (2,2%); e espécies menos freqüentes, 54 (17%). No período, foram caracterizados 72 casos (33,3%) de micobacterioses, de acordo com os critérios bacteriológicos estabelecidos pela American Thoracic Society (2007).Desses, complexo M. avium foi responsável por 56 casos, sendo que 29 (51,8%) foram caracterizados como doença disseminada. M. fortuitum foi responsável por 6 casos; M. gordonae, 3; M. chelonae, 2; M. abscessus, 1; M. kansasii, 1; M. intracellulare, 1; M. malmoense, 1; e Mycobacterium ssp., 1. CONCLUSÕES: Os resultados obtidos mostraram a importância do diagnóstico bacteriológico das micobacterioses, pois a identificação das espécies possibilita a introdução de um tratamento adequado precocemente.

OBJECTIVE: To study the incidence of nontuberculous mycobacteria and the range of species isolated between 1996 and 2005 at a regional branch of the Adolfo Lutz Institute-located in the city of São José do Rio Preto, Brazil-and to show the importance of laboratory testing. METHODS: Mycobacteria were isolated from pulmonary and extrapulmonary specimens and identified through phenotyping and molecular methods (polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis). RESULTS: We isolated 317 nontuberculous mycobacterium strains: Mycobacterium avium complex, 182 (57.4%); M. gordonae, 33 (10.4%); M. fortuitum, 25 (7.9%); M. chelonae, 8 (2.5%); M. terrae complex, 8(2.5%); M.kansasii, 7 (2.2%); and less frequent species, 54 (17%). During this period, 72 cases (33.3%) were characterized as mycobacteriosis, according to bacteriological criteria established by the American Thoracic Society in 2007. Of those 72 cases, 56 were attributed to M.avium complex. Of those 56, 29 (51.8%) were characterized as disseminated disease. Six cases were attributed to M. fortuitum, 3 to M. gordonae, 2 to M. chelonae, 1 to M. abscessus, 1 to M. kansasii, 1 to M. intracellulare, 1 to M. malmoense and 1 to Mycobacterium ssp. CONCLUSIONS: These results show the importance of the bacteriological diagnosis, since identification of the species enables early and appropriate treatment.

Descriptive study of the frequency of nontuberculous mycobacteria in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil.

OBJECTIVE: The present study aims at describing the frequency of nontuberculous mycobacteria (NTM) species identified through laboratory testing of samples collected from non-sterile sites (sputum), as well as its frequency in HIV-infected and non-HIV-infected individuals in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil, in the period from 2000 to 2005. METHODS: Retrospective analysis of sputum smear microscopy results and culture was conducted based on the records on file at the Instituto Adolfo Lutz-Santos, the regional tuberculosis laboratory. RESULTS: We analyzed 194 NTM strains isolated from 125 individuals, of whom 73 (58.4%) were HIV-negative and 52 (41.6%) were HIV-positive. Thirteen different species were identified: Mycobacterium kansasii; M. avium complex; M. fortuitum; M. peregrinum; M. gordonae; M. terrae; M. nonchromogenicum; M. intracellulare; M. flavescens; M. bohemicum; M. chelonae; M. shimoidei; and M. lentiflavum. In 19.2% of the cases, the bacteriological diagnosis was confirmed by isolation of the same species in at least two consecutive samples. CONCLUSIONS: Our results show the importance of including systematic identification of NTM in the laboratory routine, and that its integration into the clinical routine could improve the characterization of the disease, thereby informing the planning of effective control measures in specific populations, such as individuals presenting tuberculosis/HIV co-infection.

Estudo descritivo da freqüência de micobactérias não tuberculosas na Baixada Santista (SP) / Descriptive study of the frequency of nontuberculous mycobacteria in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil

OBJETIVO: Este estudo teve por objetivo descrever a freqüência das espécies de micobactérias não tuberculosas (MNT) identificadas laboratorialmente a partir do isolamento de sítios não estéreis (escarro) de indivíduos infectados ou não pelo vírus HIV na Baixada Santista (SP), período de 2000 a 2005. MÉTODOS: Foi realizada análise retrospectiva dos resultados de baciloscopia e cultura, disponíveis nos registros do laboratório regional de tuberculose, Instituto Adolfo Lutz-Santos. RESULTADOS: Analisou-se 194 cepas de MNT correspondentes a 125 indivíduos, sendo 73 (58,4 por cento) HIV negativos e 52 (41,6 por cento) HIV positivos. Foram identificadas 13 diferentes espécies: Mycobacterium kansasii; complexo M. avium; M. fortuitum; M. peregrinum; M. gordonae; M. terrae; M. nonchromogenicum; M. intracellulare; M. flavescens; M. bohemicum; M. chelonae; M. shimoidei; e M. lentiflavum. Em 19,2 por cento dos casos obteve-se diagnóstico bacteriológico confirmado pelo isolamento da mesma espécie em no mínimo duas amostras consecutivas. CONCLUSÕES: Os resultados mostram a importância da realização sistemática da identificação de MNT na rotina laboratorial e sua integração com a clínica, podendo contribuir na caracterização da doença e ações de efetivo controle, como nas populações co-infectadas tuberculose e HIV.

OBJECTIVE: The present study aims at describing the frequency of nontuberculous mycobacteria (NTM) species identified through laboratory testing of samples collected from non-sterile sites (sputum), as well as its frequency in HIV-infected and non-HIV-infected individuals in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil, in the period from 2000 to 2005. METHODS: Retrospective analysis of sputum smear microscopy results and culture was conducted based on the records on file at the Instituto Adolfo Lutz-Santos, the regional tuberculosis laboratory. RESULTS: We analyzed 194 NTM strains isolated from 125 individuals, of whom 73 (58.4 percent) were HIV-negative and 52 (41.6 percent) were HIV-positive. Thirteen different species were identified: Mycobacterium kansasii; M. avium complex; M. fortuitum; M. peregrinum; M. gordonae; M. terrae; M. nonchromogenicum; M. intracellulare; M. flavescens; M. bohemicum; M. chelonae; M. shimoidei; and M. lentiflavum. In 19.2 percent of the cases, the bacteriological diagnosis was confirmed by isolation of the same species in at least two consecutive samples. CONCLUSIONS: Our results show the importance of including systematic identification of NTM in the laboratory routine, and that its integration into the clinical routine could improve the characterization of the disease, thereby informing the planning of effective control measures in specific populations, such as individuals presenting tuberculosis/HIV co-infection.

Monitoramento em cabine de segurança biológica: manipulação de cepas e descontaminação em um laboratório de micobactérias / Biological safety cabinet monitoring: strains manipulation and decontamination in a mycobacteria laboratory

OBJETIVOS: Verificar evidências da formação de aerossóis durante a manipulação de cepas de micobactérias para teste de sensibilidade às drogas (ANT) e identificação (TIP) e o efeito da descontaminação com solução de álcool 70 por cento e luz ultravioleta (UV) na cabine de segurança biológica (CSB), após os procedimentos laboratoriais. MÉTODOS: Uma placa foi exposta na CSB durante os procedimentos de ANT e TIP. Ao término, a CSB foi limpa e descontaminada com álcool 70 por cento e exposta à luz UV por 15 minutos. Após esse tempo outra placa foi exposta por duas horas, somente com a ventilação da CSB ligada. As placas foram incubadas a 37ºC e observadas por 30 dias. Os esfregaços das colônias isoladas foram corados pelas técnicas de Ziehl Neelsen e Gram, e as colônias de bacilo álcool-ácido-resistente (BAAR) foram identificadas pelos métodos tradicionais. RESULTADOS: Nas 38 placas expostas durante o ANT, cresceram micobactérias em 10 placas (26,3 por cento), fungos em uma (2,6 por cento) e outros bacilos em duas (5,3 por cento). Das placas com micobactérias, oito (80 por cento) foram identificadas como M. tuberculosis e duas (20 por cento) tiveram identificação inconclusiva. Mesmo após a descontaminação com álcool 70 por cento e uso de UV, cresceram fungos em duas placas (5,3 por cento) e cocos em outras duas (5,3 por cento). Nas 30 placas colocadas nas CSB durante a TIP, cresceram micobactérias em 10 placas (33,3 por cento), fungos em duas (6,6 por cento), cocos em uma (3,4 por cento) e uma mistura de micobactérias e outro bacilo em uma (3,4 por cento). Não houve crescimento nas placas expostas após descontaminação das CSB com álcool a 70 por cento e uso de UV ao término da TIP. CONCLUSÃO: Durante os procedimentos houve formação de aerossóis contendo micobactérias, fato que ficou comprovado pelo crescimento de colônias de micobactérias nas placas expostas. Técnicas laboratoriais adequadas devem ser respeitadas para minimizar a formação de aerossóis...

OBJECTIVES: To verify the evidence of aerosol formation during the manipulation of mycobacteria strains for susceptibility (ST) and identification tests (IT) as well as the decontamination effect of alcohol solution 70 percent and ultraviolet (UV) radiation in biological safety cabinets (BSC) after laboratory procedures. METHODS: One plate was exposed in a BSC during ST and IT procedures. Afterwards, the BSC was cleaned and decontaminated with alcohol solution 70 percent and exposed to UV radiation for 15 minutes. After that, another plate was exposed for two hours, only with the BSC ventilation on. Both plates were incubated at 37ºC and observed for 30 days. The smears from the isolated colonies were stained with Ziehl Neelsen and Gram techniques, and acid fast bacilli (AFB) were identified by conventional methods. RESULTS: In 38 plates exposed during ST, there was mycobacteria growth in 10 plates (26.3 percent), fungi in one (2.6 percent) and bacilli in two (5.3 percent). Among those plates that presented mycobacteria growth, eight (80 percent) were identified as M. tuberculosis and two (20 percent) had inconclusive identification. Even after decontamination with alcohol solution 70 percent and UV radiation, two plates presented fungi growth (5.3 percent) and other two presented cocci growth (5.3 percent). Among 30 plates exposed during IT procedures, there was mycobacteria growth in 10 of them (33.3 percent), fungi in two (6.6 percent), cocci in one (3.4 percent) and one (3.4 percent) mixed mycobacteria and another bacillus. No growth was observed when alcohol solution 70 percent and UV radiation were used for decontamination after IT procedures. CONCLUSION: During the procedures there was aerosol formation with mycobacteria, which was proved by mycobacteria growth on the exposed plates. Not only should adequate laboratory techniques be respected to minimize aerosol formation, but professional expertise, the continuity of capacity...

Influência da qualidade das culturas de Mycobacterium tuberculosis nos resultados negativos dos testes da pirazinamidase / Influence of Mycobacterium tuberculosis cultures quality conditions on negative results on pyrazinamidase testing

A Organização Mundial da Saúde recomenda o uso do teste da pirazinamidase (PZAse) como método alternativo para determinação da resistência do Mycobacterium tuberculosis à pirazinamida, por ser um teste rápido e de fácil execução. Foram objetivos deste estudo: verificar a reprodutibilidade dos resultados negativos do teste da pirazinamidase quando realizado a partir das culturas originais e de seus subcultivos e relacioná-los com a qualidade das culturas originais e com os perfis de suscetibilidade à estreptomicina (S), isoniazida (I), rifampicina (R) e etambutol (E). Foram analisadas 115 culturas de Mycobacterium tuberculosis cujos cultivos originais apresentaram resultados negativos no teste da PZAse, o que representa resistência à pirazinamida. A qualidade das culturas foi avaliada, anotada e um segundo teste foi realizado a partir de subcultivos jovens e abundantes. A concordância entre os resultados do primeiro e do segundo teste foi de 72,2% e a qualidade das culturas mostrou correlação com os resultados (p< 0,001). O teste da pirazinamidase é útil quando utilizado juntamente com técnicas de detecção de suscetibilidade às drogas S,I,R,E, desde que seja realizado a partir de cultivos com boa qualidade, que permitam a utilização de inóculo abundante.

The pyrazinamidase is a fast and easy to perform assay, recommended by the World Health Organization as an alternative technique to determine pyrazinamide resistant Mycobacterium tuberculosis strains. This study aimed to assess the reproducibility of negative results on pyrazinamidase assay using both primary cultures and respective subcultures, and to correlate them with original cultures quality, as well as their susceptibility profile to streptomycin (S), isoniazid (I), rifampin (R) and ethambutol (E). A total of 115 Mycobacterium tuberculosis cultures were analyzed, which the original growth produced negative results on pyrazinamidase assay, implying a resistance to pyrazinamide. The cultures quality was assessed and recorded; a second testing was performed using recent and abundant subcultures. Results from the first and the second tests demonstrated an agreement rate of 72.2%, and the cultures quality showed correlation with the results (p<0.001). Pyrazinamidase testing is useful when it is combined with other techniques for analyzing mycobacteria susceptibility to S, I, R, E since it is performed with high quality cultures which allow the use of abundant inocula.

Cabine de segurança biológica: efeito da luz ultravioleta nas micobactérias / Biological safety cabinet: utraviolet radiation effect on mycobacteria

A cabine de segurança biológica (CSB) é o principal equipamento para efetuar a contenção de aerossóis produzidos nos procedimentos laboratoriais e a descontaminação com lâmpada UV, 15 minutos antes do início das atividades e 15 minutos após utilização da cabine é parte das boas práticas de laboratório. O objetivo deste estudo foi avaliar a ação da lâmpada UV da CSB classe II B2, em diversas espécies de micobactérias e correlacionar com o tempo de exposição. Cepas de referência foram subcultivadas, semeadas e incubadas a 37ºC até produzir turvação compatível com o tubo 1 da escala de MacFarland. Foram semeados 100L de suspensão bacteriana em placas com meio 7H11; as placas foram cobertas parcialmente com papel alumínio e expostas à radiação UV durante 5 e 10 minutos. Após exposição, os papéis foram retirados e as placas incubadas a 37ºC por 30 dias. Todas as placas apresentaram inibição de crescimento de bactérias na porção da placa em que houve exposição direta à radiação UV. Os resultados obtidos mostraram que a prática de utilização da radiação UV por 15 minutos após o uso da cabine e antes de iniciar outra atividade técnica, garante descontaminação adequada da CSB. Esta prática de biossegurança é recomendável para descontaminar a própria CSB e os materiais que são retirados da cabine.

Micobactérias não-tuberculosas: diversidade das espécies no estado de São Paulo / Nontuberculous mycobacteria: species diversity in São Paulo state, Brazil

O gênero Mycobacterium é constituído por espécies do complexo M. tuberculosis e outras denominadas micobactérias não-tuberculosas (MNT). Até o momento, mais de cem MNT foram descritas. Os objetivos deste estudo foram avaliar a diversidade das espécies de MNT identificadas no estado de São Paulo, no período de 1991 a 1997, que antecedeu a expansão da terapia anti-retroviral, e determinar a freqüência dos casos que atenderam alguns critérios bacteriológicos para o diagnóstico das infecções causadas pelas MNT. MATERIAL E MÉTODOS: Foram analisadas 1.892 cepas isoladas de sítios estéreis e não-estéreis de 1.248 pacientes atendidos no estado de São Paulo. RESULTADOS: Do total de pacientes, 1.199 (96,1 por cento) tiveram suas cepas identificadas e 3,9 por cento apresentaram resultados não-conclusivos. As dez espécies encontradas foram o complexo M. avium (MAC), M. kansasii, M. chelonae, M. fortuitum, M. szulgai, M. xenopi, M. marinum, M. gordonae, M. terrae e M. nonchromogenicum. Quarenta e sete (7,8 por cento) casos pulmonares tiveram diagnóstico confirmado pelo isolamento da mesma espécie em três ou mais amostras e 67 (34 por cento) pacientes tiveram o diagnóstico bacteriológico confirmado por isolamento em sítios estéreis. CONCLUSÕES: As espécies de MNT mais freqüentemente isoladas no estado de São Paulo foram MAC e M. kansasii. Uma publicação nacional com recomendações para diagnóstico e tratamento dessas infecções seria fundamental para a conduta correta no diagnóstico e no tratamento de micobacterioses.

Molecular characterization of Mycobacterium kansasii isolates in the State of São Paulo between 1995-1998

Mycobacterium kansasii is the most common cause of pulmonary nontuberculous mycobacteria infection and classical identification of this pathogen needs a time consuming phenotypic tests. Polymerase chain reaction-restriction fragment lenght polymorphism analysis (PRA) of the gene enconding for the 65kDa heat shock (hsp65) protein offers an easy, rapid, and inexpensive procedure to identify and subtype M. kansasii isolates. In the present study, we performed a retrospective analysis of patients who had mycobacteria identified on the basis of phenotypic tests by means of a review of database at Mycobacteria Laboratory of the Instituto Adolfo Lutz in the period 1995-1998. A total of 9381 clinical isolates were analyzed of which 7777 (82.9 percent) were identified as M. tuberculosis complex and 1604 (17.1 percent) as nontuberculous mycobacteria. Of the 296 M. kansasii isolates, 189 (63.8 percent) isolates obtained from 119 patients were viable and were analyzed by PRA-hsp65. Hundred eight two (98.9 percent) were classified as M. kansasii type I. Two isolates were classified as type II and III and five isolates were characterized as other Mycobacterium species. Clinical isolates of M. kansasii in the state of São Paulo was almost exclusively subtype I regardless of HIV status.

Molecular characterization of Mycobacterium kansasii isolates in the State of São Paulo between 1995-1998.

Mycobacterium kansasii is the most common cause of pulmonary nontuberculous mycobacteria infection and classical identification of this pathogen needs a time consuming phenotypic tests. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis (PRA) of the gene enconding for the 65 kDa heat shock (hsp65) protein offers an easy, rapid, and inexpensive procedure to identify and subtype M. kansasii isolates. In the present study, we performed a retrospective analysis of patients who had mycobacteria identified on the basis of phenotypic tests by means of a review of database at Mycobacteria Laboratory of the Instituto Adolfo Lutz in the period 1995-1998. A total of 9381 clinical isolates were analyzed of which 7777 (82.9%) were identified as M. tuberculosis complex and 1604 (17.1%) as nontuberculous mycobacteria. Of the 296 M. kansasii isolates, 189 (63.8%) isolates obtained from 119 patients were viable and were analyzed by PRA-hsp65. Hundred eight two (98.9%) were classified as M. kansasii type I. Two isolates were classified as type II and III and five isolates were characterized as other Mycobacterium species. Clinical isolates of M. kansasii in the state of Sao Paulo was almost exclusively subtype I regardless of HIV status.

Cord formation and colony morphology for the presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex

The identification of Mycobacterium tuberculosis complex (MT), using non-molecular methods, is time-consuming. The objective of this study was to evaluate a screening test for the presumptive identification of MT, which could potentially decrease laboratory turn-around time for reporting preliminary results. From January 1998 to December 1999, 3056 cultures were analysed at the Mycobacterial Laboratory, Instituto Adolfo Lutz, S los o Paulo, Brasil. The screening test consisted of observation of colony morphology on L que wenstein Jensen medium and evaluation of cord formation on smear microscopy from those positive cultures. After the screening test, the cultures identified as non-tuberculous mycobacteria were identified to species by conventional methods (growth on culture and biochemical tests). Those identified as MT were submitted to drug susceptibility tests. The presumptive identification of MT using the proposed screening test, when compared with conventional tests, presented 98.9, 86.9, 97.8 and 93.0 percent of sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, respectively. The conclusion is that it is possible to make a presumptive identification of MT using visual analysis of colony morphology and cord formation on microscopy examination. This method could be used to report the presumptive identification of MT and to guide laboratory decisions regarding susceptibility and identification tests with little cost and in a very practical way.

Hsp65 PCR-restriction enzyme analysis (PRA) for identification of mycobacteria in the clinical laboratory

More than 70 species of mycobacteria have been defined, and some can cause disease in humans, especially in immunocompromised patients. Species identification in most clinical laboratories is based on phenotypic characteristics and biochemical tests and final results are obtained only after two to four weeks. Quick identification methods, by reducing time for diagnosis, could expedite institution of specific treatment, increasing chances of success. PCR restriction-enzyme analysis (PRA) of the hsp65 gene was used as a rapid method for identification of 103 clinical isolates. Band patterns were interpreted by comparison with published tables and patterns available at an Internet site (http://www.hospvd.ch:8005). Concordant results of PRA and biochemical identification were obtained in 76 out of 83 isolates (91.5 percent). Results from 20 isolates could not be compared due to inconclusive PRA or biochemical identification. The results of this work showed that PRA could improve identification of mycobacteria in a routine setting because it is accurate, fast, and cheaper than conventional phenotypic identification

Análise comparativa dos exames anatomopatológico e bacteriológico no diagnóstico laboratorial da linfadenite por microbactérias em pacientes HIV/AIDS / Comparative analysis of anatomopathological and bacteriological exams for diagnosis of mycobacterial lymphadenitis in HIV/AIDS patients

O objetivo deste estudo foi avaliar a histopatologia e a bacteriologia como recursos laboratoriais no diagnóstico de linfadenite por micobactérias, em pacientes HIV/AIDS em nosso meio. Foram realizados concomitantemente os exames anatomopatológico e bacteriológico de 136 linfonodos superficiais de sítios variados. Destes, 72 (53 por cento) foram positivos para micobactérias na análise histológica e/ou bacteriológica. Entre estes, 68 (94,4 por cento) casos foram positivos pelo histopatológico e 64 (88,9 por cento) pelo bacteriológico. Houve concordância de positividade em 83,3 por cento de casos e concordância de negatividade em 88,9 por cento. Entre os 136 linfonodos cultivados, 44,1 por cento foram positivos para micobactérias, sendo 98,3 por cento identificadas como M.tuberculosis e 1,7 por cento como pertencente ao complexo M. avium. Pela estatística, o nível de concordância entre as duas análise näo permite a escolha de uma delas como preferencial para o diagnóstico de linfadenite por micobactérias, mas sim pela complementariedade emtre ambas

An alternative biphasic culture system for recovery of mycobacteria and for differentiation of species other than M. tuberculosis complex from blood specimens

Micobacteremia constitui uma das manifestaçöes oportunísticas mais frequentes dos estágios mais avançados da infecçäo pelo virus da imunodeficiência humana. Diversas metodologias tem sido propostas para o seu diagnóstico, no entanto, a maioria destas apresentam custo elevado ou complexidade de operaçäo técnica. Baseados nestes fatos nos propusemos a avaliar um sistema alternativo de cultura bifásico contendo Middlebrook 7H9 modificado Lowenstein Jensen (mod 7H9/LJ), especificamente adaptados para (i) o isolamento de micobacterias, (ii) triagem de outras espécies que näo as do complexo Mycobacterium tuberculosis (MOTT) através da adiçäo de ácido p-nitrobenzoico aos meios (mod 7H9/LJ + PNB). Para a primeira etapa do estudo comparou-se os meios mod 7H9/LJ e 7H9/LJ convencional, realizando-se curva de crescimento das espécies M. tuberculosis e M. intracellulare em ambos os meios. Na segunda etapa do estudo isolou-se um total de 64 cepas de micobacterias a partir de 537 espécimes de sangue (11,9 por cento), das quais 64 (100,0 por cento) em 7H9/LJ e 62,0(96,9 por cento) em mod 7H9/LJ. Verificou-se um tempo semelhante de detecçäo destas micobacterias em ambos os sistemas. Para a terceira etapa do estudo, cultivou-se um total de 1091 espécimes de sangue nos sistemas mod 7H9/LJ e 7H9 mod/LJ contendo 500µml de ácido p-nitrobenzoico, constatando-se que um total de 72 por cento dos organismos isolados e pertencentes ao complexo Mycobacterium avium puderam ser presuntivamente identificados como MOTT em 27 dias. Estes resultados, associados a simplicidade e baixo custo destes sistemas bifásicos constituem elementos potenciais para sua aplicabilidade na rotina diagnóstica em países em desenvolvimento

Quimioterapia da tuberculose: fundamentos, regimes e resistência bacteriana / Chemotherapy of tuberculosis: fundaments, regimens and drug resistance

Säo abordados sumariamente aspectos históricos, bases e regimes de tratamento da tuberculose, assim como a importância e impacto da resistência do Mycobacterium tuberculosis frente à drogas antituberculose.

Perfil de resistência de Mycobacterium Tuberculosis no Estado de Säo Paulo, 1986 a 1990 / Resistence pattern of Mycobacterium tuberculosis from Säo Paulo State, Brazil, 1986 to 1990

Com o objetivo de determinar o perfil da resistência do Mycobacterium tuberculosis às drogas empregadas no tratamento da tuberculose no Estado de Säo Paulo, foram estudadas 1.668 cepas obtidas de amostra de escarro, sendo 254 doentes sem tratamento prévio e 1.414 na vigência de tratamento. A taxa de resistência inicial foi de 16,54//e a adquirida de 47,45//. A isoniazida apresentou resistência global de 10,62//e a rifampicina de 6,69//mostrando que as drogas mais importantes empregadas no tratamento da tuberculose estäo apresentando altas taxas de resistência. Este fato causa preocupaçäo pois pode implicar na falência do tratamento, acarretando sérias consequências para o controle da doença