Una mirada rápida al control de calidad interno en el quehacer diario del laboratorio de microbiología / A quick look at internal quality control in the daily routine of the microbiology laboratory

Resumen: el laboratorio de microbiología es un sistema complejo que implica muchos pasos para cada actividad, requiere de diversas personas y cuyos resultados analíticos generados deben ser lo más exactos posible. De no ser así, las consecuencias se pueden volver muy significativas, entre ellas, la realización de procedimientos innecesarios al paciente, los retrasos en la obtención de un resultado correcto y la ejecución de pruebas diagnósticas adicionales que se podían evitar. Estas consecuencias incrementan los gastos, tanto en términos económicos como en tiempo y esfuerzos del personal. La mayoría de las técnicas analíticas implican diversos procedimientos que están sujetos a cierto grado de imprecisión y posibilidad de error. Por tal razón, es importante la realización de un control de calidad interno que asegure que los productos finales o valores analíticos, que son producidos por un laboratorio, sean lo suficientemente fiables y adecuados para la finalidad que persiguen. De esta manera, un laboratorio microbiológico debe evaluar y documentar el desempeño de todos los aspectos de sus procedimientos, que incluye la calidad de la muestra, la eficiencia de los reactivos y antisueros, las coloraciones, los medios de cultivo, el funcionamiento de instrumentos o equipos, las cepas de referencia y la verificación o validación de los resultados obtenidos. El objetivo de este manuscrito es presentar una revisión bibliográfica sobre algunos elementos del laboratorio de microbiología susceptibles de control de calidad interno, como parte integral del trabajo diario del personal que labora en este. (AU)

Abstract: The microbiology laboratory is a complex system, which involves many steps for each activity and different people, and where analytical results must be as accurate as possible. If the results are inaccurate, the consequences can be significant, including the performance of unnecessary procedures, delays in obtaining a proper result and implementation additional diagnostic tests that could be avoided. These consequences increase spending both economics terms as time and efforts of the staff. Most analytical techniques involve several procedures that are subject to some degree of imprecision and possibility of error. Therefore, it's important to apply an internal quality control that ensure that finished products or analytical values which are produced by a laboratory are sufficiently reliable and appropriate to the objective pursued. In this way, a microbiological laboratory must assess and document the performance of all aspects of its procedures that includes the quality of the sample, the efficiency of reagents and antisera, the staining, the culture media, the operation of instruments or equipment, the strains of reference, and the verification or validation of the results obtained. The aim of this manuscript is to present a literature review about some elements of microbiology laboratory that are susceptible of internal quality control, as an integral part of the daily work of the staff working in this one. (AU)

Perfil de resistencia bacteriana en hospitales y clínicas en el departamento del Cesar (Colombia) / Bacterial resistance profile and clinical hospital department of Cesar (Colombia)

Introducción: la resistencia a los antimicrobianos es un problema de salud pública cuyo tratamiento puede ser difícil y costoso. Objetivo: analizar el fenotipo de resistencia antimicrobiana en bacterias aisladas en hospitales y clínicas del departamento del Cesar (Colombia) durante 2014. Materiales y métodos: se realizó un estudio descriptivo en cinco laboratorios clínicos del departamento. Se utilizó el software Whonet 5.6 para el análisis de datos y se reportaron los perfiles de resistencia. Resultados: las principales bacterias Gram negativas aisladas en la Unidad de Cuidados Intensivos fueron Klebsiella pneumoniae (18,8%), Pseudomonas aeruginosa (15,0%) y Escherichia coli (13,8%). En los demás servicios predominaron Escherichia coli (36,4%) y Staphylococcus aureus (15,5%). En la Unidad de Cuidados Intensivos la mayor resistencia fue a la ampicilina-sulbactam y las cefalosporinas de tercera y cuarta generación en los aislados de Klebsiella pneumoniae (46,2%, 28,3% y 29,1%, respectivamente) y de Escherichia coli (21,8%, 21,8% y 23,0%, respectivamente). En los aislados de Acinetobacter la resistencia fue mayor que en los de Pseudomonas aeruginosa, con predominio a la ceftriaxona y la cefepima (51,1%) en los aislados de la Unidad de Cuidados Intensivos. En los aislamientos de Staphylococcus aureus y Staphylococcus epidermidis se observó resistencia a la oxacilina en el 61,0% y 81,8% de los provenientes de la Unidad de Cuidados Intensivos, y en el 48,7% y el 89,7% de las demás unidades, respectivamente. Conclusiones: se observaron altas frecuencias de resistencia antibiótica por lo que reforzar la vigilancia epidemiológica a nivel local permitirá disminuir la resistencia bacteriana en los ambientes intrahospitalarios. (AU)

Introduction: Antimicrobial resistance is a public health problem that implies difficult and expensive treatments. Objective: to analyze the antimicrobial resistance phenotypes in bacterias isolated in hospitals and clinics in the department of Cesar (Colombia) during 2014. Materials and methods: A descriptive study was conducted in five clinical laboratories of the department. Data were analyzed using Whonet 5.6 software and profiles of bacterial resistance were reported. Results: Gram-negative bacteria more isolated in Intensive Care Unit were Klebsiella pneumoniae (18.8%), Pseudomonas aeruginosa (15.0%) and Escherichia coli (13.8%). In the non-Intensive Care Unit service Escherichia coli (36.4%) and Staphylococcus aureus (15.5%) predominated. In the Intensive Care Unit service a higher resistance was obtained to ampicillin-sulbactam and third and fourth generation of cephalosporins in Klebsiella pneumonia isolates (28.3%, 29.1% and 29.1%, respectively), and Escherichia coli isolates (21.8%, 21.8% y 23.0%, respectively). In Acinetobacter isolates the resistance was higher than Pseudomonas aeruginosa isolates, with a predominance of resistance to ceftriaxone and cefepime (51.1%) of Intensive Care Unit isolates. In Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis isolates the resistance to oxacillin were observed in 61.0% y 81.8% in Intensive Care Unit isolates and 48.7% and 89.7% in the others services, respectively. Conclusions: High frequencies of antibiotic resistance were observed. Therefore, reinforcing local epidemiological surveillance will allow decreasing bacterial resistance in hospital settings. (AU)

Comparación de métodos fenotípicos ymoleculares para la detección de resistencia a meticilina en staphylococcus aureus / Comparison of phenotypic and molecular methods to detecting methicillin resistance in staphylococcus aureus

Introducción: la detección de resistencia a meticilina en aislados de Staphylococcus aureus por el laboratorio es difícil debido a la heterogeneidad en la expresión fenotípica en estas bacterias. Objetivos: comparar métodos fenotípicos y moleculares para la detección de resistencia a meticilina en Staphylococcus aureus. Materiales y métodos: se evaluó la resistencia a la meticilina en 50 aislados de Staphylococcus aureus por los métodos de difusión en agar, microdilución en caldo y dilución en agar. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa para detectar el gen de resistencia mecA como estándar de referencia. Se determinó para cada método la sensibilidad, especificidad, valores predictivos y eficiencia. Resultados: la resistencia a la meticilina se encontró en el 50% (25/50) de los aislados de Staphylococcus aureus por los métodos de difusión en agar, microdilución en caldo (cefoxitina) y dilución en agar, y en el 52% (26/50) por microdilución en caldo (oxacilina). El 42,0% (21/50) de los aislados presentaron el gen mecA. Del total de aislados, 10 (20%) demostraron un fenotipo discrepanteal obtenido molecularmente, siete falsamente resistentes y tres falsamente sensibles. La sensibilidad de los métodos fenotípicos varió entre 85,7% y 90,5%, la especificidad entre 75,9% y 79,3%, el valor predictivo positivo entre 72,0% y 76,0%, el valor predictivo negativo entre 88,5% y 92,0% y la eficiencia entre 80,4% y 84,0%. Conclusiones: los resultados demostraron que los métodos fenotípicos son confiables para la detección de resistencia a la meticilina de Staphylococcus aureus.

Introduction: detection of methicillin-resistance in Staphylococcus aureus isolates by the laboratory is difficultdue to heterogeneity in the phenotypic expression in these bacteria. Objectives: To compare phenotypic and molecular methods for detecting methicillin resistance in Staphylococcus aureus. Materials and methods: Methicillin resistance in 50 Staphylococcus aureus isolates was assessed by agar diffusion methods, broth microdilution,and agar dilution. Polymerase chain reaction was used to detect the mecA resistance gene as referencestandard. Sensitivity, specificity, predictive values and efficiency was determined for each method. Results: Methicillin resistance by phenotypic methods was found in 50% (25/50) of Staphylococcus aureus isolates by diffusion method, broth microdilution (cefoxitin) and agar dilution, and in 52% (26/50) by broth microdilution (oxacillin). Of these isolates, 42.0% (21/50) carried the mecA gene. From all isolates, 10 (20%) showed a discrepantphenotype compared to the molecular results, of which seven were classified falsely resistant and three falsely sensitive. The phenotypic methods showed a sensitivity ranging between 85.7% and 90.5%, specificity between 75.9% and 79.3%, positive predictive value between 72.0% and 76.0%, negative predictive value between 88.5% and 92.0% and efficiency between 80.4% and 84.0%. Conclusions: Results demonstrated that phenotypic methods are reliable for the detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus.