Molecular profiling of drug resistant isolates ofMycobacterium tuberculosis in the state of Santa Catarina, southern Brazil

Drug resistance is a global threat and one of the main contributing factors to tuberculosis (TB) outbreaks. The goal of this study was to analyse the molecular profile of multidrug-resistant TB (MDR-TB) in the state of Santa Catarina in southern Brazil. Fifty-three MDR Mycobacterium tuberculosisclinical isolates were analysed by spoligotyping and a partial region of therpoB gene, which is associated with rifampicin resistance (RMP-R), was sequenced. Some isolates were also distinguished by their mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU). S531L was the most prevalent mutation found within rpoBin RMP-R isolates (58.5%), followed by S531W (20.8%). Only two MDR isolates showed no mutations withinrpoB. Isolates of the Latin American Mediterranean (LAM) family were the most prevalent (45.3%) found by spoligotyping, followed by Haarlem (9.4%) and T (7.5%) families. SIT106 was found in 26.4% of isolates and all SIT106 isolates typed by MIRU-12 (5 out of 14) belong to MIT251. There was a high correlation between the S531W mutation and the LAM family mainly because all SIT2263 (LAM9) isolates carry this mutation. Among isolates with the S531W mutation in rpoB MIRU demonstrates a cluster formed by four isolates (SIT2263 and MIT163) and very similar profiles were observed between eight of the nine isolates. Better characterisation of TB isolates may lead to new ways in which to control and treat TB in this region of Brazil.

Relação entre a qualidade de amostras de escarro e o diagnóstico de micobacterioses por PCR / Relation between sputum samples quality and (PCR) for the diagnosis of micobacterioses

O objetivo do estudo foi relacionar a quantidade de células, a presença de leucócitos e outros elementos no escarro com a positividade da reação de PCR, para diagnóstico de micobacterioses. Trinta e nove amostras positivas por baciloscopia para bacilos álcool-ácido resistentes (BAAR), ou positivas em cultura em meio de Lõwenstein-Jensen foram analisadas pelo método de coloração de Gram, para avaliação da biota e quantificação de células e leucócitos. Foram também submetidas à reação de PCR, para identificação de micobactérias.As amostras, de acordo com os resultados do Gram, foram classificadas como: ótima, boa, aceitável, ruim ou muito ruim. Do total de amostras analisadas, 26 (66,7%) apresentaram PCR positiva concordando com a baciloscopia, 12 (30,7%) PCR negativa e baciloscopia ou cultura positiva e uma (2,6%) amostra não pôde ter seu resultado avaliado, pois o DNA apresentou-se degradado após sucessivas extrações. Dentre as amostras com PCR negativo e baciloscopia ou cultura positiva, 9 (23,0%) apresentaram qualidade muito ruim no Gram, 2 (5,2%) qualidade ruim e 1 (2,6%) apresentou qualidade aceitável. Os resultados mostraram que a qualidade do escarro influencia diretamente na positividade da PCR e que, quanto mais representativa do trato respiratório inferior for a amostra, melhor será o rendimento da detecção molecular...