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1.
Article in English | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1535327

ABSTRACT

Objectives: This was a single-subject study, aimed to demonstrate different vocal demand situations that are typical for primary school and teacher's vocal demand response under two acoustical conditions, with and without voice amplification, during five working days. Methods: The long-term voice dosimetry with Vocal Holter Med (PR.O. Voice Srl) was carried out on a 49-year-old female teacher with voice disorders during daily teaching activities. A sound field amplification system (SFAS) PentaClass Runa was installed in the classroom. Voice dosimetry was provided under two different acoustical conditions: without SFAS (2 days) and with SFAS (3 days). Results: Phonation time percentage, sound pressure level (SPL), SPL SD, fundamental frequency (F0), F0 SD, cycle, and distance doses were investigated in seven communication scenarios (lessons, group/individual classes, sports lessons in the gym and schoolyard, breaks, lunch breaks, and other activities). The median scores of all voice parameters differed significantly between different vocal demand contexts. The significant statistical difference in the vocal demand response was in the communication situations with and without SFAS. In addition, the number of children, reverberation time, and ambient air relative humidity impacted voice SPL and the cycle dose. Conclusions: Lessons, sports lessons held in the gym or schoolyard, breaks, and lunch breaks were considered as high vocal demand communication situations requiring higher voice intensity and fundamental frequency, higher phonation time percentage, cycle, and distance doses. Group/individual work and other teacher activities during the day, unrelated to direct work with students, were categorized as low vocal demand communication scenarios.


Objetivos: Este fue un estudio de sujeto único, cuyo objetivo fue demostrar diferentes situaciones de demanda vocal típicas de la escuela primaria y la respuesta vocal de los docentes bajo dos condiciones acústicas, con y sin amplificación de voz, durante cinco días laborables. Métodos: Se llevó a cabo dosimetría vocal a largo plazo con Vocal Holter Med (PR.O. Voice Srl) durante las actividades diarias de enseñanza en una docente de 49 años con trastornos de la voz. Se instaló un sistema de amplificación de campo sonoro (SFAS) PentaClass Runa en el aula. La dosimetría vocal se realizó bajo dos condiciones acústicas diferentes: sin SFAS (2 días) y con SFAS (3 días). Resultados: Se investigaron el porcentaje de tiempo de fonación, el nivel de presión sonora (SPL), SPL SD, la frecuencia fundamental (F0), F0 SD, ciclos y dosis de distancia en siete escenarios de comunicación diferentes (clases, clases grupales/individuales, clases de educación física en el gimnasio y el patio de la escuela, recreos, almuerzos y otras actividades). Las puntuaciones medias de todos los parámetros vocales diferían significativamente entre los diferentes contextos de demanda vocal. La diferencia estadísticamente significativa en la respuesta a la demanda vocal se observó en las situaciones de comunicación con y sin SFAS. Además, el número de niños, el tiempo de reverberación y la humedad relativa del aire ambiente afectaron al SPL de la voz y la dosis de ciclo. Conclusiones: Las lecciones, las clases de educación física en el gimnasio o el patio de la escuela, los recreos y los almuerzos se consideraron situaciones de comunicación de alta demanda vocal, que requerían una mayor intensidad y frecuencia fundamental de la voz, un mayor porcentaje de tiempo de fonación y dosis de ciclo y distancia más altas. El trabajo grupal/individual y otras actividades del profesor durante el día no relacionadas con el trabajo directo con los estudiantes se categorizaron como escenarios de comunicación de baja demanda vocal.

2.
Rev. argent. microbiol ; 55(3): 3-3, Oct. 2023.
Article in English | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1529618

ABSTRACT

Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.


Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

3.
Ginecol. obstet. Méx ; 91(2): 100-108, ene. 2023. tab, graf
Article in Spanish | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1448320

ABSTRACT

Resumen OBJETIVO: Analizar los posibles factores asociados con las fallas en la amplificación, los desenlaces de la euploidia y clínicos entre los embriones con repetición de la biopsia y los de una sola (grupo control). MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio retrospectivo y multicéntrico de análisis de biopsias de blastocistos practicadas en 22 centros de reproducción asistida (noviembre 2017 a febrero 2022). Se analizaron 4,106 blastocistos procedentes de 1,007 ciclos de ICSI con prueba genética para aneuplidias previa a la implantación. En los blastocistos reportados con falla en la amplificación se analizó el Centro donde se practicó la biopsia, el día en que ésta se tomó, la calidad embrionaria y la incidencia de complicaciones durante el procedimiento. Los resultados se compararon con la prueba genética para aneuploidias previa a la implantación y los desenlaces clínicos entre los embriones con repetición de la biopsia y el grupo control. RESULTADOS: En el 96.0% (3,942) de los embriones se obtuvo resultado y en el 4.0% (n = 164) se reportó falla en la amplificación. La biopsia se repitió en las 99 fallas en la amplificación y se obtuvo resultado en el 83.8% de los casos. Las tasas de euploidia fueron similares entre embriones con repetición de la biopsia y los controles (34.9 en comparación con 39.7%; p > 0.05). El Centro fue el único factor que mostró diferencias en las tasas de falla en la amplificación (p < 0.05). No se observaron diferencias en el día de la biopsia o la calidad embrionaria. Las tasas de embarazo (51.0 en comparación con 58.3%), implantación (63.9 en comparación con 61.5%) y aborto (16.9 en comparación con 28.6%) fueron similares entre embriones con una sola biopsia o repetición de ésta, respectivamente. CONCLUSIONES: El Centro fue el principal factor que influyó en las fallas en la amplificación. Las tasas de euploidia y los desenlaces clínicos no difirieron entre el grupo control y los embriones con repetición de la biopsia; por consiguiente, se recomienda repetir la biopsia en los embriones con falla en la amplificación.


Abstract OBJECTIVE: To analyze possible factors associated with amplification failures, euploidy and clinical outcomes between repeat and single biopsy embryos (control group). MATERIALS AND METHODS: Retrospective multicenter study involving 4,106 blastocysts from 1,007 ICSI cycles with preimplantation genetic testing for aneuploidy performed by next generation sequencing. In case of DNA amplification failure, the IVF center where biopsies were performed, the day of biopsy, the embryo quality and the incidence of complications during biopsy were analyzed. Preimplantation genetic testing for aneuploidy results and clinical outcomes were compared between re-biopsied embryos and the control group. RESULTS: Of the 4,106 blastocysts included in this study, 96.0% (3,942) obtained a result while 4.0% (164) had an amplification failure. Ninety-nine embryos with amplification failure were re-biopsied and 83.8% resulted in an informative diagnosis. Euploidy rates were equivalent between re-biopsied and control blastocysts (34.9% vs 39.7%, P>0.05). The only factor significantly affecting the amplification failure rates was the IVF center. No differences were observed between biopsy days or embryo quality. Pregnancy (51.0% vs 58.3%), implantation (63.9% vs 61.5%) and miscarriage rates (16.9% vs 28.6%) were similar between single and repeat biopsied embryos, respectively. CONCLUSIONS: The centre was the main factor influencing amplification failures. Euploidy rates and clinical outcomes did not differ between the control group and repeat biopsied embryos; therefore, repeat biopsy is recommended for embryos with amplification failure.

4.
Rev. biol. trop ; 70(1)dic. 2022.
Article in English | LILACS, SaludCR | ID: biblio-1387718

ABSTRACT

Abstract Introduction: Most successful cases of COVID-19 pandemic mitigation and handling have relied on extensive reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). However, many emerging economies have struggled with current molecular testing demands due to economic, technical and technological constraints. Objective: To define a potential diagnostic protocol to increase testing capacity in current and post-pandemic conditions. Methods: We reviewed the literature, patents and commercial applications, for alternatives. Results: We found a good potential in saliva samples, viral inactivation and quick RNA extraction by heating; the use of an isothermal technology such as loop mediated isothermal amplification (LAMP) and naked eye test-result visualization by in-tube colorimetry or turbidity. Conclusions: Saliva samples with quick RNA extraction by heating and colorimetric LAMP are promising options for countries with economic and infrastructure limitations.


Resumen Introducción: La mayoría de los casos exitosos de mitigación y manejo de la pandemia de COVID-19 se han dado mediante pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas economías emergentes han tenido problemas con las demandas actuales de pruebas moleculares debido a limitaciones económicas, técnicas y tecnológicas. Objetivo: Definir un protocolo de diagnóstico potencial para aumentar la capacidad de prueba en las condiciones actuales y posteriores a la pandemia. Métodos: Revisamos la literatura, las patentes y las aplicaciones comerciales, en busca de alternativas. Resultados: Encontramos un buen potencial en muestras de saliva, inactivación viral y extracción rápida de ARN por calentamiento; el uso de una tecnología isotérmica como la amplificación isotérmica mediada por horquillas (LAMP, por sus siglas en inglés) y la visualización del resultado de la prueba a simple vista mediante colorimetría o turbidez en el tubo. Conclusiones: Las muestras de saliva con extracción rápida de ARN por calentamiento y LAMP colorimétrico son opciones prometedoras para países con limitaciones económicas y de infraestructura.


Subject(s)
Humans , Molecular Diagnostic Techniques/methods , COVID-19 Serological Testing , COVID-19
5.
Rev. peru. med. exp. salud publica ; 39(3): 312-320, jul.-sep. 2022. tab, graf
Article in Spanish | LILACS, LIPECS | ID: biblio-1410010

ABSTRACT

RESUMEN Objetivo. Desarrollar y evaluar un método de bajo costo basado en celulosa para la purificación rápida y amplificación directa de ADN de Bordetella pertussis de hisopados nasofaríngeos. Materiales y métodos. Se prepararon discos de celulosa y se evaluaron diferentes parámetros (buffers de lisis/lavado, número de discos y elución de ADN). El método se acopló a una amplificación directa por PCR en tiempo real (qPCR) y se estimó el rendimiento utilizando hisopados nasofaríngeos que fueron positivos (n=100) y negativos (n=50) para ADN B. pertussis por qPCR, comparado con el método basado en columnas de sílice. Se calculó el grado de concordancia, sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN). Se evaluó la factibilidad del método rápido para ser acoplado a un ensayo colorimétrico de amplificación isotérmica mediada por lazo (LAMP). Resultados. El método rápido con un disco de celulosa y buffer de lisis y lavado conteniendo PVP-40 y Tween 20, respectivamente, mostró una mayor capacidad para purificar ADN amplificable de B. pertussis. El método tuvo una sensibilidad de 89,0% (IC95%, 80,2%-94,9%) y una especificidad de 98,5% (IC95%, 92,1%-100,0%), con un buen grado de concordancia (Kappa=0,867; IC95% 0,788 - 0,946), respecto al método referencial. Los VPP y VPN fueron 98,6% (IC95%, 92,7,2%-100,0%) y 88,2% (IC95%, 78,7%-94,4%), respectivamente. Se evidenció una amplificación exitosa por LAMP, y se obtuvieron resultados comparables con el método por columnas de sílice. Conclusión. El método desarrollado es simple, de bajo costo y libre de equipos para la obtención rápida (60 segundos) de ADN en el punto de atención, y puede ser implementado en diversas técnicas moleculares orientados al diagnóstico oportuno y al estudio epidemiológico de tos ferina.


ABSTRACT Objective. To develop and evaluate a low-cost cellulose-based method for rapid purification and direct amplification of Bordetella pertussis DNA from nasopharyngeal swabs. Materials and methods. We prepared cellulose discs and evaluated different parameters (lysis/wash buffers, number of discs and DNA elution). The method was coupled to a direct real-time PCR (qPCR) amplification and the performance was estimated using nasopharyngeal swabs that were positive (n=100) and negative (n=50) for B. pertussis DNA by qPCR, compared to the silica column-based method. We calculated sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) and the degree of agreement. The feasibility of the rapid method to be coupled to a loop-mediated isothermal amplification colorimetric assay (LAMP) was evaluated. Results. The rapid method, with a cellulose disk and lysis and wash buffer containing PVP-40 and Tween 20, respectively, showed a greater capacity to purify amplifiable DNA from B. pertussis. The method had a sensitivity of 89.0% (95%CI: 80.2%-94.9%) and a specificity of 98.5% (95%CI: 92.1%-100.0%), with a good degree of agreement (Kappa=0.867; 95%CI: 0.788 - 0.946), compared to the reference method. The PPV and NPV were 98.6% (95%CI: 92.7.2%-100.0%) and 88.2% (95%CI: 78.7%-94.4%), respectively. Successful amplification by LAMP was evident, and comparable results were obtained with the silica column method. Conclusion. The developed method is simple, low-cost and equipment-free for rapid (60 seconds) DNA collection at the point of care, and can be implemented in various molecular techniques aimed at the timely diagnosis and epidemiological study of pertussis.


Subject(s)
Humans , Bordetella pertussis/genetics , DNA, Bacterial/isolation & purification , Cellulose , Real-Time Polymerase Chain Reaction , Whooping Cough/diagnosis , Nasopharynx/microbiology , Sensitivity and Specificity , Molecular Diagnostic Techniques
6.
Rev. méd. Urug ; 38(2): e38204, jun. 2022.
Article in Spanish | LILACS, UY-BNMED, BNUY | ID: biblio-1389688

ABSTRACT

Resumen: Introducción: el inicio temprano de la antibioticoterapia adecuada en infecciones graves se asocia con reducción de la mortalidad. La identificación precoz del microorganismo es fundamental para realizar un tratamiento dirigido y disminuir la terapéutica inicial inapropiada. Objetivo: valorar la utilidad de una técnica de biología molecular por amplificación de ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de polimerasa en tiempo real para diagnóstico microbiológico temprano y adecuación de la antibioticoterapia en pacientes con neumonías graves. Metodología: estudio retrospectivo observacional llevado a cabo en la unidad de cuidados intensivos del Hospital Maciel. Se analizaron muestras respiratorias de pacientes con diagnóstico o sospecha de neumonía. Se compararon los resultados microbiológicos obtenidos por técnicas convencionales y por biología molecular multiplex (panel neumonía). Resultados: se incluyeron 53 muestras obtenidas de 51 pacientes. El multiplex detectó al menos un microorganismo en 38 (71,7%) muestras frente a 30 (56.6%) desarrollos en cultivos tradicionales. La mayoría de las muestras se obtuvieron bajo antibioticoterapia previa (86.8%). El panel neumonía mostró un porcentaje de concordancia positiva combinado de 100% y un porcentaje de concordancia negativa del 94% para la identificación bacteriana en comparación con los métodos microbiológicos tradicionales. En 27 (51%) casos el resultado del panel de neumonía determinó un cambio en la conducta terapéutica. Conclusiones: la técnica de PCR permite la identificación temprana de microorganismos causantes de neumonía optimizando la terapéutica empírica inicial y racionalizando el uso de antimicrobianos. Un panel negativo aleja el planteo de infección respiratoria a gérmenes habituales y permite considerar diagnósticos diferenciales en cuanto a foco y/o etiología.


Summary: Introduction: the early initiation of the adequate antibiotic therapy in severe infections is associated to a reduction in mortality. Early identification of the microorganism is essential to define directed therapy and decrease the initial inadequate treatment. Objective: to assess usefulness of a molecular biology technique by nucleic acid amplification through a polymerase chain reaction in real time for an early microbiological diagnosis and correction of the antibiotic therapy in patients with severe pneumonias. Method: retrospective, observational study conducted in the intensive care unit of Maciel Hospital. The respiratory samples of patients with a diagnosis of pneumonia or suspicious to have pneumonia were analyzed. The microbiological results obtained were compared using conventional techniques and multiplex molecular biology (pneumonia panel). Results: 53 samples obtained from 51 patients were included in the study. Multiplex detected at least one microorganism in 38 (71.7%) samples compared to 30 (56.6%) in traditional cultures. Most samples were obtained under the previous antibiotic therapy (86.8%). The pneumonia panel showed a combined positive agreement percentage of 100% and a negative agreement of 94% for the identification of bacteria when compared to the traditional microbiological methods. In 27 cases (51%) the pneumonia panel results determined changing the therapeutic behavior. Conclusions: the PCR technique allows for the early identification of microorganisms causing pneumonia, thus optimizing initial empirical therapy and rationalizing the use of antibiotics. A negative panel reduces the suspicion of a respiratory infection caused by the usual germs and enables considering differential diagnosis in terms of etiology or cause.


Resumo: Introdução: o início precoce da antibioticoterapia adequada em infecções graves está associado à redução da mortalidade. A identificação precoce do microrganismo é essencial para realizar o tratamento dirigido e reduzir o uso inicial inadequado de antimicrobianos. Objetivo: avaliar a utilidade de uma técnica de biologia molecular para amplificação de ácidos nucleicos por reação em cadeia da polimerase em tempo real para diagnóstico microbiológico precoce e adequação da antibioticoterapia em pacientes com pneumonia grave. Metodologia: estudo observacional retrospectivo realizado na unidade de terapia intensiva do Hospital Maciel. Amostras respiratórias de pacientes com diagnóstico ou suspeita de pneumonia foram analisadas. Os resultados microbiológicos obtidos por técnicas convencionais e por biologia molecular multiplex (painel de pneumonia) foram comparados. Resultados: foram incluídas 53 amostras obtidas de 51 pacientes. O multiplex detectou pelo menos um microrganismo em 38 (71,7%) amostras em comparação com 30 (56,6%) usando culturas tradicionais. A maioria das amostras foi obtida com antibioticoterapia prévia (86,8%). O painel de pneumonia mostrou uma concordância percentual positiva combinada de 100% e uma concordância percentual negativa de 94% para identificação bacteriana em comparação com métodos microbiológicos tradicionais. Em 27 (51%) casos, o resultado do painel de pneumonia determinou mudança no comportamento terapêutico. Conclusões: a técnica de PCR permite a identificação precoce de microrganismos causadores de pneumonia, otimizando a terapia empírica inicial e racionalizando o uso de antimicrobianos. Um painel negativo afasta a suspeita de infecção respiratória pelos germes usuais e permite considerar diagnósticos diferenciais em termos de foco e/ou etiologia.


Subject(s)
Pneumonia/microbiology , Pneumonia/drug therapy , Multiplex Polymerase Chain Reaction , Intensive Care Units , Pneumonia/diagnosis , Critical Care
7.
Rev. chil. infectol ; 39(1): 29-34, feb. 2022. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1388329

ABSTRACT

INTRODUCCIÓN: La infección por Clostridioides dfficile (ICD) es la principal causa de diarrea nosocomial, generalmente asociada al consumo de antimicrobianos. Esta infección puede causar desde diarrea no complicada hasta colitis pseudomembranosa o megacolon tóxico. Estudios recientes han intentado relacionar el valor el ciclo umbral (Ct) de la RT-PCR con la mortalidad, como un método rápido, sencillo, objetivo y eficaz. OBJETIVO: Evaluar el Ct como predictor de mala evolución en pacientes con y sin criterio clínico de dicha gravedad. PACIENTES Y MÉTODOS: Realizamos un estudio retrospectivo entre enero 2015 y diciembre 2018, incluyendo todos los pacientes del área de referencia del Hospital Universitario de Canarias en Tenerife (396.483 habitantes) en pacientes con criterios clínicos de gravedad (de acuerdo a la Guía para la Práctica Clínica de la enfermedad por C. dfficile de la Sociedad de Epidemiología del Cuidado de la Salud de América (SHEA) y la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de Norteamérica (IDSA) y pacientes sin criterios clínicos de gravedad evaluando el Ct como predictor de mala evolución. RESULTADOS: Se diagnosticó un total de 202 episodios de ICD. El 77,7% (n = 157) presentó criterios clínicos de gravedad. La presencia de colitis ulcerosa (p < 0,001), fiebre (p < 0,001), leucocitosis (p < 0,001), neutrofilia (p < 0,001), creatininemia (p = 0,005) se presentaron como factores de riesgo para el desarrollo de ICD grave. El sexo femenino, la institucionalización, el ingreso previo y el exitus se describieron con mayor frecuencia en el grupo con ICD-G, no encontrando diferencias significativas. No encontramos diferencias respecto a los días de estancia previa, o de estancia post-ICD, aunque en este último, la media fue mayor en el caso de los pacientes con ICD-G. No se encontraron diferencias significativas en cuanto al Ct en ambos grupos; siendo sólo un punto menor en pacientes con criterio de gravedad (Ct = 26,1) que sin criterios de gravedad (Ct = 27,4) (p = 0,326).


BACKGROUND: Clostridioides dfficile infection (CDI) is the main cause of nosocomial diarrhea, generally associated with the use of antibiotics. This infection can cause uncomplicated diarrhea to pseudomembranous colitis or toxic megacolon. Recent studies have attempted to relate the threshold cycle (Ct) value of RT-PCR with mortality, as a fast, simple, objective and efficient method. AIM: To evaluate Ct as a predictor of poor outcome in patients with C. dfficile disease with/without clinical signs of severity. METHODS: We carried out a retrospective study between January 2015 and December 2018, including all patients in the reference area of the Hospital Universitario de Canarias in Tenerife (396,483 inhabitants) in patients with clinical criteria of severity and patients without clinical severity criteria (according to the guide for the clinical practice of CDI of the Society of Healthcare Epidemiology of America (SHEA) and the Infectious Diseases Society of North America (IDSA). RESULTS: A total of 202 CDI episodes were diagnosed. 77.7% (n = 157) presented clinical severity criteria. The presence of ulcerative colitis (p < 0.001), fever (p < 0.001), leukocytosis (p < 0.001), neutrophilia (p < 0.001), creatininemia (p = 0.005) were presented as risk factors for the development of severe CDI (S-CDI). Female sex, institutionalization, previous admission and death were described more frequently in the group with S-CDI, not finding significant differences. We found no differences with respect to the days of previous stay, or of post-CDI stay, although in the latter, the mean was higher in the case of S-CDI patients. No significant differences were found in terms of Ct in both groups; being only one point lower in patients with severity criteria (Ct = 26.1) than without severity criteria (Ct = 27.4) (p = 0.326). CONCLUSION: Based on the results of our study, it has not been possible to systematically implement the Ct value as a predictor of severity to the clinical report, and it is not possible to extrapolate this predictive variable from S-CDI and standardize the Ct value as a predictor of severity. Conclusion: Basándonos en los resultados de nuestro estudio, no ha sido posible la implementación sistemática del valor Ct como predictor de gravedad al informe clínico, no siendo posible extrapolar esta variable predictora de enfermedad por C difficile-G y estandarizar el valor Ct como factor predictor de gravedad.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Middle Aged , Aged , Clostridioides difficile/genetics , Clostridium Infections , Retrospective Studies , Risk Factors , Diarrhea
8.
Pesqui. prát. psicossociais ; 14(4): 1-13, out.-dez. 2019.
Article in Portuguese | INDEXPSI, LILACS | ID: biblio-1115072

ABSTRACT

Neste artigo, o número é abordado como um fenômeno psíquico, sendo analisado a partir de suas possibilidades e particularidades simbólicas. Para tanto, foram consultados textos históricos, antropológicos, filosóficos, mitológicos e religiosos sobre o conhecimento matemático. Esses textos foram selecionados em periódicos indexados e livros científicos conceituados. Em seguida, foi realizado um movimento de compreensão, a partir da fundamentação teórica da Psicologia Analítica de Carl Gustav Jung. Como fenômeno psíquico, o número é entendido como um arquétipo que adveio à consciência e como um símbolo, isto é, como um mistério que tem um sentido passível de compreensão. Nesse contexto, o número ocupa o lugar de imagem psíquica central de nossos interesses, ao redor do qual foram efetuadas analogias (amplificação), procedimento característico do método hermenêutico-simbólico da Psicologia Analítica.


In this article, the number is approached as a psychic phenomenon, being analysed from its possibilities and symbolic particularities. Therefore, historical, anthropological, philosophical, mythological, and religious texts on mathematical knowledge were consulted. These texts have been selected in indexed periodicals and well-known scientific books. Then, a movement of understanding was made, based on the theoretical basis of Analytical Psychology by Carl Gustav Jung. As a psychic phenomenon, the number is understood as an archetype that came to consciousness, and as a symbol, that is, as a mystery that has a comprehensible sense. In this context, the number occupies the place of the central psychic image of our interests, around which analogies were made (amplification), a characteristic procedure of the hermeneutic-symbolic method of Analytical Psychology.


En este artículo, el número se aborda como un fenómeno psíquico y se analiza a partir de sus posibilidades y particularidades simbólicas. Para ello se consultaron textos históricos, antropológicos, filosóficos, mitológicos y religiosos sobre el conocimiento matemático. Estos textos fueron seleccionados de revistas indexadas y libros científicos de renombre. Luego, se realizó um movimiento de comprensión desde la base teórica de la Psicología Analítica. Como fenómeno psíquico, el número se entiende con un arquetipo que llegó a la consciencia y como un símbolo, es decir, como un misterio que tiene un sentido comprensible. En este contexto, el número ocupa el lugar de la imagen psíquica central de nuestros intereses, alrededor de cual se fueron hechas analogías (amplificación), un procedimiento característico del método hermenêutico-simbólico de la Psicología Analítica.


Subject(s)
Psychology , Jungian Theory , Symbolism , Conscience , Consciousness , Knowledge , Comprehension , Hermeneutics , Neuropsychological Tests
9.
Rev. peru. med. exp. salud publica ; 36(3): 475-480, jul.-sep. 2019. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1058755

ABSTRACT

RESUMEN Las distrofias musculares de Duchenne/Becker son enfermedades raras que reciben poca atención en nuestro medio. El objetivo del presente estudio fue implementar la técnica de amplificación múltiple dependiente de ligación por sondas (MLPA) y demostrar que tiene ventajas sobre la técnica de reacción en cadena de la polimerasa multiplex (PCR-multiplex). Se analizaron muestras de 40 individuos con diagnóstico presuntivo de distrofia muscular de Duchenne/Becker, primero por PCR-multiplex y luego por MLPA. Con la PCR-multiplex se detectaron 15 individuos con deleciones causales y con la técnica MLPA se logró diagnosticar a 21 individuos, cuatro duplicaciones y 17 deleciones. En conclusión, la técnica MLPA logra detectar mutaciones de tipo deleción y duplicación de exones, consiguiendo un mayor número de diagnósticos moleculares por alteraciones en el gen DMD.


ABSTRACT Duchenne and Becker muscular dystrophies are rare diseases that receive limited attention in our field. The objective of this study was to implement the Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification technique (MLPA) and to demonstrate that it has advantages over the Multiplex Polymerase Chain Reaction (Multiplex PCR) technique. Samples from 40 individuals with a presumptive diagnosis of Duchenne and Becker muscular dystrophies were analyzed: first by Multiplex PCR and then by MLPA. Fifteen individuals with causal deletions were detected with Multiplex PCR, while the MLPA technique was able to diagnose 21 individuals, four duplications, and 17 deletions. In conclusion, the MLPA technique can detect mutations of the exon deletion and duplication type, yielding a larger number of molecular diagnoses due to alterations in the DMD gene.


Subject(s)
Adolescent , Child , Humans , Male , Muscular Dystrophy, Duchenne/genetics , Multiplex Polymerase Chain Reaction/methods , Mutation , Pedigree , Prospective Studies
10.
Rev. chil. reumatol ; 34(4): 145-154, 2018. tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1254243

ABSTRACT

Dolor regional complejo se reconoce como una entidad caracterizada por dolor de distribución regional que es desproporcional al estímulo que lo provocó. Se diferencia en tipo 1 cuando no existe un daño neurológico orgánico y en tipo 2 cuando sí existe lesión neurológica de base. El diagnóstico y el tratamiento constituyen un verdadero reto. Es necesario un alto nivel de sospecha diagnóstica y la instauración de un oportuno tratamiento interdisciplinario.


Complex regional pain is a painful disorder without a known mechanism. Two different types are classified depending if there are or not a neurological structural damage. The diagnosis and treatment are real challenges to the interdisciplinary team that should identify and bring an effective treatment to the patients. Clinicians should be aware of this entity in order to prevent delay in diagnosis and provide an early and effective treatment.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Child , Complex Regional Pain Syndromes/physiopathology , Complex Regional Pain Syndromes/diagnosis , Complex Regional Pain Syndromes/therapy , Complex Regional Pain Syndromes/epidemiology , Diagnosis, Differential
11.
Rev. Méd. Clín. Condes ; 26(4): 458-469, jul. 2015. ilus, tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1129074

ABSTRACT

En la actualidad se conocen 8.000 enfermedades genéticas monogénicas. La mayoría de ellas son heterogéneas, por lo que el diagnóstico molecular por técnicas convencionales de secuenciación suele ser largo y costoso debido al gran número de genes implicados. El tiempo estimado para el diagnóstico molecular se encuentra entre 1 y 10 años, y este retraso impide que los pacientes reciban medidas terapéuticas y de rehabilitación específicas, que sus familiares entren en programas preventivos y que reciban asesoramiento genético. La secuenciación masiva está cambiando el modelo de diagnóstico molecular de los afectos, sin embargo, los médicos y profesionales de la salud se enfrentan al dilema de la selección del método más eficiente, con el menor coste sanitario y con la mayor precisión de sus resultados. El objetivo de este trabajo es revisar la tecnología de secuenciación masiva y definir las ventajas y los problemas en su utilización.


Currently 8000 monogenic genetic diseases are known. Most of them are heterogeneous, so their molecular diagnosis by conventional sequencing techniques is labour intensive and time consuming due to the large number of genes involved. The estimated time is between 1 and 10 years for molecular diagnosis and this delay prevents patients from receiving therapy and rehabilitation measures, and their families from entering prevention programs and being given genetic counselling. Next generation sequencing (NGS) is changing the model of molecular diagnosis of patients; however, doctors and health professionals are faced with the dilemma of choosing the most efficient method, with lower health care costs and the most accurate results. The aim of this paper is to review the NGS technology and define the advantages and problems in the use of this technology.


Subject(s)
Humans , Genetic Diseases, Inborn/diagnosis , Genetic Diseases, Inborn/genetics , Computational Biology , Genomics , Molecular Diagnostic Techniques , High-Throughput Nucleotide Sequencing
12.
Rev. chil. infectol ; 32(3): 283-288, jun. 2015.
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-753485

ABSTRACT

Detection of non-symptomatic sexually transmitted infections (NSSTD) has taken great relevance, primarily due to global increase. This has led to implement various laboratory techniques with the aim of early detection of these silent infections to decrease the incidence. Techniques usually used for the detection and identification of NSSTD require invasive samples (blood, citobrush, etc.), so the urine could be a simpler option and noninvasive sample when the patient be subjected to test for some of these infections.


La detección de infecciones de transmisión sexual silentes (ITSS) ha tomado gran relevancia, debido principalmente a su incremento en el mundo. Esto ha llevado a implementar diversas técnicas de laboratorio con la finalidad de la detección precoz de estas infecciones silentes para disminuir su incidencia. Las técnicas que habitualmente se utilizan para la detección e identificación de ITSS requieren de una muestra invasora (sangre, citobrush, entre otras), por lo que la orina podria ser una opción de muestra más simple y no invasora al momento que el paciente se deba someter a un examen para detectar alguna de estas infecciones.


Subject(s)
Humans , Asymptomatic Infections , Sexually Transmitted Diseases/diagnosis , Sexually Transmitted Diseases/urine , Reproducibility of Results , Sensitivity and Specificity
13.
Salud pública Méx ; 57(2): 177-179, mar.-abr. 2015. tab
Article in English | LILACS | ID: lil-754072

ABSTRACT

Objective. To determine rates of drug resistance in new cases of pulmonary tuberculosis in a region with a high burden of the disease. Materials and methods. New case suspects were referred for drug susceptibility testing. Results. 28.9% of new cases were resistant to at least one first line drug; 3.9% had a multidrug-resistant strain, 15.6% a monoresistant strain and 9.4% a polyresistant strain. Conclusion. Our rate of drug resistant tuberculosis in new cases is very high; this has important clinical implications, since even monoresistance can have a negative impact on the outcome of new cases treated empirically with a six month regimen.


Objetivo. Determinar las tasas de resistencia a fármacos en casos nuevos de tuberculosis pulmonar en una región con alta prevalencia de farmacorresistencia. Material y métodos. Casos nuevos de tuberculosis pulmonar referidos para cultivo y pruebas de sensibilidad a los fármacos antituberculosis de primera línea. Resultados. 28.9% de los casos nuevos presentaban una cepa resistente al menos a un fármaco de primera línea; 3.9% eran multifarmacorresistentes, 15.6% eran monorresistentes y 9.4% polirresistentes. Conclusión. La presente tasa de tuberculosis resistente en casos nuevos es muy elevada; esto tiene importantes implicaciones clínicas ya que aún la monorresistencia puede tener un impacto negativo sobre los resultados del tratamiento de pacientes que reciben un esquema empírico de seis meses.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Adult , Young Adult , Tuberculosis, Pulmonary/microbiology , Drug Resistance, Microbial , Mycobacterium tuberculosis/drug effects , Tuberculosis, Pulmonary/epidemiology , Comorbidity , HIV Infections/epidemiology , Tuberculosis, Multidrug-Resistant/microbiology , Tuberculosis, Multidrug-Resistant/epidemiology , Endemic Diseases , Drug Resistance, Multiple, Bacterial , Mexico/epidemiology , Mycobacterium tuberculosis/isolation & purification , Antitubercular Agents/pharmacology
14.
Rev. otorrinolaringol. cir. cabeza cuello ; 74(3): 266-274, dic. 2014. graf, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-734851

ABSTRACT

Los potenciales evocados de corteza prometen ser una herramienta útil en la evaluación de las funciones auditivas, proporcionando información sobre la funcionalidad e integridad de estructuras auditivas centrales. Dentro de sus posibles usos encontramos: estimación del umbral auditivo en adultos permitiendo una mayor precisión en comparación a otras técnicas electrofisiológicas, como herramienta de evaluación y seguimiento del entrenamiento auditivo, evaluación de la amplificación (especialmente utilizando estímulos complejos como el habla) relacionado con la detección del estímulo auditivo amplificado a nivel de la corteza y de la plasticidad auditiva como lo podría ser la monitorización de los cambios producidos por la estimulación auditiva. Sin embargo aún presentan algunas limitaciones que deben ser resueltas antes de ser incorporados dentro de la batería de pruebas audiológicas de uso clínico habitual, factores propios del sujeto, de la técnica utilizada y condiciones de evaluación (ej. diferentes tipos de audífonos) pueden hacer que estas respuestas presenten una variabilidad que podría dificultar su uso rutinario.


Cortical auditory evoked potentials have the potential to be a tool for the assessment of auditory functions, providing information on the functionality and integrity of central auditory structures. Among its possible uses are: hearing threshold estimation on adults that are more accurate compared to other electrophysiological techniques; a tool for assessment and monitoring of auditory training; evaluation of amplification (especially using complex stimuli such as speech) related to the detection of an amplified sound at the level of the auditory cortex; and monitoring plasticity via the changes produced by an auditory stimulation. However there are still some limitations to be resolved before incorporating cortical auditory evoked potentials in to the battery of audiological tests used in clinics. Factors related to the subject and the technique and assessment conditions (e.g. different types of hearing aids), may vary these responses and hinder its reliability and use.


Subject(s)
Humans , Auditory Cortex/physiology , Auditory Threshold/physiology , Evoked Potentials, Auditory/physiology , Electrophysiology
15.
Invest. clín ; 54(1): 5-19, mar. 2013. tab
Article in English | LILACS | ID: lil-740332

ABSTRACT

Early diagnosis of dengue virus (DENV) infection represents a key factor in preventing clinical complications attributed to the disease. The aim of this study was to evaluate the amplification efficiencies of an in-house quantitative real time-PCR (qPCR) assay of DENV, using the non-structural conserved genomic region protein-5 (NS5) versus two genomic regions usually employed for virus detection, the capsid/pre-membrane region (C-prM) and the 3’-noncoding region (3’NC). One-hundred sixty seven acute phase serum samples from febrile patients were used for validation purposes. Results showed that the three genomic regions had similar amplification profiles and correlation coefficients (0.987-0.999). When isolated viruses were used, the NS5 region had the highest qPCR efficiencies for the four serotypes (98-100%). Amplification from acute serum samples showed that 41.1% (67/167) were positive for the universal assay by at least two of the selected genomic regions. The agreement rates between NS5/C-prM and NS5/3’NC regions were 56.7% and 97%, respectively. Amplification concordance values between C-prM/NS5 and NS5/3’NC regions showed a weak (k= 0.109; CI 95%) and a moderate (k= 0.489; CI 95%) efficiencies in amplification, respectively. Serotyping assay using a singleplex NS5-TaqMan® format was much more sensitive than the C-prM/SYBR Green® I protocol (76%). External evaluation showed a high sensitivity (100%), specificity (78%) and high agreement between the assays. According to the results, the NS5 genomic region provides the best genomic region for optimal detection and typification of DENV in clinical samples.


El diagnóstico precoz de la infección por el virus dengue (DENV) constituye un elemento clave para la prevención de las complicaciones clínicas propias de la enfermedad. El objetivo del estudio fue evaluar la detección de DENV mediante un ensayo cuantitativo de PCR-tiempo real (qPCR), desarrollado localmente, utilizando la región no-estructural-5 (NS5), versus dos regiones tradicionalmente empleadas para la detección del virus, la región cápside/pre-membrana (C-prM), y la región noncodificante-3’ (3’NC). Se recolectaron 167 muestras de suero de pacientes en fase aguda de la enfermedad. Las tres regiones génicas tuvieron perfiles de amplificación/coeficientes de correlación similares (0,987-0,999). Sin embargo, la región NS5 tuvo la eficiencia de amplificación más elevada para los cuatro serotipos (98-100%). Durante el proceso de validación, 41,1% (67/167) de las muestras de suero resultaron positivas para DENV al menos por dos de las regiones genómicas empleadas. Los valores de concordancia entre las regiones NS5/C-prM y NS5/3’NC fueron de 56,7% y 97%, respectivamente. La concordancia fue débil entre las regiones NS5/C-prM (k= 0,109; CI 95%), sin embargo, fue moderada entre las regiones NS5/3’NC (k= 0,489; CI 95%). El ensayo de tipificación uniplex en formato NS5/TaqMan® mostró alta sensibilidad (100%) que el protocolo C-prM/SYBRGreen®-I (76%). La validación externa del ensayo mostró una alta sensibilidad (100%), especificidad (78%) y acuerdo alto entre los ensayos utilizados. De acuerdo a los resultados obtenidos, la región NS5 ofrece la mayor opción para la detección y serotipificación del DENV en muestras clínicas.


Subject(s)
Humans , /genetics , Capsid Proteins/genetics , Dengue Virus/genetics , Dengue/virology , Genome, Viral , Real-Time Polymerase Chain Reaction , RNA, Viral/analysis , Viral Nonstructural Proteins/genetics , Antibodies, Viral/blood , Dengue Virus/classification , Dengue Virus/immunology , Dengue Virus/isolation & purification , Dengue/blood , Early Diagnosis , Enzyme-Linked Immunosorbent Assay , Immunoglobulin M/blood , Organic Chemicals , Reproducibility of Results , Real-Time Polymerase Chain Reaction/methods , Sensitivity and Specificity , Serotyping , Taq Polymerase , Virus Cultivation
16.
Acta biol. colomb ; 17(1): 93-102, Jan.-Apr. 2012. ilus, graf, tab
Article in English | LILACS | ID: lil-649941

ABSTRACT

Given their great variability, microsatellites or STRs became the most commonly used genetic markers over the last 15 years. The analysis of these markers requires minimum quantities of DNA, allowing the use of non invasive samples, such as feces or hair. We amplified the microsatellite Ap74 in blood and hair samples in order to analyze the levels of genomic conservation among a wide range of primates including: Lemur catta, Alouatta caraya, Ateles belzebuth, Ateles chamek, Pan troglodytes, Papio sp., and Homo sapiens. In all cases we obtained amplification products that exhibited similar size both in monkeys and human (oscillating between 126 and 176 bp), except in the lemur where the detected fragment presented a size of approximately 1000 bp. The analysis of the nucleotide sequences permitted the evaluation of the molecular modifications experienced during the evolutionary process in primates.


Dado su alta variabilidad, los microsatélites o STR se convirtieron en los marcadores genéticos más ampliamente utilizados en los últimos 15 años. El análisis de estos marcadores requiere una mínima cantidad de ADN, permitiendo el uso de muestras no invasivas, tales como pelos o heces. Con el objetivo de analizar niveles de conservación genómica, amplificamos el microsatélite Ap74 en muestras de pelo y sangre de un amplio rango de primates incluyendo: Lemur catta, Alouatta caraya, Ateles belzebuth, Ateles chamek, Pan troglodytes, Papio sp., y Homo sapiens. En todos los casos obtuvimos productos de amplificación que exhibieron un tamaño similar (oscilando entre 126 y 176 pb), con excepción del lémur, donde el fragmento detectado presentó un tamaño de aproximadamente 1000 pb. El análisis de las secuencias nucleotídicas nos permitió evaluar las modificaciones moleculares ocurridas durante el proceso evolutivo en primates.

17.
Iatreia ; 24(4): 389-401, dic. 2011. graf, ilus
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-619984

ABSTRACT

La familia de protooncogenes MYC (c-Myc, N-Myc y L-Myc) se relaciona con el origen de diversas neoplasias en seres humanos. Estos genes actúan como factores de transcripción y participan en la regulación del ciclo celular, la proliferación y diferenciación celulares, la apoptosis y la inmortalización. Los genes MYC se expresan en diferentes tejidos y responden a diversas señales internas y externas; codifican para la síntesis de factores de transcripción que se unen al ADN para regular la expresión de múltiples genes. El gen más ampliamente estudiado de esta familia es c-Myc, que se expresa en las células con mayor tasa de proliferación. C-Myc se encuentra alterado en un gran número de tumores sólidos, leucemias y linfomas. Las alteraciones de c-Myc encontradas con mayor frecuencia en células cancerosas son las amplificaciones, translocaciones, mutaciones y reordenamientos cromosómicos que involucran el locus de este gen y conducen a que se desregule su expresión en diversas neoplasias humanas. La amplificación de c-Myc es una alteración común en los cánceres de mama, pulmón, ovario y próstata, así como en leucemias y linfomas, mientras que la pérdida de su regulación es común en el cáncer de colon, en tumores ginecológicos y melanoma. En neoplasias con defectos de c-Myc los estudios actuales están dirigidos al desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas.


The family of MYC proto-oncogenes (c-Myc, N-Myc and L-Myc) is related to various types of cancer in humans. These genes act as transcription factors and are involved in cell cycle regulation as well as in the immortalization, apoptosis, proliferation and cell differentiation. They are expressed in different tissues and respond to various internal and external signals. They code for the synthesis of transcription factors that bind to DNA to modulate the expression of different genes. The most widely studied gene in this family is c-Myc, which expresses in cells with higher rate of proliferation. This gene shows alterations in many solid tumors, leukemias, and lymphomas. The most widely found alterations of c-Myc in cancer cells are amplifications, translocations, point mutations, and chromosomal rearrangements that involve its locus and lead to dys-regulation of its expression in different human malignancies. Amplification of c-Myc is frequent in breast, lung, ovarian and prostate cancers, as well as in leukemias and lymphomas. Loss of its regulation is common in colon cancer, gynecological tumors and melanoma. In tumors with c-Myc deffects present studies aim at the development of new therapeutic strategies.


Subject(s)
Humans , Cell Cycle , Transcription Factors , Neoplasms , Proto-Oncogenes
18.
Med. U.P.B ; 30(1): 36-47, ene.-jun. 2011. tab, ilus
Article in Spanish | LILACS, COLNAL | ID: lil-600293

ABSTRACT

Objetivo: exponer las características operativas de las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) y la Amplificación isotérmica mediada por Asas (LAMP) para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar causada por miembros del complejo Mycobacterium tuberculosis. Metodología: revisión sistemática de la literatura científica publicada durante los años 2005 a 2009, de la prueba LAMP comparada con la qPCR para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar. Resultados: los hallazgos muestran sensibilidades de la prueba LAMP que fluctúan entre 94.1% – 100%, comparado con un 85.2% a 86.3% para la prueba qPCR, y unas especificidades entre 94.2 – 100% para LAMP frente a 88.6% – 100% de la qPCR. Conclusiones: estos hallazgos demuestran la importancia de evaluar dicha metodología en nuestra región para mejorar el diagnóstico de esta enfermedad.


Subject(s)
Humans , Polymerase Chain Reaction , Diagnosis , Mycobacterium tuberculosis , Nucleic Acid Amplification Techniques
19.
Invest. clín ; 51(3): 341-349, Sept. 2010. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-574453

ABSTRACT

Las nuevas técnicas de biología molecular, denominadas técnicas de amplificación del ADN genómico “nucleic acid testing” (NAT), permiten la detección de partículas del ADN viral de la hepatitis B, independientemente de la fase de la enfermedad. Estas técnicas aumentan la sensibilidad del tamizaje, así el riesgo de infección mediante transfusiones podría reducirse. Se han evaluado las técnicas NAT para el tamizaje de hepatitis B en donantes de sangre. Se ha realizado una revisión sistemática en las bases Medline y Embase (2000-2008), así como en INAHTA, Cochrane Library y Euroscan con términos MeSH “Hepatitis B”, “Blood Transfusion”, “Blood Donors", y “Nucleic Acid Amplification Techniques”, y la terminología libre “hepatitis b”, “hbv”, “nat”, “nat-hbv” y “nucleic acid amplification testing”. Se incluyeron doce estudios, cuatro de ellos utilizaron PCR de fabricación propia, obteniendo resultados dispares; tres emplearon Procleix® (dos determinaron muestras mediante NAT que fueron HBsAg (-), 0,05 por ciento y 0,013 por ciento y el tercero, con 135 pacientes con terapia anti-VHB y HBsAg (-), obtuvo un 80 por ciento de muestras positivas mediante técnicas NAT). Cuatro trabajos con MPX® registraron porcentajes comprendidos entre 0,083 y 0,0015. En el estudio de pruebas diagnósticas incluido, las dos técnicas resultaron tener la misma sensibilidad. Por ello, se puede afirmar que las dos técnicas NAT poseen buena capacidad de tamizaje de hepatitis B, ofreciendo resultados en sensibilidad similares y podrían constituir un avance significativo en la automatización de los bancos de sangre y aumentar la seguridad de los pacientes que reciben transfusiones.


The new techniques of molecular biology called “nucleic acid testing” (NAT), enable the detection of particles of viral DNA in hepatitis B, regardless of the disease stage. These NAT techniques increase the sensitivity of screening, so the risk of infection through transfusion could be reduced. The aim of the study was to assess NAT techniques for screening hepatitis B in blood donors. We carried out a systematic review in Medline and Embase databases (2000-2008), as well as INAHTA, Cochrane Library and EuroScan. MeSH terms used were “Hepatitis B”, “Blood Transfusion”, “Blood Donors”, and “Nucleic Acid Amplification Techniques”, and free terms as “hepatitis B”, “hbv”, “nat”, “nat-hbv” and “nucleic acid amplification testing”. Twelve studies were included, four of them used self-made PCRs, obtaining mixed results, three used Procleix® (two samples identified by NAT were HBsAg (-), 0.05 percent and 0.013 percent; and the third study with 135 patients who received anti-HBV therapy and had HBsAg (-), showed 80 percent of positive samples by NAT techniques). Four papers about MPX® reported percentages ranging between 0.083 and 0.0015. In the study of diagnostic tests including the two techniques, they showed the same sensitivity. Both NAT techniques, have a good capacity for screening hepatitis B and showed similar results in sensitivity. They may be a significant advance in automation of blood banks and increase the safety of transfused patients.


Subject(s)
Humans , Gene Amplification , Genetic Testing , Hepatitis B , Molecular Biology
20.
Rev. colomb. biotecnol ; 12(1): 64-76, jul. 2010. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-590646

ABSTRACT

La familia Myrtaceae ha evolucionado desde las formas más primitivas en los bosques húmedos y lluviosos hasta formas especializadas en regiones semiáridas, muy secas y altamente influenciadas por los cambios estacionales. Aunque los botánicos han estado describiendo estas especies desde hace 200 años, la clasificación de las mismas no está completamente esclarecida. Las Secuencias Simples Repetidas (SSR), conocidas comúnmente como microsatélites, representan una porción significativa del genoma eucariótico y pueden ser de gran utilidad para estos fines. El objetivo del presente trabajo fue utilizar cebadores SSR, diseñados previamente para guayabo, en la identificación de accesiones y en el estudio de diversidad en Myrtaceae. Para este propósito se emplearon cuatro combinaciones de cebadores SSR siguiendo los protocolos establecidos en la literatura. Se realizó el análisis de los resultados atendiendo a la potencialidad de amplificación cruzada, la detección de diferentes alelos, la utilidad para la identificación de accesiones y el estudio de la diversidad y la determinación de las relaciones existentes entre las especies y cultivares en estudio. El alto nivel de polimorfismo detectado por los microsatélites evaluados, el cual se refleja en los valores de los índices relacionados con el nivel de polimorfismo y la capacidad de discriminación calculados, indica las potencialidades de los SSR para la identificación de accesiones en otros representantes de la familia Myrtaceae. Además, representan una herramienta de gran utilidad para estudios de diversidad en esta familia; así como para la estimación de las relaciones de parentesco entre los genotipos analizados, análisis taxonómico y de filogenia.


Myrtaceae family has evolved from primitive forms in rainy and humid forest to specialized forms in semiarid and very dry regions, highly influenced by seasonal changes. Although botanist have been describing Myrtaceae family species over 200 years, classification is far from be completely clarify. Simple Sequences Repeats (SSR), usually known as microsatellites, represent a significant portion of eukaryotic genome and can be of great utility for these purposes. The objective of the present work was to utilize SSR primers, previously designed in guava, for accessions identification and diversity studies of other Myrtaceae members. For this purpose, four SSR primer combinations were utilized following the protocols established in the literature. The results were analyzed attending to cross amplification potentiality, detection of different alleles, utility for accessions identification and diversity studies and relationships determination between the studied species and cultivars. The high level of polymorphism detected by the evaluated microsatellites, which is reflected in the values of each index related with polymorphism and calculated discriminating capacity, indicates the potentials of SSR for accessions identification in other Myrtaceae family members. Also, represents a great utility tool for diversity studies in this family, as well as for the estimation of parentage relationship between the genotypes investigated and the taxonomic and phylogenetic analysis.


Subject(s)
Psidium/genetics , Psidium/microbiology , Psidium/chemistry , Phylogeny
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