Update on and future perspectives for the diagnosis of alpha-1 antitrypsin deficiency in Brazil / Atualização e perspectivas futuras para o diagnóstico da deficiência de alfa-1 antitripsina no Brasil

ABSTRACT Alpha-1 antitrypsin deficiency (AATD) is a rare genetic disorder caused by a mutation in the SERPINA1 gene, which encodes the protease inhibitor alpha-1 antitrypsin (AAT). Severe AATD predisposes individuals to COPD and liver disease. Early diagnosis is essential for implementing preventive measures and limiting the disease burden. Although national and international guidelines for the diagnosis and management of AATD have been available for 20 years, more than 85% of cases go undiagnosed and therefore untreated. In Brazil, reasons for the underdiagnosis of AATD include a lack of awareness of the condition among physicians, a racially diverse population, serum AAT levels being assessed in a limited number of individuals, and lack of convenient diagnostic tools. The diagnosis of AATD is based on laboratory test results. The standard diagnostic approach involves the assessment of serum AAT levels, followed by phenotyping, genotyping, gene sequencing, or combinations of those, to detect the specific mutation. Over the past 10 years, new techniques have been developed, offering a rapid, minimally invasive, reliable alternative to traditional testing methods. One such test available in Brazil is the A1AT Genotyping Test, which simultaneously analyzes the 14 most prevalent AATD mutations, using DNA extracted from a buccal swab or dried blood spot. Such advances may contribute to overcoming the problem of underdiagnosis in Brazil and elsewhere, as well as being likely to increase the rate detection of AATD and therefore mitigate the harmful effects of delayed diagnosis.

RESUMO A deficiência de alfa-1 antitripsina (DAAT) é um distúrbio genético raro causado por uma mutação no gene SERPINA1, que codifica o inibidor de protease alfa-1 antitripsina (AAT). A DAAT predispõe os indivíduos a DPOC e doença hepática. O diagnóstico precoce é essencial para a implementação de medidas preventivas e para limitar a carga da doença. Embora diretrizes nacionais e internacionais para o diagnóstico e manejo da DAAT estejam disponíveis há 20 anos, mais de 85% dos casos não são diagnosticados e, portanto, não são tratados. No Brasil, os motivos para o subdiagnóstico da DAAT incluem o desconhecimento dos médicos sobre a condição, a diversidade racial da população, o fato de os níveis séricos de AAT serem avaliados em um número limitado de indivíduos e a falta de ferramentas diagnósticas convenientes. O diagnóstico da DAAT baseia-se em resultados de exames laboratoriais. A abordagem diagnóstica padrão envolve a avaliação dos níveis séricos de AAT, seguida de fenotipagem, genotipagem, sequenciamento gênico ou suas combinações para detecção da mutação específica. Nos últimos 10 anos, novas técnicas foram desenvolvidas, oferecendo uma alternativa rápida, minimamente invasiva e confiável aos métodos tradicionais de teste. Um desses testes disponíveis no Brasil é o teste de genotipagem A1AT, que analisa simultaneamente as 14 mutações mais prevalentes da DAAT usando DNA extraído de swab bucal ou de sangue em papel-filtro. Esses avanços podem contribuir para a superação do problema do subdiagnóstico no Brasil e em outros países, bem como podem aumentar a taxa de detecção da DAAT e, portanto, mitigar os malefícios do diagnóstico tardio.

Nontuberculous mycobacteria in patients with suspected tuberculosis and the genetic diversity of Mycobacterium avium in the extreme south of Brazil / Micobactérias não tuberculosas em pacientes com suspeita de tuberculose e a diversidade genética de Mycobacterium avium no extremo sul do Brasil

ABSTRACT Objective: Nontuberculous mycobacteria (NTM) are a heterogeneous group of bacteria that are widely distributed in nature and associated with opportunistic infections in humans. The aims of this study were to identify NTM in patients with suspected tuberculosis who presented positive cultures and to evaluate the genetic diversity of strains identified as Mycobacterium avium. Methods: We studied pulmonary and extrapulmonary samples obtained from 1,248 patients. The samples that tested positive on culture and negative for the M. tuberculosis complex by molecular identification techniques were evaluated by detection of the hsp65 and rpoB genes and sequencing of conserved fragments of these genes. All strains identified as M. avium were genotyped using the eight-locus mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat method. Results: We found that NTM accounted for 25 (7.5%) of the 332 mycobacteria isolated. Of those 25, 18 (72%) were M. avium, 5 (20%) were M. abscessus, 1 (4%) was M. gastri, and 1 (4%) was M. kansasii. The 18 M. avium strains showed high diversity, only two strains being genetically related. Conclusions: These results highlight the need to consider the investigation of NTM in patients with suspected active tuberculosis who present with positive cultures, as well as to evaluate the genetic diversity of M. avium strains.

RESUMO Objetivo: As micobactérias não tuberculosas (MNT) são um grupo heterogêneo de bactérias amplamente distribuídas na natureza e relacionadas com infecções oportunistas em seres humanos. Os objetivos deste estudo foram identificar MNT em pacientes com suspeita de tuberculose e culturas positivas e avaliar a diversidade genética de cepas identificadas como Mycobacterium avium. Métodos: Foram estudadas amostras pulmonares e extrapulmonares provenientes de 1.248 pacientes. As amostras que apresentaram resultado positivo em cultura e negativo para o complexo M. tuberculosis na identificação molecular foram avaliadas por meio da detecção dos genes hsp65 e rpoB e de sequenciamento de fragmentos conservados desses genes. Todas as cepas identificadas como M. avium foram genotipadas pelo método mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat com oito loci. Resultados: Das 332 micobactérias isoladas, 25 (7,5%) eram MNT. Dessas 25, 18 (72%) eram M. avium, 5 (20%) eram M. abscessus, 1 (4%) era M. gastri e 1 (4%) era M. kansasii. As 18 cepas de M. avium apresentaram alta diversidade, e apenas duas eram geneticamente relacionadas. Conclusões: Esses resultados mostram a necessidade de considerar a investigação de MNT em pacientes com suspeita de tuberculose ativa e culturas positivas e de avaliar a diversidade genética de cepas de M. avium.

Retinal dystrophies and variants in PRPH2 / Distrofias retinianas e variantes em PRPH2

ABSTRACT - This report presents three patients diagnosed with macular dystrophies with variants in PRPH2. Peripherin-2, the protein of this gene, is important in the morphogenesis and stabilization of the photoreceptor outer segment. Peripherin-2 deficiencies cause cellular apoptosis. Moreover, pathogenic variants in PRPH2 are associated with various diseases, such as pattern, butterfly-shaped pattern, central areolar, adult-onset vitelliform macular, and cone-rod dystrophies as well as retinitis pigmentosa, retinitis punctata albescens, Leber congenital amaurosis, fundus flavimaculatus, and Stargardt disease.

RESUMO - Este relato apresenta três pacientes com diagnóstico de distrofias maculares com mutações no PRPH2. Periferina 2, a proteína deste gene, é importante na morfogênese e estabilização do segmento externo dos fotorreceptores. Deficiências de periferina 2 causam apoptose celular. Além disso, variantes patogênicas no PRPH2 estão relacionadas a diferentes doenças, como distrofia padrão, distrofia padrão em asa de borboleta, distrofia central areolar, distrofia viteliforme do adulto, retinose pigmentar, distrofia de cones e bastonetes, retinite punctata albscens, amaurose congênita de Leber, fundus flavimaculatus e doença de Stargardt.

Cost effectiveness analysis of plasma genotyping versus tumor genotyping in detection of advanced non-small-cell lung cancer with epidermal growth factor receptor and T790M mutation under the Brazilian private healthcare system perspective / Custo-efetividade do uso da biópsia líquida versus biópsia tecidual para detecção de câncer de pulmão de não pequenas células avançado com receptor do fator de crescimento epidérmico e mutação T790M sob a perspectiva do sistema suplementar de saúde do Brasil

Objective: Comparing the costs and effectiveness of plasma genotyping versus tumor genotyping for detecting the T790M mutation in advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) with a mutation in the epidermal growth factor receptor (EGFR) and that progressed after use of an EGFR tyrosine kinase inhibitor (EGFR-TKI), from the perspective of the private healthcare system in Brazil. Methods: Patients with a post-EGFR-TKI T790M mutation are eligible for a second-line treatment with a third-generation EGFR-TKI (osimertinib). In order to estimate the costs associated with the diagnosis method for the T790M mutation, a decision tree model has been used. Resource use was estimated by a team of experts, and the direct costs were estimated based on official databases. Results: Plasma genotyping provided a R$391 reduction per patient, due to the reduced cost with complications; it prevented 40.96% of the patients from undergoing an invasive procedure and 31.91% of the patients from having any kind of complication. Conclusion: Data found support a new paradigm for treating the resistance to EGFR-TKIs, with plasma genotyping as the first diagnostic choice, what can help to define the treatment and to reduce the costs of Brazilian private healthcare system.

Objetivo: Comparar os custos e efetividade da biópsia líquida versus biópsia tecidual para detecção da mutação T790M no câncer de pulmão de não pequenas células (CPNPC) avançado com mutação no receptor do fator de crescimento epidérmico (EGFR) e que progrediram após o uso de um inibidor do sítio da tirosina cinase associada ao EGFR (EGFR-TKI), sob a perspectiva do sistema suplementar de saúde do Brasil. Métodos: Pacientes com mutação EGFR-T790M pós-EGFR-TKI são elegíveis ao tratamento de segunda linha com um EGFR-TKI de terceira geração (osimertinibe). Para a estimativa dos custos relacionados ao método de diagnóstico de mutação T790M, foi elaborado um modelo de árvore de decisão. A utilização de recursos foi estimada por painel de especialistas e os custos diretos foram estimados utilizando-se bases de dados oficiais. Resultados: A biópsia líquida proporcionou redução de R$ 391 por paciente, devido a uma redução no custo com complicações; evitou que 40,96% dos pacientes passassem por um procedimento invasivo e que 31,95% dos pacientes tivessem algum tipo de complicação. Conclusão: Os dados observados embasam um novo paradigma para o manejo da resistência aos EGFR-TKIs, com genotipagem pelo plasma como primeira opção diagnóstica, o que pode auxiliar na melhor definição do tratamento e reduzir custos ao sistema de saúde suplementar brasileiro.

Comparison of DNA extraction using proteinase K and extraction kit: analysis of the quality of the genetic material / Comparação da extração de DNA utilizando proteinase K e kit de extração: análise da qualidade do material genético

ABSTRACT INTRODUCTION: Deoxyribonucleic acid (DNA) is the raw material for genetic studies, and therefore laboratory techniques are developed to obtain it with appropriate concentration and integrity. OBJECTIVE: To compare two methods of DNA extraction regarding sample concentration and integrity. METHODS: DNA was extracted from the tail end (2 mm long) of mice, stored at -20ºC. The proteinase K method (PKM) and the Kappa Express Extract® kit were used for extraction. The concentrations and ratios 260/280 and 260/230 were determined by spectrophotometry. DNA integrity was checked on 2% agarose gel with ethidium bromide. For the final test of the extracted samples, a multiplex polymerase chain reaction (PCR) was performed, with primers for the Large gene. RESULTS: Samples extracted by the PKM presented mean concentration value of 59.4 ± 18.5 ng/µl (260/280 = 1.74 ± 0.04 and 260/230 + 1.85 ± 0.14) and the samples extracted by the commercial kit presented mean concentration value of 178.8 ± 42.0 ng/µl (260/280 = 1.09 ± 0.04 and 260/230 = 0.62 ± 0.66). PCR amplified the Large gene in the DNA extracted, regardless of the methodology used. CONCLUSION: Both methodologies studied can be used, and the PKM is cheap but a time-consuming method, while the commercial kit is more expensive, however DNA extraction is faster.

RESUMO INTRODUÇÃO: O ácido desoxirribonucleico (DNA) é a matéria-prima para os estudos genéticos, por isso são desenvolvidas técnicas laboratoriais para sua obtenção, com concentração e integridades adequadas. OBJETIVO: Comparar dois métodos de extração de DNA em relação à concentração e à integridade da amostra. MÉTODOS: O DNA foi extraído da extremidade das caudas (2 mm de comprimento) de camundongos, as quais foram estocadas a -20ºC. Utilizou-se a metodologia de extração com proteinase K (MPK) e o kit Kappa Express Extract®. As concentrações e as relações 260/280 e 260/230 foram determinadas por espectrofotometria. A integridade do DNA foi verificada em gel de agarose a 2%, com brometo de etídeo. Para o teste final das amostras extraídas, realizou-se reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, com primers para o gene Large. RESULTADOS: As amostras extraídas pela MPK apresentaram concentração média de 59,4 ± 18,5 ng/µl (260/280 = 1,74 ± 0,04 e 260/230 + 1,85 ± 0,14) e as extraídas pelo kit comercial, concentração média de 178,8 ± 42 ng/µl (260/280 = 1,09 ± 0,04 e 260/230 = 0,62 ± 0,66). A PCR amplificou o gene Large no DNA extraído, independente da metodologia utilizada. CONCLUSÃO: As metodologias estudadas podem ser utilizadas, sendo a MPK uma metodologia barata, porém demorada, enquanto o kit comercial é mais oneroso, contudo a extração do DNA é célere.

Prevalência de genótipos predisponentes para doença celíaca, incluindo HLA-DQ2. 2, em crianças brasileiras / Prevalence of celiac disease predisposing genotypes, including hla-dq2. 2 variant, in brazilian children

ABSTRACT BACKGROUND: Celiac disease is an autoimmune enteropathy triggered by the ingestion of gluten in genetically susceptible individuals. Almost all celiac patients carry immune recognition genes coding for HLA-DQ2.5 and DQ8 heterodimers. Over the last few years, great importance has been given to HLA-DQ2.2 as probable predisposing variant, although controversies still exist regarding its relevance. OBJECTIVE: The aim of our study was to determine the possible existence of an association between HLA-DQ2.2 and celiac disease in Brazilian children by analyzing the prevalence of the predisposing variants for celiac disease in a representative group of children of a population in which this determination is still missing. METHODS: HLA-DQ typing was performed in samples from a group of celiac (n=100) and non-celiac children (n=110). All samples were tested for the presence of the following variants: DQA1*05-DQB1*02 (DQ2.5), DQA1*03-DQB1*03:02 (DQ8) and DQA1*02:01-DQB1*02:02 (DQ2.2). Fisher`s exact test was used for statistical analysis. RESULTS: In the group of 100 celiac children, 78 (78%) were positive for DQ2, 13 (13 %) were DQ2/DQ8 and 6 (6%) were DQ8 positives. The HLA-DQ pattern in the 110 non-celiac children was as follows: positive for DQ2 in 33 (29.9%) samples, in 2 (1.8 %) was positive for DQ2/DQ8 and in 15 (13.6%) was positive for DQ8. We found significant differences between the distribution of some but not all of the analyzed alleles when comparing celiac and non-celiac children. CONCLUSION: The genotyping of celiac disease HLA-DQ predisposing alleles showed similarities with HLA-DQ patterns found in both European and non-European populations, which may be a reflection of the miscegenation, which gave origin to the current Brazilian population. No significant association was found between DQ2.2 variant and celiac disease in the studied population.

RESUMO CONTEXTO: A doença celíaca é uma enteropatia autoimune, desencadeada pela ingestão do glúten em indivíduos geneticamente predispostos. Quase todos os pacientes celíacos possuem genes que codificam os heterodímeros HLA-DQ2.5 e DQ8. Nos últimos anos, mesmo com algumas controvérsias a respeito, tem se dado grande importância ao HLA-DQ2.2 como outra provável variante predisponente para doença celíaca. OBJETIVO: O objetivo do nosso trabalho foi determinar a provável associação entre HLA-DQ2.2 e a doença celíaca em crianças brasileiras, mediante a análise da prevalência das variantes predisponentes para doença celíaca em um grupo representativo desta população que ainda carece de dita informação. MÉTODOS: A genotipagem das variantes HLA-DQ foi realizada em populações de crianças celíacas (n=100) e não celíacas (n=110). A presença das seguintes variantes foi testada em todas as amostras: DQA1*05-DQB1*02 (DQ2.5), DQA1*03-DQB1*03:02 (DQ8) e DQA1*02:01-DQB1*02:02 (DQ2.2). A análise estatística foi realizada utilizando o teste exato de Fisher. RESULTADOS: No grupo de 100 crianças celíacas, 78 (78%) foram positivas para DQ2, 13 (13%) para DQ2/DQ8 e 6 (6%) foram DQ8 positivas. O padrão de variantes predisponentes no grupo de 110 crianças não celíacas foi: 33 (29.9%) amostras positivas para DQ2, 2 (1.8%) DQ2/DQ8 positivas e 15 (13.6%) DQ8 positivas. Quando as prevalências de ambos grupos foram compradas, foram achadas diferenças significativas entre algumas, mas não todas as variantes predisponentes. CONCLUSÃO: A genotipagem das variantes HLA-DQ predisponentes para doença celíaca mostrou um padrão similar ao achado em populações europeias e não-europeias, o qual pode ser resultado da miscigenação que deu origem à população brasileira atual. Nosso trabalho não mostrou associação significativa entre a variante DQ2.2 e a doença celíaca na população estudada.

Group A rotavirus gastroenteritis: post-vaccine era, genotypes and zoonotic transmission / Gastroenterite por rotavírus do grupo A: era pós-vacinal, genótipos e transmissão zoonótica

ABSTRACT This article provides a review of immunity, diagnosis, and clinical aspects of rotavirus disease. It also informs about the changes in epidemiology of diarrheal disease and genetic diversity of circulating group A rotavirus strains following the introduction of vaccines. Group A rotavirus is the major pathogen causing gastroenteritis in animals. Its segmented RNA genome can lead to the emergence of new or unusual strains in human populations via interspecies transmission and/or reassortment events.

RESUMO Este artigo fornece uma revisão sobre imunidade, diagnóstico e aspectos clínicos da doença causada por rotavírus. Também aponta as principais mudanças no perfil epidemiológico da doença diarreica e na diversidade genética das cepas circulantes de rotavírus do grupo A, após a introdução vacinal. O rotavírus do grupo A é o principal patógeno associado à gastroenterite em animais. Seu genoma RNA segmentado pode levar ao surgimento de cepas novas ou incomuns na população humana, por meio de transmissão entre espécies e eventos de rearranjo.

Prevalência dos tipos de Papilomavírus Humano em mulheres atendidas em um Hospital Universitário no Sul do Brasil / Prevalence of Human Papillomavirus types in women attending at University hospital in southern Brazil

Determinar a prevalência e os genótipos do HPV em mulheres atendidas em um Hospital Universitário no Sul do Brasil. Metodologia: Foram coletadas amostras de secreções cérvico-vaginal de 200 mulheres. O HPV foi detectado pela Reação em Cadeia da Polimerase aninhada e os genótipos por sequenciamento. As variáveis foram analisadas pelo Teste Exato de Fisher e pelo Chi-quadrado de Pearson com o nível de significância < 5%. A força de associação foi calculada pela razão de prevalência e os seus intervalos de confiança a 95%. A análise Multivariada foi calculada pela Regressão Logística Binária para as variáveis com P <0,20. Resultados:O DNA do HPV foi detectado em 55 mulheres (27,5%). A prevalência do HPV foi associada a baixa renda(P =0,01), o início sexual precoce (P <0,001), a gestação (P = 0, 002), a infecção pelo HIV–1 (P = 0,001) e a coilocitose no exame citopatológico (P =0,006). Houve associação entre o status sorológico para o HIV–1 e os genótipos HPV–33 (P =0,001) e HPV–68 (P <0,001). Na análise multivariada, a prevalência do HPV foi associada ao início sexual precoce (P =0,001), a infecção pelo HIV–1 (P =0,01),a gestação (P =0,02) e a coilocitose no citopatológico (P =0,01). Sobre os genótipos, 90,4% eram de alto risco oncogênico (18 HPV–18, 14 HPV–16, quatro HPV–53, três HPV–31, dois HPV–58, dois HPV–59,dois HPV–68, um HPV–33 e um HPV–52) e 9,6% de baixo risco (dois HPV–11, dois HPV–16 e um HPV–70). Conclusões: Esse estudo teve a prevalência do HPV semelhante à prevalência descrita para esta região. Os genótipos do HPV de alto risco foram os mais prevalentes, sendo o HPV–18 o principal tipo viral encontrado...

Study design: cross-sectional. Objective: To determine the HPV prevalence and genotypes in women treated at University Hospital in southern Brazil. Methodology: Cervical cells samples from 200 women were collected. HPV was detected by nested polymerase chain reaction and genotypes were determined by sequencing. Variables were analyzed by the Fisher Exact Test and Chi-squared test of Pearson (X²)with a significance level of ≤ 5%. The strength of association was calculated by the prevalence ratio, with their confidence intervals at 95%. Multivariate analysis was calculated by Binary Logistic Regression for variables with P <0.20 Results: HPV DNA was detected in 55 women (27.5%). HPV prevalence was associate with income (P =0.01), early initiation of sexual life (P <0.001), pregnant (P = 0. 002), HIV-1 infection (P = 0. 001) and koilocytosis presence in cytological test (P =0.006). Were found an association between serological status for HIV-1 and the genotypes HPV–33 (P =0.001) and HPV–68 (P <0.001).Multivariate analysis showed that HPV prevalence was associated with patients who had early initiation of sexual life (P =0.001), was infected by HIV–1 (P = 0.01), was pregnant (P = 0.02), and women with koilocytosis in cytological test (P =0.01). Genotypes were 90.4% higher-risk oncogenic (18 HPV–18, 14HPV–16, four HPV–53, three HPV–31, two HPV–58, two HPV–59, two HPV–68, one HPV–33 and one HPV–52) and 9.6% low-risk (two HPV–11, two HPV–16 and one HPV–70). Conclusions: This study had the HPV prevalence similar to prevalence described in this region. The high-risk HPV genotypes were the most prevalent, being HPV–18 the main viral type found...

Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a genotipagem dos vírus dengue, zika, chinkungunya e febre amarela / Development of bioinformatics tools for the genotyping of dengue, zika, chinkungunya and yellow fever virus

INTRODUÇÃO: Os Arbovírus transmitidos por mosquitos, como Dengue (DENV),Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) e Febre Amarela (YFV), são considerados importantes desafios para a saúde pública. Além do cenário causado pelo DENV, responsável por epidemias há décadas e endêmico em quase todo o país, a introdução do CHIKV e do ZIKV no Brasil traz grande preocupação. Os Arbovírus são transmitidos por mosquitos do gênero Aedes,particularmente Ae. aegypti e suas doenças relacionadas resultam em aumento dos custos financeiros associados ao diagnóstico e ao tratamento. MATERIAIS E MÉTODOS: Para facilitar o diagnóstico e o desenvolvimento de estratégias de prevenção e tratamento de forma eficiente, foram desenvolvidas ferramentas de bioinformática capazes de genotipar esses vírus baseando-se em modelos evolutivos apropriados de forma automática, precisa e rápida. Nesta plataforma, sequências destes arbovírus são selecionadas no Genbank por meio de um Sistema Configurável Automático de Mineração (SCAM), para obter um conjunto eficiente de sequências referências que foram utilizadas no desenvolvimento das ferramentas.RESULTADOS: Este processo envolveu o alinhamento das sequências referências seguidas por reconstruções de árvores filogenéticas. Para atribuir os genótipos às sequências dos usuários, a ferramenta analisa as sequências uma a uma, através da identificação pelo programa BLAST, seguido pelo alinhamento com o programa ClustalW e posteriormente com a reconstrução filogenética utilizando o programa PAUP*. A classificação genotípica ocorre quando as sequencias do usuário se agrupam filogeneticamente com o bootstrap igual ou superior a 70%. CONCLUSÃO: Essas novas ferramentas de genotipagem automáticas fornecem uma classificação precisa para esses arbovírus mesmo quando as sequências do usuário são oriundas de tecnologias de última geração (NGS), lendo, portanto, fragmentos curtos.

INTRODUCION: Mosquito-borne Arboviruses such as Dengue (DENV), Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) and Yellow Fever (YFV) are considered major public health challenges. In addition to the scenario caused by DENV, which has been responsible for epidemics for decades and endemic throughout most of the country, the introduction of CHIKV and ZIKV in Brazil is a major concern. Arboviruses are transmitted by mosquitoes of the genus Aedes, particularly Ae. Aegypti and its related diseases result in increased financial costs associated with diagnosis and treatment. MATERIAL AND METHODS: To facilitate the diagnosis, prevention and treatment strategies efficiently, bioinformatics tools have been developed for the genotyping of these viruses based on appropriate evolutionary models in na automatically, accurately and rapidly manner. In this platform, sequences of these arboviruses are selected in Genbank by means of an Automatic Mining Configurable System (SCAM), to obtain an efficient set of reference sequences that were used in the development of the tools. RESULT: This process involved the alignment of the reference sequences followed by phylogenetic tree reconstructions. To assign the genotypes to the user sequences, the tool analyzes the sequences one by one, through identification by the BLAST program, followed by the alignment with the ClustalW program and later with the phylogenetic reconstruction using the PAUP* program. The genotypic classification occurs when the user sequences are grouped phylogenetically with the bootstrap equal to or greater than 70%. CONCLUSION: These new automatic genotyping tools provide an accurate classification for these arboviruses even when the user sequences are derived from next-generation technologies (NGS), thus reading short fragments.

PREVALENCE OF THE HEPATITIS C VIRUS AMONG UNIVERSITY EMPLOYEES IN SÃO PAULO, SOUTHEASTERN BRAZIL: predictive factors and geoprocessing spatial analysis / Prevalência do vírus da hepatite C em funcionários universitários do Estado de São Paulo, Brasil: fatores preditivos e análise espacial por geoprocessamento

Background There are limited studies on the prevalence and risk factors associated with hepatitis C virus (HCV) infection. Objective Identify the prevalence and risk factors for HCV infection in university employees of the state of São Paulo, Brazil. Methods Digital serological tests for anti-HCV have been performed in 3153 volunteers. For the application of digital testing was necessary to withdraw a drop of blood through a needlestick. The positive cases were performed for genotyping and RNA. Chi-square and Fisher’s exact test were used, with P-value <0.05 indicating statistical significance. Univariate and multivariate logistic regression were also used. Results Prevalence of anti-HCV was 0.7%. The risk factors associated with HCV infection were: age >40 years, blood transfusion, injectable drugs, inhalable drugs (InDU), injectable Gluconergam®, glass syringes, tattoos, hemodialysis and sexual promiscuity. Age (P=0.01, OR 5.6, CI 1.4 to 22.8), InDU (P<0.0001, OR=96.8, CI 24.1 to 388.2), Gluconergam® (P=0.0009, OR=44.4, CI 4.7 to 412.7) and hemodialysis (P=0.0004, OR=90.1, CI 7.5 – 407.1) were independent predictors. Spatial analysis of the prevalence with socioeconomic indices, Gross Domestic Product and Human Development Index by the geoprocessing technique showed no positive correlation. Conclusions The prevalence of HCV infection was 0.7%. The independent risk factors for HCV infection were age, InDU, Gluconergan® and hemodialysis. There was no spatial correlation of HCV prevalence with local economic factors. .

Contexto Existem escassos estudos sobre a prevalência e fatores de risco associados à infecção pelo vírus da hepatite C. Objetivos Identificar a prevalência e os fatores de risco para a infecção pelo vírus da hepatite C em funcionários de uma Universidade do Estado de São Paulo, Brasil. Métodos Testes sorológicos digitais para anti vírus da hepatite C foram realizados em 3.153 voluntários. Para a aplicação do teste digital foi necessário retirar uma gota de sangue através de uma picada de agulha. Nos casos positivos foram realizados genotipagem e RNA. Os testes Qui-quadrado e exato de Fisher foram utilizados, com valor de P<0,05 sendo considerado como estatisticamente significante. Regressão logística univariada e multivariada também foram aplicadas. Resultados A prevalência de anti vírus da hepatite C foi de 0,7%. Os fatores de risco associados com a infecção pelo vírus da hepatite C foram idade >40 anos, transfusão de sangue, uso de drogas injetáveis, uso de drogas inalatórias, Gluconergam® injetável, uso de seringas de vidro, tatuagens, hemodiálise e promiscuidade sexual. Idade (P=0,01, OR 5,6, IC 1,4-22,8), uso de drogas inalatórias (P<0,0001, OR=96,8, IC 24,1-388,2), Gluconergam® injetável (P=0,0009, OR=44,4, IC 4,7-412,7) e hemodiálise (P=0,0004, OR=90,1, IC 7,5-407,1) foram preditores independentes. A análise espacial da prevalência com índices socioeconômicos, produto interno bruto e índice de desenvolvimento humano, por meio da técnica de geoprocessamento, não mostrou correlação positiva. Conclusões A prevalência da infecção pelo vírus da hepatite C foi de 0,7%. Os fatores de risco independentes para a infecção pelo vírus da hepatite C foram idade, uso de drogas inalatórias, Gluconergan® injetável e hemodiálise. Não houve correlação espacial da prevalência de vírus da hepatite C com fatores econômicos locais. .

Caracterização genotípica de isolados de Leishmania obtidos de hospedeiros portadores de leishmaniose tegumentar americana / Genotipic characterization of Leishmania isolated obtained from patients hosts of cutaneous leishmaniasis

As leishmanioses constituem um grupo de zoonoses causadas por protozoários do gênero Leishmania. Causam variadas manifestações clínicas e são de grande importância epidemiológica. Constituem um sério problema de saúde pública mundial e estão entre as sete prioridades da Organização Mundial de Saúde. Nas Américas, Leishmania (Viannia) braziliensis é a espécie mais prevalente na forma tegumentar da doença, com diferentes formas clínicas. No Brasil, a leishmaniose tegumentar americana (LTA) é uma doença com diversidade de agentes, reservatórios e vetores, apresentando diferentes padrões de transmissão. Considerável variabilidade genética encontrada nestes parasitas explicaria as adaptações nos diferentes ambientes geográficos. A relevância do quadro sintomatológico e a possível influência genotípica são fatores que devem ser estudados, pois podem contribuir para a melhoria no diagnóstico, tratamento, prognostico e no desenvolvimento de ações epidemiológicas. O objetivo deste estudo foi de analisar a variabilidade genética de isolados de L. (V.) braziliensis isoladas de amostras clínicas de diferentes regiões do Estado de São Paulo. Foram analisadas 132 amostras de origem humana e canina de casos confirmados por diagnóstico molecular de LTA por L.(V.) braziliensis distribuídas em 36 municípios. As amostras foram ensaiadas por duas metodologias de genotipagem: a PCR-LSSP e a PCR-RFLP. DNA de dezenove amostras foram amplificados e genotipados pela PCR-LSSP. Os resultados mostraram que os isolados apresentaram características genéticas distintas. A seguir, amostras de DNA de cinquenta e duas amostras foram amplificadas e genotipadas pela PCR-RFLP, onde se revelaram nove padrões genéticos distintos. Esses resultados sugerem que no Estado de São Paulo circulam isolados de L. (V.) braziliensis polimórficos. Estes dados corroboram com estudos em outras regiões do Brasil, que mostram uma grande variabilidade destas populações naturais de focos endêmicos.

The leishmaniases are a group of zoonoses caused by protozoa of the genus Leishmania, presenting with various clinical manifestations and having a wide epidemiological diversity. They are a serious public health problem worldwide and are among the seven priorities of the World Health Organization. In the Americas, Leishmania (Viannia) braziliensis is the most prevalent species of the cutaneous form of the disease, causing different clinical forms. In Brazil, American cutaneous leishmaniasis (ACL) has a wide variety of agents, reservoirs and vectors, with different transmission patterns. Considerable genetic variability found in these parasites could explain the adaptations to different geographical environments. The significance of symptomatology and possible genotypic influence are factors that must be studied as they can contribute to improving diagnosis, treatment, prognosis and development of epidemiological surveillance measures. The objective of this study was to analyze the genetic variability of isolated of L. (V.) braziliensis isolated from clinical samples from different regions of São Paulo.We analyzed 132 samples of human and canine cases of confirmed ACL by molecular diagnosis by L. (V) braziliensis distributed in 36 municipalities. The samples were tested by two genotyping methods: LSSP-PCR and PCR-RFLP. DNA of nineteen samples was amplified and genotyped by PCRLSSP. The results showed high levels of polymorphism. Next, the fifty-two DNA samples were amplified and genotyped by PCR-RFLP and produced 9 distinct genetic patterns. These results suggest that polymorphic L. (V.) braziliensis isolates have been circulating in the state of São Paulo. These data corroborate studies in other regions of Brazil that show a great variability of these natural populations in endemic areas.

Análise da suscetibilidade ao câncer colorretal em indivíduos brasileiros por genotipagem de polimorfismos de nucleotídeo único conhecidos / Analysis of the susceptibility to colorectal cancer in Brazilian Individuals through genotyping known single nucleotide polymorphisms

O câncer colorretal (CCR) é um dos cânceres mais prevalentes no mundo, o terceiro mais comum em homens e o segundo em mulheres, sendo a quarta maior causa de mortes por câncer. As taxas de incidência do CCR vêm aumentando nos países em desenvolvimento, como o Brasil, representando a terceira neoplasia maligna mais frequente em ambos os sexos. Suas causas são multifatoriais e interdependentes, com fatores de risco genéticos e ambientais, sendo a história familial um dos principais componentes. A herdabilidade do CCR é de aproximadamente 35%, sendo que as síndromes hereditárias respondem por até 6% dos casos. Recentemente, estudos de associação em larga escala genômica (GWAS) vêm demonstrando que parte do risco genético se deve a variantes comuns de baixa penetrância, como os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). Até o momento, GWAS em populações de ancestralidade europeia identificaram cerca de 20 SNPs que, individualmente, conferem pouco efeito no aumento do risco do CCR mas, conjuntamente, respondem por grande parte do risco populacional. Estudos replicativos em populações não-europeias têm obtido pouco poder para detectar associações significativas. Diante disso, os objetivos do presente estudo foram: identificar dez SNPs descritos em populações europeias em indivíduos da população brasileira; calcular as frequências alélica e genotípica dos dez SNPs nos casos e controles; determinar a magnitude do efeito dos alelos sobre o risco de CCR e correlacionar os alelos de risco com as características clínico-patológicas e a história familial. Foram incluídos 1.467 indivíduos (727 casos e 740 controles) que, após assinatura do TCLE, coletaram sangue para a amplificação do DNA e genotipagem dos SNPs na plataforma de qPCR 7900HT com ensaios TaqMan e análise com o software SDS2.3. A taxa global de genotipagem foi maior do que 95% e não houve desequilíbrio de Hardy-Weinberg entre os casos e controles. 51% dos casos eram do sexo masculino...

Colorectal cancer (CRC) is one of the most prevalent cancers worldwide, the third most common cancer in men and the second one in women, and the fourth leading cause of all cancer deaths. CRC incidence rates have been increasing specially in developing countries, such as Brazil, where is the third most frequent cancer in both genders. Etiology of CRC is multifactorial, both environmental and genetic risk factors interacting with each other, of whom family history plays a special role. CRC heritability is about 35% and Mendelian syndromes respond for 6% of the cases. Recently, genome-wide association studies (GWAS) have showed that part of the risk is due to common low penetrant variants, such as single nucleotide polymorphisms (SNPs). Approximately 20 SNPs have been discovered through GWAS from European-descent populations, each one with modest size effects on the CRC risk, but collectively, make great part of populational risk. Non-European replication studies have not acheived enough power to detect significant association. Thus, the aims of the present study were: (1) to identify ten SNPs previously detected in European populations in the Brazilian population; (2) to calculate allelic and genotypic frequencies of the ten SNPs in cases and controls; (3) to detect effect sizes of the risk alleles and (4) correlate risk with clinical pathological characteristics and family history. 1,467 individuals (727 cases and 740 controls) were included, who signed consent forms to get their blood drawn for DNA amplification and SNP genotyping through qPCR in 7900HT plataform with TaqMan assays and analysis with SDS2.3 software. The overall genotyping rate was above 95% and there was no deviation from Hardy-Weinberg equilibrium among cases and controls...