Resistencia transmitida de VIH-1 en pacientes sin exposición a tratamiento antirretroviral: Guatemala / Transmitted HIV-1 resistance in patients without exposure to antiretroviral treatment: Guatemala / Resistência transmitida ao HIV-1 em pacientes sem exposição ao tratamento antirretroviral: Guatemala

El objetivo del estudio fue describir los niveles de resistencia transmitida de VIH-1 en adultos atendidos en Unidades de Atención Integral de Guatemala. El estudio incluyó registros de 185 pacientes adultos VIH-1 positivo, de reciente diagnóstico sin antecedente de uso de TAR, de noviembre del 2019 a noviembre del 2020. El análisis se realizó en el software DeepChek® v2.0, para la clasificación de la resistencia se siguió el algoritmo de Stanford HIVdb (v9.4 - 07/12/2022). Se encontró 18.4% (IC 95% 13.1 - 24.7%) de resistencia general a alguna familia de ARVs. Se evidenció 15.1% (IC 95% 10.3 - 21.1%) de resistencia individual a la familia de INNTR afectando principalmente a NVP y EFV; 2.2% (IC 95% 0.6 - 5.4%) de resistencia a INTR, mayormente a FTC/3TC; y 2.7% (IC 95% 0.9 - 6.2%) de resistencia intermedia y baja los IP NFV y LPV/r. Tres casos presentaron resistencia múltiple a los INTR + INNTR. Las mutaciones más frecuentemente encontradas fueron K103N (41.2%), M184V/I (8.8%) y M46I (5.9%). La elevada resistencia transmitida del VIH-1 en pacientes atendidos en distintas Unidades de Atención Integral del VIH, demuestra la importancia de analizar periódicamente la tendencia de la resistencia en personas que no han estado expuestas a ARVs, lo cual a su vez es un marcador indirecto de presencia de resistencia adquirida en el país, datos que evidencian la necesidad de acciones e intervenciones prontas y efectivas dado su impacto en la salud pública.

The objective of this study was to describe the levels of transmitted HIV-1 resistance in patients with a recent HIV diagnosis before starting ART, treated in Comprehensive Care Units in Guatemala during the years 2019 and 2020. The study included records of 185 HIV-positive adult patients, recently diagnosed with HIV without a history of ART use. The analysis was carried out in the DeepChek® v2.0 software, the Stanford HIVdb algorithm (v9.4 - 07/12/2022) was followed to classify resistance. 18.4% (95% CI 13.1 - 24.7%) of general resistance to some family of ARVs was found. There was evidence of 15.1% (95% CI 10.3 - 21.1%) of individual resistance to the NNRTI family, mainly affecting NVP and EFV; 2.2% (95% CI 0.6 - 5.4%) resistance to INTR, mostly to FTC/3TC; and 2.7% (95% CI 0.9 - 6.2%) of intermediate and low resistance IP NFV and LPV/r. Three cases presented multiple resistance to NRTIs + NNRTIs. The most frequently found mutations were K103N (41.2%), M184V/I (8.8%) and M46I (5.9%). The high transmitted resistance of HIV-1 in patients treated in different Comprehensive HIV Care Units demonstrates the importance of periodically analyzing the trend of resistance in people who have not been exposed to ARVs, which in turn is an indirect marker. of the presence of acquired resistance in the country, data that demonstrate the need for prompt and effective actions and interventions given its impact on public health.

O objetivo deste estudo foi descrever os níveis de resistência transmitida ao HIV-1 em adultos tratados em Unidades de Cuidados Integrais na Guatemala. O estudo incluiu prontuários de 185 pacientes adultos HIV-1 positivos, recentemente diagnosticados sem histórico de uso de TARV, no período de novembro de 2019 a novembro de 2020. A análise foi realizada no software DeepChek® v2.0, para classificação da resistência, O algoritmo Stanford HIVdb (v9.4 - 07/12/2022) foi seguido. Foi encontrada 18.4% (IC 95% 13.1 - 24.7%) de resistência geral a alguma família de ARVs. Houve evidência de 15.1% (IC 95% 10.3 - 21.1%) de resistência individual à família de NNRTI, afetando principalmente NVP e EFV; 2.2% (IC 95% 0.6 - 5.4%) resistência ao INTR, principalmente ao FTC/3TC; e 2.7% (IC 95% 0.9 - 6.2%) de resistência intermediária e baixa ao IP NFV e LPV/r. Três casos apresentaram resistência múltipla a NRTIs + NNRTIs. As mutações mais frequentemente encontradas foram K103N (41.2%), M184V/I (8.8%) e M46I (5.9%). A elevada resistência transmitida do HIV-1 em pacientes atendidos em diferentes Unidades de Cuidados Integrados ao HIV demonstra a importância de analisar periodicamente a tendência de resistência em pessoas que não foram expostas aos ARVs, o que por sua vez é um marcador indireto da presença de ARVs adquiridos. resistência no país, dados que demonstram a necessidade de ações e intervenções rápidas e eficazes dado o seu impacto na saúde pública.

Prevalence of mutations associated with macrolide and fluoroquinolone resistance in Neisseria gonorrhoeae with Allplex™ NG&DR Assay (Seegene®) in a tertiary hospital from Madrid, Spaina / Prevalencia de mutaciones asociadas a resistencia a macrólidos y fluoroquinolonas en Neisseria gonorrhoeae con el kit Allplex™ NG&DR Assay (Seegene®) en un hospital terciario de la Comunidad de Madrid, España

Background. The prevalence of drug-resistant Neisseria gonorrhoeae (NG) infections is increasing. Studies report the prevalence of NG strains presenting A2059G/C2611T (rRNA 23S) and S91F (parC) mutations conferring resistance to azith romycin and ciprofloxacin. Material and methods. We conducted a prospective cohort study evaluating first void-urine urines, rectal, and oropharyngeal swabs collected from a cohort of patients in a tertiary hospital in Madrid between October 2022 and January 2023. Samples were screened by Allplex™ 7-STI Essential As say (Seegene®). Drug resistances were performed by Allplex™ NG&DR Assay (Seegene®). Results. A total of 1,415 patients were included, of which 112 had a positive sample for NG infection. One patient had a C2611T mutation (0.9%) and neither patient showed A2059G mutation. We found 67 (59.8%) S91F-positive patients. For ty-four patients (39.3%) not had any mutations. Conclusions. We report a low-prevalence of mutations A2059G/C2611T to macrolides and a high-prevalence to S91F in NG infections. Molecular methods for the detection of NG resistance could be useful in direct non-culturable samples (AU)

Introducción. La infección por Neisseria gonorrhoeae (NG) resistente está aumentando. Se ha descrito la prevalencia de cepas de NG con mutaciones A2059G/C2611T (rRNA 23S) y S91F (parC) que confieren resistencia a azitromicina y cipro floxacino. Material y métodos. Realizamos un estudio prospecti vo evaluando orinas de primera micción, hisopos anales y fa ríngeos recogidos de una cohorte de pacientes en un hospital terciario de Madrid entre octubre de 2022 y enero de 2023. El cribado de las muestras se realizó mediante Allplex™ 7-STI Es sential Assay (Seegene®). Las resistencias a macrólidos y fluo roquinolonas se realizaron mediante Allplex™ NG&DR Assay (Seegene®). Resultados. Se incluyeron 1.415 pacientes, de los cua les 112 fueron positivos para NG. Un paciente presentaba una mutación C2611T (0,9%) y en ningún paciente se detec tó A2059G. Encontramos 67 pacientes (59,8%) positivos pa ra S91F. Cuarenta y cuatro pacientes (39,3%) no presentaban mutaciones. Conclusiones. Reportamos una baja prevalencia de mu taciones A2059G/C2611T a macrólidos y una alta prevalencia de S91F en NG. Los métodos moleculares para la detección de resistencias en NG podrían ser útiles en muestras directas no cultivables (AU)

Evolución y tratamiento de la fase avanzada de una serie de pacientes con enfermedad de Parkinson LRRK2 / Progression and treatment of a series of patients with advanced LRRK2-associated Parkinson’s disease

Introducción: Las mutaciones en el gen LRRK2 se han relacionado tradicionalmente con unfenotipo benigno de la enfermedad de Parkinson (EP). En la fase avanzada, se ha descrito unarespuesta favorable a la estimulación cerebral profunda (ECP). Métodos: Retrospectivamente, hemos analizado las características clínicas y la evolución de14 pacientes con EP debida a mutaciones en LRRK2 (EP-LRRK2), 13 en G2019S y uno en I1371 V.Nueve de ellos, en fase avanzada, tuvieron una evolución media de 7, 2 a ̃nos hasta alcanzarla.Resultados: Siete pacientes fueron intervenidos de ECP subtalámica bilateral y dos recibierontratamiento con una terapia de infusión. Los pacientes portadores de la mutación G2019S mos-traron una excelente respuesta a la ECP, con una mejoría a los seis meses superior al 80% en laUnified Parkinson’s disease rating scale (UPDRS II y UPDRS III). Esta respuesta se ha mantenidoen el tiempo. El paciente con la mutación I1371 V mostraba un fenotipo grave de la enfermedad y su respuesta a la ECP ha sido moderada. Los pacientes con EP-LRRK2 en fase avanzadamostraron una afectación cognitiva predominantemente frontal con un deterioro significativodel lenguaje. Conclusiones: En nuestros pacientes con EP-LRRK2 hemos observado un fenotipo con una evolución más rápida a la fase avanzada de la enfermedad. Recalcamos la idoneidad de la ECPsubtalámica en estos casos.(AU)

Introduction: LRRK2 mutations have traditionally been associated with a benign phenotype ofParkinson’s disease (PD). Favourable responses to deep brain stimulation (DBS) are reported inthe advanced phase. Methods: We performed a retrospective analysis of the clinical characteristics and progressionof 13 patients with LRRK2-associated PD (13 with G2019S and one with I1371 V). Nine patientswere in the advanced phase, with a mean progression time of 7.2 years before reaching thisphase. Results: Seven patients underwent bilateral subthalamic DBS implantation, and two receivedinfusion treatment. Patients with mutation G2019S responded excellently to DBS, with UnifiedParkinson’s disease rating scale (UPDRS) II and III scores improving by 80% at six months. Thisresponse was sustained over time. The patient with mutation I1371 V had a severe phenotypeof the disease, and presented a moderate response to DBS. Patients with advanced LRRK2-associated PD showed predominantly frontal cognitive involvement, with significant languageimpairment. Conclusions: In these patients, progression was faster in the advanced stage of the disease.We emphasise the suitability of subthalamic DBS in the management of these patients.(AU)

Validation of a new strategy for the identification of SARS-CoV-2 variants by sequencing the spike gene by Sanger.

INTRODUCTION: The emergence of multiple variants of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic is of great world concern. Until now, their analysis has mainly focused on next-generation sequencing. However, this technique is expensive and requires sophisticated equipment, long processing times, and highly qualified technical personnel with experience in bioinformatics. To contribute to the analysis of variants of interest and variants of concern, increase the diagnostic capacity, and process samples to carry out genomic surveillance, we propose a quick and easy methodology to apply, based on Sanger sequencing of 3 gene fragments that code for protein spike. METHODS: Fifteen positive samples for SARS-CoV-2 with a cycle threshold below 25 were sequenced by Sanger and next-generation sequencing methodologies. The data obtained were analyzed on the Nextstrain and PANGO Lineages platforms. RESULTS: Both methodologies allowed the identification of the variants of interest reported by the WHO. Two samples were identified as Alpha, 3 Gamma, one Delta, 3 Mu, one Omicron, and 5 strains were close to the initial Wuhan-Hu-1 virus isolate. According to in silico analysis, key mutations can also be detected to identify and classify other variants not evaluated in the study. CONCLUSION: The different SARS-CoV-2 lineages of interest and concern are classified quickly, agilely, and reliably with the Sanger sequencing methodology.

Validación de una nueva estrategia para la identificación de variantes de SARS-CoV-2 mediante secuenciación del gen espiga por Sanger / Validation of a new strategy for the identification of SARS-CoV-2 variants by sequencing the spike gene by Sanger

Introducción: La aparición de múltiples variantes del SARS-CoV-2 durante la pandemia de COVID-19 es motivo de gran preocupación mundial. Hasta el momento, su análisis se ha centrado principalmente en la secuenciación de nueva generación. Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere equipos sofisticados, largos tiempos de procesamiento y personal técnico altamente cualificado con experiencia en bioinformática. Para contribuir al análisis de variantes de interés y de preocupación, aumentar la capacidad diagnóstica y procesar muestras para realizar vigilancia genómica, proponemos una metodología rápida y fácil de aplicar, basada en la secuenciación Sanger de 3 fragmentos del gen que codifica para la proteína espiga. Métodos: Se secuenciaron 15 muestras positivas para SARS-CoV-2 con un valor de umbral de ciclo inferior a 25 por metodologías Sanger y secuenciación de nueva generación. Los datos obtenidos fueron analizados en las plataformas Nextstrain y PANGO Lineages. Resultados: Ambas metodologías permitieron identificar las variantes de interés reportadas por la OMS. Se identificaron 2 muestras como alfa, 3 gamma, una delta, tres mu, una ómicron y 5 cepas cercanas al aislado inicial del virus Wuhan-Hu-1. Según el análisis in silico, también se pueden detectar mutaciones clave para identificar y clasificar otras variantes no evaluadas en el estudio. Conclusión: Los diferentes linajes de interés y preocupación de SARS-CoV-2 se clasifican de forma rápida, ágil y fiable con la metodología de secuenciación de Sanger.(AU)

Introduction: The emergence of multiple variants of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic is of great world concern. Until now, their analysis has mainly focused on next-generation sequencing. However, this technique is expensive and requires sophisticated equipment, long processing times, and highly qualified technical personnel with experience in bioinformatics. To contribute to the analysis of variants of interest and variants of concern, increase the diagnostic capacity, and process samples to carry out genomic surveillance, we propose a quick and easy methodology to apply, based on Sanger sequencing of 3 gene fragments that code for protein spike. Methods: Fifteen positive samples for SARS-CoV-2 with a cycle threshold below 25 were sequenced by Sanger and next-generation sequencing methodologies. The data obtained were analyzed on the Nextstrain and PANGO Lineages platforms. Results: Both methodologies allowed the identification of the variants of interest reported by the WHO. Two samples were identified as Alpha, 3 Gamma, one Delta, 3 Mu, one Omicron, and 5 strains were close to the initial Wuhan-Hu-1 virus isolate. According to in silico analysis, key mutations can also be detected to identify and classify other variants not evaluated in the study. Conclusion: The different SARS-CoV-2 lineages of interest and concern are classified quickly, agilely, and reliably with the Sanger sequencing methodology.(AU)

Importance of the SARS-CoV-2 genome and spike protein in the immunopathogenesis of COVID-19 and in the efficacy of vaccines.

Coronavirus (CoV) infections cause respiratory and enteric diseases with clinical manifestations ranging from faint to severe, even lead to death of patients. High connectivity between nations and infectivity of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), represent a global health problem as the coronavirus disease 19 (COVID-19). This CoV-2 that cause SARS, which appeared in Wuhan, China, in December 2019 originated COVID-19 and declared as pandemic a few months posterior its appearance. In this review, the genomic and spike protein characteristics of SARS-CoV-2, the role of SARS-CoV-2 in the COVID-19 pathogenesis, cytokine storm, the role of cytotoxic T and B cells against SARS-CoV-2, as well as the vaccines efficacy (taking into account mutations in the spike protein) are described.

Los coronavirus (CoV) causan enfermedades respiratorias y entéricas leves, graves o críticas, pudiendo ocasionar la muerte del paciente. Debido a la alta conectividad entre naciones y a la transmisión, actualmente la COVID-19 representa un verdadero problema de salud pública en todo el mundo. El CoV-2 causante del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV-2) apareció a finales de diciembre de 2019 en Wuhan, China, y en marzo de 2020 la COVID-19 fue declarada pandemia. En esta revisión se describen las características del genoma y de la proteína espiga del SARS-CoV-2, su papel en la inmunopatogénesis de la COVID-19, la tormenta de citocinas, la actividad citotóxica inducida por células T y la producción de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 mediada por células B, así como la eficacia de algunas vacunas, tomando en cuenta las mutaciones presentes en la proteína espiga.

Relación estructura-función de la enzima uroporfirinógeno descarboxilasa: implicancias para la comprensión y el tratamiento de la porfiria cutánea tarda / Structure-function relationship of the enzyme uroporphyrinogen decarboxylase: implications for the understanding and treatment of porphyria cutanea tarda / Relação estrutura-função da enzima uroporfirinogênio descarbioxilase: implicações para a compreensão e tratamento da porfiria cutânea tardia / Reconocimiento a la trayectoria del Prof. Dr. Juan Miguel Castagnino†

Resumen La uroporfirinógeno descarboxilasa humana (UROD-h) es la quinta enzima del camino biosintético del hemo y su actividad deficiente, relacionada a mutaciones en su gen, se encuentra asociada a un subgrupo de porfirias. El objetivo de este trabajo fue estudiar la relación entre la dimerización de la enzima y su actividad enzimática y comprobar si la dimerización de UROD-h es imprescindible tanto para la primera etapa de la reacción (urogen→heptagen), como para la segunda etapa (heptagen→coprogen). Con ese objetivo, se expresó y purificó la UROD-h hasta homogeneidad, se analizó el comportamiento dímero-monómero bajo distintas condiciones que pudieran desplazar el equilibrio de dimerización y se evaluó la actividad enzimática en dichas condiciones. Los resultados obtenidos sugieren que la especie activa para la primera etapa de la reacción es el homodímero y que tanto el dímero como el monómero se comportan como especies activas para la segunda etapa de la reacción. Se propone que mutaciones clínicas como la Y311C, existentes en pacientes con porfiria cutánea tarda, podrían afectar la estabilidad del dímero y podrían ser el blanco para futuras terapias génicas.

Abstract Human uroporphyrinogen decarboxylase (UROD-h) is the fifth enzyme in the heme biosynthetic pathway and its deficient activity, related to mutations in its gene, is associated with a subset of porphyrias. The objective of this work was to study the relationship between the dimerisation of the enzyme and its enzymatic activity and to verify if the dimerisation of UROD-h is essential both for the first stage of the reaction (urogen→heptagen), and for the second stage (heptagen→ coprogen). With this objective, the UROD-h was expressed and purified to homogeneity, the dimer- monomer behaviour was analysed under different conditions, which could shift the dimerisation equilibrium, and the enzymatic activity was evaluated under these conditions. The results obtained suggest that the active species for the first stage of the reaction is the homodimer, and both the dimer and the monomer behaved as active species for the second stage of the reaction. It is proposed that clinical mutations such as Y311C, existing in porphyria cutanea tarda patients, could affect dimer stability and could be the target of future gene therapies.

Resumo A enzima uroporfirinogênio descarboxilase humana (UROD-h) é a quinta enzima da via biossintética do heme e sua atividade deficiente, relacionada com mutações em seu gene, está associada a um subgrupo de porfirias. O objetivo deste trabalho foi estudar a relação entre a dimerização da enzima e sua atividade enzimática e comprovar se a dimerização da UROD-h é imprescindível tanto para a primeira etapa da reação (urogênio→heptagênio), quanto para a segunda etapa (heptagênio→coprogênio). Com esse objetivo, a UROD-h foi expressa e purificada até a homogeneidade, o comportamento de dímero-monômero foi analisado sob diversas condições, que puderam deslocar o equilíbrio de dimerização, e a atividade enzimática foi avaliada em tais condições. Os resultados obtidos sugerem que a espécie ativa para a primeira etapa da reação é o homodímero, e tanto o dímero quanto o monômero se comportam como espécies ativas para a segunda etapa da reação. Propõe-se que mutações clínicas como Y311C, existentes em pacientes com porfiria cutânea tardia, poderiam afetar a estabilidade do dímero e poderiam ser o alvo de futuras terapias gênicas em porfiria cutânea tardia.

PTEN mutations prevalence in HER2-positive breast cancer patients / Prevalencia de mutaciones en pten en pacientes con cáncer de mama HER2-positivo

Introduction: HER2-positive tumors is one of the aggressive subtypes of breast cancer that indicate bad prognosis. Trastuzumab is one of the targeted therapy which inhibit HER2 receptors. Mutations/expression deregulations of the downstream of HER2 receptors could cause resistance to trastuzumab. PTEN is a tumor suppressor gene which directly regulates PI3K pathway which renders it one of the predictive markers of trastuzumab. Methods: In the present study, PTEN mutations were screened in 51 patients with HER2-positive breast cancer. Also, 16 patients were further analyzed for protein expression. Results: The mutations were detected in 3 out of 51 patients (5.9%). In addition, 56.3% of the 16 patients showed downregulation/loss of PTEN protein expression. The loss of PTEN was found in 75% of estrogen-receptor negative patients (p =0.130). Conclusions: The downregulation/loss of PTEN protein has the tendency to be associated with ER-negative reflecting its value as a treatment prediction marker. (AU)

Introducción: Los tumores HER2 positivos son uno de los subtipos agresivos de cáncer de mama que indican un mal pronóstico. Trastuzumab es una de las terapias dirigidas que inhiben los receptores HER2. Las mutaciones/desregulaciones de la expresión aguas abajo de los receptores HER2 podrían causar resistencia a trastuzumab. PTEN es un gen supresor de tumores que regula directamente la vía PI3K, lo que lo convierte en uno de los marcadores predictivos de trastuzumab. Metodos: En el presente estudio, las mutaciones de PTEN se examinaron en cincuenta y un pacientes con cáncer de mama positivo para HER2. Además, dieciséis pacientes fueron analizados más a fondo para determinar la expresión de proteínas. Resultados: Las mutaciones se detectaron en tres de 51 pacientes (5.9%). Además, el 56,3 % de los dieciséis pacientes mostró regulación baja/pérdida de la expresión de la proteína PTEN. También se encontró pérdida de PTEN en el 75% de los pacientes con receptores de estrógeno negativos. Conclusiones: La regulación baja/pérdida de la proteína PTEN tiende a asociarse con ER-negativo, lo que refleja su valor como marcador de predicción de tratamiento. (AU)

Expert consensus of the Spanish Society of Pathology and the Spanish Society of Medical Oncology on the determination of biomarkers in pancreatic and biliary tract cancer.

Pancreatic cancer and biliary tract cancer have a poor prognosis. In recent years, the development of new diagnostic techniques has enabled the identification of the main genetic alterations involved in the development of these tumours. Multiple studies have assessed the ability to predict response to treatment of certain biomarkers, such as BRCA in pancreatic cancer, IDH1 or FGFR2 in biliary tract cancer and microsatellite instability or NTRK fusions in an agnostic tumour fashion. In this consensus, a group of experts selected by the Spanish Society of Medical Oncology (SEOM) and the Spanish Society of Pathology (SEAP) reviewed the role played by these mutations in the process of carcinogenesis and their clinical implications. Based on their results, a series of recommendations are made to optimize the determination of these biomarkers and thus help standardize the diagnosis and treatment of these tumours.

Expert consensus of the Spanish Society of Pathology and the Spanish Society of Medical Oncology on the determination of biomarkers in pancreatic and biliary tract cancer / Consenso de Expertos de la Sociedad Española de Patología y la Sociedad Española de Oncología Médica sobre la determinación de biomarcadores en el cáncer de páncreas y vías biliares

Pancreatic cancer and biliary tract cancer have a poor prognosis. In recent years, the development of new diagnostic techniques has enabled the identification of the main genetic alterations involved in the development of these tumours. Multiple studies have assessed the ability to predict response to treatment of certain biomarkers, such as BRCA in pancreatic cancer, IDH1 or FGFR2 in biliary tract cancer and microsatellite instability or NTRK fusions in an agnostic tumour fashion. In this consensus, a group of experts selected by the Spanish Society of Medical Oncology (SEOM) and the Spanish Society of Pathology (SEAP) reviewed the role played by these mutations in the process of carcinogenesis and their clinical implications. Based on their results, a series of recommendations are made to optimize the determination of these biomarkers and thus help standardize the diagnosis and treatment of these tumours.

El cáncer de páncreas y el de vías biliares son tumores de mal pronóstico. En los últimos años, el desarrollo de nuevas técnicas diagnósticas de biología molecular ha permitido conocer las principales alteraciones génicas implicadas en el desarrollo de estos tumores. Múltiples estudios han evaluado el carácter predictivo de respuesta a tratamiento de determinados biomarcadores, como BRCA en cáncer de páncreas, IDH1 y FGFR2 en tumores de vía biliar; y la inestabilidad de microsatélites y las fusiones de NTRK, para predecir la respuesta al tratamiento. En este consenso, un grupo de expertos seleccionado por la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM) y la Sociedad Española de Anatomía Patológica (SEAP) ha revisado el papel que desempeñan estas mutaciones en el proceso de carcinogénesis y sus implicaciones clínicas. Como resultado, en este artículo se proponen una serie de recomendaciones para optimizar la determinación de estos biomarcadores, con el fin de fomentar la estandarización en el diagnóstico y el tratamiento de estos tumores.(AU)

Progression and treatment of a series of patients with advanced LRRK2-associated Parkinson's disease.

INTRODUCTION: LRRK2 mutations have traditionally been associated with a benign phenotype of Parkinson's disease (PD). Favourable responses to deep brain stimulation (DBS) are reported in the advanced phase. METHODS: We performed a retrospective analysis of the clinical characteristics and progression of 13 patients with LRRK2-associated PD (13 with G2019S and 1 with I1371V). Nine patients were in the advanced phase, with a mean progression time of 7.2 years before reaching this phase. RESULTS: Seven patients underwent bilateral subthalamic DBS implantation, and 2 received infusion treatment. Patients with mutation G2019S responded excellently to DBS, with Unified Parkinson's Disease Rating Scale (UPDRS) II and III scores improving by 80% at 6 months. This response was sustained over time. The patient with mutation I1371V had a severe phenotype of the disease, and presented a moderate response to DBS. Patients with advanced LRRK2-associated PD showed predominantly frontal cognitive involvement, with significant language impairment. CONCLUSIONS: In these patients, progression was faster in the advanced stage of the disease. We emphasise the suitability of subthalamic DBS in the management of these patients.

Biomarcadores genéticos de la leucemia linfoide aguda de linaje B / Genetic biomarkers of B - cell acute lymphoid leukemia

Introducción: La leucemia linfoide aguda es una proliferación y transformación maligna de las células progenitoras linfoides en la médula ósea, la sangre y los sitios extramedulares. Es la neoplasia más frecuente en la infancia. Constituye el 80 % de todas las leucemias agudas de la edad pediátrica y la más frecuente de las que se originan a partir del linaje de células B. Desde el punto de vista genético se presentan múltiples alteraciones moleculares y cromosómicas que son utilizadas para la estratificación pronóstica. Objetivo: Describir los biomarcadores genéticos de la leucemia linfoide aguda de linaje B y su implicación pronóstica. Métodos: Se realizó una revisión de la literatura en los idiomas inglés y español, a través del sitio web PubMed y el motor de búsqueda Google académico, de artículos publicados en los últimos cinco años. Se efectuaron un análisis y resumen de la bibliografía revisada. Conclusiones: En la leucemia linfoide aguda de linaje B se detectan múltiples alteraciones citogenéticas como las traslocaciones t(9;22) y la t(12;21), rearreglos en 11q23 que generan genes de fusión, así como otras aberraciones cromosómicas y mutaciones génicas. Este espectro genético involucra genes que participan en el desarrollo de las células linfoides y en la regulación del ciclo celular. El conocimiento de su biología, a partir del estudio de las alteraciones genéticas como biomarcadores predictivos, permite la estratificación de la leucemia linfoide aguda y la aplicación de tratamientos más personalizados para evitar recaídas.

Introduction: Acute lymphoid leukemia is a proliferation and malignant transformation of lymphoid progenitor cells in the bone marrow, blood and extramedullary sites. It is the most common neoplasm in childhood; it constitutes 80% of all acute leukemias in children; and the most frequent of those that originate from the B cell lineage. From the genetic point of view, there are multiple molecular and chromosomal alterations. Objective: To describe the genetic biomarkers of the disease and its prognostic implication. Methods: A review of the literature in English and in Spanish was carried out, in the PubMed website and using the search engine of Google Scholar, for articles published in the last five years. We performed analysis and summary of the reviewed bibliography. Conclusions: In acute lymphoid leukemia, multiple cytogenetic alterations are detected, such as translocation t(9;22), t(12;21), rearrangements in 11q23 that generate fusions genes as well as other chromosomal aberrations and gene mutation. This genetic spectrum involves genes that participate in the development of lymphoid cells and in the regulation of the cell cycle. Knowledge of its biology, based on the study of genetic alterations as predictive biomarkers, allows the stratification of Acute lymphoid leukemia and the application of more personalized treatments to avoid relapses.

Analysis of SOD1 and C9orf72 mutations in patients with amyotrophic lateral sclerosis in Antioquia, Colombia / Análisis de mutaciones en los genes SOD1 y C9orf72 en pacientes con esclerosis lateral amiotrófica, Antioquia, Colombia

Introduction: Amyotrophic lateral sclerosis is a neurodegenerative disease with a possible multifactorial origin characterized by the progressive degeneration of motor neurons. There is a relatively high prevalence of this disease in Antioquia; however, there is no published genetic study to date in Colombia. Despite its unknown etiopathogenesis, more genetic risk factors possibly involved in the development of this disease are constantly found. Objetives: To evaluate G93A and D90A mutations in SOD1 gene and a short tandem repeat in C9orf72 within a cohort of amyotrophic lateral sclerosis patients from Antioquia, Colombia. Materials y methods: Thirty-four patients previously diagnosed with amyotrophic lateral sclerosis were included in the study. Peripheral blood samples were used for DNA extraction and genotyping. Results: No mutations were found in SOD1 (G93A and D90A) in any of the patients, while C9orf72 exhibited an allele with a statistically significant high prevalence in the study sample (8 hexanucleotide repeats of CAGCAG). Conclusions: These results suggest an association between this short tandem repeat (STR) in C9orf72 and the presence of amyotrophic lateral sclerosis in the studied population. However, this association should be established in a larger sample size and with controls from the same population. In addition, there also seems to be a genetic anticipation effect for the disease regarding this locus, since patients with this genotype present an earlier onset.

Introducción. La esclerosis lateral amiotrófica es una enfermedad neurodegenerativa con un posible origen multifactorial, caracterizado por una degeneración progresiva de las neuronas motoras. Hay una gran prevalencia relativa de esta enfermedad en Antioquia; sin embargo, no hay publicaciones de estudios genéticos en Colombia. A pesar de su etiopatogénesis desconocida, hay varios factores de riesgo genético que se encuentran constantemente en el desarrollo de esta enfermedad. Objetivo. Evaluar las mutaciones G93A y D90A del gen SOD1 y una repetición corta en tándem (Short Tandem Repeat, STR) en el locus C9orf72, en una cohorte de pacientes con esclerosis lateral amiotrófica en Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. Se incluyeron 34 pacientes previamente diagnosticados en el estudio. Una muestra de sangre periférica se usó para extraer el ADN y, posteriormente, genotipificarlo. Resultados. No se encontraron mutaciones en el gen SOD1 (G93A y D90A), mientras que el C9orf72 exhibe un alelo con una significativa prevalencia en los pacientes del estudio (8 repeticiones del hexanucleótido G4C2). Conclusiones. Se sugiere una asociación entre la repetición en tándem en C9orf72 y la presencia de la esclerosis lateral amiotrófica en la población estudiada. Sin embargo, se sugiere hacer estudios adicionales e incluir un grupo control de la misma población. Además, se detecta un fenómeno de anticipación genética de la enfermedad, dado que los pacientes con el alelo de 8 repeticiones en C9orf72 presentan una edad temprana de aparición de los síntomas.

Síndrome de Baller-Gerold. A propósito de un caso clínico y revisión de la literatura

El síndrome de Baller-Gerold es secundario a mutaciones en el gen RECQL4 (8q24.3). Este gen pertenece a la familia de las RecQhelicasas y está implicado en otras enfermedades de predisposición al cáncer. El diagnóstico se basa en criterios clínicos y debido al elevado número de diagnósticos diferenciales, encontrar una mutación en el gen puede ayudar a precisar el espectro diagnóstico, el consejo genético y su tratamiento. Se han descrito en la literatura alrededor de 30 casos, aunque se sabe que se ha presentado en menos de 200 000 personas en el mundo, por lo que se considera, una condición clínica rara. Se presenta el caso de una paciente que desde su nacimiento se constataron múltiples malformaciones músculo-esqueléticas: aplasia radial, pulgares aplásicos, malformaciones de la parrilla costal, clinodactilia de todos los dedos de miembros superiores, antebrazos hipoplásicos, clinodactilia del miembro inferior izquierdo. Se le realizó alimentación parenteral por varios días, fue imposible establecer vía oral adecuada por ausencia y/o incoordinación de los reflejos de succión-deglución como expresión de sus malformaciones a nivel de sistema nervioso central. Se presenta el caso por su baja incidencia y prevalencia por lo que es considerada una enfermedad rara.

Baller-Gerold syndrome is secondary to mutations in the RECQL4 gene (8q24.3). This gene belongs to the RecQhelicase family and is implicated in other diseases predisposing to cancer. Diagnosis is based on clinical criteria and due to the high number of differential diagnoses, finding a mutation in the gene can help to specify the diagnostic spectrum, genetic counseling and treatment. Around 30 cases have been described in the literature, although it is known that it has occurred in less than 200,000 people in the world, being considered a rare clinical condition. We present the case of a newborn, who at birth was found to have multiple musculoskeletal malformations: radial aplasia, aplastic thumbs, malformations of the rib cage, clinodactyly of all the fingers of the upper limbs, hypoplastic forearms, clinodactyly of the left lower limb. She was given parenteral feeding for several days, it was impossible to establish an adequate oral route due to the absence and/or incoordination of the sucking-swallowing reflexes as an expression of her malformations at the central nervous system level. The case is presented due to its low incidence and prevalence, which is why it is considered a rare disease.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Modeling minimum viable population size with multiple genetic problems of small populations.

An important goal for conservation is to define minimum viable population (MVP) sizes for long-term persistence of a species. There is increasing evidence of the role of genetics in population extinction; thus, conservation practitioners are starting to consider the effects of deleterious mutations (DM), in particular the effects of inbreeding depression on fitness. We sought to develop methods to account for genetic problems other than inbreeding depression in MVP estimates, quantify the effect of the interaction of multiple genetic problems on MVP sizes, and find ways to reduce the arbitrariness of time and persistence probability thresholds in MVP analyses. To do so, we developed ecoevolutionary quantitative models to track population size and levels of genetic diversity. We assumed a biallelic multilocus genome with loci under single or multiple, interacting genetic forces. We included mutation-selection-drift balance (for loci with DM) and 3 forms of balancing selection for loci for which variation is lost through genetic drift. We defined MVP size as the lowest population size that avoids an ecoevolutionary extinction vortex. For populations affected by only balancing selection, MVP size decreased rapidly as mutation rates increased. For populations affected by mutation-selection-drift balance, the MVP size increased rapidly. In addition, MVP sizes increased rapidly as the number of loci increased under the same or different selection mechanisms until even arbitrarily large populations could not survive. In the case of fixed number of loci under selection, interaction of genetic problems did not always increase MVP sizes. To further enhance understanding about interaction of genetic problems, there is need for more empirical studies to reveal how different genetic processes interact in the genome.

Resumen Un objetivo importante de la conservación es definir los tamaños de una población mínima viable (PMV) para la persistencia a largo plazo de una especie. Cada vez hay más evidencia del papel que tiene la genética en la extinción poblacional; por lo tanto, quienes practican la conservación comienzan a considerar los efectos de las mutaciones deletéreas (MD) causadas por los cambios en la adaptabilidad ocasionados por la depresión endogámica. Buscamos desarrollar varios métodos que consideren otros problemas genéticos además de la depresión endogámica en las estimaciones de la PMV, cuantifiquen el efecto de la interacción entre múltiples problemas genéticos sobre los tamaños de la PMV y encuentren maneras para reducir la arbitrariedad de los umbrales de tiempo y de probabilidad de persistencia en los análisis de la PMV. Para realizar lo anterior, desarrollamos unos modelos cuantitativos ecoevolutivos para darle seguimiento al tamaño poblacional y a los niveles de diversidad genética. Partimos de un supuesto genoma bialélico multilocus con loci bajo una o varias fuerzas genéticas en interacción. Incluimos un equilibrio de mutación-selección-deriva (para los loci con MD) y tres formas de selección equilibradora para los loci cuya variación se pierde mediante la deriva génica. Definimos el tamaño de la PMV como el tamaño poblacional más reducido que evita un vórtice de extinción ecoevolutiva. Para las poblaciones afectadas solamente por la selección equilibradora, el tamaño de la PMV disminuyó rápidamente conforme incrementaron las tasas de mutación. Para las poblaciones afectadas por el equilibrio mutación-selección-deriva, el tamaño de la PMV incrementó rápidamente. Además, los tamaños de la PMV incrementaron rápidamente conforme el número de loci incrementó bajo el mismo mecanismo de selección o alguno distinto hasta que las poblaciones arbitrariamente grandes no podían sobrevivir más. En el caso de un número fijo de loci bajo selección, la interacción de los problemas genéticos no siempre incrementó el tamaño de la PMV. Para incrementar aún más el conocimiento sobre las interacciones de los problemas genéticos, se necesitan más estudios empíricos que revelen cómo los diferentes procesos genéticos interactúan en el genoma.

Aspectos citogenéticos y moleculares en los síndromes mielodisplásicos / Cytogenetic and molecular aspects in myelodysplastic syndromes

Introducción: Los síndromes mielodisplásicos constituyen un grupo heterogéneo de alteraciones de la célula progenitora hematopoyética. Estos se caracterizan por presentar una médula ósea hipercelular, una hematopoyesis inefectiva, displasia y citopenia periférica y la posibilidad de evolución a leucemia mieloide aguda. Objetivo: Describir las alteraciones citogenéticas y moleculares más frecuentes de los síndromes mielodisplásicos. Métodos: Se realizó una revisión de la literatura en los idiomas inglés y español, a través del sitio web PubMed y el motor de búsqueda Google académico, de artículos publicados en los últimos cinco años. Se realizó análisis y resumen de la bibliografía. Análisis y síntesis de la información: En los síndromes mielodisplásicos están presentes alteraciones citogenéticas frecuentes como la deleción de los cromosomas 5q, 7q y 20q, la monosomía del cromosoma 7, la trisomía del cromosoma 8 y la presencia de cariotipos complejos, que, unido a mutaciones somáticas en diferentes genes, intervienen en la patogénesis de la enfermedad y su conocimiento permite la estratificación pronóstica de los pacientes. Conclusiones: El diagnóstico a través de los estudios citogenéticos convencionales, la hibridación in situ por fluorescencia y la secuenciación génica permite una mayor comprensión de la biología de la enfermedad, la estratificación del riesgo y la toma de decisiones terapéuticas(AU)

Introduction: Myelodysplastic syndromes constitute a heterogeneous group of alterations of the hematopoietic progenitor cell, characterized by hypercellular bone marrow, ineffective hematopoietic, dysplasia and peripheral cytopenia; and the possibility of progressing to acute myeloid leukemia. Objective: To describe the most frequent cytogenetic and molecular alterations of myelodysplastic syndromes. Methods: A review of the literature in English and in Spanish was carried out, in the PubMed website and using the search engine Google, for articles published in the last five years. We performed analysis and summary of the reviewed bibliography. Analysis and synthesis of information: In myelodysplastic syndromes, frequent cytogenetic alterations are present such as deletion of chromosomes 5q, 7q and 20q, as well as the monosomy of chromosome 7, trisomy of chromosome 8 and the presence of complex karyotypes, which together with somatic mutations in different genes intervene in the pathogenesis of the disease and allow prognostic stratification of patients. Conclusions: Diagnosis through conventional cytogenetic studies, fluorescence in situ hybridization and gene sequencing allow a better understanding of the biology of the disease, risk stratification and therapeutic decision making(AU)

Pancreatitis crónica para el clínico. Parte 2: Tratamiento y seguimiento. Documento de posicionamiento interdisciplinar de la Societat Catalana de Digestologia y la Societat Catalana de Pàncrees / Chronic pancreatitis for the clinician. Part 2: Treatment and follow-up. Interdisciplinary Position Paper of the Societat Catalana de Digestologia and the Societat Catalana de Pàncrees

La pancreatitis crónica se asocia a calidad de vida deteriorada, elevada incidencia de comorbilidades, complicaciones graves y mortalidad. Los costes sanitarios son enormes. Algunas sociedades médicas han elaborado guías clínicas basadas en evidencia científica, pero el nivel de evidencia para cada aspecto de la enfermedad suele ser bajo y, consecuentemente, las recomendaciones tienden a ser vagas o débiles. En los presentes documentos de posicionamiento de la Societat Catalana de Digestologia y la Societat Catalana de Pàncrees hemos buscado redactar declaraciones bien definidas orientadas al clínico, basadas en revisiones actualizadas de la literatura y acuerdos de expertos. El objetivo es proponer el uso de terminología común y circuitos diagnóstico/terapéuticos racionales basados en el conocimiento actual. Para este fin se revisaron 51 secciones relacionadas con pancreatitis crónica por 21 expertos de 6 especialidades diferentes para generar finalmente 88 declaraciones que buscan armonizar conceptos y formular recomendaciones precisas. La parte 2 de esta serie de documentos discute temas sobre tratamiento y seguimiento. La aproximación terapéutica debe incluir la evaluación de factores etiológicos, manifestaciones clínicas y complicaciones. La complejidad de estos pacientes requiere un estudio detallado individualizado en comités multidisciplinares donde todas las opciones (conservadoras, endoscópicas, de radiología intervencionista y quirúrgicas) sean sopesadas. Deberían constituirse unidades especializadas de pancreatología. Las indicaciones quirúrgicas son dolor refractario, complicaciones locales y sospecha de neoplasia. El tratamiento enzimático está indicado si existe evidencia de insuficiencia exocrina o tras cirugía pancreática. La respuesta debe evaluarse mediante parámetros nutricionales y síntomas. Se debe planificar un programa de seguimiento para cada paciente.(AU)

Chronic pancreatitis is associated with impaired quality of life, high incidence of comorbidities, serious complications and mortality. Healthcare costs are exorbitant. Some medical societies have developed guidelines for treatment based on scientific evidence, but the gathered level of evidence for any individual topic is usually low and, therefore, recommendations tend to be vague or weak. In the present position papers on chronic pancreatitis from the Societat Catalana de Digestologia and the Societat Catalana de Pàncrees we aimed at providing defined position statements for the clinician based on updated review of published literature and on multidisciplinary expert agreement. The final goal is to propose the use of common terminology and rational diagnostic/therapeutic circuits based on current knowledge. To this end 51 sections related to chronic pancreatitis were reviewed by 21 specialists from 6 different fields to generate 88 statements altogether. Statements were designed to harmonize concepts or delineate recommendations. Part 2 of these paper series discuss topics on treatment and follow-up. The therapeutic approach should include assessment of etiological factors, clinical manifestations and complications. The complexity of these patients advocates for detailed evaluation in multidisciplinary committees where conservative, endoscopic, interventional radiology or surgical options are weighed. Specialized multidisciplinary units of Pancreatology should be constituted. Indications for surgery are refractory pain, local complications, and suspicion of malignancy. Enzyme replacement therapy is indicated if evidence of exocrine insufficiency or after pancreatic surgery. Response should be evaluated by nutritional parameters and assessment of symptoms. A follow-up program should be planned for every patient with chronic pancreatitis.(AU)

Testing of mutations on thyroid nodules with indeterminate cytology: A prospective study of 112 patients in Argentina.

BACKGROUND: The study of genetic mutations in thyroid nodules makes it possible to improve the preoperative diagnosis of and reduce unnecessary surgeries on benign nodules. In this study, we analysed the impact of implementing a 7-gene mutation panel that enables mutations to be detected in BRAF and RAS (H/N/K) and the gene fusions PAX8/PPARG, RET/PTC1 and RET/PTC2, in a population in northern Argentina. METHODS: We performed a prospective analysis of 112 fine needle aspirations diagnosed as having indeterminate cytology according to the Bethesda classification system. These include the Bethesda III or atypia of unknown significance/follicular lesion of unknown significance and Bethesda IV or follicular neoplasm/suspicious for follicular neoplasm categories. The mutations of the 7-gene panel were analysed and this information was linked to the available histology and ultrasound monitoring. RESULTS: The BRAF V600E and RET/PTC1 mutations were associated with carcinoma in 100% of cases (n = 8), whereas only 37.5% (n = 3) of the nodules with RAS and 17% (n = 1) with PAX8/PPARG mutations were associated with carcinoma. From the histological diagnosis and ultrasound monitoring of patients, we can estimate that this panel has a sensitivity of 86% in detecting malignant carcinoma, a specificity of 77%, a positive predictive value (PPV) of 54% and a negative predictive value (NPV) of 94%. In this study, it was possible to reduce the number of surgeries by 48% in the patients analysed. CONCLUSION: The implementation of the mutation panel allowed the appropriate surgical strategy to be selected for each patient, the number of two-step surgeries to be reduced, and active follow-up to be established in low-risk patients.

Pancreatitis crónica para el clínico. Parte 1: etiología y diagnóstico. Documento de posicionamiento interdisciplinar de la Societat Catalana de Digestologia y la Societat Catalana de Pàncrees / Chronic pancreatitis for the clinician. Part 1: Etiology and diagnosis. Interdisciplinary position paper of the Societat Catalana de Digestologia and the Societat Catalana de Pàncrees

La pancreatitis crónica es una enfermedad fibroinflamatoria del páncreas originada por acción combinada de factores etiológicos. Muestra formas de presentación, tipos de complicaciones y grados evolutivos variables. Las opciones terapéuticas son tan diversas como los múltiples escenarios clínicos. Algunas sociedades médicas han desarrollado guías sobre diagnóstico y tratamiento basadas en evidencia científica. Pero la elevada variabilidad que conforman la conjunción de elementos etiológicos, presentaciones clínicas, complicaciones y progresión de la enfermedad hace que los niveles de evidencia obtenidos sean generalmente bajos y, por tanto, las recomendaciones tienden a ser vagas o débiles, salvo excepciones.En los presentes documentos de posicionamiento de la Societat Catalana de Digestologia y la Societat Catalana de Pàncrees hemos buscado redactar declaraciones bien definidas orientadas al clínico, basadas en revisiones actualizadas de literatura y acuerdos de expertos. El objetivo es proponer el uso de terminología común y circuitos diagnóstico/terapéuticos racionales basados en el conocimiento actual. Para este fin se revisaron 51 secciones relacionadas con pancreatitis crónica por 21 expertos de 6 especialidades diferentes para generar finalmente 88 declaraciones que buscan armonizar conceptos y formular recomendaciones precisas.La parte 1 de esta serie de documentos discute tópicos sobre etiología, diagnóstico y diagnóstico diferencial. Factores etiológicos de mayor relevancia son tóxicos (alcohol y tabaco), genéticos y obstructivos. Dolor abdominal, insuficiencia exocrina y endocrina y síntomas derivados de complicaciones son las presentaciones más frecuentes. Algunos pacientes permanecen asintomáticos. El diagnóstico (seguro, probable o incierto) debe sustentarse en datos objetivos obtenidos en pruebas de imagen, histología y pruebas de función pancreática.(AU)

Chronic pancreatitis is a chronic fibroinflammatory disease of the pancreas with prevalence around 50 cases per 100,000 inhabitants. It appears to originate from diverse and yet mixed etiological factors. It shows highly variable presenting features, complication types and disease progression rates. Treatment options are as wide as the multiple personalized scenarios the disease might exhibit at a given time point. Some medical societies have developed guidelines for diagnosis and treatment based on scientific evidence. Although these efforts are to be acknowledged, the gathered level of evidence for any topic is usually low and, therefore, recommendations tend to be vague or weak.In the present series of position papers on chronic pancreatitis from the Societat Catalana de Digestologia and the Societat Catalana de Pàncrees we aimed at providing defined position statements for the clinician based on updated review of published literature and on interdisciplinary expert agreement. The final goal is to propose the use of common terminology and rational diagnostic/therapeutic circuits based on current knowledge. To this end 51 sections related to chronic pancreatitis were reviewed by 21 specialists from 6 different fields to generate 88 statements altogether. Statements were designed to harmonize concepts or delineate recommendations. Part 1 of this paper series discusses topics on aetiology and diagnosis of chronic pancreatitis. Main clinical features are abdominal pain, exocrine and endocrine insufficiency and symptoms derived from complications. Some patients remain symptom-free. Diagnosis (definitive, probable or uncertain) should be based on objective data obtained from imaging, histology, or functional tests.(AU)